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会の趣旨

NIHが資金提供しているEpigenome Roadmapの論文を有志が集いスライドで解説します。
同プロジェクトの論文は、2015/2/18にNature系の雑誌で一斉に14報公開されていますが、2007年から継続的に取り組まれており、過去の論文を加えると数が膨大である事から、この会では以下の論文に焦点を当てて解説していく予定です。

対象とする論文

  1. 代表的な21報
  2. http://www.roadmapepigenomics.org/publications/のうち、2015年に公開された以下の論文
    1. Transcription factor binding dynamics during human ESC differentiation
    2. MethylC-seq library preparation for base-resolution whole-genome bisulfite sequencing
  3. 上記を優先するが、http://www.nature.com/collections/vbqgtr/epigenome-roadmap-additional-researchhttp://www.roadmapepigenomics.org/publications/の中にある論文なら、発表可能
日時・場所

  • 3月17日[火]
  • 351-0198 埼玉県和光市広沢2-1
  • メイン会場 : 理化学研究所 情報基盤センター2F 大会議室(アクセス
  • 京都会場 : iPS細胞研究所(38番)1F 講堂(アクセス
スケジュール

  • 10:00 - 10:15 : イントロ
  • 10:15 - 11:45 : 午前の部(6部)
  • 11:45 - 13:00 : 休憩
  • 13:00 - 15:00 : 午後の部1(7部)
  • 15:00 - 15:30 : 休憩
  • 15:30 - 17:30 : 午後の部2(6部)
  • 17:30 - 18:00 : ラボツアー
  • 18:00 - 20:00 : 打ち上げ(食堂)
発表の方針

  • この勉強会は全体像の把握が目的なので,一番大事なエッセンスを紹介できればよい
  • 担当
  • 発表時間
    • 1報14分(論文の本数が増えたら、10分に変更)
  • 入れ替え
    • 1分
  • チャイム
    • 10分、14分(論文の本数が増えたら、7分、10分
  • 発表の順番
    • 下の発表一覧の順(下以外のものなら、適宜こちらで番号を振ります)
  • スライドについて
    • 15日(日) 23:59までに,以下の手順でファイルを転送してください
    • PDF形式、ファイル名を「epiroadmapXX.pdf」とする(XXの部分はウェブサイトにある発表番号)
    • ファイルのアップロードとダウンロードに関して
      • アップロード
        1. 理研のふぁいる便サービスにアクセス
        2. Zusaarで配布されたパスワードを入力
        3. ファイルをアップロード
                                   注1 : アップロードサイトからデータをダウンロードする事はできません(下の手順に従う事)
                                   注2 : 同じ名前のファイルは上書きされず、epiroadmapXX.txt -> epiroadmapXX (1).txtのようになるため、
                                            なるべく最終版をアップロードしてください
                                           複数同じ内容のファイルがあった場合、epiroadmapXX (Y).txtのYの数字が多いものを最新版と判断します。
質問・質疑

  • Twitterで行う
  • 発表ごとにユニークなハッシュタグを用いて行う(e.g. #epiroadmap01; 発表一覧を参照)
  • アカウントがなくて議論に参加したい場合は,Twitterアカウントを取得してするか,近くの人に代わりにつぶやいてもらう
  • もし頼みづらければ,オーガナイザーに頼む
発表一覧

1. Integrative analysis of 111 reference human epigenomes
担当者 : 二階堂愛 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap01

2. Conserved epigenomic signals in mice and humans reveal immune basis of Alzheimer’s disease
担当者 : 岡田随象 / 東京医科歯科大学
ハッシュタグ : #epiroadmap02

3. The meta-epigenomic structure of purified human stem cell populations is defined at cis-regulatory sequences
担当者 : 宮本丈 / 国立がん研究センター
ハッシュタグ : #epiroadmap03

4. Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants
担当者 : 竹内史比古 / 国際医療研究センター
ハッシュタグ : #epiroadmap04

5. Epigenomic footprints across 111 reference epigenomes reveal tissue-specific epigenetic regulation of lincRNAs
担当者 : 中村正裕 / 京都大学iPS細胞研究所
ハッシュタグ : #epiroadmap05

6. Intermediate DNA methylation is a conserved signature of genome regulation
担当者 : 竹本経緯子 / 京大ウイルス研
ハッシュタグ : #epiroadmap06

7. Large-scale imputation of epigenomic datasets for systematic annotation of diverse human tissues
担当者 : 露崎弘毅 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap07

8. Regulatory network decoded from epigenomes of surface ectoderm-derived cell types
担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA
ハッシュタグ : #epiroadmap08

9. Integrative analysis of haplotype-resolved epigenomes across human tissues
担当者 : 芳村美佳 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap09

10. Epigenetic and transcriptional determinants of the human breast
担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA
ハッシュタグ : #epiroadmap10

11. Age-related variations in the methylome associated with gene expression in human monocytes and T cells
担当者 : 笹川洋平 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap11

12. Dissecting neural differentiation regulatory networks through epigenetic footprinting
担当者 : 石川元一 / 三菱スペース・ソフトウェア
ハッシュタグ : #epiroadmap12

13. Predicting the human epigenome from DNA motifs
担当者 : 尾崎遼 / 東大 新領域 情報生命
ハッシュタグ : #epiroadmap13

14. Chromatin architecture reorganization during stem cell differentiation
担当者 : 松本拡高 / 東大 新領域 情報生命
ハッシュタグ : #epiroadmap14

15. Functional annotation of colon cancer risk SNPs
担当者 : 土橋映仁 / がん研究会がん研究所
ハッシュタグ : #epiroadmap15

16. Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer
担当者 : 白石友一 / 東大 医科研
ハッシュタグ : #epiroadmap16

17. Epigenomic annotation of genetic variants using the Roadmap Epigenome Browser
担当者 : 丸山智久 / TMDU
ハッシュタグ : #epiroadmap17

18. Alzheimer's disease: early alterations in brain DNA methylation at ANK1, BIN1, RHBDF2 and other loci
担当者 : 笠原雅弘 / 東大 新領域 情報生命
ハッシュタグ : #epiroadmap18

19. Epigenomic analysis of primary human T cells reveals enhancers associated with TH2 memory cell differentiation and asthma susceptibility
担当者 : 中村直俊 / 理研・生命システム研究センター
ハッシュタグ : #epiroadmap19

20. Sexual dimorphism in epigenomic responses of stem cells to extreme fetal growth
担当者 : 緒方法親 / 日本バイオデータ
ハッシュタグ : #epiroadmap20

21. Methylomic profiling implicates cortical deregulation of ANK1 in Alzheimer's disease
担当者 : XXXX
ハッシュタグ : #epiroadmap21

22. Transcription factor binding dynamics during human ESC differentiation
担当者 : 小杉孝嗣 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap22

23. MethylC-seq library preparation for base-resolution whole-genome bisulfite sequencing
担当者 : 渡辺亮 / 京大 CiRA
ハッシュタグ : #epiroadmap23

24. Enhancer interaction networks as a means for singular olfactory receptor expression. Cell 159, 543-57 (2014)
担当者 : 團野宏樹 / RIKEN ACCC BiT
ハッシュタグ : #epiroadmap24

連絡先

# 輪読会全体に関する質問に対して
小杉 孝嗣
@black_tank_top
takatsugu.kosugi at riken.jp

# ファイルのアップロード・ダウンロードに関して
露崎 弘毅
@antiplastics
koki.tsuyuzaki at riken.jp