APLICACIONES

El Frustratómetro es un algoritmo inspirado por la Teoría de los Paisajes de Energía que apunta a cuantificar el grado de frustración local en las proteínas. La Frustración nos informa sobre el comportamiento biológico de las proteínas a través del análisis de cómo la energía se distribuye en las distintas estructuras y de cómo las mutaciones o los cambios conformacionales desplazan las distribuciones energéticas. Los lugares de alta frustración local suelen indicar regiones biológicamente importantes, como sitios alostéricos o de unión. Los contactos mínimamente frustrados constituyen el núcleo de plegamiento de la molécula. En colaboración con Peter Wolynes y Elizabeth Komives.

NGOME es un algoritmo para la predicción de la deamidación espontánea de residuos asparagina en proteínas. La deamidación de asparaginas es modulada por la secuencia local, la estructura secundaria y los puentes de hidrógeno. NGOME usa predicciones basadas en secuencia de estructura secundaria y desorden intrínseco y no requiere de una estructura de partida. NGOME puede ayudar al usuario a identificar asparaginas propensas a la deamidación que podrían actuar como relojes moleculares en la regulación de la degradación y función de las proteínas. En colaboración con Leonardo G. Alonso.