研究で使用するデータベースや解析ソフト.リンク切れあるかも.
DNA Database
DDBJ 日本のDNAデータベース.配列登録などはSAKURAから.
EMBL ヨーロッパのDNAデータベース
NCBI アメリカのGenBank
Sequence Similarity Search - BLAST BLAST専用
unite 菌類の子実体が分っている物のDNAデータベース
Culture Collection
ATCC アメリカの菌株保存機関
CBS ヨーロッパの菌株保存機関
理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室(JCM) 理化学研究所の菌株
MAFF 農水の菌株
NITE 製品評価技術基盤機構
NBRC NBRC Culture カタログ検索 (IFOのを移管)
Locator of culture Collections and Strains
Herbarium
Index Herbariorum 植物(菌類)標本保存機関のリスト
Harvard University Herbaria - Databases ハーバード大学の標本庫
HHUFデータベース 弘前大学の標本データベース
Australia's Virtual Herbarium オーストラリアの標本のデジタルアーカイブ.標本番号と種名,採集地等のデータベース.
Botany
The International Plant Names Index 植物の学名検索
Mycology
IndexFungorum 菌類の学名検索
Fungal Databases, Systematic Botany and Mycology Laboratory
Systematic Studies in Discomycetes Pezizales 盤菌類の系統(オスロ大学)
Inoperculate stromatic discomycetes (Sclerotiniaceae Rutstroemiaceae) key キンカクキンの仲間
Geo Data
地図センター 航空写真を閲覧,購入する.
航空写真画像情報所在検索・案内システム 航空写真を検索する.地図センターから閲覧・購入する場合はこちらで評定図を検索.
国土地理院測量計算サイト GPSの位置情報を地心直交座標に変換したりジオイド高を出したりできる.
Biodiversity
環境省自然環境局生物多様性センター 調査一覧やレッドリストほか.
北海道レッドデータブック 北海道のレッドリスト.
日本における生物多様性関連Webサイト一覧 (by Yuuji Tsukii)
The IUCN Red List of Threatend species 国連のレッドリスト.
Insects
日本産昆虫学和名辞書 日本産昆虫の和名,学名検索.
関東を中心とした地表徘徊性甲虫 千葉県柏市大青田の森を中心に採集されたオサムシ,シデムシ,ゴミムシ等の図鑑.
Plant Disease
日本植物病名データベース 日本植物病理学会編集の日本植物病名目録の情報を元に農業生物資源ジーンバンクが構築したシステム.
Knowledge
International Code of Botanical Nomenclature (VIENNA CODE) 国際植物命名規約 最新版
International Code of Botanical Nomenclature (ST LOUIS CODE) 国際植物命名規約 最新版のウイーン規約の1つ前
Software
統計
R.jp 統計解析ソフト(無料).
プログラミング
ActiveState (Perl) バイオインフォマティクスでは結構役に立つらしい.特化したBioParlというのもあるらしい
系統解析
BCM Search Launcher Sequence Utilities Sequenceの配列整理に便利
Phylogeny Program 系統解析プログラムのリンク集
BioEdit 配列編集ソフト(無料).Win対応
PAUP 4.0 系統解析ソフト(有料)
PHYLIP 系統解析ソフト(無料)
MEGA 系統解析ソフト(無料).Win, Mac, Linuxそれぞれに対応
遺伝的構造解析
Structure 遺伝的構造を可視化
GenAlEx Excelマクロのプラグインで基本的な遺伝的パラメータの算出に便利
FSTAT F統計値の計算
Field Genetics (Cervus) 親子判定とか?
プライマー関係
Primer よく使われるプライマー類の一覧が載っている
プライマーのTm値 プライマー設計するときのTm計算に便利
Primer3 プライマー設計に適した配列を探してくれるソフト
BatchPrimer3 Primer3のプログラムを元に大量のシーケンスデータからマーカーを設計してくれるサイト
画像解析
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