На даний час структура Інституту включає власне Інститут, який розміщений на трьох базах – в містах Житомирі, Коростені і Любарі (Чорторійське дослідне поле) та два Державних підприємства: Дослідне господарство "Нова Перемога" та Дослідне господарство "Рихальське".
У відповідності з напрямками науково-виробничої діяльності в Інституті функціонує 6 наукових відділів.
В Інституті функціонують балансово-лізіметрична станція, комплекс по мікроклональному розмноженню картоплі (тимчасово законсервований), фізіологічний двір для проведення досліджень з питань тваринництва, чеська лабораторія по визначенню якості кормів і тваринницької продукції, американо-індійський аналітичний комплекс для експрес-аналізу якості сільськогосподарської продукції (методи інфрачервоної спектрометрії), лабораторія оцінки якості льонопродукції, сертифіковані лабораторії біохімії хмелю та пива, та агрохімії та масових аналізів.
З 1998 року Інститут є головною науковою установою Центру наукового забезпечення АПВ Житомирської області. Науковий потенціал Інституту складається з 61 наукового співробітника, з них 5 докторів та 23 кандидати наук.
При Інституті діє аспірантура зі спеціальності 06.01.15 "Первинна обробка продуктів рослинництва".
Інститут є головною установою з виконання програми наукових досліджень НААН на 2016-2020 роки № 9 «Наукові основи новітніх методів селекції, біотехнології, розсадництва та інноваційних енергоощадних технологій виробництва, переробляння і використання хмелю» ("Хміль"). З метою координації досліджень та контролю методичного рівня проведення досліджень створена координаційно-методична рада, до складу якої входять провідні науковці Інституту, службовці Міністерства аграрної політики та продовольства України, Департаменту агропромислового розвитку ЖОДА, представники Асоціації хмелярів України, керівники хмелярських господарств; для стандартизації процесів виробництва хмелепродукції і адаптації європейських регламентних вимог до вирощування хмелю в інституті працює Технічний комітет 36 та Міжнародний технічний комітет.