Fin dalle epoche più remote, il piccolo borgo di Agliate, costruito sulle rive del Lambro, era un importante centro di passaggio, oltre che amministrativo e culturale, tra Milano e le regioni del nord e della Brianza centrale. Scelto come centro di evangelizzazione cristiana delle campagne, sovrapponendosi certamente a un precedente luogo di culto locale pagano, l'istituzione della pieve e la fondazione della prima chiesa battesimale risalgono probabilmente al sec. VI. Fu così che nacque il complesso della Basilica dei SS. Pietro e Paolo.
La facciata della basilica si presenta col tetto a quattro spioventi e la navata centrale sopraelevata rispetto alle due laterali; il senso di solidità è amplificato dalla strombatura delle due monofore e dal notevole spessore delle mura, costituite da conci e da grossi ciottoli di fiume. Ciascuno dei tre semplici portali è costituito da un architrave e una lunetta, che contiene mosaici (anni '50 del Novecento) raffiguranti San Pietro a sinistra, San Paolo a destra e il Cristo legislatore in centro. Il campanile è una costruzione neoromanica della fine del sec. XIX.
L'interno a tre navate è caratterizzato da una doppia fila di colonne, non una uguale all'altra in quanto recuperate da antichi edifici romani (ad esempio, la seconda di sinistra è un miliario romano risalente all'imperatore Giuliano l'Apostata, 361 d.C.). Dei capitelli tutti diversi, invece, quello della penultima colonna di sinistra era probabilmente di un antico tempio dedicato a Nettuno o a una divinità fluviale (ciò spiegherebbe i delfini e il tridente). Dall'abside di sinistra, nel quale sono conservate le reliquie di San Biagio, si accede alla cripta.
Nel semicatino absidale rimangono dei resti di alcuni affreschi raffiguranti Dio padre con globo crucigero, la consegna delle Chiavi a San Pietro, la Madonna col Bambino e San Giovanni Battista (certa la data del 1491, trovata nel corso delle operazioni di restauro); sulla parete destra, l'affresco tardo-quattrocentesco di una Madonna del Latte assisa in trono. Sulle pareti della navata centrale rimangono i resti più antichi (altomedievali) di ciò che doveva essere un ricco ciclo pittorico organizzato su registri orizzontali.
Il battistero è più antico della basilica ma ad essa coerente per materiali e motivi decorativi. La pianta è un poligono irregolare a nove lati (la necessità di creare l'abside costrinse i costruttori a sdoppiare uno dei lati), ma all'interno si percepisce sostanzialmente come ottagonale, quindi canonicamente aderente ai dettami ambrosiani. All'esterno è decorato da un fregio di archetti pensili sormontati da fornici ciechi. Il fonte battesimale a vasca, centrale e ottagonale, è munito di gradini a scendere e canali di adduzione e di scarico dell'acqua.
La decorazione pittorica è perlopiù coeva all'edificio (Tre-Quattrocento). Sopra l'abside si intuisce il battesimo di Cristo nel Giordano, con angeli ai lati, e la chiamata degli apostoli Pietro e Andrea, ritratti mentre dalla barca gettano le reti nel lago di Genezareth. Ai lati dell'abside altre figure di santi benedicenti; all'interno un probabile San Vittore. A questi si sovrappongo i successivi affreschi degli apostoli Andrea e Giacomo e della Madonna del Latte. Alla destra dell'ingresso, la Deposizione di Cristo, Sant'Onofrio, San Biagio e la Madonna col Bambino in trono.