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Axe 2 - Imagerie biologique et médicale


Il est apparu au sein de la communauté scientifique toulousaine le souhait d’un espace scientifique facilitant les contacts et l’émergence de collaborations trans-disciplinaires entre les sciences biologiques, physiques, mathématiques et informatiques autour des questions de biologie des systèmes. La proposition de création d'un GIS ‘MIBS’  : Modélisation et traitement de l'Information pour la Biologie des Systèmes vise à répondre à cette attente. 

Les relations entre ces communautés pourraient se structurer, dans un premier temps au moins, autour de trois axes scientifiques : 
Ce site web est un lieu d'affichage pour l'axe 2: Imagerie biologique et médicale

L'axe 2 se propose d'explorer les interfaces et de faciliter les échanges entre les communautés mathématiques, informatiques, biologiques et médicales autour de l'imagerie biologique et médicale.

La différence entre l'imagerie biologique et l'imagerie médicale se situe au niveau de l'échelle du phénomène observé et de la modalité d'imagerie. L'imagerie biologique part de la résolution atomique (RMN, cristallographie au rayon X), passe par l'échelle moléculaire et va jusqu'au niveau cellulaire (microscopie électronique, microscopie de fluorescence sur objet fixé ou vivant). L'imagerie médicale se donne pour objet d'étude le tissu, l'organe ou l'organisme entier. Si on continue à parcourir les échelles d'espace, on trouve les images satellitaires et astronomiques.

Cependant des points communs existent : les problèmes de stockage et d'indexation de l'information sont par exemple communs. De plus, une fois décrit et modélisé le système de formation de l'image, les traiteurs d'images (qu'ils proviennent de la communauté mathématique ou informatique) utilisent et mettent au point des méthodes et algorithmes qui peuvent s'appliquer avec des adaptations adéquates aux images biologiques, aux images médicales et aux images astronomiques. Il s'agit de traiter des problèmes tels que le débruitage, la segmentation, la détection et le suivi temporel de structures, la reconstruction 3D, le couplage de l'image avec des modèles…. Ces approches vont permettre pour les expérimentateurs le passage d'une analyse qualitative des images à une approche quantitative permettant une exploration statistique des données biologiques. Ces données quantitatives peuvent également permettre de tester des modélisations des objets biologiques.

Au sein de cet axe, nous souhaitons profiter d'outils d'analyse quantitative potentiellement applicables à un large type d'imagerie pour mettre en relation les communautés d'imagerie médicale et biologique au sein de l'initiative MIBS. Il s'agit également de développer de nouveaux outils de traitement des images et de les appliquer à des données réelles.



Les animateurs de cet axe sont A. Basarab, P. Cochard, J. Fehrenbach et O. Gadal.
Pour vous inscrire à la liste de diffusion de l'axe Image, envoyez un message à jerome.fehrenbach@math.univ-toulouse.fr . Cette liste annonce les clubs de discussion organisés par l'axe Image (vois aussi la page Club de discussion).

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