Profile

Kazuhiro Takemoto

Associate Professor
Department of Bioscience and Bioinformatics
Graduate School of Computer Science and Systems Engineering
Kyushu Institute of Technology

竹本 和広(たけもと かずひろ)
九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 准教授

Office: Rm. W826, Departmental Research Building, Kyushu Institute of Technology, Kawazu 680-4, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan (Direction Map)
〒820-8502 福岡県飯塚市川津680-4 九州工業大学 研究棟 W826号室 (アクセスマップ)
Phone: +81-948-29-7822
Fax: +81-948-29-7801
E-mail: takemoto[AT]bio.kyutech.ac.jp
SNS: Twitter, Facebook, LinkedIn, ResearchGate
Nationality: Japanese

Academic Positions

  • Jul. 2015 - Present: Associate Professor, Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
    平成27年7月〜現在: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 准教授
  • Apr. 2012 - Jun. 2015: Assistant Professor, Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
    平成24年4月〜平成27年6月: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 助教
  • Apr. 2010 - Mar. 2012: Visiting Researcher, Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo, Japan
    平成22年4月〜平成24年3月: 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 客員共同研究員
  • Oct. 2009 - Mar. 2013: Researcher, Precursory Research for Embryonic Science and Technology (PRESTO), Japan Science and Technology Agency (Research Area: Innovative Model of Biological Processes and Its Development)
    平成21年10月〜平成25年3月: 科学技術振興機構 さきがけ研究者(研究領域: 生命現象の革新モデルと展開. 平成21年10月〜平成24年3月: 専任研究者. 平成24年4月〜平成25年3月: 兼任研究者)
  • Apr. 2009 - Sep. 2009: Postdoctoral Fellow, Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo, Japan
    平成21年4月〜平成21年9月: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 特任研究員
  • Apr. 2008 - Mar. 2010: Cooperative Research Scientist, Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Japan
    平成20年4月〜平成22年3月: 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 外来研究員
  • Apr. 2008 - Mar. 2009: Postdoctoral Fellow, the Japan Society for the Promotion of Science (at University of Tokyo, Japan)
    平成20年4月〜平成21年3月: 日本学術振興会 特別研究員PD(受入研究者: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 有田正規先生)
  • Apr. 2007 - Mar. 2008: Doctoral Fellow, the Japan Society for the Promotion of Science (at Kyoto University, Japan)
    平成19年4月〜平成20年3月: 日本学術振興会 特別研究員DC2(受入研究者: 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 阿久津達也先生)
  • May 2006 - Mar. 2007: Research Assistant (Kyoto University 21st Century COE Program, Knowledge Information Infrastructure for Genome Science)
    平成18年5月〜平成19年3月: リサーチアシスタント(京都大学 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」)

Education

  • Mar. 24, 2008: Doctor of Informatics (Kyoto University, Japan)
    平成20年3月24日: 博士号(情報学)京都大学
  • Apr. 2006 - Mar. 2008: Department of Intelligence Science and Technology, Graduate School of Informatics, Kyoto University, Japan
    平成18年4月〜平成20年3月: 京都大学 大学院情報学研究科 知能情報学専攻(短縮修了)
  • Apr. 2004 - Mar. 2006: Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
    平成16年4月〜平成18年3月: 九州工業大学 大学院情報工学研究科 情報科学専攻
  • Apr. 2000 - Mar. 2004: Department of Biochemical Engineering and Science, Faculty of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
    平成12年4月〜平成16年3月: 九州工業大学 情報工学部 生物化学システム工学科

Publications

See Publications and Presentations (and also Google Scholar).

Teaching

See Teaching (in Japanese).

Advising

See Group.

Societies

  • Japanese Society for Bioinformatics 日本バイオインフォマティクス学会
  • The Physical Society of Japan 日本物理学会

Activities

  • The 29th International Conference on Genome Informatics (GIW 2018) (Program Committee).
  • 日本バイオインフォマティクス学会 (幹事(若手), Apr. 2018 - Present).
  • The 7th International Conference on Complex Networks and Their Applications (COMPLEX NETWORKS 2018) (Program Committee).
  • PLoS ONE (Academic Editor, Sep. 2017 - Present).
  • The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018) (Program Committee)
  • MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition (Scientific Committee)
  • The 6th International Conference on Complex Networks and Their Applications (COMPLEX NETWORKS 2017) (Program Committee).
  • MOL2NET 2016, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2nd edition (Scientific Committee)
  • 第23回日本生物工学会九州支部飯塚大会(実行委員)
  • 1st International Conference on Synergies of Experimental and Biomedical Sciences Groups with Computational Chemistry, Bioinformatics, Network Science, and Big Data Analytics Experts (MOL2NET-1) (Scientific Committee)
  • Scientific Reports (Nature Publishing Group) (Editorial Board, Jun. 2015 - Present)
  • バイオインフォマティクス技術者認定試験 平成26年度認定試験委員会
  • Science Postprint (Editorial Board, Jul. 2013 - Present)
  • Frontiers in Plant Science (Review Editor, Nov. 2012 - Present)
  • Journal of Biophysical Chemistry (Editorial Board, Apr. 2012 - Present)
  • Reviewer for Applied and Environmental Microbiology, Applied Mathematics and Computation, Applied Network Science, Bioinformatics, BioMed Research International, Biosystems, BMC Bioinformatics, BMC Complementary and Alternative Medicine, BMC Evolutionary Biology, BMC Genomics, BMC Systems Biology, Chaos, Solitons & Fractals, Current Bioinformatics, Ecology Letters, Ecosphere, Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, Extremophiles, F1000Research, Frontiers in Microbiology, Frontiers in Plant Science, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, IEICE Transactions on Information and Systems, IET Systems Biology, International Journal of Bioinformatics Research and Applications, Journal of Biophysical Chemistry, Journal of Physics, Journal of Theoretical Biology, Journal of the Royal Society Interface, Mathematical Biosciences, Nature Ecology & Evolution, PLOS ONE, Scientific Reports, Social Networks, Symmetry, Topologica, Virus Evolution.
  • 生命情報科学若手の会(発起人)

Honours

  • Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize (2017, September)
  • The Eighth Asia Pacific Bioinformatics Conference Best Poster Award (2010, January)

Grant

  • 平成30〜31年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(挑戦的研究(萌芽))(研究課題番号: 18K19846)「数理解析とメタゲノミクスでマイクロバイオーム撹乱後の回復を予測する」(624万円)研究分担者(研究代表者: 高見英人)(分担金: 117万円)
    Apr. 2018 - Mar. 2020: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 18K19846). "Predicting restoration of perturbed microbiome based on metagenomics and mathematical modeling" (6,240,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 1,170,000 JPY).
  • 平成30年度: 京都大学化学研究所共同利用・共同研究拠点(分野選択型萌芽的研究)(課題番号: 2018-27)「次数相関のある複雑ネットワークの解析」(20万円)研究代表者(共同研究者:阿久津達也先生)
    Apr. 2018 - Mar. 2019: Collaborative Research Program of Institute for Chemical Research, Kyoto University (grant # 2018-27). "Analysis of complex networks with degree correlations" (200,000 JPY). Principle Investigator.
  • 平成29〜32年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(若手研究(A))(研究課題番号:  17H04703)「代謝ネットワークを通して可能にする微生物生態系の機能評価とデザイン:理論と応用」(2,067万円)研究代表者
    Apr. 2017 - Mar. 2021: Grant-in-Aid for Young Scientists (A) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 17H04703). "Evaluating and designing microbial ecosystems using metabolic networks: theory and its applications" (20,670,000 JPY). Principle Investigator.
  • 平成29年度: 京都大学化学研究所共同利用・共同研究拠点(分野選択型萌芽的研究)(課題番号: 2017-22)「次数相関のある複雑ネットワークの解析」(60万円)研究代表者(共同研究者:阿久津達也先生)
    Apr. 2017 - Mar. 2018: Collaborative Research Program of Institute for Chemical Research, Kyoto University (grant # 2017-22). "Analysis of complex networks with degree correlations" (600,000 JPY). Principle Investigator.
  • 平成27〜29年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(基盤研究(B)(特設分野研究))(研究課題番号: 15KT0039)「農耕地生態系の潜在的物質循環ポテンシャルを可視化する」(1,794万円)研究分担者(研究代表者: 高見英人)(分担金: 123万円)
    Jul. 2015 - Mar. 2018: Grant-in-Aid for Scientific Research (B) (Generative Research Fields) (no. 15KT0039). "Visualizing the potential of material cycles in agricultural ecosystems" (1,7940,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 1230,000 JPY).
  • 平成26〜27年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(挑戦的萌芽研究)(研究課題番号: 26550053)「メタゲノミクスと数理統計学の融合による新規な環境影響評価法の開発」(390万円)研究分担者(研究代表者: 高見英人)(分担金: 65万円)
    Apr. 2014 - Mar. 2016: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research of Japan Society for the Promotion of Science (no. 26550053). "Development of new method for environmental impact assessment by combination of genomics and mathematical statistics" (3,900,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 650,000 JPY).
  • 平成25〜28年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(若手研究(A))(研究課題番号:  2570030)「代謝ネットワークから解き明かす生物—環境相互作用:解析基盤の確立と応用」(2,106万円)研究代表者
    Apr. 2013 - Mar. 2017: Grant-in-Aid for Young Scientists (A) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 25700030). "Untangling species-environment interactions using metabolic networks: theory and its applications" (21,060,000 JPY). Principle Investigator.
  • Jan. 2013 - June 2013: International Young Scientists Program of National Natural Science Foundation of China (no. 11250110508). "Elucidation of the design principles of metabolic pathways of living organisms via mathematical modelling analysis" (100,000 RMB). Principle Investigator.
  • Sep. 2012 - Aug. 2013: Chinese Academy of Sciences Fellowship for Young International Scientists (no. 2012Y1SB0014). "Computational analysis of metabolic networks from a viewpoint of structure and physicochemical properties of proteins" (165,000 RMB). Principle Investigator.
  • 平成21〜24年度: 科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業さきがけ「環境適応から解き明かす代謝ネットワークの設計原理」(2,300万円)研究代表者
    Oct. 2009 - Mar. 2013: Strategic Basic Research Program "Precursory Research for Embryonic Science and Technology" of Japan Science and Technology Agency. "Elucidation of design principle for environmental adaptation in metabolic networks" (23,000,000 JPY). Principle Investigator.
  • 平成19〜20年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業(特別研究員奨励費)(研究課題番号: 07J00209)「統計力学に基づく生化学反応ネットワークの解析とモデル化」(180万円)研究代表者
    Apr. 2007 - Mar. 2009: Research Fellowship for Young Scientists of Japan Society for the Promotion of Science (no. 07J00209). "Analysis and Modeling of Biochemical Reaction Networks based on Statistical Mechanics" (1,800,000 JPY). Principle Investigator.