Terwijl het met de kloosters in de 16de eeuw bergafwaarts ging, ontstond er in Arnhem een mystieke wedergeboorte. Deze was geïnspireerd op de Moderne Devotie, een spirituele beweging binnen de katholieke kerk, die streefde naar vernieuwing van het christelijke gemeenschapsleven en terug wilde naar de oervorm van het geloof. De Moderne Devotie had een stevige basis in Arnhem en werd gesteund door Karel van Gelre die als katholiek vocht tegen de opkomst van het protestantisme. In 1428 trokken de Agnieten in het kloostergebouw aan de Sint-Jansbeek (huidige Beekstraat) dat door de zusters van het Bethaniëklooster verlaten was.

Bijzonder is dat de zusters van het Agnietenklooster rijke vrouwen waren, afkomstig uit de adelstand en het stedelijk patriciaat, waaronder vrouwen van de Gelderse, adellijke geslachten van Middachten en van Arnhem. Al jong traden zij in en na het afleggen van de kloostergelofte kwamen zij nooit meer buiten de kloostermuren. De zusters lieten zich leiden door boeken waarin alle strenge en sobere leefregels beschreven stonden.

Met het naleven van regels en gebed hoopten zij dichterbij Christus, bij God te komen en een plek in de hemel te bemachtigen. De nonnen leiden een verborgen leven achter de muren, maar ook een verborgen leven gericht op hun innerlijk en het hogere.

Aan dit bloeiende kloosterleven kwam met de Arnhemse Beeldenstorm in 1578 een einde. In 1634 waren er nog slechts 4 zusters over en 1636 viel definitief het doek en trok het Sint Catharinagasthuis in de gebouwen. Alleen de kloosterkerk van het Agnietenklooster, de huidige Waalse Kerk aan de Beekstraat, herinnert nog aan het ooit zo immense complex. Het grootste deel van hun boekenbezit ging verloren, maar de zusters wisten uiteindelijk nog een aantal belangrijke boeken te redden en over te brengen naar het klooster van de reguliere kanunniken in Gaesdonck ( bij Gogh). Na de opheffing van dit klooster raakten deze handschriften over heel Europa verspreid.