会の趣旨 NIHが資金提供しているEpigenome Roadmapの論文を有志が集いスライドで解説します。 同プロジェクトの論文は、2015/2/18にNature系の雑誌で一斉に14報公開されていますが、2007年から継続的に取り組まれており、過去の論文を加えると数が膨大である事から、この会では以下の論文に焦点を当てて解説していく予定です。 対象とする論文
日時・場所 スケジュール
発表の方針
注2 : 同じ名前のファイルは上書きされず、epiroadmapXX.txt -> epiroadmapXX (1).txtのようになるため、 なるべく最終版をアップロードしてください。 複数同じ内容のファイルがあった場合、epiroadmapXX (Y).txtのYの数字が多いものを最新版と判断します。
質問・質疑
発表一覧 1. Integrative analysis of 111 reference human epigenomes 担当者 : 二階堂愛 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap01 2. Conserved epigenomic signals in mice and humans reveal immune basis of Alzheimer’s disease 担当者 : 岡田随象 / 東京医科歯科大学 ハッシュタグ : #epiroadmap02 3. The meta-epigenomic structure of purified human stem cell populations is defined at cis-regulatory sequences 担当者 : 宮本丈 / 国立がん研究センター ハッシュタグ : #epiroadmap03 4. Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants 担当者 : 竹内史比古 / 国際医療研究センター ハッシュタグ : #epiroadmap04 5. Epigenomic footprints across 111 reference epigenomes reveal tissue-specific epigenetic regulation of lincRNAs 担当者 : 中村正裕 / 京都大学iPS細胞研究所 ハッシュタグ : #epiroadmap05 6. Intermediate DNA methylation is a conserved signature of genome regulation 担当者 : 竹本経緯子 / 京大ウイルス研 ハッシュタグ : #epiroadmap06 7. Large-scale imputation of epigenomic datasets for systematic annotation of diverse human tissues 担当者 : 露崎弘毅 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap07 8. Regulatory network decoded from epigenomes of surface ectoderm-derived cell types 担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA ハッシュタグ : #epiroadmap08 9. Integrative analysis of haplotype-resolved epigenomes across human tissues 担当者 : 芳村美佳 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap09 10. Epigenetic and transcriptional determinants of the human breast 担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA ハッシュタグ : #epiroadmap10 11. Age-related variations in the methylome associated with gene expression in human monocytes and T cells 担当者 : 笹川洋平 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap11 13. Predicting the human epigenome from DNA motifs 担当者 : 尾崎遼 / 東大 新領域 情報生命 ハッシュタグ : #epiroadmap13 14. Chromatin architecture reorganization during stem cell differentiation 担当者 : 松本拡高 / 東大 新領域 情報生命 ハッシュタグ : #epiroadmap14 15. Functional annotation of colon cancer risk SNPs 担当者 : 土橋映仁 / がん研究会がん研究所 ハッシュタグ : #epiroadmap15 16. Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer 担当者 : 白石友一 / 東大 医科研 ハッシュタグ : #epiroadmap16 17. Epigenomic annotation of genetic variants using the Roadmap Epigenome Browser 担当者 : 丸山智久 / TMDU ハッシュタグ : #epiroadmap17 18. Alzheimer's disease: early alterations in brain DNA methylation at ANK1, BIN1, RHBDF2 and other loci 担当者 : 笠原雅弘 / 東大 新領域 情報生命 ハッシュタグ : #epiroadmap18 19. Epigenomic analysis of primary human T cells reveals enhancers associated with TH2 memory cell differentiation and asthma susceptibility 担当者 : 中村直俊 / 理研・生命システム研究センター ハッシュタグ : #epiroadmap19 20. Sexual dimorphism in epigenomic responses of stem cells to extreme fetal growth 担当者 : 緒方法親 / 日本バイオデータ ハッシュタグ : #epiroadmap20 22. Transcription factor binding dynamics during human ESC differentiation 担当者 : 小杉孝嗣 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap22 23. MethylC-seq library preparation for base-resolution whole-genome bisulfite sequencing 担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA ハッシュタグ : #epiroadmap23 24. Enhancer interaction networks as a means for singular olfactory receptor expression. Cell 159, 543-57 (2014) 担当者 : 團野宏樹 / RIKEN ACCC BiT ハッシュタグ : #epiroadmap24 連絡先 # 輪読会全体に関する質問に対して 小杉 孝嗣 @black_tank_toptakatsugu.kosugi at riken.jp # ファイルのアップロード・ダウンロードに関して 露崎 弘毅 @antiplastics koki.tsuyuzaki at riken.jp |