Nyitóoldal‎ > ‎

Anatómia és koordináták

Anatómia

A képalkotó eljárások használatához ismerni kell az agy anatómiáját. Ehhez egyrészt meg kell tanulni a struktúrák pontos helyét, alakját, stb., másrészt fel kell ismerni ezeket a struktúrákat a képeken. Az alábbiakban összegyűjtöttünk néhány különösen hasznos alkalmazást, leírást és atlaszt, amely az anatómia és a képek felismerésének tanulását segítik. Fontos, hogy a különböző atlaszok más felosztást használhatnak, vagy akár ellent is mondhatnak egymásnak. Ilyenkor nézzünk meg több atlaszt, vagy kövessük a saját kutatási területünk bevett felosztását és terminológiáját.

Fej


Érdemes először egy áttekintést kapni az agy helyzetéről a fejben, és az MR képekhez könnyebb is hozzászokni ismerősebb testrészek segítségével.

e-Anatomy
A fej részeiről találunk felcímkézett interaktív CT képeket.

Neuroimaging Primer
Melyik szövetnek milyen árnyalata van?

Agy

Central Nervous System - Visual Perspectives
Egyes struktúrákat könnyen követhető 3D nézetben mutat be.

Jody Culham anatómia diái
Jó leírásokkal a struktúrák viszonyáról. Az oldal alján keressük a letölthető ppt fájlokat.

Chris Rorden Neuroanatómiai atlasza
Statikus színezett atlasz. Leírja, hogy hogyan találhatunk meg néhány fontos struktúrát.

Színezett MR képekkel, leírásokkal és pl. kisagy térképpel

e-Anatomy - Agy
Webes interaktív, címkékkel. Az egérrel ráállva, megmutatja, hogy melyik struktúrán vagyunk. Csak axiális szeletek. Több féle MR kép.

Michigan Állami Egyetem, Brain Biodiversity Bank Atlases - emberi agy
Interaktív webes atlasz. Minden szeleten megjeleníthetjük a címkéket. MRI és festett szeletek. Kéreg alatti struktúrák is.

Néhány struktúrát igen átláthatóan mutat be.

Letölthető szoftverek

BrainVoyager Brain Tutor
Kitűnő interaktív agyanatómia. Lebenyek, gyrusok, sulcusok és Brodmann területek (kéreg alatti területek nincsenek). Felületi nézet és szeletek nézet, illetve a kettőt kombinálni is lehet. Kérgi területek megtanulásához ideális. A kijelölt területeket mindegyik nézetben kiszínezi. Talairach koordinátákkal. Letölthető Win és Mac alá.

FSLView
Az FSL képnéző programjával betölthetünk egy agyat, majd a Tools > Toolbars > Atlas tools bekapcsolásával különféle atlaszokat jeleníthetünk meg.  A szoftver letölthető innen.

A dokumentációs oldalon a Quick Start leírás (a Dataset letöltése után) segítséget nyújt, hogy hogyan igazodhatunk el a sablonok közt és hogyan használhatjuk azokat.

FreeSurfer
Az anatómiai elemző programmal a szegmentált agyat részletesen megnézhetjük.

Slicer - SPL PLN Brain Atlas
Egy részletes 3D atlasz, amelyet a Slicer megjelenítő programban nézhetünk meg. A fenti oldalon a ppt elmagyarázza azt is, hogy hogyan használjuk a Slicert az atlasz nézegetéshez. Ha van piros-kék szemüvegünk, akkor az atlaszt sztereóban is nézehtjük! A Slicer viszonylag nagy program, erősebb gépet igényelhet.


Koordináták és sablonok

A különböző agyakat valahogyan össze kell hasonlítanunk. Ezért kell egy közös nevező: egyrészt egy koordináta rendszer, amely segítségével az agy egyes helyeire egyértelműen hivatkozhatunk, másrészt szükség van sablonokra, amire a különböző méretű és alakú agyakat illesztjük, hogy azok hasonlóak és így összehasonlíthatóak  legyenek majd.

Talairach atlasz

Talairach.org
Talairach koordináták a struktúrák megjelölésével, letölthető és online programmal, atlasszal.

Talairach applet
Online alkalmazás, a struktúrák kereshetőek és kiemelhetők.

MNI sablonok

The MNI brain and the Talairach atlas
Matthew Brett leírása a koordinátákról, a Talairach és MNI sablonokról, és a kettő közti különbségről.

International Consortium for Brain Mapping
MNI és újabb sablonok.

MNI és Talairach konverterek

Mivel a Talairach atlasz agya és az MNI sablon eltérnek, konvertereket kell használni a kettő közti megfeleltetésre. A két sablon nem egyforma alakú, ezért a konverzió nem egyszerú. Az alábbiakban a legfőbb módszereket találjuk meg.

The MNI brain and the Talairach atlas
Matthew Brett fentebb már  leírása két klasszikus konvertert is bemutat.

A BrainMap konvertere

MNI to Talairach Coordinate Converter
Nemlineáris konverzió, a fentebbi eljárásoktól fejlettebb.