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ラディス【radius】
「ワールドメモリー」の中で「ディガー」として記録を回収していた際に謎の集団の襲撃に遭い右腕を失う。辺りには同じく右腕ばかりを失い息絶えた同行者たち。死にかけていたところに埋まっていた「喋る義手」を見つける。
成り行きで取り付けた義手の蘇生機能で一命を取り留める。喋る義手は助けた交換条件として世界を記録した「ワールドメモリー」の最深部へと連れてていくこと要求してきた。
危険地域に指定されている場所へ行きたくないため義手の解体を行っているという「バラシ屋」と呼ばれる男を探し始める。

フィクサー【fixer】
義肢を禁忌とする国で裏切りの一族として国を追われた後、執着するように義肢をバラすようになった。
「バラシ屋」として生計を立てるようになったある時、「喋る義手」を持った義肢使いが訪ねてくる。
喋る義手が自身の家系の過去を知る手がかりになると考え、「最下層へ連れて行けばこいつをバラす」とラディスに提案する。また塔に腕を取り戻す技術があるかもしれないとラディスを説得、一同は「ワールドメモリー」を目指す。

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同業者の「ディガー」との戦闘や回り道を重ねながら最深部を目指して潜り続ける一同。次第にこの塔が平和を記録するためのものではなく「プロジェクト・シール」を再現し世界を沈め世界をゼロへと戻す「方舟」の役割を持つことを知る。

フィクサーは一族がこの塔に国の再建の可能性を頼り、そして「塔の目的」を知ったことで塔を沈めた過去を知る。ラディスは自身の腕を奪った組織が居ること、世界が沈められようとしていること、自身の右手を取り戻す手立てがあることを知る。

一同は計画の阻止と「方舟の鍵」の正体を探ることに目的を移す。

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最下層へと到達し「方舟の守り手」との戦いに勝利する一同。しかし突如義手の動作が止まる。そこへ「暫定政府」が義手を回収に訪れる。義手には「主を探し共に最深部に到着せよ」という命令がプログラムされていた。

暫定政府は方舟に記録された技術、世界を沈める兵器を独占し世界統制を目論んでいた。ラディスの義手は一つのパーツでありそれぞれの義肢が組み合わさり、義体になることで兵器の起動キーとなる。ディガーを襲い義手を使わせ最深部への義手を運ばせる。そして「箱舟の守り手」を崩す。それが暫定政府の目的であった。

義肢を奪われ成す術のないラディスとフィクサー。義体は組み上げられ鍵となり、兵器への扉が開かれる。しかし突如扉が止まる。喋る義手が止めたようであった。鍵の義体があるこの場所が最下層でないことが分かった今「主と共に最下層ヘ目指す」命令が再び機能したためであった。
混乱の隙を突いて義体から喋る義手をバラすフィクサー。同時に何かへ合図を送る。はるか上からケーブルに繋がれた義手が雨のように降り注ぐ。これまでのディガーから奪取した物であった。慌てふためく暫定政府を尻目に、ラディスたちは反撃を始める。