全ゲノムショットガン法

概要

  • Whole Genome Shotgun Sequencing
  • ゲノムの長鎖DNAの塩基配列決定法のこと
  • 採取した複雑なサンプル中に存在する微生物すべての全遺伝子を包括的に抽出できる
  • ホールゲノム・ショットガン法ともいわれる。

方法

  • すべてのDNAを制限酵素で適当な断片に切断する
  • 各々のDNA断片の両端の塩基配列を読んで、わずかな配列の重なりをコンピュータでつなぎ合わせていく
  • 短時間でのゲノム解読を可能にする方法
  • 解読の精度の点では、階層化ショットガン法に比べ劣っている
元の配列                : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX
第1回のショットガン配列  : XXXAGCATGCTGCAG
                                      TCATGCTTAGGCTAXXXX
第2回のショットガン配列  :                      TTAGGCTAXXXX
                       XXXAGCATGCTGCAGTCATGC
再構築された配列        :  XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX

特徴

  • 1回のシーケンスで多くのサンプルを組み合わせるためサンプル当たりの高いシーケンスカバレッジが得られる
    • シーケンスカバレッジ
    • 既知のリファレンス塩基の位置にアライメントされる( つまりそこをカバーしている )リードの数の平均値
  • 非常に少数の微生物も検出可能

参考

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