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FASTA

概要

  • バイオインフォマティクスのソフトウェアパッケージ
  • DNAの塩基配列とタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアラインメントを行うために使用する
  • “FAST-Aye”( ファストエー )と発音する
  • “FAST-All” を意味している
    • “FAST-P”(Protein; タンパク質)アライメント
    • “FAST-N”(Nucleotide; ヌクレオチド)アライメント の総称

用途

  • 類似性の精密な統計値を計算することである
  • 生物学者はどのアライメントが妥当性が高いかを判断できる
  • 相同性 ( homology ) を推測することもできる

形式

  • FASTA形式
    • .fasta, .fa, .fna, .fsa, .mpfa
    • .fna: FAST Nucleic Acids -> Used generically to specify nucleic acids.
  • プレーンテキスト
  • “>” で始まる1行のヘッダ行と、2行目以降の実際のシーケンス文字列で構成される
  • IUB/IUPAC で規定されているアミノ酸コードもしくは核酸コードで、シーケンス文字列を記述する

参考

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