L'essentiel des dispositions concernant les rapports et le pouvoir de contrôle exercé par l'Assemblée nationale sur le Gouvernement sont réunies au sein de l'Article 49 de la Constitution.

Tout d'abord, par le premier alinéa de l'article 49, le Gouvernement peut demander le vote d'une question de confiance à l'Assemblée nationale (et à elle seule) portant sur un programme de gouvernement ou sur une déclaration de politique générale. Le vote de confiance a généralement lieu après la formation de chaque gouvernement après la présentation par le Premier ministre devant les députés de l'action gouvernementale qui sera menée. Il s'agit en quelque sorte de la confirmation parlementaire de la nomination d'un Premier ministre et de son Gouvernement. Mais le chef du gouvernement peut demander également le vote d'une question de confiance afin de ressouder la majorité derrière lui et ainsi renforcer sa légitimité en période de crise de confiance. Depuis 1958, toutes les questions de confiance posées à l'Assemblée nationale par un Gouvernement ont été votées favorablement. Si jamais ce n'était pas le cas, le Gouvernement chuterait automatiquement.

Par l'alinéa 2 de l'Article 49 de la Constitution, les députés peuvent déposer, dès que le quota nécessaire de signatures est réuni pour la soutenir (à savoir celles d'au moins un dixième des membres de l'Assemblée, soit aujourd'hui de 58 députés), une motion de censure, dite aussi « motion de censure spontanée ». Celle-ci doit être votée à la majorité absolue de l'ensemble des députés, soit au moins 289 voix « pour », qui sont seules comptabilisées, les abstentionnistes et les absents étant considérés comme rejetant la motion, ceci afin d'éviter le vote d'une motion à la « majorité simple » des seuls présents qui a été la cause de la chute de nombreux gouvernements lors des régimes républicains précédents. De plus, le vote doit avoir lieu 48 heures au moins après le dépôt de la motion et après débats, pour que les députés ne réagissent pas « à chaud » et leur laisser le temps de la réflexion. Si le gouvernement est censuré, le Premier ministre doit présenter sa démission au président de la République, sans toutefois que celui-ci soit tenu de l’accepter. Même si elle n'a que très peu de chance d'aboutir, surtout lorsque la majorité en place est assez nette, la motion de censure est un outil particulièrement utilisé par l'opposition pour marquer son désaccord avec la politique générale du gouvernement ou contre des mesures phares de ce dernier. 

L'une des plus célèbres dispositions de l'Article 49, et aussi l'une des plus controversées, connue sous le nom de « 49–3 » (3e alinéa de l'article 49) ou encore « engagement de responsabilité » autorise le gouvernement à faire passer un projet de loi sans vote, sans débat et sans dépôt d'amendement portant directement sur ce texte. Une motion de censure peut toutefois être déposée contre le gouvernement dans les 24 heures après l'appel au 49–3 (celle-ci est systématiquement alors déposée par l'opposition) : si celle-ci est votée, le texte est rejeté et le gouvernement, qui a engagé sa responsabilité sur ce projet de loi, chute. On parle alors également de « motion de censure provoquée ». Ce pouvoir est particulièrement critiqué par la plupart des figures du Parti socialiste et de l'Union pour la démocratie française car ils y voient une contrainte particulièrement importante au pouvoir législatif et de contrôle de l'Assemblée et le symbole de la primauté du pouvoir exécutif sur le législatif. Au contraire, les partisans de cette disposition mettent en avant qu'il s'agit du meilleur moyen d'éviter l'obstruction parlementaire et des débats considérés comme trop longs sur des mesures jugées urgentes. 

· Autre marque du contrôle exercé en retour par l'exécutif sur le législatif, l’Assemblée nationale peut être dissoute par le président de la République. Une dissolution entraîne automatiquement la tenue d'élections législatives qui sont dites alors « anticipées ».