การก่อตัวของปัญหา

การก่อตัวของปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้

และยุทธวิธีการก่อความไม่สงบ

ความเป็นมาทางประวัติศาสตร์ และการเมืองการปกครอง

      เริ่มต้นที่อารยธรรมอินเดียโบราณจนถึงความเจริญรุ่งเรืองของศาสนาอิสลาม

                 เป็นที่ยอมรับกันว่าดินแดนแถบแหลมมาลายูก่อนที่ชาวอินเดียและชาวจีนจะเดินทางเข้ามาเผยแพร่อารยธรรมนั้นได้มีผู้อาศัยอยู่ก่อนแล้ว โดยชุมชนต่างๆ ดำรงอยู่ท่ามกลางความเชื่อในผีสางเทวดาและยังไม่มีศาสนานับถือ  ต่อเมื่อมีการติดต่อค้าขายและปฏิสัมพันธ์กันการผสมกลมกลืนทางอารยธรรมจึงเกิดขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเริ่มต้นของชาวอินเดียโบราณซึ่งคาดกันว่ามีมาไม่ต่ำกว่า 2,500 ปีแล้วเพราะแหลมมาลายูเป็นดินแดนที่มีสภาพทางภูมิประเทศอันพรั่งพร้อมด้วยความอุดมสมบูรณ์ทางทรัพยากรธรรมชาติและเส้นทางค้าขายที่เอื้ออำนวยจากฝั่งทะเลทั้งสองด้าน อันมีหลักฐานทางประวัติศาสตร์ อาทิ โบราณวัตถุแบบอินเดียและแบบโรมัน และแบบอินโด-โรมันอยู่ทั่วไป เช่น ควนลูกปัดที่คลองท่อม จังหวัดกระบี่ ทั้งเชื่อว่ามีการถ่ายทอดทั้งทางศาสนาและอารยธรรมแก่ชุมชนท้องถิ่น ไม่ว่าจะเป็นศาสนาฮินดู ศาสนาพราหมณ์และศาสนาพุทธ ดังเช่นอาณาจักรโบราณอื่นๆ ในแถบนี้ที่ล้วนแล้วแต่ปรากฏร่องรอยแห่งอารยธรรมอินเดียโบราณจารึกไว้ทั้งสิ้นหรือแม้แต่จดหมายเหตุของจีนที่บันทึกไว้เมื่อราวคริสต์ศตวรรษที่ 5 ว่ามีอาณาจักรเล็กๆ แห่งหนึ่งบนคาบสมุทรมาลายูมีพราหมณ์อาศัยอยู่ไม่ต่ำกว่าหนึ่งพันคน(ประทุม ชุ่มเพ็งพันธ์,  2547, 24)

             ส่วนศาสนาอิสลามนั้นเชื่อว่าได้เจริญรุ่งเรืองในดินแดนแหลมมาลายูเพราะมีชาวอาหรับและอินเดียที่นับถือนำมาเผยแพร่ควบคู่กับการเริ่มเสื่อมอำนาจลงของอาณาจักรศรีวิชัย (ราวพุทธศตวรรษที่ 12-18) (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 55) 

               อย่างไรก็ตาม  ก่อนหน้านั้นตามหลักฐานจดหมายเหตุของจีนรัชสมัยราชวงศ์เหลียง (พ.ศ.1045-1099) และจดหมายเหตุมาลายูและชวา ได้บันทึกชื่อเมืองๆหนึ่งไว้ว่า ลังกาสุกะ ซึ่งมีอาณาเขตด้านตะวันออกจรดอ่าวไทย(แถบปัตตานี) และตะวันตกจรดอ่าวเบงกอล (ด้านเหนือแคว้นไทรบุรีหรือเคดะห์) กษัตริย์เมืองนี้นุ่งโสร่ง ทำด้วยผ้าฝ้ายกันมัน ไม่สวมรองเท้า ประชาชนซอยผมสั้นและนุ่งโสร่งเช่นเดียวกัน ทั้งเคยเป็นเมืองประเทศราชของอาณาจักรศรีวิชัยในช่วงพุทธศตวรรษที่ 14-15 และในเอกสารโบราณภาษายาวีเรื่อง TARIKH PETANI (ประวัติศาสตร์ปัตตานี) ของมาเลเซียได้กล่าวถึงอาณาจักรแห่งนี้ว่า ลังกาสุกะได้สร้างเมืองมาแต่ก่อนคริสตกาล ดินแดนมหาสมุทรมาลายูนั้นเป็นที่ตั้งของอาณาจักรลังกาสุกะ ซึ่งมีชาวอินเดียเข้ามาทำการค้าขายและเผยแพร่ศาสนาฮินดูโดยมีพราหมณ์มาจากอินเดีย และเนื่องจากทะเลนั้นเป็นที่ตั้งของอ่าวจึงทำให้ลังกาสุกะเป็นเมืองท่าที่สำคัญกลายเป็นศูนย์กลางการค้าของชาวจีน เขมร อินเดีย อาหรับเปอร์เซีย จากการสันนิษฐานและข้อสรุปทางวิชาการของเมืองลังกาสุกะนั้นเห็นว่าน่าจะมีความเป็นบ้านเมืองและมีความเจริญอยู่ในช่วงประมาณพุทธศตวรรษที่ 7-18 หรือประมาณ 1,800 ปีที่ผ่านมาแล้ว (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 76)

               การพบโบราณสถานและโบราณวัตถุในดินแดนแถบเมืองลังกาสุกะทำให้นักโบราณคดียอมรับกันว่าลังกาสุกะเป็นอาณาจักรที่ได้รับอิทธิพลอารยธรรมอินเดียโบราณมาก่อนที่ศาสนาอิสลามจะมีความเจริญรุ่งเรืองภายหลังและนั่นอาจกล่าวได้ว่าเป็นระยะแรกๆของเมืองปัตตานี แต่นักวิชาการบางท่านเห็นว่าเมืองปัตตานีมีประวัติศาสตร์การพัฒนาและเปลี่ยนแปลงตามกลไกการเมืองของภูมิภาค จากนครรัฐลังกาสุกะที่ยึดถือฮินดูพราหมณ์และพุทธ (ประมาณ พ.ศ.700-2000) ต่อมาเป็นนครรัฐอิสลามปาตานีดารุสซาลาม(พ.ศ.2043-2353)และมาแพ้สงครามประเพณีกับสยามเมื่อ พ.ศ.2329 โดยใช้เวลาพัฒนาการกว่า 2,000 ปี จนเป็นส่วนหนึ่งของประเทศไทยอย่างสมบูรณ์ตั้งแต่ปี พ.ศ.2445 (อัฮหมัดสมบูรณ์ บัวหลวง, 2547, 1)

               เมืองลังกาสุกะนั้นมีตำนานเล่าว่าพระเจ้ามะโรงมหาวงศ์ทรงสร้างเมืองนี้ขึ้นบนฝั่งตะวันตกที่เมืองไทรบุรี(เคดะห์)ต่อมาพระนัดดาของพระองค์ได้สร้างเมืองลังกาสุกะขึ้นที่เมืองโบราณยะรัง (เมืองประแว) ครั้นในพุทธศตวรรษที่ 19 เมืองลังกาสุกะเริ่มเสื่อมลงจึงมีการย้ายเมืองไปตั้งใหม่ที่ปากน้ำปัตตานีที่บ้านจะบังติกอ (บริเวณที่ตั้งมัสยิดกรือเซะ ตำบลตันหยงลุโละ ห่างเมืองโบราณยะรัง 15 กิโลเมตร) ทั้งในขณะนั้นมีการผสมกลมกลืนทางชาติพันธุ์และอารยธรรมระหว่างชาวพื้นเมืองกับชาวอินเดีย จีนและชาวอาหรับ (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 159-161)

               ส่วนความรุ่งเรืองของศาสนาอิสลามเชื่อตามตำนานกันว่าน่าเป็นผลมาจากการที่พระยาอินทิราซึ่งในบางตำราว่าชื่อพญาตูนักปา (พ.ศ.2043-2073) (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 178) หรือพญาท้าวนภา (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 5) เจ้าครองเมืองปัตตานีผู้สืบเชื้อสายมาจากพระเจ้ามะโรงมหาวงศ์ผู้สร้างเมืองลังกาสุกะที่บริเวณฝั่งตะวันออกของเคดะห์นั้นได้เปลี่ยนการนับถือศาสนาพุทธมานับถือศาสนาอิสลามตามเงื่อนไขที่เช็ค ซะอีด หมอพื้นบ้านและนักเผยแพร่ศาสนาจากเกาะสุมาตรายื่นเงื่อนไขเมื่อครั้งรักษาอาการป่วยให้ (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 5) โดยเจ้าผู้ครองเมืองปัตตานีถึงกับยอมเปลี่ยนพระนามของพระองค์เป็นพระเจ้าอิสมาแอล ซาห์ จึงเป็นเหตุหนึ่งที่ทำให้ประชาชนต่างพากันหันมานับถือศาสนาอิสลามตามกษัตริย์ของตนมากขึ้น ทำให้ครอบครัวมุสลิมจากกลันตัน ตรังกานู ไทรบุรี (เคดะห์) พากันเข้ามาตั้งบ้านเรือนอยู่ในเมืองปัตตานีแห่งใหม่ จนในที่สุดเมืองแห่งนี้ได้กลายเป็นชุมชนอิสลามเช่น เดียวกับเมืองที่พากันอพยพมา ส่วนประชาชนที่นับถือพุทธศาสนานั้นยังคงมีอยู่ตามชนบทและลดน้อยลง (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547,162-163)  

               ดร.วันอับดุลการ์เดร์ เจ๊ะมาน ประธานเบอร์ซาตู บันทึกกรณีนี้ไว้ว่าอาณาจักรปัตตานีได้สถาปนาเป็นราชอาณาจักรสุลต่าน เป็นรัฐอิสลามอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน ค.ศ.1457 (พ.ศ.2000) เริ่มต้นพิธีการรับศาสนาของเจ้าเมือง Tu Antara โดย Sheikh Said จาก Pasai หลังรับนับถือศาสนาอิสลามเจ้าเมืองได้เปลี่ยนพระนามเป็น Sultan Ismail Shah หลังจากนั้นไม่นานวงศานุวงศ์ขุนนางราชการในวังและประชาชนส่วนใหญ่ได้หันมานับถือศาสนาอิสลาม โดยอาณาจักรปัตตานีปกครองโดยสุลต่านและเจ้าเมืองจำนวน 16 คน และมีการครองบัลลังก์ 17 คน ในระหว่างปี ค.ศ.1457-1729 (พ.ศ.2000-2272) โดยมีความเจริญรุ่งเรืองด้านศาสนาเป็นที่รู้จักในฐานะเป็นศูนย์กลางสถาบันทางศาสนา เช่น มัสยิด มัดราเซาะฮ์และศาล เป็นที่พักพิงของนักลงทุนและนักธุรกิจของทุกเชื้อชาติ โดยเฉพาะชาวจีน อินเดีย ญี่ปุ่นและจากยุโรป เป็นศูนย์กลางการซื้อขาย  อาคารบ้านเรือนได้ถูกสร้างขึ้นตามตำนานกล่าวว่าแมวสามารถเดินไปเดินมาบนหลังคาบ้านได้โดยไม่ต้องเหยียบพื้นดินในเมืองปัตตานี อาณาจักรปัตตานีไม่เพียงแต่มีความร่ำรวยและอุดมสมบูรณ์เท่านั้นแต่ยังเต็มไปด้วยนักวิชาการศาสนาและสถานที่ศึกษาที่มีชื่อเสียงและเป็นประโยชน์ในโลกมลายูที่ยิ่งใหญ่ จึงกล่าวได้ว่าอาณาจักรปัตตานีเป็นที่รู้จักเสมือนเป็นระเบียงของเมกกะฮ์ (ดร.วัน อับดุลการ์เดร์ เจ๊มาน ใน เปิดโปงจุดไฟใต้ตั้งรัฐปัตตานี ,2547, 21-23)

               อย่างไรก็ตามเมืองลังกาสุกะจนถึงปัตตานีรวมทั้งเมืองอื่นๆ ในช่วงเวลาก่อนความเป็นปึกแผ่นของรัฐชาติสมัยใหม่หรือในยุคต้นๆ นั้นย่อมเป็นธรรมดาที่จะต้องมีความสัมพันธ์ในรูปแบบต่างๆ ทั้งเชิงบวกและลบกับอาณาจักรหรือเมืองใกล้เคียงอื่นๆ รวมทั้งการติดต่อค้าขายกับชาวตะวันออก เช่น ญี่ปุ่น จีน และพ่อค้าจากตะวันตก เช่น โปรตุเกส เนเธอร์แลนด์และอังกฤษในระยะต่อมา (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 5) จึงทำให้มีข้อสังเกตว่าพลเมืองในดินแดนแถบแหลมมาลายูรวมทั้งปัตตานีนี้จากอดีตกาลจนถึงปัจจุบันมีพัฒนาการที่ต่อเนื่องยาวนานและมีการผสมกลมกลืนของผู้คนหลายชาติพันธุ์ ทั้งได้สัมผัสกับความหลากหลายทางอารยธรรมมาแต่ครั้งโบราณ และที่สำคัญได้อยู่ร่วมกันท่ามกลางความแตกต่างและหลากหลายมาเป็นเวลาช้านานนับพันปีแล้ว

        อาณาจักรสุโขทัย จนถึงอยุธยา ธนบุรี กับดินแดนปัตตานี

                จากบันทึกทางประวัติศาสตร์พบว่าอาณาจักรสุโขทัยได้แผ่อำนาจลงมายังหัวเมืองต่างๆ ล่วงตลอดแหลมมาลายูโดยมีนครศรีธรรมราชเป็นหัวเมืองสำคัญ อย่างไรก็ตามนักวิชาการมุสลิมบางท่านเชื่อว่าในอดีตเมืองปัตตานีเป็นอาณาจักรโบราณที่รุ่งเรืองและมีประวัติศาสตร์ของตนเองที่ยาวนานเก่าแก่กว่าบางอาณาจักรหรือบางรัฐบนคาบสมุทรมาลายู เช่น มะลากา ยะโฮร์ สลังงอหรือแม้แต่สุโขทัยเสียด้วยซ้ำไป ทั้งเชื่อกันว่าลังกาสุกะมีที่ตั้งอยู่ในบริเวณหมู่บ้านจือแร อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานีในปัจจุบัน และการแผ่อำนาจอิทธิพลของอาณาจักรศรีวิชัยทำให้ลังกาสุกะที่เคยเป็นฮินดูมาก่อนต้องเปลี่ยนมานับถือศาสนาพุทธแทนในปี ค.ศ.775 หรือ พ.ศ.1318 (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 3-4)  อย่างไรก็ตามความสัมพันธ์ในลักษณะต่างๆ ระหว่างอาณาจักรสุโขทัยกับปัตตานีไม่สู้จะปรากฏบันทึกหลักฐานไว้ให้ศึกษากันมากนักเว้นแต่ข้อสันนิษฐานว่าการแผ่อำนาจของแคว้นสุโขทัยมีลงมาถึงหัวเมืองทางตอนใต้ไปจรดเมืองยะโฮร์และเมืองมะละกา  แคว้นสุโขทัยได้แต่งตั้งให้เมืองนครศรีธรรมราชเป็นเมืองประเทศราชและให้ดูแลเมืองต่างๆ ในแหลมมาลายู เช่น เมืองปัตตานี เมืองไทรบุรี จึงเป็นเหตุหนึ่งที่ทำให้ชาวสยามในสมัยสุโขทัยพากันเดินทางไปตั้งถิ่นฐานอยู่ตามหัวเมืองต่างๆ  ในแหลมมาลายูโดยเฉพาะที่เมืองไทรบุรี (เคดาห์) มีชาวสยามไปอยู่และพากันนับถือศาสนาอิสลามตามชาวเมืองไปด้วย (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547,178)  จนกระทั่งสมัยกรุงศรีอยุธยา เมืองปัตตานียังคงมีฐานะเป็นเมืองประเทศราชและเป็นหัวเมืองฝ่ายใต้ ครั้นเมื่อชาวโปรตุเกสได้เข้ายึดครองเมืองมะละกาได้เมื่อ พ.ศ.2054  โปรตุเกสได้ขยายอำนาจทางการค้ามาทางเหนือและพระรามาธิบดีที่ 2 (พ.ศ.2034-2072) ก็ทรงยินยอมให้โปรตุเกสเข้ามาตั้งสถานีการค้าตามหัวเมืองชายทะเล เช่น เมืองนครศรีธรรมราช มะริด เมืองตะนาวศรีและเมืองปัตตานีซึ่งเป็นเมืองประเทศราชในขณะนั้น (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547,168-169) ขณะเดียวกันก็มีชาวต่างชาติเข้ามาค้าขายกับเมืองปัตตานีมากขึ้นเป็นลำดับ อาทิกับพ่อค้าชาวญี่ปุ่นแต่เมื่อปี พ.ศ.2081 จนกระทั่งในปี พ.ศ.2127 รายาฮิเญา ได้ครองเมืองปัตตานีซึ่งตรงกับสมัยกรุงศรีอยุธยา ((พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 204) โดยในปี พ.ศ.2135 ญี่ปุ่นได้ส่งเรือนำพระราชสาส์นและเครื่องบรรณาการจากโชกุนเดินทางมายังเมืองปัตตานีเพื่อติดต่อขออนุญาตตั้งสถานีการค้าขึ้น (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 206) กระทั่งมีการส่งราชทูตไปเชื่อมสัมพันธไมตรีกับญี่ปุ่นถึง 2 ครั้งใน พ.ศ.2142 และ พ.ศ.2149 (พลาดิสัย สิทธิ-ธัญกิจ, 2547, 207) นอกจากนั้นในสมัยรายาฮิเญาดังกล่าวได้มีนายจาคอบ แวน เน็ค (JACOB VAN NECK) กัปตันชาวฮอลันดาผู้ควบคุมเรือสินค้าได้นำเรือ 2 ลำ คือเรืออัมเตอร์ดัม (AMSTERDAM) และเรือกัวตา (GOUDA) เดินทางมาถึงเมืองปัตตานีเมื่อวันที่ 7 พฤศจิกายน พ.ศ. 2144  ซึ่งขณะนั้นชาวฮอลันดามักถูกกีดกันทางการค้าจากพ่อค้าชาติต่างๆ เช่น โปรตุเกส ญี่ปุ่นและจีนที่เข้ามาค้าขายอยู่ก่อนแล้ว แต่นายจาคอบ แวน เน็ค กลับได้รับอนุญาตจากนางพระยารายาฮิเญาให้ตั้งสถานีการค้าที่เมืองปัตตานีได้ ทำให้เมืองปัตตานีเป็นสาขาที่ทำการติดต่อค้าขายกับสำนักงานใหญ่ของบริษัท THE NATHERLAND UNITED EAST INDIA CO (V.O.C.)(พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 205) หรือการค้าขายระหว่างเมืองปัตตานีกับชาวสเปนในปี พ.ศ.2148  และที่ปรากฏในจดหมายเหตุของนายปีเตอร์ ฟลอริส (PETER FLORIS) พ่อค้าชาวอังกฤษที่เดินทางมากับเรือบันทึกไว้ว่าเมื่อวันที่ 5 มกราคม ค.ศ.1611(พ.ศ.2154) เรือเดอะโกลบ (THE GLOBE) ได้ออกจากท่าเรือในกรุงลอนดอนภายใต้การนำของกัปตันแอนโธนี ฮิปปอน (ANTRONY HIPPON) ทำการขนสินค้ามามากมายได้เดินทางมาถึงเมืองปัตตานีเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน ค.ศ.1611 (พ.ศ.2154)หลังจากนั้นใช้เวลา 1 เดือนอังกฤษก็สามารถสร้างโรงพักสินค้าในปัตตานีได้ (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547,207) เหล่านี้ล้วนแสดงให้เห็นถึงศักยภาพทางเศรษฐกิจและการค้าที่เมืองปัตตานีมีต่อพ่อค้าชาวต่างชาติอันตรงกับสมัยกรุงศรีอยุธยา แต่อย่างไรก็ตามก่อนสมัยนางพระยาปาตานี รายาฮิเญา จะครองเมืองปัตตานี ได้เกิดเหตุการณ์ในปี พ.ศ.2106 สุลต่านมุช็อฟฟาร์ซึ่งเป็นพระโอรสของสุลต่านอิสมาแอล ซาห์พร้อมอนุชาสุลต่านมันซูร ซาห์ และทหารรวมทั้งเรือจำนวน 200 ลำ ยกทัพโจมตีกรุงศรีอยุธยาและยึดบริเวณพระราชวัง แต่ต่อมาถูกตีกลับและเป็นเหตุให้สุลต่านมุช็อฟฟาร์สิ้นพระชนม์ (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 7)  แต่บางตำราว่าเมื่อปี พ.ศ.2092 พระยาตานีศรีสุลต่านเจ้าผู้ครองนครปัตตานีได้ใช้กองทัพเรือคือเรือหย่าหยับ 200 ลำที่ขึ้นไปช่วยกรุงศรีอยุธยารบกับพม่านั้นเข้าปล้นพระราชวังด้วยเห็นว่าไทยจะเสียทีแก่ข้าศึก จนสมเด็จพระมหาจักรพรรดิต้องหนีไปหลบอยู่บนเกาะมหาพราหมณ์ แต่ภายหลังกองทัพไทยได้นำกำลังเข้าตีกองทัพเมืองปัตตานีจนแตกพ่ายจึงกลับคืนพระราชวังได้ (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 170-171) ทั้งในระยะต่อมาปัตตานีสามารถป้องกันการโจมตีของกองทัพกรุงศรีอยุธยา ถึง 4 ครั้งด้วยกันคือ ปี พ.ศ.2146 ,2175 ,2177 และ 2181 (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 7) โดยเฉพาะในปี พ.ศ.2146 สมเด็จพระนเรศวรมหาราชนำกองทัพเข้าตีเมืองปัตตานี แต่เมืองปัตตานีขณะนั้นได้รับการช่วยเหลือจากพ่อค้าชาวยุโรปที่มีทั้งอาวุธและทรัพย์สินจึงป้องกันเมืองได้ (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 171)  จนกระทั่งในรัชสมัยของพระเจ้าตากสินมหาราช พ.ศ.2322 สุลต่านมุฮัมหมัดปฏิเสธคำขอให้ช่วยรบในสงครามเก้าทัพกับพม่า  ทำให้ในปี พ.ศ.2328 ในรัชสมัยพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงโปรดเกล้าให้กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทนำกำลังพลสมทบกับเจ้าเมืองพัทลุง ปลัดจะนะและเจ้าเมืองสงขลาเข้ายึดครองปัตตานีทำให้ปัตตานีตกอยู่ภายใต้การปกครองของกรุงเทพฯในฐานะประเทศราชอย่างสมบูรณ์ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 8)

                เหตุการณ์ครั้งนั้นปรากฎดังบันทึกในประชุมพงศาวดารภาคที่ 3 ของกรมพระยาดำรงราชานุภาพว่า เมื่อตีกองทัพพม่าแตกไปหมดแล้วกรมพระราชวังบวรฯ เสด็จไปประทับอยู่ที่เมืองสงขลา มีรับสั่งออกไปถึงบรรดาหัวเมืองแขกมะลายูซึ่งเคยขึ้นกรุงศรีอยุธยาให้มาอ่อนน้อมดังแต่ก่อน พระยาไทรบุรี พระยาตรังกานูยอมอ่อนน้อมโดยดีแต่พระยาปัตตานีขัดแข็งไม่มาอ่อนน้อม... ดังนั้น กองทัพเรือของกรุงรัตนโกสินทร์จึงลอยลำเข้ามาปิดอ่าวปัตตานี พร้อมทั้งกำลังทางบกในเดือนกรกฎาคม 2329 บันทึกประวัติศาสตร์ตระกูลสุลัยมาน(สงขลา) กล่าวถึงเหตุการณ์ตอนนี้ว่า ...เมื่อแล่นไปถึงประตูเมืองแล้วพระยาราชบังสันก็ส่งคนไปเจรจากับสุลต่านปัตตานีขอให้ยอมจำนนเสียแต่โดยดี แต่สุลต่านปัตตานีไม่ยอมรับรู้และไม่ยอมเจรจาด้วย พระยาราชบังสันจึงสั่งให้ทหารยิงปืนใหญ่จากเรือเพื่อถล่มทลายประตูเมืองและกำแพงเมือง กระสุนปืนใหญ่หลายนัดได้เข้าไปตกในเมือง... ผลของสงครามครั้งนั้นทำให้ปัตตานีตกอยู่ภายใต้อำนาจการปกครองของสยามอย่างแท้จริงนับแต่นั้นเป็นต้นมาและพระยาปัตตานี(สุลต่านมูฮัมหมัด) เสียชีวิตในสนามรบพร้อมทหารเป็นจำนวนมาก ในขณะที่พระราชวัง มัสยิดและบ้านเรือนถูกเผาทำลาย ประชาชนได้รับบาดเจ็บล้มตายอีกไม่น้อย ส่วนที่เหลือรอดชีวิตก็หลบหนีไปยังบ้านเมืองใกล้เคียงและชาวปัตตานีราว 4,000 คนได้ถูกกองทัพกรุงรัตนโกสินทร์กวาดต้อนเป็นเชลยเข้ากรุงเทพฯ พร้อมกับลำเลียงปืนใหญ่ศรีปาตานีปืนคู่เมืองปัตตานีเข้ามาด้วยเพื่อเป็นการตัดทอนกำลัง ซึ่งปืนใหญ่ดังกล่าวปัจจุบันยังตั้งอยู่ที่หน้ากระทรวงกลาโหม (คอยลิน อันวาร์และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี2547, 186-187)

        รัชสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น

                 สมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงโปรดเกล้าแต่งตั้งให้ตนกูลามีดินซึ่งเป็นขุนนางเชื้อพระวงศ์จากบือแน บาดัง (ปัจจุบันอยู่ในพื้นที่ อ.ยะรัง จว.ปัตตานี) ดำรงตำแหน่งเจ้าเมืองปัตตานี (พ.ศ.2330-2334) และต้องส่งดอกไม้เงินดอกไม้ทองเป็นบรรณาการทุกๆ 3 ปี  แต่ครั้นในปี พ.ศ.2332 ตนกูลามีดินได้แอบส่งสาส์นลับพร้อมของกำนัลมีปืนสั้นมีลวดลายเคลือบทอง 2 กระบอก ดาบด้ามทอง  2 เล่ม และแหวนเพชร 1 วง (คอยลิน อันวาร์และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 18-19) ไปยังกษัตริย์ญาลองหรือองเชียงสือ เจ้าแห่งเวียดนามเพื่อขอให้เวียดนามโจมตีสยามทางด้านตะวันออก ส่วนปัตตานีก็จะกรีฑาทัพโจมตีทางตอนใต้แต่องค์เชียงสือได้นำสาส์นไปกราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช จึงโปรดให้พระยากลาโหมนำกองทัพลงไปปราบปรามปัตตานี ...ได้ทรงทราบแล้วทรงพระราชดำริว่ารายาผู้เป็นเจ้าเมืองตานีมีใจกำเริบโอหังนัก ไม่เจียมตัวว่าเป็นเมืองน้อย คิดองอาจจะมาตีเมืองใหญ่จะละไว้มิได้ จะไปเที่ยวชักชวนเมืองแขกทั้งปวงพลอยเป็นกบฏขึ้นหมด...   (พงศาวดารรัชกาลที่ 1 ฉบับเจ้าพระยาทิพา-กรณ์วงศ์ ใน คอยลิน อันวาร์และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 19) ในขณะที่ตนกูลามีดินได้ยกทัพยึดเมืองจะนะและเทพา จากนั้นได้มุ่งเข้าตีเมืองสงขลาจนถอยร่นไปถึงเมืองพัทลุง อย่างไรก็ตามกองทัพปัตตานีสู้รบกับกองทัพสยาม สงขลา นครศรีธรรมราชและพัทลุงยืดเยื้อนาน ถึง 3 ปี    ในที่สุดตนกูลามีดินถูกจับประหารชีวิตบริเวณเขารูปช้าง ซึ่งปัจจุบันอยู่ในเขต อ.เมือง จว.สงขลา (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 9-10) อย่างไรก็ตามความขัดแย้งและต่อสู้ระหว่างขุนนางปัตตานีเดิมกับบุคคลที่ได้รับแต่งตั้งให้ควบคุมกำกับดูแลซึ่งได้รับโปรดเกล้าแต่งตั้งในแต่ละช่วงเวลานั้นเกิดขึ้นอยู่เนืองๆ จนกระทั่งได้โปรดเกล้าให้แยกเมืองปัตตานีออกเป็น 7 หัวเมือง ได้แก่ เมืองปัตตานี เมืองยะหริ่ง เมืองหนองจิก เมืองรามัน เมืองยะลา เมืองสายบุรี และเมืองระแงะ ซึ่งนักวิชาการมุสลิมมองว่าเป็นการใช้นโยบาย แบ่งแยกแล้วปกครอง นั่นเอง (คอยริน อันวาร์ และมันโซร์ สาและ, 2547, 13) ทั้งนี้เป็นผลสืบเนื่องมาจากการก่อกบฏหลายครั้งของเจ้าเมืองปัตตานีตั้งแต่ พ.ศ.2332 เป็นต้นมา (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 87)           

            ภายหลังสงครามในปี พ.ศ.2332 สยามได้แต่งตั้งให้ดาโต๊ะ ปังกาลัน อดีตขุนนางเป็นเจ้าเมืองปัตตานีพร้อมแต่งตั้งพระจะนะซึ่งเป็นชาวพุทธ (ลักษมานาดายัน) จากสงขลาเป็นผู้ว่าการ เมืองปัตตานีอีกคนหนึ่งเพื่อคานอำนาจกับเจ้าเมืองปัตตานี ไม่นานก็เกิดปัญหาขัดแย้งกันโดย เฉพาะเกี่ยวกับกฎระเบียบปฏิบัติและราชประเพณี จนถึง พ.ศ.2351 ดาโต๊ะ ปังกาลันและชาวเมืองร่วมกันขับไล่ชาวสยามออกจากปัตตานี จึงทำให้เจ้าเมืองนครศรีธรรมราชต้องจัดทัพสมทบกับเจ้าพระยาพลเทพ (บุนนาค) สู้รบกับปัตตานี ในที่สุดฝ่ายปัตตานียอมแพ้ ดาโต๊ะ ปังกาลันหลบหนีหายไป (อิบรอฮีม ซุกรี ประวัติศาสตร์ราชอาณาจักรมลายูปัตตานี ใน คอยลิน อันวาร์และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 20-21)

            ในรัชสมัยพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ 2 การติดต่อค้าขายกับพ่อค้าชาวต่างชาติยังคงมีอยู่ทั่วไปในดินแดนแหลมมาลายูและได้ส่งผลกระทบต่อนโยบายการเมืองการปกครองในดินแดนปลายแหลมมาลายูในภายหลัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการที่อังกฤษมีอิทธิพลทางการค้าในแถบทวีปเอเชียภายหลังมีชัยในการสู้รบในทวีปยุโรปทำให้ได้เมืองขึ้นของฝรั่งเศสและฮอลันดาที่อยู่ในแถบเอเชียไปเป็นของอังกฤษด้วย ทำให้อังกฤษเป็นชาติที่มีอำนาจมากทางโลกตะวันออกโดยรัฐบาลอังกฤษได้มอบให้บริษัทอีสต์อินเดียที่ทำการลงทุนค้าขายในอินเดียและขยายอิทธิพลของอังกฤษในอินเดียอำนวยการปกครองแทนรัฐบาลอังกฤษโดยตั้งผู้สำเร็จราชการเป็นประธานบัญชาการตามอนุมัติของบริษัท และเมื่ออังกฤษโดยบริษัทอีสต์อินเดียปกครองอาณาเขตมากขึ้นจึงคิดขยายการค้าให้กว้างขวางโดยแสวงหาหลักแหล่งสำหรับทำการค้าตามเส้นทางระหว่างอินเดียกับจีน โดยอังกฤษได้เข้ามาขอเช่าเกาะหมาก(ปีนัง)จากเจ้าเมืองไทรบุรีแล้วขอเช่าสิงคโปร์จากสุลต่านเมืองมัวเป็นสถานีอีกแห่งหนึ่ง  กอปรกับเมื่อพม่าคิดจะยกทัพใหญ่มาตีกรุงเทพฯ ในรัชสมัยรัชกาลที่ 2 และรู้ว่าเจ้าพระยาไทรปะแงรังเป็นอริกับเจ้าพระยานคร(น้อย)เจ้าเมืองนครศรี -ธรรมราชซึ่งปกครองดูแลหัวเมืองมาลายูทั้งหมด พม่าจึงเกลี้ยกล่อมพระยาไทรฯไปเป็นพวกและรับปากจะช่วยยกทัพตีเอาเมืองนครศรีธรรมราชพร้อมกับที่พม่าจะยกทัพเข้ามาตีเอากรุงเทพฯ แต่ความนี้ล่วงรู้ถึงพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยเสียก่อน จึงโปรดให้เจ้าพระยานครฯยกกองทัพลงไปตีเอาเมืองไทรบุรีในปี พ.ศ.2364 พระยาไทรฯสู้ไม่ได้จึงหนีไปอาศัยกับพวกอังกฤษที่เมืองปีนัง ไทยจึงเข้าปกครองเมืองไทรบุรีอีกครั้ง แต่ต่อมาพระยาไทรฯลอบปล้นสะดมชาวไทยที่ไปปกครองทำให้ไทยว่ากล่าวอังกฤษแต่อังกฤษโดย จอห์น ครอว์ฟอร์ด นักการทูตจากปีนัง (คอย-ลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 22) กลับขอให้ไทยคืนเมืองไทรบุรีให้กับพระยาไทรฯ ทำให้ไทยกับอังกฤษเกิดบาดหมางถึงกับจะเปิดการสู้รบกันแต่อังกฤษได้สู้รบกับพม่าเสีย ก่อนเมื่อ พ.ศ.2367 อังกฤษจึงต้องผูกสัมพันธไมตรีกับไทย ดังนั้น ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นก่อนที่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 3 จะเสด็จขึ้นครองราชย์เหตุที่สงครามอังกฤษ-พม่ายืดเยื้อจนถึง พ.ศ.2368 ซึ่งที่สุดพม่ายอมแพ้และทำสนธิสัญญาสันติภาพสนธิสัญญายันดาโบ (THE TREATY OF YANDABO)ในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2368  ผลของสนธิสัญญาทำให้พม่าต้องเสียยะไข่ ตะนาวศรี อัสสัมและมณีปุระพร้อมค่าปฏิมากรรมสงครามให้อังกฤษเป็นเงินรูปี จำนวน 1 ล้านปอนด์สเตอร์ลิงพร้อมกับให้สัญญาว่าจะไม่มารุกรานอาณาจักรสยามด้วย ต่อมาในปี พ.ศ.2369 อังกฤษได้ติดต่อเป็นไมตรีกับไทยโดยทำสัญญาฉบับแรกขึ้นซึ่งมีสาระสำคัญว่า

            1.อังกฤษรับที่จะเอาตัวพระยาไทรบุรีไปไว้เสียที่เมืองอื่นไม่ให้มารบกวนไทยที่เมืองไทรบุรี

            2.ไทยรับว่าจะไม่รบพุ่งแผ่อาณาเขตจากเมืองไทรบุรีต่อลงไปทางเมืองแประ (เประ) และ

เมืองสะลางอ (เซลังงอ)

            3.อังกฤษกับไทยได้สัญญากันว่าต่างจะไม่เข้าไปเกี่ยวข้องการภายในบ้านเมืองกะลันตัน(กลันตัน) และเมืองตรังกานูซึ่งได้ยอมสวามิภักดิ์ขึ้นกับไทยเมื่อครั้งต้นรัชกาล

            4.ไทยยอมให้เรือกำปั่นของอังกฤษเข้ามาค้าขายในกรุงเทพได้โดยเสียค่าจังกอบตามขนาดปากเรือ แทนการเสียภาษีอากรสินค้า

                ผลการทำสัญญาและมีประโยชน์ร่วมกันทั้งในเรื่องสงครามกับพม่าและดินแดนแถบมาลายูทำให้ทั้งสองประเทศต่างรักษาสัมพันธไมตรีท่ามกลางผลประโยชน์ร่วมกันเรื่อยมา  แต่ประธานเบอร์ซาตูได้ให้ความเห็นกรณีเรื่องนี้ว่าประเทศไทยเปรียบเสมือนเป็น รัฐกันชน (Buffer State) ให้แก่อังกฤษ อันส่งผลให้อาณาจักรปัตตานีและสี่รัฐมลายู (กลันตัน  เคดาห์ (ไทรบุรี) เปอร์ลิสและตรังกานู) กลายเป็นส่วนหนึ่งของประเทศไทยเป็นการตอบแทนจากอังกฤษ (วันอับดุลการ์เดร์ เจ๊ะมาน, 2547, 24) จนกระทั่งในปี พ.ศ.2375 พระบาทสมเด็จพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงยินยอมเป็นไมตรีและทำหนังสือสัญญาให้อเมริกาซึ่งเข้ามาทำการค้าขายได้เช่นเดียวกับอังกฤษ  อย่างไรก็ตามใน พ.ศ.2395-2396 อังกฤษได้ทำสงครามกับพม่าอีกทำให้พม่าต้องเสียเมืองร่างกุ้งและเมืองหงสาวดี ดังนั้นในปี พ.ศ.2405 อังกฤษจึงได้รวมดินแดนของพม่าจากชัยชนะทั้งสองครั้งให้อยู่ในอำนาจของอังกฤษทั้งหมด ยกเว้นตอนเหนือที่พระเจ้าธีบอ กษัตริย์พม่ายังปกครองประเทศอยู่ จนกระทั่งปี พ.ศ.2428 พม่าได้สูญเสียเอกราชและดินแดนทั้งหมดทำให้ถูกรวมเป็นส่วนหนึ่งในการปกครองของอังกฤษ

                ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวเหตุการณ์ในหัวเมืองทางใต้ยังคงมีอยู่โดยพระยาปัตตานี(ตวันสุหลง)พี่ พระยาหนองจิก(ตวันกะจิ)น้อง พระยายะลา(ตวันบางกอก) พระยาระแงะ(หนิเดะ) ร่วมเป็นกบฏเข้าโจมตีบ้านพระยายะหริ่ง(พ่าย) แล้วเลยเข้าไปตีเมืองจะนะ และเมืองเทพา จึงโปรดให้พระยาเพชรบุรีสมทบกับกองทัพพระยาสงขลายกออกตีเมืองต่างๆ ตั้งแต่เมืองจะนะ เมืองเทพา ถึงเมืองระแงะจับตัวพระยาปัตตานี พระยายะลา พระยาหนองจิกและประหารชีวิตเสีย ส่วนพระยาระแงะหนีรอดไปได้ (พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ, 2547, 140) นอกจากนั้นในสมัยรัชกาลที่ 3 ดังกล่าวเมืองไทรบุรีก็ได้ก่อความยุ่งยากแก่ไทยเช่นเดียวกับเมืองปัตตานี ไทยจึงใช้นโยบายแบ่งแยกและปครองกับเมืองไทรบุรีด้วยการแบ่งไทรบุรีออกเป็น 4 หัวเมือง คือ เมืองปะลิส สตูล ไทรบุรีและกะบังปารู แต่ละเมืองต่างเป็นอิสระต่อกัน เจ้าเมืองมีบรรดาศักดิ์เป็นพระยาโดยได้รับการสนับสนุนขึ้นตรงกับเมืองนครศรีธรรมราชและทรงใช้นโยบายผ่อนปรนต่อหัวเมืองดังกล่าวโดยเฉพาะไทรบุรี ส่งผลให้หัวเมืองมลายูไม่ก่อให้เกิดปัญหาทางการเมืองขึ้นในระหว่างนั้น แม้ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 4 ไทยก็ยังคงดำเนินนโยบายตามแบบเดิมและแม้ว่าหัวเมืองมลายูที่ขึ้นอยู่กับไทยจะมีฐานะด้อยกว่าหัวเมืองประเทศราชอื่นๆ แต่ก็มีอิสระในการดำเนินงานภายในบ้านเมืองของตนมากกว่าหัวเมืองธรรมดาอื่นๆ ของไทย ทั้งนี้อาจเป็นเพราะระยะทางที่ห่างไกลจากเมืองหลวงมากและปัญหาความยากลำบากในเรื่องการคมนาคมเป็นสาเหตุสำคัญประการหนึ่ง (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 87-88) แต่ก็เริ่มมีการว่าจ้างที่ปรึกษาชาวยุโรปเข้ามารับราชการในราชสำนักในรัชกาลที่ 4 เป็นจำนวนมาก มีการส่งเจ้านายชั้นสูงไปเรียนต่อที่ยุโรป ทั้งเตรียมมีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงรูปแบบการปกครองตามแบบตะวันตก (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 23)

       รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้ามหาราช และพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว 

                ในสมัยรัชกาลที่ 5 เมื่ออังกฤษและฝรั่งเศสขยายอำนาจเข้ามาประชิดพรมแดนไทยทั้งทางด้านพม่า มลายูและอินโดนีเซีย ทั้งมีท่าทีคุกคามอำนาจอธิปไตยของไทยส่งผลให้ไทยต้องทำการปฏิรูปการปกครองหัวเมืองโดยระบบเทศาภิบาล เฉพาะอย่างยิ่งในหัวเมืองมลายูที่อยู่ใกล้เคียงกับเขตอิทธิพลของอังกฤษนั้น ในระหว่าง พ.ศ.2435-2442 กระทรวงมหาดไทยได้จัดให้กลันตันและตรังกานูไปอยู่ในความดูแลของข้าหลวงเทศาภิบาลมณฑลภูเก็ต  หัวเมืองทั้งเจ็ดอยู่ในความรับผิดชอบของมณฑลนครศรีธรรมราช ส่วนไทรบุรี ปะลิสและสตูลนั้นให้รวมกันเป็นมณฑลไทรบุรี (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 88) อีกทั้งสถานการณ์ในคาบสมุทรมลายูที่อังกฤษเข้ามายึดครองเมืองเปรัค เซลังงอ ปะหัง ฯลฯ แล้วรวมเข้าเป็นสหพันธรัฐมลายูในปี พ.ศ.2439 พร้อมทั้งเตรียมผนวกเอาดินแดนมลายูตอนเหนือที่สยามยึดครองทั้งกลันตัน ตรังกานู เคดาห์และเปอร์ลิสเข้าด้วยกัน ทำให้สยามต้องส่งผู้สำเร็จราชการเข้าไปในเมืองทั้งเจ็ดของปัตตานีเพื่อป้องกันการแทรกแซงของอังกฤษ (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 24) อย่างไรก็ตามตั้งแต่ปี พ.ศ. 2440 รัชกาลที่ 5 ได้ทรงปรับปรุงระบบการปกครองใหม่เรียกว่า พระราชบัญญัติลักษณะการปกครองท้องถิ่น ร..116 ซึ่งได้ทดลองใช้มาจนถึงวันที่ 10 ..2444 จึงประกาศใช้กับ 7 หัวเมืองใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เรียกว่า ข้อบังคับสำหรับ 7 หัวเมือง ร..120” อันมีลักษณะการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล มีพระยาเมือง ปลัดเมืองและยกกระบัตรเมืองขึ้นกับข้าหลวง  การเก็บภาษีจัดส่งพนักงานสรรพากรไปเก็บแบ่งรายได้ให้เป็นเงินเดือนกับพระยาเมือง ส่วนการตัดสินคดีความได้ส่งผู้พิพากษาไปตัดสิน 

             กฎหมายดังกล่าวตราขึ้นโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อจัดวางแบบแผนวิธีการปกครองและตำแหน่งหน้าที่ราชการของหัวเมืองทั้งเจ็ดให้เป็นระเบียบเรียบร้อยตามสมควรแก่กาลสมัยและเพื่อให้เกิดความสุขอาณาประชาราษฎร์ทั่วไป ดังจะเห็นได้จากบทบัญญัติข้อ 27 และข้อ 28 กำหนดให้ข้าราชการที่จะไปประจำทำงานในบริเวณหัวเมืองทั้งเจ็ดพูดภาษามลายูท้องถิ่นเพื่อให้เข้าถึงประชาชนในพื้นที่ นอกจากนี้บทบัญญัติข้อ 32 กำหนดให้ใช้กฎหมายอิสลามตามจารีตประเพณีทางศาสนาในการพิจารณาพิพากษาคดีความเรื่องครอบครัวและมรดก โดยให้ โต๊ะกาลีซึ่งเป็นผู้รู้และเป็นที่นับถือในศาสนาอิสลามเป็นผู้พิพากษาตามกฎหมายอิสลาม แต่ก็ส่งผลทำให้พระยาเมืองเชื้อสายมลายูทั้งเจ็ดเกิดความไม่พอใจเพราะถูกลิดรอนอำนาจลงอย่างมาก  จึงมีปฏิกริยาต่อต้าน โดยเฉพาะตนกูอับดุลกาเดร์ บินตนกูกอมารุดดิน (พระยาวิชิตภักดี)  พระยาเมืองปัตตานีซึ่งได้รับการแต่งตั้งเมื่อปี พ.ศ.2442 ไม่พอใจเป็นอย่างมาก จึงได้ร่วมมือกับพระยาสายบุรีและระแงะ ที่สุดทั้งสามก็ถูกรัฐบาลถอดยศและเนรเทศ เป็นผลให้รายาเมืองอื่นๆ ต้องยอมปฏิบัติตามกฎข้อบังคับโดยดี (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 89-90) การจัดรูปแบบการปกครองใหม่นี้ถือว่าส่งผลกระทบต่อเมืองปัตตานีโดยตรง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการแต่งตั้งเจ้าเมืองจะต้องได้รับการแต่งตั้งจากพระมหากษัตริย์เท่านั้น (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 23)

             อย่างไรก็ตามในปี พ.ศ.2444 ตนกู อับดุลกาเดร์ฯ (พระยาวิชิตภักดี) ก่อความกระด้างกระเดื่องโดยขอความร่วมมือพระยาเมืองระแงะ สายบุรีและรามันที่มีเชื้อสายเป็นชาวมลายูโดยทำหนังสือร้องเรียนไปยังเซอร์ แปรงค์ เอ. สวิสเทน ข้าหลวงใหญ่อังกฤษประจำสหพันธ์รัฐมลายูในสิงคโปร์  เพื่อขอความช่วยเหลือและร้องเรียนว่ารัฐบาลไทยรังแกประชาชนชาวปัตตานี ทว่าผู้แทนอังกฤษไม่สามารถให้ความช่วยเหลือได้เนื่องจากในขณะนั้นสยามกับอังกฤษมีสัมพันธไมตรีที่ดีต่อกัน (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 25)

              ความขัดแย้งระหว่างข้าราชการสยามกับเจ้าเมืองปัตตานีรุนแรงขึ้นโดยเฉพาะการจัดเก็บภาษีส่วนใหญ่เข้าส่วนกลางแล้วแบ่งส่วนหนึ่งให้กับเจ้าเมืองทำให้รายได้ของเจ้าเมืองลดลง โดยครั้งหนึ่งพระยาสุขุม ข้าหลวงมณฑลปัตตานีสั่งเก็บภาษีระหว่างตนกูอับดุลกาเดร์ฯ ไปต่างประเทศ เมื่อกลับจากต่างประเทศจึงไม่พอใจและสั่งให้นำเงินมาเก็บไว้กับตน การกระด้างกระเดื่องทำให้สยามต้องส่งทหารจำนวน 600 คนเข้าไปกดดันให้ยอมมอบภาษีคืนให้แก่หลวง นอกจากนั้นยังมีความขัดแย้งอื่นๆ เช่นการนำระบบศาลหัวเมืองเข้ามาแทนกฎหมายอิสลาม มีการพิจารณาคดีในวันศุกร์ มีการสาบานตนในศาลซึ่งขัดต่อหลักศาสนาอิสลาม ทั้งนี้ ตนกูอับดุลกาเดร์ได้บันทึก

เหตุการณ์ครั้งนั้นไว้ว่า

             1.สยามพยายามที่จะทำลายเอกลักษณ์ทางประวัติศาสตร์ ขนบธรรมเนียม ภาษา เชื้อ-ชาติของชนชาวมลายูปัตตานีและในส่วนกฎหมายนั้นก็เป็นเรื่องเกี่ยวกับกระบวนการยุติธรรม กฎหมายอาญา ครอบครัว มรดก ศาสนสมบัติและอื่นๆ

             2.บังคับนักเรียนมุสลิมในพื้นที่เรียนศาสนาพุทธ (วิชาศีลธรรม)

             3.เพิกเฉยไม่มีการกวดขันและเอาผิดกับมุสลิมที่ขาดละหมาดวันศุกร์โดยไม่มีเหตุจำเป็นตามบัญญัติศาสนาและขัดขวางการเก็บเงินบริจาคทะนุบำรุงและสร้างมัสยิด

             4.มีการก้าวก่ายอำนาจของข้าราชการสยามที่ได้รับการแต่งตั้งจากส่วนกลาง

             5.มีการบังคับให้ประชาชนชำระภาษีและอื่นๆ อย่างไม่เป็นธรรม

              นอกจากนี้ยังทำหนังสือคัดค้านรูปแบบการปกครองใหม่ผ่านพระยาศรีสหเทพ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยและปฏิเสธไม่ยอมลงนามเห็นชอบกับการปกครองรูปแบบใหม่ พร้อมเตรียมเสนอเงื่อนไขเจรจากับสยามรวม 4 ข้อ คือ

             1.เจ้าเมืองมลายูจะต้องมีอำนาจในการแต่งตั้งหรือถอดถอนข้าราชการสยามที่กระทำความผิด

             2.เจ้าเมืองมลายูยินยอมที่จะให้กำลังตำรวจจำนวน 60 นายพร้อมอาวุธปฏิบัติหน้าที่ในดินแดนปัตตานี

             3.ให้ใช้ภาษามลายูเป็นภาษาราชการ มิใช่เฉพาะภาษาสยาม

             4.ปัตตานียินยอมที่จะส่งดอกไม้เงินดอกไม้ทองให้ทางกรุงเทพฯตามประเพณีที่เคยปฏิบัติแทนการจัดเก็บภาษีเข้าส่วนกลาง

              การคัดค้านของอับดุลกาเดร์ไม่เป็นผลแม้เจ้าเมืองปัตตานีดังกล่าวและเมืองอื่นๆ  จะมี

หนังสือถึงผู้สำเร็จราชการของอังกฤษประจำแหลมมลายูแล้วเมื่อวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ.2444 และวันที่ 5 มกราคม พ.ศ.2445 ก็ตาม  โดยบอกเล่าถึงพฤติกรรมของข้าราชการสยามที่บังคับให้กราบพระพุทธรูป บังคับให้คุกเข่ากราบพระบรมฉายาลักษณ์ในงานพิธี รวมทั้งการถูกกดขี่ข่มเหงและขอให้อังกฤษช่วยเหลือปลดปล่อยปัตตานี  แต่อังกฤษก็ไม่สามารถให้ความช่วยเหลือใดๆ แก่ปัตตานีได้ (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 26-29) ในเวลาต่อมาพระบาท สมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดให้จับกุมตัวอับกุลกาเดร์เจ้าเมืองปัตตานีฐานเป็นกบฏ พร้อมกับถอดยศและส่งไปจองจำที่จังหวัดพิษณุโลก มีกำหนด 10 ปี ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2448 ตนกูอับดุลกาเดร์ฯ ได้ถวายฏีกาขอรับผิดและสัญญาว่าจะไม่ยุ่งเกี่ยวกับทางการเมืองอีกต่อไปจึงได้รับอภัยโทษและเดินทางกลับปัตตานี

             ต่อมาในปี  พ.ศ.2449  รัชกาลที่ 5  ได้ทรงยุบเลิกตำแหน่งเจ้าเมืองทั้ง  7  เหลือไว้  4  หัวเมือง คือปัตตานี  ยะลา  สายบุรีและนราธิวาส  นับเป็นการสิ้นสุดประวัติศาสตร์ของนครรัฐมลายูอิสลามปัตตานีและผู้ครอบครองนครอย่างสมบูรณ์แบบ (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจน-ขุนดี, 2547, 30) โดยมีข้าหลวงเทศาภิบาลประจำมณฑลคนแรกคือ พระยาศักดิ์เสนี อดีตข้าหลวงใหญ่ประจำบริเวณเจ็ดหัวเมืองเดิม (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 90)

             ในปี พ.ศ.2455 ตนกูอับดุลกาเดร์ ได้เคลื่อนไหวโดยยื่นเรื่องราวขอรับเบี้ยหวัดย้อนหลังแต่ไม่ทรงโปรด และในปี พ.ศ.2460 ยื่นเรื่องราวขอครอบครองที่ดิน 600 แปลงอ้างว่าเป็นมรดก ที่สุดศาลตัดสินว่าเป็นทรัพย์ของแผ่นดิน ครั้งสุดท้ายในปี พ.ศ.2465 เริ่มเคลื่อนไหวแสวงหาพรรคพวกและวางแผนสังหารข้าราชการชาวพุทธ ความทราบถึงรัชกาลที่ 6 จึงโปรดให้ทหารวังที่นครศรี- ธรรมราชไปจับกุม แต่ตนกูอับดุลกาเดร์ไหวทันได้อพยพครอบครัวหลบหนีไปอยู่ที่รัฐกลันตัน จน กระทั่งเสียชีวิตซึ่งขณะที่อพยพไปนั้นรัฐกลันตันได้ตกอยู่ภายใต้การปกครองของอังกฤษแล้วและบุคคลผู้นี้ได้รับการยกย่องจากขบวนการก่อการร้าย (จกร.) ว่าเป็นศูนย์รวมของบรรดานักต่อสู้เพื่อปลดแอกปัตตานี (กองวิจัยและพัฒนา สำนักงานแผนงานและงบประมาณ สำนักงานตำรวจแห่ง- ชาติ, 2544, 13)

             ปี พ.ศ.2452 รัฐบาลไทยก็ต้องยอมโอนอำนาจอธิปไตยเหนือรัฐไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ปะลิสและเกาะใกล้เคียงให้แก่อังกฤษเพื่อแลกเปลี่ยนกับสิทธิสภาพนอกอาณาเขต ขณะเดียวกับที่อังกฤษยอมรับอำนาจอธิปไตยของไทยเหนือบริเวณตอนเหนือของพรมแดนไทย-มาเลเซียปัจจุบัน ส่วนสตูลก็ถูกผนวกเข้าอยู่ในมณฑลภูเก็ตในเวลาต่อมา (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 90-91) ทั้งนี้ได้มีการทำสนธิสัญญาระหว่างไทยกับอังกฤษ ( Angglo – Siamese  Treaty  )  ซึ่งมีผลให้อังกฤษยอมรับอธิปไตยของไทยเหนือดินแดน 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ดังกล่าว แต่ได้สร้างความไม่พอใจแก่บรรดาเจ้าเมืองและกลุ่มบุคคลบางคนที่พยายามจะแยกตนออกไปจากประเทศไทยเพื่อไปสมทบอยู่ร่วมกับมาเลเซีย ซึ่งนักวิชาการบางท่านเห็นว่าการทำสัญญากับอังกฤษใน สัญญา-กรุงเทพ(2452)ดังกล่าวเป็นการตกลงกันของมหาอำนาจในการแบ่งดินแดนและเขตอิทธิพลกันในสไตล์ของจักรวรรดินิยมตกวันตกที่ใช้กันทั่วในดินแดนที่เป็นอาณานิคมทั่วโลกในสมัยนั้น โดยสยามยกเลิกสิทธิการปกครองและอำนาจควบคุมเหนือไทรบุรี กลันตัน ตรังกานูและปะลิส รวมทั้งเกาะใกล้เคียงให้อังกฤษ ในทางกลับกันสยามได้รับสิทธิอำนาจอธิปไตยเหนือดินแดนและคนในรัฐไทยทั้งหมดโดยสมบูรณ์ ที่สำคัญรวมทั้งอธิปไตยของสยามเหนือรัฐปัตตานีซึ่งเปลี่ยนจากเมืองประเทศราช และนักวิชาการบางท่านมองว่าเหตุการณ์ดังกล่าวรัฐชาติสยามก็ไม่ได้สูญเสียดินแดนของตนแต่เดิม หากแต่ยังได้ดินแดนที่ไม่ใช่ของตนโดยแท้จริงเพิ่มขึ้นมาอีกต่างหาก (ธเนศ อาภรณ์ สุวรรณ, 2547, 7)

             ในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 รัฐบาลยังคงดำเนินนโยบายในการปกครองชาวไทยมุสลิมสืบต่อจากรัชกาลที่ 5 โดยเฉพาะการให้เสรีภาพในการนับถือศาสนาและทำนุบำรุงศาสนา ดังกระแสพระราชดำรัสที่ทรงมีต่อผู้แทนชาวไทยมุสลิมเมื่อ พ.ศ.2453 ความตอนหนึ่งว่า    

          .....อันอิสลามได้มาเห็นความจริง โดยแน่แท้แห่งพระบรมราโชบายของพระเจ้าแผ่นดินสยามตั้งแต่อดีตรัชกาลมาว่าได้มีพระราชหฤทัยที่จะทะนุบำรุงชนไม่ว่าชาติใดภาษาใดและศาสนาใดที่เข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารแล้วย่อมทรงสงเคราะห์เสมอหน้ากันหมด ได้มีน้ำใจไมตรีต่อชนอิสลามไม่ผิดกับชนในศาสนาอื่นบรรดาที่มาอาศัยอยู่ในแผ่นดินสยาม อิสลามศาสนิกจงเชื่อว่าเราตั้งใจกระทำกรณียกิจในหน้าที่ผู้อุปถัมภ์เต็มความสามารถของเราให้แก่ท่านทั้งหลายได้รับความร่มเย็นเป็นสุขเช่นที่ท่านได้เคยรับมาแล้ว..... (ปิยะนาถ บุนนาค, 2546, 91)     

             ในสมัยรัชกาลที่ 6 พระองค์ทรงเป็นผู้ริเริ่มปลูกฝังประชาชนพลเมืองให้มีความรู้สึกในเรื่องชาตินิยม (Nationalism) ขึ้นเป็นครั้งแรก หลังจากการก่อรูปก่อร่างของความเป็นรัฐชาติ (Nation State)ในสมัยรัชกาลที่ 5 ไม่ว่าจะเป็นการก่อตั้งกองเสือป่าในปี พ.ศ.2454 เพื่อปลูกฝังความรักชาติ ฝึกให้เยาวชนมีความอดทน เข้มแข็ง ซื่อสัตย์ เสียสละและบำเพ็ญตนให้เป็นประโยชน์ต่อบ้านเมือง มีการฝึกหัดข้าราชการและประชาชนให้เรียนรู้วิชาทหารเพื่อเป็นกำลังในยามสงคราม อย่างไรก็ตามความขัดแย้งต่างในปัตตานียังคงเหมือนเดิมโดยเฉพาะเรื่องการเก็บภาษีเพิ่มเติม เช่น อากรค่านา ค่าน้ำ ค่ารัชชูปการ การเกณฑ์ตำรวจภูธร การยกเลิกระบบศาลอิสลามและการขยายการศึกษาแบบใหม่ซึ่งทำให้ชาวมุสลิมไม่พอใจกลัวว่าลูกหลานตนจะไม่ได้เรียนศาสนา รวมทั้งการเกณฑ์เด็กหญิงมุสลิมเข้าเรียนแบบสหศึกษาก็ถือว่าขัดกับหลักศาสนาอิสลาม โดยในปี พ.ศ.2464 ได้มีประกาศพระราชบัญญัติการศึกษาภาคบังคับและในขณะเดียวกันก็พยายามบังคับให้ปอเนาะและมัสยิดที่มีการเรียนการสอนปฏิบัติตามกฎหมายฉบับนี้ด้วยทำให้นำไปสู่การต่อต้านจนเกิดจลาจลมีการเผาสถานที่ราชการหลายแห่งในปี พ.ศ.2465 (คอยลิน อันวาร์ และสุภลักษณ์ กาญจนขุนดี, 2547, 33-35)

             พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ได้ทรงตระหนักถึงปัญหาที่เกิดแก่จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยได้มีการจัดทำ สมุดคู่มือสำหรับข้าราชการกระทรวงมหาดไทยที่รับราชการในมณฑลซึ่งมีพลเมืองที่นับถือศาสนาอิสลาม และพิมพ์เผยแพร่ในปี พ.ศ.2466 ดังคำปรารภว่า

             เมื่อไปตรวจราชการมณฑลปักษ์ใต้ต้นปี 2466 มีเหตุผลที่ได้ยินประกอบการพิจารณาเห็นด้วยกับตนเอง ทั้งความคุ้นเคยในราชการและรู้จักท้องที่เหล่านี้อยู่ ประกอบกับชวนให้คิดว่าน่าจะต้องมีสมุดคู่มืออย่างที่พิมพ์ขึ้นนี้ไว้สำหรับตักเตือนเพื่อนราชการที่มารับราชการในหน้าที่ปกครองอยู่ประจำมณฑลและจังหวัดภาคนี้...จึงตักเตือนไว้เพื่อประโยชน์แก่เพื่อนราชการผู้มาประจำหน้าที่ในภายหลังที่ยังไม่ทราบก็จะได้ทราบ ได้เป็นเครื่องประกอบในข้อปฏิบัติราชการ ที่ทราบอยู่แล้วถ้าหลงลืมก็จะเป็นเหตุให้กลับระลึกได้” โดยเฉพาะอย่างยิ่งการกล่าวเตือนข้าราชการว่า

            เจ้าหน้าที่ผู้ปกครองราษฎรซึ่งมีคตินิยมต่างจากคนไทยและต่างจากคนไทยและต่างศาสนาดังเช่นมณฑลปัตตานีเป็นต้น ควรจะต้องรู้จักหลักพระราชประสงค์และรัฐประศาสน์ของรัฐบาลไว้เป็นอารมณ์ เพื่อดำเนินทางราชการให้ถนัดชัดเจนว่าไม่ประสงค์จะขัดขวางศาสนาและลัทธิของเขาดังกล่าวแล้ว

            เอกสารคู่มือสำหรับราชการดังกล่าวมีอำมาตย์โทพระรังสรรค์สารกิจ (เทียม กาญจนประ-กร)ข้าราชการที่นับถือศาสนาอิสลามจัดทำขึ้น ในคู่มือดังกล่าวยังปรากฏรายละเอียดว่าชาวอิสลามรังเกียจอะไรและถืออะไรว่าเป็นบทบัญญัติที่ต้องห้ามในศาสนาอีกด้วย

             นอกเหนือสมุดคู่มือราชการ พ.ศ.2466 แล้วยังมีเอกสารที่น่าสนใจได้แก่รายงานการประชุมเรื่องมณฑลปัตตานีของเจ้าฟ้ากรมหลวงนครสวรรค์ ลงวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ.2466 อันเป็นผลมาจากการให้พระยายมราชลงไปตรวจราชการที่มณฑลปัตตานีเพื่อสำรวจปัญหาต่างๆ ที่เกิดขึ้นและนำไปสู่การประชุมในวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ.2466 ผลการประชุมนำไปสู่แนวคิดที่ว่าเฉพาะในกรณีของมณฑลปัตตานี สมควรให้มีนโยบายพิเศษจึงมีการเสนอ หลักรัฐประศาสนโย-บายสำหรับมณฑลปัตตานี จำนวน 6 ข้อ ได้แก่

             1.ควรตั้งวิธีปฏิบัติว่าเว้นจาการกดขี่ศาสนาอิสลาม

             2.ภาษีอากรทุกชนิดคิดถัวกันไม่ควรให้สูงกว่าที่อังกฤษเขาเก็บ

             3.พยายามไม่ให้มีการกดขี่บีบคั้นพลเมืองแต่เจ้าพนักงาน

             4.พยายามอย่าให้ราษฎรต้องเสียเวลาป่วยการ ในเมื่อเจ้าพนักงานบังคับ

             5.ข้าราชการในมณฑลนี้ควรเลือกคั้นเป็นพิเศษและอบรมกันขึ้นให้ดีเสมอ

             6.ระเบียบการใหม่อันใดอันเกี่ยวด้วยสุขทุกข์ของราษฎรควรหารือสมุหเทศาภิบาลเสียก่อนที่จะบังคับให้ทำลงไป

             ทั้งนี้ ล้นเกล้ารัชกาลที่ 6 ได้มีพระราชกระแสรับสั่งว่า หลักรัฐประศาสนโยบาย 6 ข้อ

ตามที่ได้กะไว้นั้นเป็นการถูกต้องและสมควรแก่กาลเทศะแล้วให้ถือเป็นระเบียบสำหรับปฏิบัติราชการเนื่องด้วยมณฑลปัตตานีต่อสืบไป (สุรชาติ บำรุงสุข, 2547, 30-42)

       2.1.5 ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ.2475

                ในระยะแรกของการเปลี่ยนแปลงการปกครองรัฐบาลได้ประกาศนโยบายในการปกครองประเทศตามหลัก 6 ประการของคณะราษฎรที่มุ่งรักษาความเป็นเอกราชและความปลอดภัยภายในประเทศ รวมทั้งการให้ความสุขสมบูรณ์ของราษฎรในด้านเศรษฐกิจ การให้ราษฎรได้สิทธิเสมอกันทางกฎหมายเช่นเดียวกับการมีเสรีภาพและอิสรภาพ ตลอดจนการให้การศึกษาอย่างเต็มที่แก่ราษฎร นโยบายดังกล่าวย่อมครอบคลุมถึงชาวมลายูมุสลิมในจังหวัดชายแดนภาคใต้ด้วยเช่นเดียวกัน นอกจากนี้รัฐบาลยังจัดให้มีการเลือกตั้งทั่วไปสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรขึ้นเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ.2476 ซึ่งผลการเลือกตั้งใน 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้มีเพียงจังหวัดสตูลที่มีสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเป็นชาวมุสลิม จังหวัดที่เหลือล้วนเป็นชาวพุทธย่อมแสดงให้เห็นว่าชาวมลายูมุสลิมส่วนใหญ่ยังคงไม่ให้ความสนใจในการเลือกตั้งซึ่งสาเหตุสำคัญประการหนึ่งคงมาจากความรู้สึกแปลกแยกจากความเป็นส่วนหนึ่งของสังคมไทยกับปัญหาเรื่องภาษาและการศึกษาที่อยู่ในระดับต่ำกว่าระดับเฉลี่ยของประเทศด้วย แต่ผลการเลือกตั้งในปี พ.ศ.2480 และ พ.ศ.2481 ชาวมลายูมุสลิมกลับได้รับการเลือกตั้งในจังหวัดปัตตานี ยะลาและนราธิวาส ส่วนจังหวัดสตูลชาวไทยพุทธซึ่งเป็นข้าราชการบำนาญได้รับเลือกตั้ง

              นอกจากนี้รัฐสภายังได้ประกาศใช้ประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์บรรพ 5 ว่าด้วยครอบครัวและบรรพ 6 ว่าด้วยมรดกและมีผลใช้บังคับแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2478 แต่ได้ยกเว้นการบังคับใช้สำหรับจังหวัดชายแดนภาคใต้ส่งผลให้บริเวณดังกล่าวยังคงใช้กฎหมายอิสลามบังคับคดีว่าด้วยครอบครัวและมรดกตามเดิม (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 98-100)

               ต่อมาในสมัยจอมพล ป.พิบูลสงครามเป็นนายกรัฐมนตรีสมัยแรก (พ.ศ.2481-2487) อาจเป็นเพราะสงครามที่อุบัติขึ้นในทวีปยุโรปใน พ.ศ.2482 กำลังขยายตัวเป็นสงครามโลกครั้งที่ 2 ทำให้รัฐบาลปกครองประเทศโดยให้ความสำคัญในลัทธิชาตินิยมเป็นอย่างมาก รัฐบาลจึงดำเนิน การสร้างชาติด้วยวัฒนธรรมเพื่อให้คนไทยไม่ว่าเชื้อชาติเผ่าพันธุ์หรือศาสนาใดมีความสำนึกของความเป็นไทยด้วยการประพฤติปฏิบัติเป็นแบบแผนเดียวกันตามข้อกำหนดใน รัฐนิยม ซึ่งได้แก่ประเพณีนิยมที่คณะรัฐมนตรีได้ประกาศใช้ในรูปประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี มีความมุ่งหมายให้ประชาชนปฏิบัติตามเพื่อความเจริญวัฒนาถาวรของประเทศชาติ แม้ว่าไม่มีลักษณะเป็นกฎหมายก็ตาม แต่รัฐนิยมก็ได้ประกาศใช้อย่างเป็นทางการตั้งแต่ พ.ศ.2482 ถึง พ.ศ.2485 เป็นจำนวน 12 ฉบับ มีอยู่ 3 ฉบับที่อาจกล่าวได้ว่าส่งผลต่อชาวมลายูมุสลิม ดังนี้

               รัฐนิยมฉบับที่ 3 เรื่องการเรียกชื่อชาวไทยซึ่งกำหนดให้เลิกการเรียกชาวไทยโดยใช้ชื่อที่ไม่ต้องตามเชื้อชาติและความนิยมของผู้ถูกเรียก  แต่ให้ใช้คำว่าไทยแก่ชาวไทยทั้งมวลโดยไม่มีการแบ่งแยก  ดังนั้น ตอนนี้จึงนับเป็นครั้งแรกที่มีการประกาศอย่างเป็นทางการว่าชาวมลายูมุสลิมเป็นคนไทยเช่นเดียวกับคนไทยทั่วไปบนผืนแผ่นดินไทย

            รัฐนิยมฉบับที่ 9 เรื่องภาษาและหนังสือกับหน้าที่พลเมืองดีซึ่งกำหนดให้ชนชาติไทยถือเป็นพลเมืองดีจะต้องศึกษาให้รู้หนังสือไทยอันเป็นภาษาของชาติอย่างน้อยต้องให้อ่านออกเขียนได้และถือเป็นหน้าที่ที่สำคัญในการช่วยเหลือสนับสนุนแนะนำชักจูงให้พลเมืองที่ยังไม่รู้ภาษาไทยหรือยังไม่รู้หนังสือไทยให้ได้รู้ภาษาไทยหรือหนังสือไทยจนอ่านออกเขียนได้ทั้งนี้เพื่อไม่ให้เกิดความแตกแยกและความแตกต่างของท้องที่ถิ่นกำเนิด

            รัฐนิยมฉบับที่ 10 เรื่องการแต่งกายของประชาชนชาวไทยกำหนดให้คนไทยต้องแต่งกายตามที่รัฐบาลกำหนดไว้ว่าเป็นสุภาพชน เช่น ผู้ชายสวมหมวกใส่เสื้อชั้นนอกคอเปิดหรือปิด สวมกางเกงขายาวแบบสากล สวมรองเท้าหุ้มส้นหรือหุ้มข้อและถุงเท้า ส่วนผู้หญิงก็ต้องสวมหมวกใส่เสื้อนอกคลุมไหล่ สวมผ้าถุง ใส่รองเท้าส้นหรือหุ้มส้นและถุงเท้าเป็นต้น

            นอกจากนี้ยังกำหนดเรื่องมรรยาททางสังคมต่างๆ อีกด้วย สำหรับชาวมลายูมุสลิมนั้นเท่า กับถูกจำกัดเสรีภาพในการปฏิบัติตามขนบธรรมเนียมประเพณีของตนโดยคำสั่งไม่ให้สวมเครื่องแต่งกายแบบมุสลิม ห้ามไม่ให้สอนภาษามลายูในโรงเรียน ห้ามไม่ให้พูดภาษามลายูในการคิดต่อราชการ ให้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็นชื่อไทย ให้แต่งกายแบบไทย พูดภาษาไทยและใช้ประเพณีไทย ในปี พ.ศ.2484 ยังได้มีการยกเลิกข้อยกเว้นเกี่ยวกับกฎหมายครอบครัวและมรดกตามหลักศาสนาอิสลามโดยให้ใช้ประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์สำหรับชาวมลายูมุสลิมด้วย (ปิยนาถ บุนนาค, 2546,100-102)

            ปรากฏหลักฐานอีกชิ้นหนึ่งซึ่งภิกษุณีวรมัย  กบิลสิงห์  อดีตข้าราชการครูได้บันทึกการสัมภาษณ์ชาวมลายูมุสลิมอายุราว 30 ปีเศษ (ภิกษุณีวรมัยฯ ขอปิดนาม) กรณีเหตุการณ์ไม่สงบที่ ต.ดูซงญอ  อ.ระแงะ จ.นราธิวาส ในระยะนั้น โดยสัมภาษณ์เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ.2491 ณ ที่พักแห่งหนึ่งในจังหวัดปัตตานีได้ความว่า เรื่องที่ได้คุขึ้นเป็นเรื่องเก่าๆ ที่ผสมกันมากนานเข้าๆ จนถึงจุดเดือดแล้ว เลยระงับไม่อยู่ เป็นเรื่องของเกียรติและเป็นแผลในหัวใจ ขอให้คุณครูคิดดูเถิดครับในสมัยวัฒนธรรมของจอมพลพวกเราถูกข้าราชการกระชากผ้าโพกหัวลงกระทืบ...ผู้หญิงทูนของบนหัวก็ถูกกระชากลง เข้าในเมืองถูกดุด่าว่าประจาน ถูกจับ ถูกทุบ ชาวบ้านถูกเรียกลงมายิงทิ้ง ไปอำเภอเพียงขออนุญาตฆ่าวัวในงานเข้าสุนัดก็ต้องเสีย 200-500 บาท ต่อ 1 ตัว ทุกอย่างเราถูกรีด...ยังมีตัวโจทก์อยู่ทุกวันนี้ (2548, 32-33) และเท่าที่สนทนากันมาแล้วทั้งจีน-ไทย-มลายู พูดตรงกันในข้อที่ข้าราชการทั้งไทยและมลายูอิสลามรุนแรงต่อเขาครั้งสมัยจอมพลคราวแรก (เป็นนายกรัฐมนตรีครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ.2481-2487) และจนเดี๋ยวนี้การคอรัปชั่นก็ยังไม่หมดไป (ภิกษุณีวรมัย กบิลสิงห์, 2548 ,33)

            ผลต่อมาเมื่อมีการประกาศใช้รัฐนิยมจนถึง พ.ศ.2491 ชาวไทยมุสลิมแทบไม่ให้ความสน ใจต่อการเข้ามีส่วนร่วมทางการเมือง ดังจะเห็นได้จากผลการเลือกตั้งในปี พ.ศ.2486 พ.ศ.2489 และ พ.ศ.2491 จังหวัดสตูลเป็นจังหวัดเดียวที่มีสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเป็นชาวมุสลิมในขณะที่ชาวมลายูส่วนใหญ่มุ่งให้ความสนใจต่อการต่อสู้ในระดับนานาชาติ (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 103)  

            อย่างไรก็ตามก่อนที่จอมพล ป.พิบูลสงครามจะดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีเป็นสมัยแรก (พ.ศ.2481-2487) หลังจากตนกูอับดุลกาเดร์ฯ ถึงแก่กรรมในปี พ.ศ.2476 ตนกูมะไฮยิดดิน หรือชื่อเต็มว่า ตนกูมารห์มุด มะไฮยิดดิน บินตนกูอับดุลกาเดร์ บุตรชายคนที่ 7 ก็สืบทอดงานการต่อสู้ต่อจากบิดา (บางข้อมูลแจ้งว่าเคยได้รับการอุปการะจากรัชกาลที่  5  โดยทรงให้ศึกษาในโรงเรียนวชิราวุธวิทยาลัยในฐานะมหาดเล็กหลวงแล้วเดินทางไปศึกษาต่อที่ประเทศอังกฤษ) ซึ่งได้หลบหนีตามบิดาไปอยู่รัฐกลันตันมาเลเซียกระทั่งจบการศึกษาจากเกาะปีนัง ประเทศมาเลเซีย และเข้ารับราชการที่แผนกการศึกษารัฐกลันตัน ในปี พ.. 2484-2488  ระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 ยังได้เข้าร่วมในกองอาสาสมัครแห่งกลันตันหรือขบวนการยุวมุสลิมแห่งกลันตัน ต่อมาได้ทำงานเป็นหัวหน้าส่วนมาเลเซีย กรมประชาสัมพันธ์ของสถานีวิทยุใต้ดินของอังกฤษที่กรุงนิวเดลฮีประเทศอินเดีย และได้เรียกร้องประชาชนให้ต่อต้านญี่ปุ่น หลังจากนั้นได้รับมอบหมายให้ทำงานหลายอย่างในประเทศต่างๆ ในตะวันออกกลางและอังกฤษรวมทั้งเป็นทหารอังกฤษได้ยศพันตรี บังคับบัญชาหน่วย 136 (Fcrce 136 ) ต่อสู้กับญี่ปุ่น  และเมื่อสงครามสงบลงบุคคลผู้นี้ได้รับยกย่องนับถือจากกลุ่มชาตินิยมในจังหวัดชายแดนภาคใต้ว่าเป็นกระบอกเสียงและเป็นผู้นำของขบวนการปลดปล่อยปัตตานี  ทำให้โจรก่อการร้ายในขณะนั้นเติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว 

            เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ.2488 สงครามโลกครั้งที่สองสงบลง ตนกูมะไฮยิดดินคาด หมายว่าไทยจะต้องแพ้สงครามและจะเรียกร้องให้รัฐบาลอังกฤษให้แยก 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ (ปัตตานี ยะลา นราธิวาสและสตูล ) เข้าร่วมกับมลายูเป็นอิสระโดยสถาปนาตนเองเป็นสุลต่านปกครองประเทศ  แต่รัฐบาลไทยในขณะนั้นโดยนายควง  อภัยวงศ์ นายกรัฐมนตรี ได้แก้ไขสถานการณ์ไว้ได้ไม่ต้องแพ้สงคราม ทำให้ตนกูมะไฮยิดดินต้องผิดหวังแต่ยังคงมีความคิดแบ่งแยกดินแดนอยู่

            ในปี พ.ศ.2488 ด้วยความเกรงว่าจะต้องยกจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้กับอังกฤษเช่น เดียวกับกรณีเสียดินแดนตามแนวแม่น้ำโขงให้กับฝรั่งเศส  เป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้รัฐบาลต้องพัฒนาปรับปรุงการบริหารในจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยได้ประกาศใช้พระราชกฤษฎีกาว่าด้วยการศาสนูปถัมภ์ฝ่ายอิสลาม พ.ศ.2488 เพื่อให้ความช่วยเหลือคุ้มครองและอุปถัมภ์ในกิจการศาสนาของชาวไทยมุสลิมโดยมีการจัดตั้งสถาบันขึ้นหลายระดับเพื่อทำหน้าที่เชื่อมประสานระหว่างรัฐบาลกับประชาคมมุสลิม เช่น ตำแหน่งจุฬาราชมนตรี สถาบันการศึกษาที่เป็นของมุสลิมและบริหารโดยมุสลิม คณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประทศไทย และคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดสำหรับจังหวัดที่มีประชากรผู้นับถือศาสนาอิสลามอยู่มาก (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 114-115)

            ต่อมาในปี พ.ศ.2489 รัฐบาลได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติว่าด้วยการใช้กฎหมายอิสลามในเขตจังหวัดปัตตานี นราธิวาส ยะลาและสตู ทั้งนี้เป็นการให้สิทธิ์ในเรื่องกฎหมายที่ได้ถูกลิดรอนไปสมัยจอมพล ป.พิบูลสงคราม    อย่างไรก็ตาม พระราชบัญญัตินี้กลับถูกมองว่าเป็นการก้าวก่ายประชาคมมุสลิมและไม่ได้รับความร่วมมือจากผู้นำศาสนาส่วนใหญ่  ความรู้สึกเป็นปฏิปักษ์ต่อนโยบายของรัฐบาลจึงสะสมพอกพูนขึ้นเรื่อยๆ (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 118-119)

            ในปี พ.ศ.2490 รัฐสภาได้ให้ความเห็นชอบพระราชบัญญัติมัสยิดอิสลาม เพื่อความเป็นระเบียบเรียบร้อยในการจัดการดูแลรักษาทำนุบำรุงและป้องกันกรณีพิพาทเรื่องทรัพย์สินของมัสยิดเนื่องจากที่ดินมีราคาสูงขึ้นและมัสยิดมีทรัพย์สินมาก มีการเบียดบังทรัพย์สินมัสยิดไปใช้ส่วนตัว มีการฟ้องร้องกล่าวโทษกันมากขึ้น การตัดสินข้อพิพาทเป็นการยากเพราะไม่มีระเบียบข้อบังคับและผู้รับผิดชอบ จึงต้องตราพระราชบัญญัติขึ้น (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 119)

            ขณะที่การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้กำลังดำเนินไปหลังสงครามโลกครั้งที่สองระหว่างปี พ.ศ.2488-2490 ในปี พ.ศ. 2490 นั้นเอง  ตนกูมะไฮยิดดิน ได้จัดตั้งกลุ่มเคลื่อนไหวเพื่อต่อต้านรัฐบาลไทยอย่างเปิดเผย ใช้เชื่อว่าสมาคมชาวมลายูปัตตานีหรือสมาคมชมรมมลายูแห่งมหาปัตตานี เรียกสั้นๆ ว่า ฆัมปาร์ ( Gabungan  Malayu  Patani  Raya – GAMPAR )  มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เมืองโกตาบารู  รัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย  มีสำนักงานสาขาอยู่ในรัฐเคดาห์  เกาปีนังและสิงค์โปร์  มีการประสานกับทายาทของอดีตเจ้าเมืองทั้ง 7 ที่สูญเสียอำนาจรวมกับกลุ่มชาตินิยมชาวไทยมุสลิมที่จบการศึกษาจากประเทศตะวันออกกลาง และผู้อพยพหลบหนีไปอยู่ในรัฐต่างๆ ของมาเลเซีย  เพื่อแข็งข้อต่อรัฐบาลไทย โดยให้ หะยีสุหลง โต๊ะมีนา/หะยีสุหลง  บินอับดุลกอเดร์ ประธานคณะกรรมการอิสลาม จ.ปัตตานี และเป็นผู้นำศาสนาที่มีชื่อเสียงดำเนินงานในประเทศไทย โดยจัดตั้งกลุ่มเคลื่อนไหวเพื่อประชาชนปัตตานีหรือ GRP (Geratan Rakyat Patani ) หรือ PPM  ( Patani  People  Movement )  ขึ้นมาเพื่อดำเนินการต่อต้านนโยบายของรัฐบาลไทย

            นายปรีดี พนมยงค์ อดีตนายกรัฐมนตรีได้เขียนบทความเรื่องข้อสังเกตเกี่ยวกับ เอกภาพของชาติกับประชาธิปไตย เมื่อปี พ.ศ.2515   ตามคำเรียกร้องของชุมนุมชาวธรรมศาสตร์ในประเทศอังกฤษและได้นำตีพิมพ์ในวารสารของชุมนุมนั้น เมื่อ 19 สิงหาคม 2515 มีความตอนหนึ่งถึงตนกูมะไฮยิดดินมีความว่า

            เสรีไทยคนหนึ่งได้เล่าให้ข้าพเจ้าฟังว่าที่กรุงเดลฮีมีชาวอังกฤษกลุ่มหนึ่งเลี้ยงเป็นเกียรติแก่ตวนกูผู้นี้ (ตนกูมะไฮยิดดิน) และดื่มให้พรว่า “Long Live THE King of Pattani” ภายหลังสงครามโลกครั้งที่สอง เมื่อสยามได้กลับมามีประชาธิปไตยสมบูรณ์อีก ตวนกูผู้นี้ก็แสดงภักดีต่อสยาม แต่ภายหลังรัฐประหาร พ.ศ.2490 เกิดกรณีที่ครูศาสนาอิสลามปัตตานีบางคน (หะยีสุหลงฯ กับพวก)ถูกตำรวจจับแล้วหายตัวไปโดยมีผู้รู้เห็นว่าถูกเอาตัวไปถ่วงทะเลตาย ตวนกูผู้นี้เลยไม่ยอมกลับมาเมืองไทย โดยตั้งถิ่นฐานถาวรอยู่ในกลันตัน (ปรีดี พนมยงค์, 2547, 8-9)

            เมื่อวันที่ 13 เม..2490 หะยีสุหลงฯ ร่วมกับผู้นำศาสนาประมาณ 100 คน ได้เสนอข้อเรียกร้องเกี่ยวกับการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ 7ประการ เพื่อส่งให้รัฐบาลของพลเรือตรีหลวงธำรง นาวาสวัสดิ์ ผ่านคณะกรรมการสอดส่องภาวการณ์ใน 4 จังหวัดภาคใต้ ซึ่งรัฐบาลได้ตั้งก่อนหน้านี้ประมาณเดือนเศษ โดยมีรายละเอียดข้อเรียกร้อง สรุปได้ดังนี้

            1.  ขอให้ปกครอง 4 จังหวัดนี้เป็นแคว้นหนึ่ง โดยมีผู้ดำรงตำแหน่งอย่างสูง ให้มีอำนาจใน

การศาสนาอิสลาม มีอำนาจแต่งตั้งและปลดข้าราชการออกได้ ผู้ดำรงตำแหน่งนี้ต้องเป็นมุสลิมใน 4 จังหวัด

            2.  การศึกษาในชั้นประถมต้นจนถึงชั้นประถม 7 ให้มีการศึกษาภาษามลายูตลอด

            3.  ภาษีที่เก็บได้ให้ใช้ภายใน 4 จังหวัดนี้เท่านั้น

            4.  ในจำนวนข้าราชการทั้งหมดขอให้มีข้าราชการชาวมลายูร้อยละ 80   

            5.  ขอให้ใช้ภาษามลายูควบกับภาษาไทยเป็นภาษาราชการ

            6.  ให้คณะกรรมการอิสลามจังหวัดมีเอกสิทธิ์ออกระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติการศาสนา

อิสลามโดยความเห็นชอบของผู้มีอำนาจสูงสุด

            7.  ให้ศาลรับพิจารณาตามกฎหมายอิสลาม แยกจากศาลจังหวัด มีโต๊ะกาลี (กอฎี หรือ

 ดะโต๊ะยุติธรรม) ตามสมควรและมีเสถียรภาพในการพิจารณาชี้ขาด (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร , 2547 ,86-87)

            ในขณะเดียวกัน หะยีดาโอ๊ะ บิน หะยินมะดีเยาะ ประธานกรรมการอิสลามประจำจังหวัดนราธิวาสได้ยื่นคำขอ 11 ข้อต่อคณะกรรมการชุดดังกล่าวและมีเนื้อหาทำนองเดียวกัน แต่เพิ่มเติมบ้าง เช่น ขอให้หยุดราชการในวันศุกร์ ให้กระจายเสียงวิทยุภาษามลายูและให้ทางราชการตักเตือนมิให้ประชาชน(ไทย) ใช้คำว่า  แขก  ส่วนชาวมลายูทั่วไปได้ยื่นคำร้องทุกข์ต่อคณะกรรมการสอดส่องฯ รวมทั้งสิ้น 20 เรื่อง ข้าราชการที่ถูกกล่าวหามีทั้งปลัดอำเภอ นายตำรวจ พนักงานสวน-ยาง พนักงานที่ดินและเจ้าหน้าที่ด่านศุลกากร ดังนั้นรัฐบาลจึงแต่งตั้งกรรมการขึ้นอีกชุดเรียกว่า กรรมการสืบสวนคำร้องของชาวไทยอิสลาม ประกอบด้วยผู้แทนกระทรวง ทบวง และกรมที่มีข้าราชการถูกฟ้องร้องกล่าวหา (เฉลิมเกียรติ  ขุนทองเพชร ,2547 ,88)

            พลเรือตรีหลวงธำรงนาวาสวัสดิ์ นายกรัฐมนตรีได้นำเรื่องเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี และมีความเห็นว่าให้ให้ตามคำขอ 7 ข้อไม่อาจกระทำได้เพราะ ...รูปแบบการปกครองเวลานี้ดีแล้ว ถ้าจะจัดเป็นรูปมณฑลไม่สมควรเพราะจะเป็นการแบ่งแยก...แต่ได้มีมติคณะรัฐมนตรีแยกได้ 6 ประเด็น อาทิ ด้านการปกครองได้มอบหมายให้กระทรวงมหาดไทยรับเรื่องจัดรูปแบบนโยบายการปกครองไปพิจารณา นอกจากนั้นยังมีนโยบายให้สิทธิแก่นักเรียนมลายูมุสลิมเข้าเป็นนักเรียนนายร้อยทหารตำรวจ สำหรับการหยุดราชการในวันศุกร์คณะรัฐมนตรีไม่ขัดข้อง ส่วนการแต่งตั้งข้าราชการนั้นรัฐบาลมีนโยบายจะคัดเลือกตัวบุคคลเป็นพิเศษโดยกำหนดให้ต้องมีพื้นความรู้ภาษามลายูตลอดจนขนบธรรมเนียมประเพณีของชาวมลายูมุสลิม อีกทั้งจะให้เงินค่า เบี้ยภาษา เพื่อส่งเสริมให้ข้าราชการสนใจศึกษาภาษามลายู

            ด้านการพัฒนาเศรษฐกิจ มีนโยบายจะซ่อมแซมถนนหนทางเพื่อให้การคมนาคมสะดวก โครงการส่งเสริมการทำสวนยางและปรับปรุงวิธีการผลิตเพื่อให้มีรายได้เพิ่ม  ด้านการศาสนาและวัฒนธรรม มีนโยบายให้ประกอบกิจทางศาสนาและปฏิบัติตามวัฒนธรรมได้โดยเสรีแต่ต้องไม่ขัดต่อความสงบเรียบร้อยของบ้านเมือง ทั้งมีโครงการจะสร้าง สุเหร่าหลวง ให้เป็นที่สง่างามประจำจังหวัดๆ ละ 1 แห่ง นโยบายให้ผู้นำศาสนาจังหวัดละ 3 คนเดินทางเข้ากรุงเทพฯเพื่อเป็นตัวแทนร่วมถวายพระพรเนื่องในวันเฉลิมพระชนมพรรษาด้วย ด้านการศาลรัฐบาลกำลังแต่งตั้งดะโต๊ะ ยุติธรรมเพื่อวินิจฉัยชี้ขาดคดีทางศาสนาตามหลักการศาสนาอิสลามอยู่แล้วโดยจะให้มีดะโต๊ะ- ยุติธรรมจังหวัดละ 2 คน แต่ไม่มีความเห็นให้แยกศาลศาสนาตามที่ร้องขอ ด้านการศึกษามีนโยบายสอนภาษามลายูตามที่ผู้นำชาวมลายูมุสลิมร้องขอ โดยให้มีการเรียนการสอนสัปดาห์ละ 5 ชั่วโมง สำหรับครูผู้สอนจะเลือกผู้ที่มีความรู้เรื่องภาษามลายูดีถึงแม้ว่าจะมีคุณวุฒิต่ำกว่าที่ทางรัฐบาลกำหนดก็ไม่ถือเป็นเรืองสำคัญ ส่วนการหาทางเพิ่มจำนวนข้าราชการนั้นรัฐบาลได้ให้นักเรียนมุสลิมเข้าเรียนในระดับมัธยมศึกษาโดยไม่ต้องสอบคัดเลือก หากล้นชั้นให้จัดหาครูและที่เรียนเพิ่ม อีกทั้งไม่ต้องจ่ายค่าเล่าเรียนจนสำเร็จการศึกษาซึ่งรวมถึงพวกที่เรียนสายวิชาชีพด้วย  ด้านการสื่อสารมวลชนรัฐบาลมอบให้กรมโฆษณาการรับนโยบายไปพิจารณาโดยจะมีรายการวิทยุภาคภาษามลายู นอกจากนั้นจะจัดให้พิมพ์หนังสือภามลายูส่งไปแจกจ่ายเผยแพร่เป็นครั้งคราว  อย่างไรก็ตามการพิจารณาเพื่ออนุมัตินโยบายดังกล่าวต้องใช้เวลาพอสมควร นอกจากนั้นยังประสบปัญหาผลกระทบจากสงครามมหาเอเชียบูรพาด้านเศรษฐกิจตกต่ำจึงทำให้เกิดความล่าช้า กระทั่งขุนเจริญ วรเวชช์ (เจริญ สืบแสง) สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดปัตตานีตั้งกระทู้ถามในวันที่ 4 สิงหาคม พ.ศ.2490 ถึงเรื่องคำขอ 7 ข้อว่า ขณะนี้รัฐบาลกำลังดำเนินการถึงขั้นใด เพราะนับตั้งแต่ยื่นคำขอเมื่อต้นเดือนเมษายนที่ผ่านมาจนกระทั่งบัดนี้เวลาได้ผ่านไปสี่เดือนแล้ว ซึ่งรัฐบาลก็ตอบให้ทราบว่ากำลังพิจารณาอยู่ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,91-93)

            อย่างไรก็ตาม ปัญหาหนึ่งที่เป็นประเด็นสำคัญให้เกิดการเรียกร้องรุนแรงขึ้นคือประเด็นการแยกศาลศาสนาออกจากศาลจังหวัดซึ่งมีมาโดยตลอด และต่อมาได้ทำให้สถานการณ์เปลี่ยน แปลงไปในเชิงการต่อสู้ในรูปแบบขบวนการมากขึ้น  โดยเมื่อวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ.2490 พลเรือตรีถวัลย์ ธำรงนาวาสวัสดิ์  ในฐานะรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมได้มีคำสั่งบรรจุแต่งตั้งดะโต๊ะ ยุติธรรมศาลจังหวัดนราธิวาส ศาลจังหวัดยะลา ศาลจังหวัดเบตงและศาลจังหวัดสตูล ทั้งมีหนังสือถึงหะยีสุหลงแจ้งให้ทราบว่า ทางรัฐบาลได้พิจารณาใคร่ครวญในเรื่องนี้แล้ว เห็นว่ายังไม่มีเหตุอันสมควรที่จะให้แยกศาล วิธีการเช่นนี้ได้เคยปฏิบัติมาแต่ในกาลก่อนโดยไม่มีอุปสรรคขัดข้องอย่างไร หวังว่าท่านคงจะเห็นใจและชี้แจงแก่บรรดาผู้ที่มีข้อข้องใจให้ทราบทั่วกันและในเวลาต่อมารัฐบาลพยายามเกลี้ยกล่อมให้หะยีสุหลงรับตำแหน่งดะโต๊ะยุติธรรมอีกครั้งเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม พ.ศ.2490 แต่ถูกปฏิเสธด้วยเหตุผลเกรงประชาชนจะว่าได้ ว่าขอแยกศาลพิจารณาแต่รัฐบาลไม่ยอมให้แยก แล้วกลับมายอมรับเป็นดะโต๊ะยุติธรรม (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,100-101)

            ภายหลังการรับหนังสือดังกล่าว หะยีสุหลงได้ใช้วิธีการต่อต้านนโยบายรัฐบาลโดยการสร้างพลังทางการเมืองเป็น 2 ลักษณะคือการปลุกระดมและขอความร่วมมือกับตนกูมะไฮยิดดินบุตรคนที่ 7 ของเจ้าเมืองปัตตานีคนสุดท้ายซึ่งขณะนั้นอยู่ในประเทศมาเลเซีย (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,102-110) โดยเริ่มจากการปลุกระดมผ่านองค์กรทางสังคมของมุสลิมได้แก่ สุเหร่าหรือมัสยิดและปอเนาะ  ซึ่งปรากฏว่าในวันศุกร์ที่ 15 สิงหาคม พ.ศ.2490 หะยีสุหลงไปประชุมราษฎรมลายูมุสลิมประมาณ 100 คนที่สุเหร่าปรีกี ตำบลกะโด อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานีเกี่ยวกับเรื่องศาสนาและปลุกใจให้รักท้องถิ่นทำนองโจมตีรัฐบาลไทยว่าปกครองชาวมลายูใน 4 จังหวัดมาประมาณ 40 ปีแล้วไม่ได้ทำประโยชน์และบ้านเมืองให้ดีขึ้นและชักชวนให้ผู้ที่มาร่วมชุมนุมไปออกเสียงร้องเรียนที่จังหวัดเพื่อขอปกครองตนเอง โดยกล่าวว่าหากรัฐบาลยินยอมจะเชิญตนกูมะไฮยิดดินบุตรชายของรายาอับดุลกาเดร์ อดีตเจ้าเมืองปัตตานีมาเป็นหัวหน้าของสี่จังหวัดภาคใต้ แต่ถ้ารัฐบาลไม่ยอมตามคำขอก็จะพากันไปร้องเรียนให้สำเร็จให้ได้ ส่วนในปอเนาะเริ่ม

จากการแนะนำสั่งสอนให้เล่าเรียนการศาสนาและปลุกใจให้ระลึกถึงเชื้อชาติมลายูโดยถือว่าภาษามลายูเป็นภาษาประจำเชื้อชาติและเป็นภาษาของศาสนาอิสลาม ทั้งยกเหตุการณ์ที่จอมพล ป.พิบูลสงคราม ได้ดำเนินนโยบายในอันที่จะทำลายเชื้อชาติ ภาษาและศาสนาของชาวมลายู แต่ไม่ปรากฏชัดเจนว่าการใช้ปอเนาะเป็นแหล่งปลูกสำนึกของหะยีสุลงดำเนินไปได้กว้างไกลเพียงใด (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,103)

            การดำเนินงานของหะยีสุหลงกลายเป็นกลุ่มต่อต้านรัฐบาลอย่างเต็มรูปแบบเมื่อมีผู้ร่วมมือช่วยเหลือและยิ่งกว่านั้นได้ออกระเบียบข้อบังคับของกลุ่มหรือที่เรียกเป็นภาษามลายูว่า ปราอะโตรัน ปราเกร๊าะกัน ซึ่งพิมพ์จากครื่องพิมพ์ดีดภาษามลายูที่ใช้ในสำนักงานกรรมการอิสลามจังหวัดปัตตานีใกล้บ้านพักหะยีสุหลง ทั้งปรากฏหลักฐานว่าระเบียบข้อบังคับของกลุ่มได้ถูกนำเผยแพร่ในเดือนตุลาคม พ.ศ.2490 มีวัตถุประสงค์ 2 ประการคือ เพื่อก่อตั้งสิทธิให้แก่ชาวมลายู เผ่าพันธ์มลายูให้เจริญมั่นคงอยู่ชั่วกาลนาน และเพื่อก่อตั้งแคว้นมลายูโดยต้องการมีอำนาจที่จะจัดระเบียบแคว้นเสียเองตามขนบธรรมเนียมมลายูภายใต้ความคุ้มครองของรัฐบาลไทย โดยในระเบียบข้อบังคับกำหนดให้มีผู้ดำเนินการเป็น 3 ระดับคือ ประมุข คณะกรรมการทั้งหลาย และประชาชนทั่วไป มีการกำหนดหน้าที่ของบุคคลทั้งสามระดับไว้กล่าวคือ ประมุขมีหน้าที่จัดหาลู่ทางดำเนินงานของกลุ่มตามโอกาสตามยุคและติดต่อกับรัฐบาลต่างประเทศและในประเทศ คณะกรรมการมีหน้าที่ชี้แจงให้ประชาชนทั่วไปเข้าใจวัตถุประสงค์ของกลุ่มและมีหน้าที่เก็บเงินบริจาคจากประชาชนเพื่อเป็นรายจ่ายรวมทั้งมีหน้าที่แก้ไขปัญหาต่างที่อาจมีขึ้นต่อกลุ่ม  ส่วนประชาชนทั่วไปจะต้องร่วมมือช่วยเหลือเชิดชูวัตถุประสงค์ของกลุ่มโดยเต็มกำลังสติปัญญาด้วยความสุจริตใจและความรักนิยมใฝ่ฝันอย่างสุดซึ้งในศาสนา เผ่าพันธุ์และบ้านเกิดเมืองนอนของตน สำหรับการขยายข่ายงานในระเบียบกำหนดให้คณะกรรมการต้องจัดให้มีคณะอนุกรรมการขึ้นตามตำบลและหมู่บ้านต่างๆ เพื่อทำหน้าที่เช่นเดียวกับคณะกรรมการ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 104-105)

            สำหรับการสร้างพลังทางการเมืองประการที่สอง เรื่องขอความร่วมมือกับตนกูมะไฮยิดดินซึ่งเริ่มมีติดต่อกันมาแต่ พ.ศ.2489 กรณีทวงคำมั่นจากอังกฤษที่ให้ไว้แต่สงครามเอเชียมหาบูรพาเรื่องตำแหน่งสุลต่านของปัตตานีนั้น  ไม่ปรากฏหลักฐานว่าหะยีสุหลงได้ดำเนินการใดบ้างเพื่อร่วมมือดังกล่าว นอกจากมีรายงานว่าหะยีสุหลงเป็นเพียงหัวหน้าใหญ่ของชาวมลายูมุสลิมที่ติดต่อกับอังกฤษ  แต่เป็นไปได้ว่าข้อเรียกร้องซึ่งต้องการให้ชาวมลายูมุสลิมผู้หนึ่งมาเป็นผู้ปกครองสี่จังหวัดภาคใต้เป็นตำแหน่งที่สงวนไว้เพื่อตนกูมะไฮยิดดินโดยเฉพาะ สอดคล้องกับเหตุการณ์เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ.2490 ที่สุเหร่าปรีกี อ.ยะรัง จ.ปัตตานี ซึ่งหะยีสุหลงจะเชิญตนกูมะไฮยิดดินมาเป็นหัวหน้าของสี่จังหวัดภาคใต้ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,106-107)

            การดำเนินงานของตนกูมะไฮยิดดินและหะยีสุหลง เริ่มต้นในเดือนตุลาคม 2490 เมื่อมีการเชิญนางสาวบาร์บารา วิททิงนั่ม โจนส์  (Miss Barbara Whittingham Jones) นักข่าวหนังสือพิมพ์สเตรทไทม์ในสิงคโปร์เข้าไปทำข่าวในจังหวัดปัตตานีโดยมีหะยีสุหลงไปรอรับที่สถานีรถไฟโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานีโดยมิสโจนส์ พักที่บ้านหะยีสุหลง 2 คืน จึงเดินทางกลับ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,107-108) ก่อนหน้าที่มิสโจนส์จะเดินทางเกิดเหตุการณ์ร้ายแรงในหมู่บ้านบาลูกาสาเมาะ ตำบลลูกาสาเมาะ อำเภอบาเจาะ จังหวัดนราธิวาส เนื่องจาก ร.ต.ท.ทุ่น ตังคสุ-รัตน์ หัวหน้าสถานีตำรวจภูธรอำเภอบาเจาะ ถูกกลุ่มโจรลอบสังหารภายหลังหลอกแจ้งความว่ามีฆาตกรรมในหมู่บ้านขอให้ไปชันสูตรศพทั้งยึดปืนสะเต็นหลบหนีไปด้วย โดยมีข้อมูลฝ่ายชาวมลายูมุสลิมว่าเมื่อเจ้าหน้าที่ตำรวจทราบข่าวได้เข้าไปจับกุมชาวบ้านผู้หนึ่งไปทรมานและตั้งข้อหาแก่ชาวบ้านทั้งหมดว่าให้ที่ซ่อนโจรและส่งเสบียงอาหารให้โจร หลังจากนั้นจึงเผาหมู่บ้านวอดวายทำให้ชาวบ้าน 29 ครัวเรือนไร้ที่อยู่อาศัย (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,108)

            ต่อมาหนังสือพิมพ์สเตรทไทม์ได้ลงข่าวฉบับวันที่ 3 พฤศจิกายน 2490 เนื้อความส่วนใหญ่โจมตีการกระทำของข้าราชการในจังหวัดปัตตานีและนราธิวาส เป็นต้นว่าพบเห็นนโยบายที่รัฐบาลไทยกดขี่และจะกลืนชาติมลายู ข้าราชการไทยดูถูกเกลียดชังชาวมลายูและข่มขืนหญิงชาวมลายู ตำรวจเผาหมู่บ้านโดยกล่าวหาว่าให้ที่ซ่อนโจรโดยมิได้สอบสวนหาข้อเท็จจริงเสียก่อน ชาวมลายูมุสลิมไม่มีเสรีภาพในการพูด ไม่มีหนังสือพิมพ์จะอ่าน วิทยุก็ไม่มีฟัง ไม่มีที่จะแสดงความคิดเห็นนอกจากในสุเหร่าหรือมัสยิดเท่านั้นและลงท้ายบทความว่าชาวปัตตานีกำลังจะกอบกู้เอกราชโดยมีสำนักงานใหญ่อยู่ที่กลันตันโดยการนำของตนกูมะไฮยิดดิน ขณะเหตุการณ์กำลังดำเนินไปคณะทหารนำโดยพลโทผิน ชุณหะวันก่อรัฐประหารล้มรัฐบาลพลเรือตรีถวัลย์ ธำรงนาวสวัสดิ์เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2490 โดยกล่าวอ้างว่ารัฐบาลไม่มีสมรรถภาพในการบริหารราชการแก้ไขปัญหาของประเทศ เป็นเหตุให้นายปรีดี พนมยงค์ซึ่งถูกเพ่งเล็งว่ามีส่วนรู้เห็นในการลอบปลงพระชนม์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ.2489 ต้องหลบหนีไปสิงคโปร์ ต่อมาได้ปลดนายแช่ม พรหมยงค์ซึ่งถูกเพ่งเล็งว่าเป็นพวกของนายปรีดีฯ ออกจากตำแหน่งจุฬาราชมนตรีพร้อมแต่งตั้งให้นายควง อภัยวงศ์ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี(เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,108-110)

            เหตุการณ์ภายหลังการยื่นข้อเรียกร้องและติดตามผลดำเนินการอันเป็นห้วงเวลาเดียวกับที่มิสโจนส์เดินทางมายังปัตตานีและเกิดเหตุการณ์วุ่นวายหลายเหตุการณ์ดังกล่าว ในระหว่างเดือนตุลาคมกับพฤศจิกายน พ.ศ.2490 มีการปล้นสะดมเกิดขึ้นราว 200 ราย บางรายถูกปล้นและเผาบ้านด้วย โดยเฉพาะคนไทยพุทธถูกปล้นมากที่สุด ผู้ที่ถูกปล้นส่วนใหญ่ให้การกับตำรวจว่าเมื่อผู้ร้ายลงจากบ้านเรือนไปแล้วจะร้องตะโกนว่า อิโดะมลายู (มลายูจงตื่นเถิด) นอกจากนั้นมีการเผาโรงเรียนของรัฐบาลในเขตเทศบาลเมืองปัตตานี 1 แห่งและมีผู้นำใบปลิวปิดทิ้งไว้ตามที่ต่างๆ มีข้อความชักชวนให้ชาวมลายูมุสลิมตื่นตัวทางการเมือง ใบปลิวส่วนใหญ่มีข้อความว่า ไทยคือไทย มลายูคือมลายู ชาวมลายูจงตื่นเถิด ชาติมลายูจงเจริญ เหตุการณ์ดำเนินถึงเดือนมีนาคม พ.ศ.2491 ปรากฏข่าวโรงเรียนในเขตเทศบาลเมืองปัตตานีถูกเผา 3 หลัง และมีข่าวก่อกวนอยู่เนืองๆ เช่นจะมีกองโจรเข้าปล้นตลาดบ้าง จะปล้นเมืองบ้าง จะเผาที่ว่าการอำเภอบ้าง ความไม่สงบในจังหวัดปัตตานีตั้งแต่ปลายปี พ.ศ.2490 เป็นต้นมานี้เองทำให้รัฐบาลเพิ่มความสนใจเอาใจใส่มากขึ้นในเวลาต่อมา (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,105-106)

            ภายหลังการรัฐประหาร รัฐบาลของนายควง อภัยวงศ์ได้มอบหมายให้นายบรรจง ศรีจรูญสมาชิกพฤฒสภาซึ่งเป็นชาวมลายูมุสลิมกรุงเทพฯเดินทางไปเชิญตนกูมะไฮยิดดินมาปรึกษาเพื่อแก้ไขปัญหาสี่จังหวัดภาคใต้ หลังจากพบกันที่ตำบลลันตูปันยาง รัฐกลันตันแล้วนายบรรจงฯได้แวะจังหวัดปัตตานีเพื่อบอกข่าวแก่หะยีสุหลงในวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ.2490 ว่าตนกูมะไฮยิดดินจะไปเจรจากับรัฐบาลไทยที่กรุงเทพฯเรื่องสี่จังหวัดภาคใต้ทำให้หะยีสุหลงเดินทางไปพบกับตนกูมะไฮยิดดินในวันถัดมา ด้วยเหตุนี้ทำให้หะยีสุหลงคิดและจัดทำหนังสือฉันทานุมัติที่มีลายเซ็นและลายนิ้วมือของชาวมลายูมุสลิมปัตตานีเพื่อที่จะมอบให้ตนกูมะไฮยิดดินเป็นตัวแทนเจรจากับรัฐบาลไทยเกี่ยวกับคำขอ 7 ข้อ หนังสือฉันทานุมัติดังกล่าวลงวันที่ 5 มกราคม พ.ศ.2491 ความว่า   

            …“บัดนี้ชาวมลายูอิสลามซึ่งอยู่ในความปกครองของไทยได้รับความบีบคั้น ความเจ็บช้ำ ความทารุณ ซึ่งข้าราชการและรัฐบาลไทยกระทำแก่ชาวมลายูแต่ละคนแก่ชาวมลายูทั้งคณะ แก่ชาติและศาสนาของชาวมลายูจนไม่สามารถจะทนทานได้  แม้จะได้ร้องเรียนต่อเจ้าหน้าที่และรัฐบาลไทยแล้วก็มิได้รับการพิจารณาจากเจ้าหน้าที่และรัฐบาลไทยให้เป็นที่พอใจเลย ฉะนั้น ชาวมลายูจึงขอมอบฉันทานุมัติให้ตนกูมะฮะหมุดมะฮะยิดดิน บุตรตนกูอับดุลกาเดร์พระยาเมืองปัตตานีซึ่งอยู่ที่กลันตันมีอำนาจเต็มหาช่องทางให้ชาวมลายูได้ดำรงชาติมลายูและให้ได้คงนับถือศาสนาอิสลามและโดยสิทธิต่างๆ แห่งเชื้อชาติมลายูและได้รับความเป็นมนุษยธรรม... และได้ชักชวนให้ชาวมลายูมุสลิมตำบลต่างๆ ลงชื่อ เช่น ตำบลอาเนาะรู ตำบลปูยุต อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,121-122)

            ในเดือนมกราคม พ.ศ.2491 จะมีการเลือกตั้ง แต่มีข่าวแพร่กระจายว่าชาวมลายูมุสลิมมีแผนการที่จะขัดขวางการเลือกตั้ง (นสพ.สยามนิกร, 2491 ใน ปิยนาถ บุนนาค, 2546 ,123) ซึ่งอาจเป็นสาเหตุหนึ่งที่ต้องจับกุมหะยีสุหลงในเวลาต่อมาเพราะเกรงว่าอาจก่อความวุ่นวายในการเลือกตั้ง โดยเมื่อวันที่ 16 มกราคม 2491 อำเภอยะรังได้จับกุมตัวนายหะยีแวอุเซ็ง แวเด็ง พร้อมยึดหนังสือฉันทานุมัติซึ่งยอมรับว่าเอามาจากหะยีสุหลง และได้เข้าจับกุมหะยีสุหลงในเย็นวันเดียวกันที่บ้านพัก จากการตรวจค้นพบเครื่องพิมพ์ดีดภาษามลายู 1 เครื่องซึ่งมีเอกสารหนังสือฉันทานุมัติที่จะส่งไปให้ตนกูมะไฮยิดดินพิมพ์คาเครื่องอยู่ ในวันเดียวกันได้จับกุมผู้ร่วมกับหะยีสุหลงอีก 1 คนได้แก่นายแวมะมิง ซิเด็ง ซึ่งเป็นผู้ชักชวนราษฎรตำบลอาเนาะรูและตำบลปูยุตให้ร่วมลงชื่อ และบุคคลอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องอีกในเวลาต่อมาอีก 4 คน ภายหลังการจับกุมหะยีสุหลงกับพวกมีชาวมลายูมุสลิมมาชุมนุมประท้วงอยู่ราว 200-300 คนในวันที่ 19 และ 22 มกราคม พ.ศ.2491 (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547 ,122-127) ปฏิกริยาต่อการจับกุมหะยีสุหลงและพวกคือภายหลังการจับกุมชาวมลายูมุสลิมได้ประท้วงหน้าสถานีตำรวจตะลุบัน (สภ.อ.สายบุรี) ที่คุมขังผู้ต้องหา เรียกร้องให้ข้าหลวงปัตตานีชี้แจงเหตุผลในการจับกุมและขอให้มีการประกันตัว แต่รัฐบาลไม่ให้ประกันตัวพร้อมทั้งศาลมีคำสั่งให้โอนการพิจารณาคดีไปยังศาลจังหวัดนครศรีธรรมราชตามคำร้องของอัยการ เหตุการณ์ยังดำเนินต่อไปโดยมีการแจกจุลสารและใบปลิวโฆษณาชักชวนให้ชาวมลายูมุสลิมทั่วไปให้สนับสนุนข้อเรียกร้องดังกล่าว (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 124) หะยีสุหลงกับพวกรวมห้าคนถูกดำเนินคดีฐานก่อกบฏทุกคนให้การปฏิเสธตลอดข้อกล่าวหาว่าไม่ได้กบฏและมีการควบคุมตัวไปยังจังหวัดนครศรีธรรมราชในวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ.2491 โดยขึ้นรถไฟที่สถานีรถไฟโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี ต่อมาในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2492 เมื่อสิ้นสุดการพิจารณาศาลชั้นต้นได้พิพากษาประเด็นในหนังสือฉันทานุมัติไว้ว่า ...ข้อความในใบมอบฉันทานุมัติเป็นข้อความที่ก่อให้เกิดความดูหมิ่นรัฐบาลและข้าราชการแผ่นดิน ทั้งได้กระทำให้ปรากฏในหมู่ประชาชนแล้ว นายหะยีสุหลงจำเลยก็ต้องมีความผิดฐานกบฏภายในพระราชอาณาจักรตามกฎหมายลักษณะอาญา มาตรา 104....ให้จำคุกจำเลยไว้กำหนด 3 ปี ข้อหาของโจทก์อื่นๆ นั้นให้ยกเสีย และให้ยกฟ้องโจทก์เฉพาะนายหยีและ ดาโต๊ะ จำเลยและให้ปล่อยตัวพ้นข้อหาไป... (เฉลิมเกียรติ ขุนทอง-เพชร, 2547,147-148)  ศาลอุทธรณ์พิพากษาในวันที่ 7 มิถุนายน 2493 ปรากฏในคำพิพากษาว่า,,,หะยีสุหลงจำเลยจึงไม่มีความผิดตามกฎหมายลักษณะอาญามาตรา 105 และมาตรา 109 คงมีความผิดเฉพาะมาตรา 104 ตามที่ศาลชั้นต้นชี้ขาดไว้เท่านั้นซึ่งเป็นความผิดฐานกบฏภายในราชอาณาจักร...แต่ศาลอุทธรณ์เห็นว่าจำเลยทั้งสามคนหลัง (นายแวสะแม มูฮัมหมัด นายหะยีแวอุเซ็ง แวเด็ง และนายแวมะมิง ซิเด็ง ซึ่งเป็นผู้นำหนังสือฉันทานุมัติไปจ้างโรงพิมพ์ และไปให้ราษฎรลงชื่อตามลำดับ) เป็นเพียงศิษย์ซึ่งย่อมทำตามหะยีสุหลงมอบหมาย ตามกฎหมายไม่จำเป็นต้องลงโทษเท่ากัน อีกทั้งโทษที่ศาลชั้นต้นกำหนดมาก็เหมาะสมแล้วและไม่ต้องด้วยลักษณะอันพึงลดโทษฐานปรานีให้ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร, 2547 ,154-155) สุดท้ายมีความเห็นเป็นเอกฉันท์พิพากษาแก้โทษเฉพาะหะยีสุหลงให้จำคุกมีกำหนด 7 ปี แต่เนื่องจากคำให้การของจำเลยในชั้นศาลและในชั้นสอบสวนมีประโยชน์ต่อการพิจารณาคดี จึงลดโทษฐานปรานีให้ 1 ใน 3 จึงต้องรับโทษจำคุกมีกำหนด 4 ปี 8 เดือน ส่วนจำเลยอื่นให้ยืนตามคำพิพากษาศาลชั้นต้น (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร, 2547,155)  และศาลฎีกาพิจารณาพิพากษายืนตามศาลอุทธรณ์ในวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ.2493 โดยใช้เวลาพิจารณาคดีทั้งสามศาลเกือบ 3 ปี ส่วนศาลฎีกาพิพากษายืนตามศาลอุทธรณ์ (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร, 2547,156) แต่ด้วยเหตุผลทางการเมืองทั้งหมดได้ถูกปล่อยตัวเมื่อ พ..2493

            อย่างไรก็ตามเหตุการณ์สะสมภายหลังการจับกุมหะยีสุหลงกับพวกในวันที่ 16 มกราคม พ.ศ.2491 ทำให้หนังสือพิมพ์บางฉบับที่ออกในมลายาและสิงคโปร์ได้ตีพิมพ์เรื่องราวการกบฏ และการอพยพของชาวไทยมุสลิมจากชายแดนภาคใต้เข้าไปในมลายา โดยบางฉบับโจมตีว่ารัฐบาลไทยเข้มงวดกวดขันและกดขี่ชนมุสลิม รัฐบาลไทยดำเนินนโยบายผสมกลมกลืนชาวมลายูอย่างไม่ถูกต้อง ได้รับการปฏิบัติอย่างป่าเถื่อนจากเจ้าหน้าที่ พร้อมเรียกร้ององค์การทั้งหลายในมลายาให้กระทำการทุกอย่างเพื่อช่วยเหลือชาวมุสลิมดังกล่าว  นอกจากนี้ ยังร้องเรียนไปยังองค์การสหประชาชาติให้ส่งกรรมการมาสืบสวนเรื่องโดยเร็วที่สุดด้วยคำร้องบางฉบับยังส่งไปถึงนายแอตลี่ นายกรัฐมนตรีอังกฤษขอให้ยับยั้งการรับรองรัฐบาลนายควง อภัยวงศ์ จนกว่าจะได้แก้ไขความทุกข์ยากเดือดร้อนของชาวมลายูมุสลิมในปัตตานีแล้ว (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 125-126)

            ในเดือนมีนาคม พ.ศ.2491 รัฐบาลนายควง อภัยวงศ์ ได้ยอมรับว่ามีความไม่สงบในหมู่ชนมุสลิมทางภาคใต้และมีการเสนอรายงานซึ่งส่วนใหญ่ได้รับการขยายความอย่างมากจากกลุ่มผลประโยชน์และมักเป็นไปในเรื่องการแยกดินแดนมากจนเกินไป รัฐบาลจึงต้องพิจารณารายงานและปัญหาดังกล่าวอย่างละเอียดถี่ถ้วนและระมัดระวังอย่างยิ่งก่อนที่รัฐบาลจะดำเนินการอย่างหนึ่งอย่างใดลงไป (นันทวรรณ ภู่สว่าง, 2521 ,26) ด้วยเหตุนี้รัฐบาลจึงตอบสนองด้วยการยืนยันว่าจะให้เสรีภาพในการนับถือศาสนาอย่างเต็มที่และให้คำสัญญาว่าจะปฏิรูปบริเวณที่เกิดปัญหาพร้อมจะแต่งตั้งชาวมลายูมุสลิมเป็นข้าหลวงพิเศษทำหน้าที่ปรึกษาด้านกิจการศาสนาแก่เจ้าหน้าที่ในพื้นที่ดังกล่าว นอกจากนี้นายกรัฐมนตรียังแสดงความตั้งใจจะแต่งตั้งบุคคลเข้าดำรงตำแหน่งประธานกรรมการอิสลามแห่งประเทศไทยสืบต่อนายแช่ม พรหมยงค์ ซึ่งได้หลบหนีออกนอกประเทศ (นันทวรรณ ภู่สว่าง, 2521 ,25-26)

            ส่วนข้อเสนอต่างๆ ที่รัฐบาลไม่อาจตอบสนองได้นั้น รัฐบาลโดยนายควง อภัยวงศ์ นายก -รัฐมนตรีได้ให้เหตุผลตามประเด็นต่อไปนี้ (นันทวรรณ ภู่สว่าง, 2521 ,27)

            ประการแรก การขอให้ตั้งข้าหลวงใหญ่ของสี่จังหวัดภาคใต้รัฐบาลเกรงว่าความเคลื่อนไหวดังกล่าวจะเป็นตัวอย่างให้ภาคอื่นๆ ของประเทศเรียกร้องอย่างเดียวกันบ้าง

            ประการที่สอง ข้อเสนอที่ว่าในเมื่อประชากรส่วนใหญ่ของสี่จังหวัดภาคใต้มีชาติพันธุ์

ความเชื่อและขนบธรรมเนียมประเพณีผูกพันอยู่กับมลายาก็ควรให้เดินแดนดังกล่าวเข้าร่วมกับสหพันธ์มลายาเสียเลย นายกรัฐมนตรีเห็นว่าถ้านำสิ่งเหล่านี้มาเป็นบรรทัดฐานในการแยกดินแดนแล้ว ประเทศไทยก็คงจะไม่มีเหลือเพราะชนกลุ่มน้อยอื่นๆ ในพระราชอาณาจักรก็คงเรียกร้องอย่างเดียวกัน แม้แต่ข้อเรียกร้องให้มีการลงคะแนนเสียงประชามติในสี่จังหวัดก็ไม่อาจพิจารณาได้ เพราะไทยเองเคยเสนอแบบเดียวกันนี้ในกรณีพิพาทชายแดนอินโดจีนกับฝรั่งเศส ฝ่ายฝรั่งเศสเองก็ไม่ยอมรับ

            ประการที่สาม กรณีมีการส่งคำร้องขอแยกดินแดนไปยังสหประชาชาติ นายกรัฐมนตรีกล่าวเป็นทำนองว่า หลักการที่มหาอำนาจสัมพันธมิตรหลังสงครามโลกยึดถือ คือการฟื้นฟูสถานะเดิมของดินแดนในภูมิภาคเอเชียที่ถูกยึดครองให้เป็นเหมือนเช่นที่เป็นอยู่ในปี พ.ศ.2482 ในเมื่อประเทศไทยไม่ได้ถูกบังคับให้คืนดินแดนดังกล่าวในเวลานั้นก็ย่อมชี้ให้เห็นอย่างแน่ชัดแล้วว่าประเทศไทยเป็นเจ้าของดินแดนนี้ พลเมืองมลายูในท้องถิ่นก็ได้รับการยอมรับว่าเป็นไทยเต็มตัวภายใต้รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยอยู่แล้ว

            เพื่อให้การดำเนินนโยบายใหม่มีประสิทธิภาพรัฐบาลจึงมอบให้ ม.ร.ว.เสนีย์ ปราโมช รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเดินทางไปสอบสวนข้อเท็จจริงเกี่ยวกับความเดือดร้อนของชาวไทยมุสลิมในพื้นที่ นอกจากนั้นยังปรับปรุงหลายประการ เช่น การย้ายข้าราชการที่ฉ้อราษฎร์บังหลวง การให้สอนภาษามลายูในระดับประถม ทั้งยังให้มีการปรับปรุงเศรษฐกิจด้วย อย่างไรก็ดีรัฐบาลของนายควง อภัยวงศ์ก็ถูกบีบบังคับให้ลาออกในเดือนเมษายน พ.ศ.2491 เพื่อหลีกทางให้จอมพล ป.พิบูลสงครามเข้ามาเป็นนายกรัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่ง (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 127-128)และภายหลังจอมพล ป.พิบูลสงคราม ได้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีเป็นครั้งที่ 2 (ระหว่างเดือนเมษายน พ.ศ.2491 ถึงเดือนกันยายน พ.ศ.2500) ได้เห็นในความสำคัญและคาดหวังต่อการแก้ไขปัญหา การดำเนินนโยบายผ่อนปรนต่อชาวไทยมุสลิมดังจะเห็นได้จากการแต่งตั้งนายอับดุลลาห์ หลังปูเต๊ะ ชาวมลายูมุสลิมสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสตูลซึ่งเป็นชั้นหลานของรายาแห่งสตูลในตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (นันทวรรณ ภูสว่าง, 2521, 28)

            แต่จากกรณีตั้งแต่ปลายปี พ.ศ.2490 ซึ่งมีการปล้นสะดมภ์ แจกใบปลิวต่อสู้เรียกร้องและเกิดความวุ่นวาย ทั้งกรณีมีข่าวการต่อต้านการเลือกตั้งในเดือนมกราคม พ.ศ.2491 จนถึงนายหะยีสุหลงฯ ถูกจับกุมและการกดดันโดยการเมืองระหว่างประเทศผ่านสื่อมวลชนในประเทศมาเลเซียทำให้เกิดความไม่พอใจสะสมเพิ่มขึ้นในชาวมลายูมุสลิม กระทั่งนักวิชาการบางส่วนมองว่าเป็นเหตุให้เกิดความไม่สงบรุนแรงขึ้นเมื่อ 25 เมษายน พ.ศ.2491 ที่เรียกว่า จลาจล  2491” หรือ กบฏดุซงญอในพื้นที่ ต.ดุซงญอ  .จะแนะ และ ต.ตันหยงมัส  .ระแงะ  .นราธิวาส  ซึ่งเหตุการณ์ได้ขยายลุกลามไปยังพื้นที่  .ยะลา  และ อ.สายบุรี  .ปัตตานี  รัฐบาลต้องปราบปรามอยู่ร่วมปีเหตุการณ์สงบลง ผู้ก่อการหลายคนและชาวมลายูมุสลิมได้อพยพหลบหนีไปอยู่ในรัฐกลันตันและรัฐอื่น ๆ ของประเทศมาเลเซียนับพันคน

            อย่างไรก็ตามเหตุการณ์ที่ตำบลดุซงญอปรากฏในรายงานการประชุมสภาผู้แทนราษฎรครั้งที่ 8 เมื่อวันที่ 29 เมษายน พ.ศ.2491 ว่าเป็นการปะทะระหว่างตำรวจกับราษฎรชาวมลายูมุสลิมจำนวนประมาณ 2,000 คน การปะทะมีติดต่อกัน 2 วัน ราษฎรเสียชีวิต 30 คน ตำรวจเสียชีวิต 5 คน และ ร.ต.อ.บุญเลิศ เลิศปรีชา หัวหน้าหน่วยปราบปรามได้รับบาดเจ็บ ทั้งปรากฏว่าคณะกรรมการสอบสวนซึ่งรัฐบาลตั้งขึ้นเพื่อเดินทางไปสอบสวนหาสาเหตุของการจลาจลโดยมีพระยาอมรฤทธิธำรง (พร้อม ณ ถลาง) เป็นประธานกรรมการ และ พ.ต.อ.เผ่า ศรียานนท์ (ยศในขณะนั้น) รองอธิบดีกรมตำรวจเป็นรองประธานกรรมการ นอกจากนั้นยังมีนายเจ๊ะอับดุลลาห์ หลังปูเต๊ะ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการเป็นกรรมการร่วมด้วยผู้หนึ่ง รายงานต่อรัฐบาลว่าการจลาจลเกิดขึ้นเพราะความเข้าใจผิด เนื่องจากมีการประชุมของชาวมลายูมุสลิมเป็นจำนวนมากเกี่ยวกับไสยศาสตร์คือพิธีอาบน้ำมันมนต์ซึ่งเชื่อว่าทำให้อยู่ยงคงกระพันฟันแทงไม่เข้า เหตุการณ์นี้เป็นที่ผิดสังเกตของตำรวจจึงขอเข้าตรวจค้น แต่ชาวบ้านไม่ยอมจึงเกิดปะทะกันลุกลามใหญ่โตขึ้น เหตุของจลาจลไม่ได้มาจากเรื่องการเมือง (เฉลิมเกียรติ ขุนทองเพชร ,2547, 174-175)

            อย่างไรก็ตามคณะกรรมการดังกล่าวได้รายงานว่าชาวมลายูมุสลิมในท้องที่เกิดเหตุมีท่าทีไม่พอใจอย่างมาก นายอับดุลลาห์ฯได้เสนอให้รัฐบาลเชิญตนกู มะไฮยิดดินมาปรึกษาหารือกับรัฐบาลที่กรุงเทพฯ แต่ยังไม่ทันดำเนินการอย่างไรนายจรูญ สืบแสง สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดปัตตานีและนายบรรจง ศรีจรูญ สมาชิกและประธานสันนิบาตไทยอิสลามก็ได้ยื่นข้อเรียกร้องครั้งใหม่ต่อรัฐบาลนอกเหนือจากข้อเรียกร้องเดิมๆ โดยเฉพาะขอให้รัฐบาลปรับปรุงความเป็นอยู่ของชาวมลายูมุสลิมให้ดีขึ้น ให้ตั้งข้าหลวงใหญ่ปกครองสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ขอให้มีตัวแทนมุสลิมจำนวนมากขึ้นในการบริหาร กฎหมายและเศรษฐกิจ ทั้งขอให้มีเสรีภาพทางศาสนาวัฒนธรรมและการศึกษา ท้ายที่สุดขอให้กำหนดวันที่แน่นอนลงไปว่าจะได้รับสิทธิที่ขอเพิ่มขึ้นนี้เมื่อใด   จอมพล ป.พิบูลสงครามได้ตอบสนองด้วยการให้คำรับประกันเสรีภาพทางศาสนาและอำนวยความสะดวกในการศึกษา แต่ปฏิเสธข้อเรียกร้องขอสิทธิเพิ่มขึ้นในการปกครองโดยอ้างเหตุผลว่าชาวมลายูมุสลิมในเขตสี่จังหวัดก็ได้รับสิทธิและถูกปกครองโดยอาศัยกฎหมายเดียวกับคนไทยพุทธอยู่แล้ว (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 131)

            นอกจากนั้นรัฐบาลยังปฏิเสธการเปิดสาขาของกรมประชาสัมพันธ์ขึ้นที่สิงคโปร์เพื่อคอยแถลงข่าวข้อเท็จจริงทางฝ่ายไทยในปัญหาความขัดแย้งโดยอ้างเหตุผลว่ามีงบประมาณจำกัด และเมื่อสมาคมที่โกตาบารูในมลายาได้ส่งสาส์นมายังรัฐบาลไทยขอให้มีการตกลงปัญหามุสลิมอย่างสันติและขอให้ปล่อยหะยีสุหลงกับพวก จอมพล ป.พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรีก็ตอบไปว่าจะทำอย่างดีที่สุดเพื่อความสุขและสวัสดิภาพของทุกๆ ฝ่ายที่เกี่ยวข้อง (นันทวรรณ ภู่สว่าง อ้างใน ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 132)

            ภายหลังการดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีครั้งที่ 2 ของจอมพล ป.พิบูลสงคราม แม้จะมีการแต่งตั้งรัฐมนตรีที่เป็นมุสลิมในจังหวัดชายแดนภาคใต้เพื่อผลในการแก้ไขปัญหาแล้วทั้งยังได้แสดงท่าทีในการดำเนินนโยบายที่ผ่อนปรนแล้วก็ตาม เหตุความไม่สงบก็ยังมีอยู่ต่อมาโดยมีการอพยพของคนไทยมุสลิมจำนวนมากเข้าไปในมลายา   ดังนั้น ในต้นเดือนมิถุนายน พ.ศ.2491 นายกรัฐมนตรีจึงได้กล่าวปราศรัยทางวิทยุกระจายเสียงแห่งประเทศไทยชักชวนให้กลับคืนถิ่นฐานและแสดงความเห็นใจในความต้องการด้านการปกครอง อย่างไรก็ดีคนไทยมุสลิมก็ยังคงลักลอบเข้ามลายาต่อไปแม้ว่ารัฐบาลจะให้คำมั่นสัญญาที่จะปรับปรุงภาคใต้ให้ดีขึ้นแล้วก็ตาม  ในช่วงเวลาดังกล่าวได้มีการประกาศแผนร่วมมือกันระหว่างรัฐบาลมลายากับรัฐบาลไทยในการปราบ ปรามโจรจีนคอมมิวนิสต์ตามชายแดน ซึ่งต่อมาก็มีการประกาศภาวะฉุกเฉินในบริเวณดังกล่าวโดยอ้างว่าเพื่อต่อสู้กับพวกคอมมิวนิสต์ ในขณะที่หนังสือพิมพ์มลายาได้ออกข่าวว่าไทยจะถือโอกาสปราบปรามชาวมลายูมุสลิมในปัตตานีที่กำลังกบฏต่อไทย ซึ่งจอมพล ป.พิบูลสงครามได้แถลงข่าวว่ากำลังพยายามที่จะแก้ปัญหาความเดือดร้อนอยู่แล้ว โดยจะมีการปฏิรูปอย่างกว้างขวางและจะยึดถือตามรายงานของคณะกรรมการพิเศษซึ่งนำโดยนายอับดุลลาห์ หลังปูเต๊ะ  ที่รัฐบาลได้ส่งไปศึกษาที่พื้นที่ก่อนหน้านี้ (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 132-133)

            เหตุการณ์ความไม่สงบได้ชลอตัวอีกครั้งที่ตนกูมะไฮยิดดินถึงแก่กรรมในปี พ.ศ.2496 ที่รัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซียและการหายตัวของหะยีสุหลง โต๊ะมีนา กับพวกเมื่อวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ.2497 ซึ่งคนส่วนใหญ่เชื่อว่าเป็นฝีมือของเจ้าหน้าที่ที่เรียกให้ไปพบแล้วได้สูญหายไปที่จังหวัดสงขลา ส่งผลให้องค์กรฆัมปาร์ (GAMPAR)และกลุ่มเคลื่อนไหวเพื่อประชาชนปัตตานี หรือ (PPM) ยุติการเคลื่อนไหวลงชั่วคราว

            อย่างไรก็ตาม จะเห็นได้ว่านโยบายในการปกครองของรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงครามช่วงที่สองนี้ (ระหว่างเดือนเมษายน พ.ศ.2491 ถึงเดือนกันยายน พ.ศ.2500) มีลักษณะผ่อนปรนและประนีประนอมกว่าช่วงแรกมากแม้ว่าจะยังคงเป็นไปเพื่อรักษาความเป็นปึกแผ่นภายในและเอกภาพของประเทศเช่นเดิมก็ตาม (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 137) โดยเฉพาะด้านศาสนาและวัฒนธรรม ดังจะเห็นว่าในเดือนกรกฎาคม พ.ศ.2500 พลตำรวจเอกเผ่า ศรียานนท์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยได้เดินทางไปประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์มัสยิดกลางที่จังหวัดปัตตานีพร้อมกับเป็นประธานกระทำพิธีเปิดงานเทศกาลฮารีรายอ ในครั้งนั้นพลตำรวจเอกเผ่า ศรียานนท์ได้กล่าวย้ำให้ชาวไทยมุสลิมในสี่จังหวัดภาคใต้ได้เข้าใจในความปรารถนาดีของรัฐบาลที่จะฟื้นฟูและปรับปรุงการปกครองและส่งเสริมศาสนาอิสลามให้ดียิ่งขึ้นเช่นเดียวกับชาวไทยที่นับถือศาสนาอื่น เพราะรัฐบาลถือว่า คนไทยไม่ว่าแหล่งกำเนิดหรือศาสนาใดย่อมมีส่วนเป็นเจ้าของประเทศ ร่วม กันป้องกันความเป็นเอกราชของชาติไทยมาด้วยกัน รัฐบาลจึงต้องสนับสนุนและส่งเสริมช่วยเหลือโดยเสมอภาค (ข่าวมหาดไทย, เทศาภิบาล, เล่มที่ 52 ตอน 7, ก.ค.2500, 207 อ้างใน ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 137) แต่การดำเนินนโยบายของรัฐบาลก็ต้องหยุดชะงักลงเมื่อมีการเลือกตั้งใน พ.ศ.2500 และต่อมามีรัฐประหารในวันที่ 16 กันยายนของปีเดียวกันส่งผลให้ จอมพล ป.พิบูลสงครามสูญเสียอำนาจ หลังจากนั้นสภาผู้แทนราษฎรได้เลือกนายพจน์ สารสินเป็นนายกรัฐมนตรีโดยให้จัดตั้งรัฐบาลชั่วคราว 90 วัน ต่อมาพลเอกถนอม กิตติขจร ได้รับเสนอชื่อเป็นนายกรัฐมนตรี แต่เกิดความวุ่นวายภายในพรรคการเมืองต่างๆ ในขณะนั้น จอมพลสฤษด์ ธนะรัชต์จึงรัฐประหารอีกครั้งในเดือนตุลาคม พ.ศ.2500 และดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ.2502 จนถึงอสัญกรรมในเดือนธันวาคม พ.ศ.2506 (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 136-137)

            อย่างไรก็ตามในปี พ.ศ.2500 ท่ามกลางความวุ่นวายทางการเมืองภายในประเทศไทย การได้รับเอกราชของประเทศมาเลเซียจากประเทศอังกฤษเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ.2500 ได้ส่งผลกระทบอีกครั้งต่อปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้เพราะอังกฤษได้ให้สิทธิแก่ชาวมลายู อาทิ สงวนที่ดินบางส่วนและให้สิทธิพิเศษในการรับทุนการศึกษาแก่ราษฎรมาเลเซียเท่านั้นทั้งการให้สิทธิเข้ารับราชการ การจำกัดโควตาธุรกิจจากต่างประเทศ เป็นต้น รวมไปถึงการจัดการปกครองในลักษณะรัฐรวมหรือสมาพันธรัฐโดยแต่ละรัฐสามารถปกครองกันเองได้ในระดับหนึ่งจึงเกิดเป็นประเด็นปลุกระดมครั้งใหม่อันสอดรับกับความประสงค์เดิมของกลุ่มการเมืองซึ่งมีอิทธิพลทางตอนเหนือของมาเลเซียที่สนับสนุนให้มีการผนวกจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นส่วนหนึ่งของประเทศมาเลเซีย หรืออาจก่อตั้งเป็นรัฐอิสระโดยผ่านการเรียกร้องไปยังองค์การสหประชาชาติ

            ในปี พ.ศ.2502 รัฐบาลจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ได้ก่อตั้งสภาความมั่นคงแห่งชาติโดยให้ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรีมีคณะกรรมการทั้งที่เป็นข้าราชการการเมืองและข้าราชการประจำ ส่วนใหญ่มาจากรัฐมนตรีประจำกระทรวงสำคัญที่เกี่ยวกับความมั่นคงของรัฐ (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 224)

            ในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ.2503 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้มีการจัดตั้งนิคมสร้างตนเองพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้กรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทยเป็นผู้รับผิดชอบโครงการ ทั้งนี้เห็นว่าจากการสำรวจสำมะโนประชากรในปีดังกล่าวจังหวัดชายแดนภาคใต้มีประชากรทั้งสิ้น 766,534 คน เป็นผู้นับถือศาสนาอิสลาม 576,089 คน นับถือศาสนาพุทธ 70,713 คน นอกนั้นเป็นผู้นับถือศาสนาอื่น สภาพทางการเมืองการปกครองจึงล่อแหลมต่อการเกิดความวุ่นวายเรียกร้องจากผู้ที่นับถือศาสนาอิสลามในทางที่ไม่ถูกไม่ควรได้โดยง่าย นอกจากนั้น สภาพทางเศรษฐกิจไม่ได้มีการพัฒนาที่ดินซึ่งอุดมสมบูรณ์รอการเพาะปลูกพืชผลจำนวนมาก ดังนั้น เพื่อให้ประชาชนจากภาคต่างๆ อพยพเข้าไปตั้งถิ่นฐานซึ่งจะช่วยให้ได้มีที่ดินทำกินและที่อยู่อาศัยเป็นของตนเอง มีรายได้ที่แน่นอนเพียงพอและเป็นการขยายพื้นที่ที่จะทำการเพาะปลูกเพิ่มมากขึ้น อันเป็นผลโดยตรงต่อการเพิ่มปริมาณผลผลิตทางการเกษตรของประเทศในส่วนรวม นอกจากนั้นเพื่อเป็นการแก้ปัญหาการขาดดุลระหว่างราษฎรที่นับถือศาสนาพุทธกับศาสนาอิสลามซึ่งเป็นปัญหาสำคัญทางด้านการเมืองและความมั่นคงปลอดภัย การกำหนดมาตรการเพื่อสร้างดุลยภาพของจำนวนประชากรจึงเป็นนโยบายที่สำคัญที่รัฐบาลจะต้องดำเนินการโดยเร่งด่วน และจะก่อให้เกิดการผสมผสานกันทางวัฒนธรรมอีกด้วย ดังนั้น การดำเนินงานเกี่ยวกับเรื่องนี้ซึ่งเป็นวิธีการที่ไม่กระทบต่อการปกครองจังหวัดชายแดนภาคใต้และการเมืองระหว่างประเทศก็คือนำที่ดินที่เป็นป่าไม้และไม่มีผู้ถือครองทำประโยชน์มาดำเนินการเพื่อรองรับราษฎรไทยที่นับถือศาสนาพุทธจากภาคต่างๆ ไปตั้งถิ่นฐานทำมาหากินในรูปนิคมสร้างตนเอง (กรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย, โครงการดำเนินงานนิคมสร้างตนเองพัฒนาภาคใต้, หน้า 1 อ้างใน ปิยนาถ บุนนาค ,2546, 227-228)

            ในปี พ.ศ.2503 ระหว่างจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี รัฐบาลได้ค้นพบขบวนการแบ่งแยกดินแดนที่มีตัวแทนอยู่ในแทบทุกอำเภอของสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ทำการปลุกระดมชาวมลายูมุสลิมให้เป็นปฏิปักษ์ต่อรัฐบาลด้วยการกระตุ้นให้เกิดความรู้สึกชาติพันธุ์นิยม มีการอบรมที่เน้นในเรื่องศาสนาอิสลามภาษามลายูและประวัติศาสตร์ของรัฐมุสลิมซึ่งมีรายาปกครองโดยเฉพาะความยิ่งใหญ่ของปัตตานีในอดีตได้ถูกมากล่าวอ้างในการต่อสู้และการโฆษณาชวนเชื่อ มีการแจกใบปลิวทั้งภาษาไทยภาษาอังกฤษและภาษายาวี กล่าวกันว่าขบวนการดังกล่าวกำลังรวบรวมเงินและอาวุธเพื่อเตรียมก่อการกบฏในเดือนมีนาคม พ.ศ.2504 แต่ถูกรัฐบาลปราบเสียก่อน ผู้นำหลายคนของขบวนการถูกจับกุมรวมทั้งนายวิไล เบญจลักษณ์ อดีตสมาชิกสภา- ผู้แทนราษฎรจังหวัดยะลาเมื่อ พ.ศ.2480 และ พ.ศ.2481 แต่ความเคลื่อนไหวของขบวนการแบ่งแยกดินแดนยังคงมีอยู่ต่อมาและได้ปรากฏเป็นข่าวขึ้นเป็นครั้งคราว (ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 140)

            อย่างไรก็ตามตั้งแต่ พ.ศ.2504 เป็นต้นมา รัฐบาลได้พยายามจัดตั้งองค์กรเพื่อแก้ไขปัญหาชายแดนภาคใต้ตลอดมาโดยเมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ.2504 คณะรัฐมนตรีมีมติแต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ขึ้นโดยมีพลเอกประภาส จารุเสถียร รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยเป็นประธาน ซึ่งต่อมาคณะกรรมการชัดนี้ได้ยุบเลิกไปตามการสิ้นสุดของคณะรัฐมนตรี และเมื่อวันที่ 14 มกราคม พ.ศ.2507 รัฐบาลซึ่งมีจอมพลถนอม กิตติขจร เป็นนายกรัฐมนตรีได้มีมติแต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ขึ้นใหม่ โดยมีพันเอกถนัด คอมันตร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเป็นประธานกรรมการ จนกระทั่งมีการเลือกตั้งครั้งใหม่คณะกรรมการดังกล่าวจึงสิ้นสุดลง ภายหลังการเลือกตั้งรัฐบาลจอมพลถนอม กิตติขจรได้แต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ขึ้นใหม่อีกโดยมีพันเอกถนัด คอมันตร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเป็นประธาน ต่อมาพันเอกถนัดฯ ได้ลาออกและหัวหน้าคณะปฏิวัติได้แต่งตั้งนายพจน์ สารสิน ผู้อำนายการฝ่ายเศรษฐกิจการคลังและการอุตสาหกรรมเป็นประธานกรรมการแทนเมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2515 แต่คณะกรรมการชุดนี้ก็ต้องยุบเลิกไปเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ.2516  ต่อมาในการประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ.2517 ที่ประชุมมีมติแต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ใหม่อีกมีนายประกายเพ็ชร อินทุโสภณ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงอุตสาหกรรมเป็นประธานกรรมการ  คณะกรรมการเหล่านี้ถูกจัดตั้งเพื่อพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมในภาคใต้โดยเฉพาะในด้านศาสนาและวัฒนธรรมของจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กองเลขานุการคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้, สรุปผลการดำเนินงานของคณะกรรมการพัฒนาภาคใต้ พ.ศ.2507-2514, หน้า 1-3  อ้างใน ปิยนาถ บุนนาค, 2546, 228-230)

ขบวนการก่อความไม่สงบในปัจจุบัน (พล.อ.กิตติ รัตนฉายา, 2547, 45-83)  

      ขบวนการแนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี (BNPP)

               แนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี หรือ BNPP  มีชื่อเป็นภาษามาเลเซียว่า Barisan Nasional Pembebasan Patani (BNPP) และชื่อเป็นภาษาอังกฤษว่า National Liberation of Patani (NLFP) นับเป็นกลุ่มก่อการร้ายที่เก่าแก่กลุ่มหนึ่ง บุคคลซึ่งรวมกันก่อตั้งได้แก่ทายาทอดีตเจ้าเมืองปัตตานีผู้สูญเสียอำนาจและกลุ่มผู้นำทางศาสนาซึ่งส่วนใหญ่จบการศึกษาจากประเทศในตะวันออกกลางและประเทศมาเลเซียเพื่อดำเนินงานสืบทอดอุดมการณ์โดยมีเป้าหมายต้องการแบ่งแยกดินแดน 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นรัฐปัตตานี (รัฐอิสระ)  

               ปี พ.ศ.2490 ตนกูมาห์มุด มะไฮยิดดิน บุตรชายคนที่ 7 และเป็นบุตรคนสุดท้องของพระยาวิชิตภักดี (ตนกูอับดุลกาเดร์ กอมารุดดิน) อดีตเจ้าเมืองปัตตานี ซึ่งลี้ภัยอยู่ในประเทศมาเลเซียตั้งตนเป็นหัวหน้ากลุ่มชาวมุสลิมแห่งปัตตานีและดำเนินการสืบทอดงานต่อสู้เพื่อแบ่งแยกดินแดนต่อจากบิดา โดยก่อตั้งองค์กรอย่างเปิดเผยใช้ชื่อมาลายูว่า “Gabongan Melayu Patani Raya” (สมาคมชาวมลายูปัตตานี) มีชื่อย่อว่า กัมปาร์ (GAMPAR) สำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่เมืองโกตาบารู รัฐกลันตันและมีสำนักงานสาขาอยู่ที่รัฐเคดาห์,  รัฐเปอร์ลิส, เกาะปีนังและสิงคโปร์ องค์กรดังกล่าวเป็นองค์กรทางการเมืองที่มีจุดประสงค์เพื่อรวบรวมชนมุสลิมภาคใต้ (เรียกตัวเองว่าชาวมลายูปัตตานี) ให้ร่วมกันต่อต้านรัฐบาลไทย

               เมื่อ 20 ม..2532 เปลี่ยนชื่อจาก BNPP เป็น BIPP ซึ่งมีชื่อเต็มว่า Barisan Islam Pembebasan Patani (แนวร่วมอิสลามปลดปล่อยปัตตานี) ทั้งนี้เพื่อหวังผลทางด้านจิตวิทยาและสอดคล้องกับกระแสความเคลื่อนไหวของการต่อสู้เพื่ออิสลามทั่วโลก

       แนวร่วมปฎิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี (BRN)

                ก่อตั้งเมื่อวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ..2503 โดยแกนนำที่มีหัวก้าวหน้าในการดำเนินงานด้านการเมืองอย่างปิดลับอยู่ในประเทศไทย ต่อมาได้วางแผนก่อการร้ายโดยจะจับตัวผู้ว่าราชการจังหวัดและผู้กำกับการตำรวจภูธรเนื่องในวันเข้าอวยพรวันตรุษฮารีรายอ เมื่อวันที่ 18 มีนาคม 2504 เพื่อสร้างชื่อเสียงและประชาสัมพันธ์กลุ่มที่ตั้งใหม่ แต่เจ้าหน้าที่สืบทราบแผนการล่วงหน้า จึงได้ทำการจับกุมตัวสมาชิกรวม 7 คน ดำเนินคดีและรับโทษจนถึงปลายปี 2508 จึงได้รับการปล่อยตัวทำให้การต่อสู้ทางการเมืองของ BRN ได้เริ่มขึ้นอีกโดยตั้งสำนักงานอยู่ที่ รัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย

                ในปี พ.ศ.2511 ขบวนการโจรก่อการร้าย BRN สามารถจัดหาสมาชิกร่วมอุดมการณ์และอาวุธยุทโธปกรณ์ได้จำนวนมาก จึงได้จัดตั้งหน่วยทหารชื่อว่า กองกำลังติดอาวุธปลดแอกอิสลามปัตตานีหรือ แอ๊บริพ (Angkatan Bersenjata Revolusi Islam Patani:ABRIP) เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม 2511 แต่เมื่อ 10 กุมภาพันธ์ 2527 ขบวนการ BRN แตกแยกออกเป็น  3 ฝ่าย ดังนี้

               1) BRN CO-ORDINATE  จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ.2522

               2) BRNCONGRESS จัดตั้งเมื่อ 10 เม..2527

               3) BRN ULAMA จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ.2527

               ในบรรดา BRN ทั้ง 3 ฝ่าย นับได้ว่า BRN-CONGRESS สามารถรวบรวมกองกำลังติดอาวุธได้ทั้งหมดและแกนนำส่วนใหญ่เคยดำรงตำแหน่งอยู่ในฝ่ายทหาร จึงนับได้ว่าเป็นกลุ่มที่มีบทบาทด้านการทหารมากที่สุดกลุ่มหนึ่ง ขณะเดียวกันก็ได้มีความพยายามทุกวิถีทางที่จะรวม BRN ทั้งหมดเข้าด้วยกันให้เป็นหนึ่งเดียวโดยได้ดำเนินนโยบาย "สมานฉันท์" ตลอดจนสร้างมิตรภาพระหว่างกลุ่มอื่น ๆ 

               จากความเป็นมาของ BRN ซึ่งแบ่งออกเป็น 3 กลุ่ม ดังกล่าว พอที่จะวิเคราะห์ลักษณะการปฏิบัติงานหรือยุทธวิธีในการดำเนินงานได้ว่ามีความแตกต่างกันดังนี้

               1)      BRN-CONGRESS เน้นหนักปฏิบัติการด้านการทหารและยังคงมีบทบาทในการเคลื่อนไหวปฏิบัติการจนถึงปัจจุบัน

               2)      BRN-ULAMA เน้นหนักปฏิบัติงานด้านการเมืองและด้านศาสนา (ปลุกระดม/โฆษณาชวนเชื่อ) โดยแกนนำส่วนใหญ่เป็นผู้ทรงวุฒิทางด้านศาสนา (อูลามา) ซึ่งต่อมาได้ร่วมกับสมาชิกผู้ทรงคุณวุฒิทางด้านศาสนาจากขบวนการต่างๆ ก่อตั้งเป็นองค์กรอิสระเรียกว่าสภา-

นักวิชาการอิสลามปัตตานี (Majlis Ulama Islam Patani) หรือกลุ่มนักวิชาการแห่งปัตตานี (Gerakan Ulama Patani - GUP) ดำเนินกิจกรรมโดยวางตัวเป็นกลาง และสนับสนุนขบวนการก่อการร้ายทุกขบวนการ

               3) BRN CO-ORDINATE หรือ BRN (ไม่มีคำเรียกต่อท้าย) มักจะไม่ค่อยปรากฎข่าวสารการเคลื่อนไหว แต่เชื่อว่ากลุ่มนี้จะปฏิบัติงานเน้นหนักด้านการเมืองในประเทศมาเลเซีย                                                                                                                   

      องค์การปลดปล่อยรัฐปัตตานี หรือองค์การสหปัตตานีเสรี (PULO)

                 องค์การปลดปล่อยรัฐปัตตานีหรือที่รู้จักในนามขบวนการ PULO ก่อตั้งเมื่อ 22 มี..2511 เป็นองค์กรจัดตั้งที่มีรูปแบบสมบูรณ์ที่สุด มีการร่างธรรมนูญปกครองฉบับปี 2511 และจัดหาแนวร่วม,สมาชิกและองค์กรสนับสนุนไว้ได้หลายสาขาทั้งในและต่างประเทศ ผู้ริเริ่มก่อตั้งคือ นายตนกูบีรอ กอตอนีรอ/อดุลย์ ณ วังคราม/กาบีร์  อับดุลเราะห์มาน รับหน้าที่เป็นผู้นำสูงสุดหรือ เลขาธิการ PULO คนแรก จนถึงปัจจุบัน

               เริ่มแรกของการดำเนินงานจะเน้นหนักในการต่อสู้ทางการเมืองโดยการปลุกระดม โฆษณาชวนเชื่อเพื่อหาแนวร่วมและสมาชิกโดยมุ่งเน้นในกลุ่มผู้นำทางศาสนาและผู้นำท้องถิ่นเป็นหลัก อีกทั้งได้ประสานกับองค์การสนับสนุนในประเทศตะวันออกกลาง เพื่อยกระดับฐานะของกลุ่ม จนได้รับการรับรองจากองค์การปลดปล่อยปาเลสไตน์ (PLO) ในปี พ.ศ.2517, ซีเรีย ในปี พ.ศ.2519,   ลิเบีย ปี พ.ศ.2520 และอีกหลายประเทศในเวลาต่อมา

               องค์การ PULO เป็นผู้อยู่เบื้องหลังการชุมนุมใหญ่ของชาวมุสลิมในกลางปี 2518 ที่จังหวัดปัตตานี เพื่อประท้วงการปฏิบัติงานในการปราบปรามของเจ้าหน้าที่ โดย PULO ใช้เงื่อนไขดังกล่าวสร้างเครือข่ายแนวร่วมและได้รับการยอมรับจากมวลชนในพื้นที่อย่างกว้างขวาง โดยอ้างว่าเป็นกลุ่มพิทักษ์ประชาชนเพื่อเรียกร้องความเป็นธรรม การปฏิบัติของ PULO ใช้ความรุนแรงเป็นหลักโดยเลียนแบบจากกลุ่มก่อการร้ายในตะวันออกกลาง เช่น องค์การปลดปล่อยปาเลสไตน์ หรือ พี.แอล.โอ. (PLO)

               ต้นปี พ.ศ.2536 ได้เกิดความขัดแย้งขึ้นภายในกองกำลังติดอาวุธ อันเนื่องมาจากปัญหาการบังคับบัญชาและผลประโยชน์ ทางด้านการเงิน จึงได้จัดตั้ง PULO ใหม่

               ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นระหว่างสมาชิกระดับนำของ PULO ใหม่ ตั้งแต่ปลายปี พ.ศ.2537 เป็นต้นมาส่งผลให้เกิดการแตกแยกใน PULO ใหม่ มีการแยกตัวไปจัดตั้งกลุ่มใหม่ใช้ชื่อว่า PULO 88 หรือ PULO กลุ่มอาบูญีฮาด โดยยังคงใช้ตราสัญลักษณ์ขบวนการเป็นของ PULO ใหม่ (ตรากริชไขว้) แต่เปลี่ยนสัญลักษณ์ของกองกำลังติดอาวุธจากเดิม KASDAN ARMY เป็น อาบูญีฮาด มีลักษณะเป็นรูปปืนเล็กยาวไขว้ ด้านบนมีดาวหนึ่งดวงและเดือนเสี้ยว ด้านข้างซ้ายขวามีดาวข้างละดวง ด้านล่างเป็นภาษามลายูอักษรยาวีว่าอาบูญีฮาดอยู่ภายในวงกลม

               โดยสรุป PULO ใหม่ (สัญลักษณ์กริชไขว้) ได้แยกออกเป็นสองกลุ่ม คือ

               1) กลุ่มใช้สัญลักษณ์กองกำลังติดอาวุธว่า คัสดานอาร์มี่ (KASDAN ARMY) หรือกองกำลังเพื่อความมั่นคงภายในประเทศ (Angkatan keselamatan Dalam Negeri)

               2) กลุ่ม PULO 88 หรือ PULO กลุ่มอาบูญีฮาด ของ ดร.ฮารง  มูเล็ง ใช้ตราสัญลักษณ์ กกล.ติดอาวุธว่า  "อาบูญีฮาด"

               เมื่อต้นปี พ.ศ.2541 แกนนำ PULO ทั้งสองกลุ่มได้พยายามประสานงานแสวงหาความร่วมมือเพื่อขจัดความขัดแย้งที่มีมาตั้งแต่ในอดีตและเสริมสร้างเอกภาพให้เกิดขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในส่วนของกองกำลังติดอาวุธได้มีการร่วมมือกันอย่างใกล้ชิดและค่อนข้างเป็นรูปธรรม ปัจจุบันทั้งสองกลุ่มได้ส่งกำลังติดอาวุธเข้ามาเคลื่อนไหวปฏิบัติการร่วมกันในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้    

               ได้ร่วมกับกองกำลังขบวนการอื่นๆ เช่น ขบวนการ BRN และกลุ่มโจรมูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี(GMIP)อย่างชัดเจน ดำเนินการก่อการร้ายอย่างต่อเนื่องหลายครั้งในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อสร้างชื่อเสียงและอิทธิพลโดยรูปแบบใหม่ได้มุ่งเน้นการปฏิบัติการต่างๆ โดยมีเป้าหมายเพื่อสร้างความปั่นป่วน แตกแยกและสร้างความหวาดระแวงให้กับเจ้าหน้าที่เป็นหลัก ซึ่งดูเหมือนว่าจะประสบความสำเร็จมากพอสมควรเพราะสามารถสร้างความแตกแยกและความหวาดระแวงระหว่างเจ้าหน้าที่กับประชาชนและระหว่างเจ้าหน้าที่ด้วยกันได้เป็นอย่างดี

        กลุ่มโจรมิจฉาชีพมูจาฮีดินอิสลามปัตตานี (GMIP)

                 มีความเป็นมาเกี่ยวข้องกับโจรก่อการร้าย(จกร.)หลายกลุ่ม/ขบวนการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกลุ่มที่เคยปรากฎการเคลื่อนไหวในอดีต แต่ภายหลังได้ยุติการเคลื่อนไหวหรือมีบทบาทน้อยลงซึ่งกลุ่มแกนนำที่สำคัญน่าจะประกอบด้วยแนวร่วมมูจาฮีดินปัตตานี(BBMP) และขบวนการ มูจาฮีดินปัตตานี (GMP) ดังนั้นจึงพอที่จะวิเคราะห์ความเป็นมาและลำดับเหตุการณ์ได้ดังนี้

               วันที่ 16 ก..2528 แนวร่วมมูจาฮีดินปัตตานี หรือ BBMP (Barisan Bersatu Mujahidin Patani) ถูกก่อตั้งขึ้นจากกลุ่มบุคคลที่มีแนวคิดที่จะรวบรวมขบวนการต่างๆ เข้าด้วยกันเพื่อให้มีเอกภาพและความเข้มแข็งในการต่อสู้ภายใต้จุดมุ่งหมายเดียวกันคือ การปลดแอกจังหวัดชายแดนภาคใต้และสถาปนาเป็น "รัฐปัตตานี ดารุลมุอารีฟ" ยึดถือแนวทางต่อสู้เพื่อพิทักษ์ความเป็นธรรมตามหลักศาสนาอิสลามหรือที่เรียกว่า หลักการ "ยีฮาด" (JIHAD)

               การดำเนินงานกำหนดไว้ 3 ขั้นตอน คือ ดำเนินงานทางการเมือง  ด้านการทหาร และด้านสังคมวัฒนธรรม มีศูนย์บัญชาการอยู่ในเมืองโกตาบารู รัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย แต่ปรากฎว่าไม่ประสบความสำเร็จหรือมีพลังอำนาจพอที่จะส่งผลกระทบกระเทือนต่อความมั่นคงของประเทศไทยเนื่องจากเกิดความขัดแย้งขึ้นภายใน การเคลื่อนไหวส่วนใหญ่เป็นงานด้านการปลุกระดมมวลชน/โฆษณาชวนอยู่ในประเทศมาเลเซีย

               ปี พ.ศ.2529 ปรากฏการเคลื่อนไหวของอีกขบวนการหนึ่งภายใต้ชื่อ "ขบวนการมูจาฮีดินปัตตานี" หรือ GMP (Gerakan Mujahidin Patani) ซึ่งเบื้องหลังความเป็นมาน่าเชื่อว่าเป็นการแยกตัวของสมาชิกที่มาจากขบวนการ BIPP(หรือ BNPP เดิม) และขบวนการ BBMP เป็นหลัก

               การเคลื่อนไหวเน้นหนักในด้านการเมืองอยู่ในมาเลเซียเป็นส่วนใหญ่ บทบาทสำคัญของขบวนการมูจาฮีดินปัตตานี(GMP)คือเป็นหนึ่งในแกนนำที่สามารถรวบรวมขบวนการปลดแอกกลุ่มพันธมิตร อันประกอบด้วย PULO ใหม่, BIPP (หรือ BNPP เดิม) และ BRN CONGRESS ก่อตั้งเป็นขบวนการร่วมเพื่อเอกราชปัตตานีหรือเบอร์ซาตู (BERSATU) ได้เป็นผลสำเร็จตั้งแต่ปี 2532 เป็นต้นมาและยังคงปรากฎการเคลื่อนไหวอยู่จนกระทั่งถึงปัจจุบัน

               ปี พ.ศ.2532 กลุ่มโจรมูจาฮีดินอิสลามปัตตานีหรือ GMIP (GERAKAN MUJAHIDIN ISLAM PATANI)  ได้ถูกก่อตั้งขึ้นโดยมีนายอับดุลเราะมัน/เจ๊ะกูแม อาหะมะ หรืออับบัส บิน อาหมัด (อาบะห์ อาหะมะ) เป็นประธาน แกนนำส่วนใหญ่มาจากอดีตสมาชิกของขบวนการปลดแอกกลุ่ม BIPP (หรือ BNPP เดิม), BBMP และ GMP  ซึ่งคาดว่าเป็นผลมาจากความขัดแย้งที่เกิดขึ้นในต้นสังกัดเดิม ทั้งในด้านแนวความคิด การบริหารงานและผลประโยชน์จึงได้แยกตัวมาร่วมกันก่อตั้งกลุ่มใหม่ มีการดำเนินงานเน้นหนักงานด้านการเมืองอยู่ในมาเลเซียและไม่ค่อยปรากฎเป็นข่าวสารที่ชัดเจนมากนักเพราะกิจกรรมที่จัดขึ้นบางครั้งไม่ได้กระทำในนามกลุ่มโจร แต่กระทำในนามชมรมหรือสมาคม(PERSATUAN) ชาวปัตตานี  เช่น การจัดชุมนุม พบปะสังสรรค์ และจัดงานเลี้ยง โดยมีผู้เข้าร่วมชุมนุมในบางครั้งนับจำนวนเป็นพันคนประกอบไปด้วยทั้งชาวไทยซึ่งส่วนใหญ่เป็นราษฎรในจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่ไปประกอบอาชีพในมาเลเซียและชาวมาเลเซียและมีจุด ประสงค์เพื่อปลุกระดมโฆษณาชวนเชื่อ สอดแทรกแนวคิดการแบ่งแยกดินแดน จัดหา/รับสมัครสมาชิกและจัดหาทุนดำเนินงานโดยรวบรวมกลุ่มบุคคลที่มีพฤติกรรมเป็นโจรแอบอ้าง, ผู้มีคดีติดตัวหรือเป็นมือปืนรับจ้างทั้งที่อยู่ในประเทศและหลบหนีไปอยู่มาเลเซียรวมทั้งกลุ่มวัยรุ่นในพื้นที่ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ติดยาเสพติดและคนว่างงาน)จัดตั้งเป็นหน่วยปฏิบัติการหรือหน่วยก่อวินาศกรรมเรียกว่า "กองกำลังมูจาฮีดิน อิสลามปัตตานี (Angkatan Mujahidin Islam Patani) " เพื่อปฏิบัติงานก่อการร้ายในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เช่น การก่อวินาศกรรม และการขู่กรรโชกทรัพย์จากเจ้าของกิจการต่าง ๆ โดยมีพื้นที่เคลื่อนไหวหลักในพื้นที่ราบหรือชุมชนเมือง จุดประสงค์เพื่อก่อความวุ่นวาย สร้างอิทธิพลให้กับกลุ่มตนเอง และแสวงผลประโยชน์จากการขู่กรรโชกทรัพย์ในขณะเดียวกันก็ยังคงดำเนินงานเคลื่อนไหวด้านการเมืองในมาเลเซีย

      แนวร่วมเพื่อเอกราชปัตตานี หรือเบอร์ซาตู (BERSATU)

               จากการที่โจรก่อการร้ายกลุ่มต่างๆ ได้ดำเนินการต่อสู้เพื่อปลดปล่อย 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ในห้วงระยะเวลาที่ผ่านมาถือได้ว่าขบวนการต่างๆ ประสบความล้มเหลวในการดำเนินงานและมีสภาพอ่อนแอลง ดังนั้นขบวนการโจรก่อการร้ายจึงมีแนวความคิดที่จะร่วมมือกันปฏิบัติงานให้เป็นเอกภาพ โดยกลุ่มต่างๆ พยายามที่จะรวมตัวกันหลายครั้ง แต่ไม่ประสบผลสำเร็จ

               ต่อมาเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ.2532 แกนนำขบวนการโจรก่อการร้ายจำนวน 4 กลุ่มประกอบด้วย BIPP, BRN-Congress, GMP และ PULO ใหม่ ได้จัดการประชุมขึ้นใช้ชื่อว่าการประชุมบรรดานักต่อสู้เพื่อปัตตานีในการประชุมครั้งนี้ได้มีข้อตกลงร่วมกันระหว่าง 4 ขบวนการดังกล่าวโดยมีมติให้จัดตั้ง องค์การร่วมหรือองค์การปายง” (Umbrella  Organization) เพื่อเสริมสร้างเอกภาพและดำเนินงานให้เป็นไปในทิศทางเดียวกันได้มีการกระทำสัตย์ปฏิญาณและลงนามร่วมกัน สาระสำคัญของการประชุม มีดังนี้

               )      ร่วมกันต่อสู้เพื่อปลดแอกปัตตานี และก่อตั้งรัฐมลายูอิสลาม

               )      ใช้หลักการต่อสู้เพื่อศาสนา (ญีฮาด) ด้วยกำลังติดอาวุธ

               )      ต่อต้านหลักการและนโยบายต่าง ๆ ของรัฐบาลไทย

               )      เรียกร้องให้ประเทศมุสลิมทั้งหลาย สนับสนุนการต่อสู้

               )      เรียกร้องให้ประเทศต่าง ๆ และขบวนการต่าง ๆ ต่อสู้เพื่อปัตตานี

               )      ร่วมมือกับขบวนการปลดแอกทุกกลุ่มและผู้ที่ใฝ่หาสันติภาพทั่วโลก

ทั้งสี่ขบวนการ ได้ปฏิบัติการภายใต้การบริหารงานของคณะกรรมการร่วม ในนามองค์การปายง หรือ Umbrella Organization เป็นเวลา 1 ปีเศษและเปลี่ยนชื่อเป็น แนวร่วมเพื่อเอกราชปัตตานีหรือ เบอร์ซาตู เมื่อปี พ.ศ.2534

               เมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ.2534  ขบวนการเบอร์ซาตูได้จัดทำธรรมนูญขึ้นเพื่อเป็นบรรทัดฐานในการจัดตั้ง องค์การและเพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีแบบแผนและมีประสิทธิภาพต่อไป

 การจัดองค์กรของกลุ่มก่อความไม่สงบในปัจจุบัน

          การศึกษารูปแบบการจัดองค์กรของกลุ่มขบวนการก่อความไม่สงบต่างๆ จะทำให้เราทราบถึงภารกิจและการให้ความสำคัญต่อลักษณะงานของกองโจรซึ่งจะมีการเน้นย้ำหรือการจัดรูปแบบที่แตกต่างกันไป

            อย่างไรก็ตาม การจัดรูปแบบองค์กรของกลุ่มก่อความไม่สงบส่วนใหญ่มักจะจัดให้มีฝ่ายดำเนินงานที่คล้ายคลึงกัน ได้แก่ ด้านกองกำลังทหารหรือกลุ่มผู้ก่อเหตุรวมทั้งเขตพื้นที่รับผิดชอบ การมีฝ่ายวิชาการหรือการศึกษาอบรม ฝ่ายการเมืองทั้งในและต่างประเทศ ฝ่ายเศรษฐกิจ เป็นต้น แต่จะมีบางองค์กรที่ได้แยกฝ่ายเยาวชนและสตรี ฝ่ายเผยแพร่ศาสนา ฝ่ายการข่าว ฝ่ายประชา- สัมพันธ์ออกมาต่างหาก ซึ่งน่าจะเป็นการให้ความสำคัญเป็นพิเศษต่องานลักษณะดังกล่าว

            แต่ไม่ว่าจะมีการจัดรูปแบบองค์กรอย่างไร สามารถวิเคราะห์ได้ว่าเป็นการปฏิบัติการใน 2 ด้าน อันได้แก่การดำเนินงานในมิติทางการเมือง และมิติทางการทหาร  ทั้งการจัดแบ่งฝ่ายหรืองานรับผิดชอบมักจะมีลักษณะการเน้นงานในมิติทางการเมืองเป็นหลัก ทั้งนี้เพื่อผลในสงครามจิตวิทยาและการโฆษณาชวนเชื่อนั่นเอง




 คู่มือสงครามกองโจรตามแนวทางของคาลอส มาริกเกลล่า  

      ในปัจจุบันทางราชการได้เรียกเหตุการณ์รุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยรวมว่าเป็นการก่อความไม่สงบซึ่งหากเราได้ศึกษาโดยละเอียดแล้วยุทธวิธีที่ฝ่ายตรงข้ามปฏิบัติจะมีลักษณะผสม ผสานในความหมายการสงครามที่ให้กันไว้อย่างหลากหลาย ไม่ว่าจะเป็นการบ่อนทำลาย การก่อการร้าย การรบนอกแบบและสงครามกองโจร  ซึ่งนักการทางทหารมักจะให้ความหมายว่าล้วนอยู่ในหรือเป็นส่วนหนึ่งของคำว่า การก่อความไม่สงบ ทั้งสิ้นหรืออาจกล่าวอีกนัยหนึ่งได้ว่าเป็นการทำสงครามนอกแบบด้วยยุทธวิธีทางทหารควบคู่กับสงครามจิตวิทยาและการโฆษณาชวนเชื่อโดยมีมวลชนเป็นเป้าหมายสำคัญ

      การก่อความไม่สงบ การก่อการร้ายและสงครามกองโจร เป็นเรื่องราวที่มักใช้ในการเรียนการสอนของผู้บังคับบัญชาระดับสูงหรือระดับฝ่ายอำนวยการเป็นส่วนใหญ่   ทั้งนี้ เพื่อใช้ประกอบการตัดสินใจแก้ไขวิกฤติการณ์ และเป็นเรื่องที่ต้องบูรณาการและสนธิกำลังจากทุกภาคส่วนทั้งพลเรือน ตำรวจทหารเพื่อป้องกันและระงับเหตุร้ายที่เกิดขึ้น เนื่องเพราะลำพังฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งไม่อาจที่แก้ไขปัญหาได้โดยลำพังท่ามกลางการมีทรัพยากรและศักยภาพที่เป็นจุดเด่นและจุดด้อยของแต่ละฝ่ายนั่นเอง

      อย่างไรก็ตามเหตุการณ์ไม่สงบดังกล่าวได้เคยเกิดขั้นในประเทศไทยหลายครั้งและล่าสุดได้เกิดขึ้นอย่างรุนแรงและต่อเนื่องในจังหวัดชายแดนภาคใต้อีกครั้ง ดังนั้นยุทธวิธีการก่อความไม่สงบและการตอบโต้จึงเป็นเรื่องที่น่าสนใจศึกษาเรียนรู้เพราะยุทธวิธีและการตอบโต้ดังกล่าวมีอยู่หลายรูปแบบทั้งยังมีลักษณะเฉพาะตัวในแต่ละด้านซึ่งผู้สั่งการทุกระดับนโยบายหรือผู้ปฏิบัติการจะต้องรับทราบเพื่อความเป็นเอกภาพและมีเป้าหมายร่วมกันในเชิงปฏิบัติการด้วยความเข้าใจต่อสถานการณ์ที่เป็นจริง

       ในเนื้อหาเพื่อการศึกษายุทธวิธีกองโจรครั้งนี้ ผู้วิจัยได้เรียบเรียงจากเอกสารประกอบคำบรรยายวิชาการข่าวกรองในการป้องกันและปราบปรามการก่อความไม่สงบ โรงเรียนเสนาธิการทหารบก (มีนาคม 2542) โดยเฉพาะอย่างยิ่งเอกสารที่ตัดตอนมาจากหนังสือกองโจรในเมือง ซึ่ง หัวหน้ากองโจรชาวบราซิลแปลโดย พันเอกระวี  วันเพ็ญ (มกราคม 2519) จาก MINIMANUAL OF THE URBAN GUERRILIA, JULY 1970. ซึ่งเขียนโดยคาลอส มาริกเกลล่า และมีทั้งสิ้น 14 มาตราและ 110 ข้อ อันมีเนื้อหาสาระที่เป็นไปตามกลุ่มก่อความไม่สงบปฏิบัติการอยู่ในปัจจุบันทั้งสิ้น เพียงแต่ในบางครั้งจำเป็นต้องเรียบเรียงใหม่ให้สอดคล้องกับสถานการณ์ที่เป็นจริงในทางยุทธวิธีตำรวจและพลเรือนซึ่งสามารถอธิบายได้ง่ายให้มากขึ้น จึงขอขอบคุณมา ณ ที่นี้

    คำนิยามศัพท์ที่ควรทราบ

            การก่อความไม่สงบ (Insurgency) คือ การเคลื่อนไหวของขบวนการที่มุ่งประสงค์ที่จะล้มล้างรัฐบาลด้วยการบ่อนทำลายและการต่อสู้ด้วยอาวุธซึ่งมีระดับความรุนแรงที่ยังไม่ถึงขั้นสงครามกลางเมือง (Civil War)

            การดำเนินการก่อความไม่สงบ คือ การทำสงครามนอกแบบซึ่งประกอบด้วยสงครามกองโจร การบ่อนทำลายและการเล็ดลอดหลบหนี ควบคู่กับการปฏิบัติการจิตวิทยา

              การบ่อนทำลาย (Subversion) คือ การปฏิบัติเพื่อบั่นทอนพลังอำนาจทางทหาร เศรษฐกิจ การเมือง สังคมจิตวิทยาหรือขวัญกำลังใจของฝ่ายรัฐบาลหรือผู้ครองอำนาจ ทั้งนี้ด้วยการใช้กำลังและความรุนแรงหรือแทรกซึมเข้าไปบั่นทอน ล้มล้างอำนาจการปกครองหรือชักจูงหันเหการปฏิบัติหรือนโยบายของผู้ครองอำนาจรัฐตามแนวทางที่ไว้วางแผนไว้ล่วงหน้าอย่างเป็นขั้นตอนโดยต่อเนื่อง (เอกสารประกอบการบรรยายวิชาการข่าวกรองในการป้องกันและปราบปรามการก่อความไม่สงบโรงเรียนเสนาธิการทหารบก มี.ค. 2542)

            การก่อการร้าย (Terrorism) คือ การใช้ความรุนแรงหรือข่มขู่ว่าจะใช้ความรุนแรง ซึ่งได้ไตร่ตรองไว้ล่วงหน้า เพื่อให้บรรลุเป้าหมายทางการเมือง ลัทธิ ศาสนาหรืออุดมการณ์โดยการสร้างความหวาดผวาหรือความกลัวด้วยวิธีการข่มขู่หรือบังคับด้วยกำลัง แต่ในพระราชบัญญัติรักษาความสงบภายในประเทศ พ.ศ. 2519 ได้ให้คำจำกัดความของคำว่าการก่อการร้ายว่า ได้แก่การปฏิบัติการคุกคามหรือใช้ความรุนแรงของบุคคลหรือกลุ่มบุคคลที่มุ่งหวังผลตามเงื่อนไขข้อเรียก ร้องทางการเมือง

            สงครามกองโจร (Guerrilla Warfare) คือ การปฏิบัติการทางทหารและแบบทหารในดินแดนของข้าศึกหรือข้าศึกยึดครองอยู่ด้วยการใช้กำลังไม่ตามแบบซึ่งส่วนใหญ่เป็นกำลังในท้องถิ่น

            ยุทธวิธีก่อความไม่สงบที่ใช้ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ อาจกล่าวได้ว่ามีลักษณะการผสมผสานระหว่างการบ่อนทำลาย การก่อการร้าย และสงครามกองโจร ซึ่งอยู่ในความหมายของการก่อความไม่สงบ หรืออาจกล่าวอีกนัยหนึ่งว่าเป็นการทำสงครามนอกแบบด้วยยุทธวิธีทางทหาร ควบคู่กับสงครามจิตวิทยาและการโฆษณาชวนเชื่อโดยมีมวลชนเป็นเป้าหมายสำคัญ

            คาร์ลอส มาริเกลล่า (Carlos Marighella) หัวหน้ากองโจรชาวบราซิลกล่าวไว้ว่า กองโจรในเมืองเป็นอาวุธทางการเมืองที่มียุทธศาสตร์ สำหรับการปฏิวัติจำเป็นต้องเปลี่ยนแปลงวิกฤตการณ์ทางการเมืองไปสู่การต่อสู้ด้วยอาวุธ โดยมีวิธีการปฏิบัติที่รุนแรงอันจะบีบบังคับให้ผู้มีอำนาจในการบริหารประเทศเปลี่ยนสถานการณ์ทางการเมืองไปสู่สถานการณ์ทางทหารซึ่งจะมีผลให้มวลชนต่อต้านทหารและตำรวจ ทั้งได้เขียนคู่มือกองโจรในเมืองและเป็นที่นิยมยึดถืออย่างกว้างขวางโดยให้ความเห็นว่าสงครามกองโจรไม่ว่าในเมืองหรือในชนบทและสงครามจิตวิทยา ล้วนเป็นส่วนประกอบของสงครามปฏิวัติ โดยเห็นว่ากองโจรในเมืองคือบุคคลที่ทำการต่อสู้กับรัฐบาลเผด็จการทหารโดยใช้อาวุธด้วยวิธีการไม่ตามแบบและต้องใช้ยุทธวิธีที่ทำให้เจ้าหน้าที่ฝ่ายรัฐเกิดความวิตกกังวล ทำให้เสียหายโดยมุ่งทำลายขวัญทั้งไม่วิตกว่าจะสร้างความเสียหายหรือทำลายสภาวะทางเศรษฐกิจ การเมืองและสังคมของประเทศเพราะจะปฏิรูปและสร้างสรรค์สังคมและโครงสร้างทางการเมืองด้วยกองทัพประชาชนขึ้นมาใหม่และกองโจรจะมีลักษณะร่วมกันทางอุดมการณ์อยู่เสมอรวมทั้งเห็นว่ากองโจรในเมืองแตกต่างกับโจรผู้ร้ายซึ่งมุ่งหวังแต่ผลประโยชน์ของตัวเอง

     จุดมุ่งหมายในการปฏิบัติการของกองโจรในเมือง

              2.4.2.1 ทำลายความสัมพันธ์หรือข้อต่อระหว่างพลเรือน ทหาร ตำรวจ

              2.4.2.2 ทำลายศรัทธาของประชาชนต่อรัฐบาลทุกด้าน แม้การส่งเสริมคนเลวที่ไม่มีอุดมการณ์

              2.4.2.3 กระจายกำลังฝ่ายปราบปราม โดยเข้าตีที่ตั้งและหน่วยกำลังของรัฐบาล

              2.4.2.4 ตรึงกำลังเจ้าหน้าที่ของรัฐโดยปฏิบัติการรบกวนให้รุนแรงขึ้นโดยลำดับในขณะที่กองโจรสามารถขยายตัวต่อไปได้

              2.4.2.5 บังคับให้เจ้าหน้าที่ของรัฐตื่นตัวและเคร่งเครียดอยู่ตลอดเวลาจนกลายเป็นปฏิ-ปักษ์กับรัฐบาล

              2.4.2.6 หลีกเลี่ยงการต่อสู้ขั้นแตกหักแต่จะโจมตีอย่างจำกัดด้วยระยะเวลาสั้นๆ รวดเร็วและล่าถอยโดยปราศจากร่องรอย 

   2.4.2.7 มีเสรีในการดำเนินการและดำเนินกลยุทธ์เพื่อช่วยการตั้งตัวให้กองโจรในชนบท และส่งเสริมการสร้างกองทัพปฏิวัติเพื่อปลดแอกให้ชาติ