A FreeSurfer viszonylag jó leírással és oktató anyaggal rendelkezik, de néhány orientáló link segítheti az ismerkedést.
Első lépésként jó áttekintést adnak a programról az oldal tetején található diák.
2. Oktató anyag (a Tutorial résztől)
Következőként érdemes letölteni a programot, és az oktató anyag lépésein végigmenni. A 8 oktató anyag végigvezet az adatok kezelésének és a hibák javításának nagy részén. Nagyon világos és hasznos bevezető.
Az oldalon belinkelt cikkek részletesebb és technikai adalékokkal szolgálnak az elemzés menetéről.