日時: 9月29日[土]
場所: 東京大学柏キャンパス 情報生命科学実験棟2階講義室 (アクセスなど
( http://www.kashiwa.u-tokyo.ac.jp/tpp40.html )
Polycomによる遠隔配信: 理研CDB(アクセスなど),東北大学(アクセスなど




10:00-12:00  午前の部 (1. から 10. まで)
12:00-13:00  休憩
13:00-18:00  午後の部(11. から 34. まで)
# 午前の部で1回,午後の部で2回,短い休憩を挟みます.


- 1論文10分
- この勉強会は全体像の把握が目的なので,一番大事なエッセンスを紹介できればよい
- スライドについて: 28日(金) 23:59までに尾崎宛に送っていただければ,参加者のみダウンロード可能となるようパスワード付きでウェブサイトにアップロードします.

# フォーマット: PDF形式、ファイル名を「encodeXX.pdf」としてください(XXの部分はウェブサイトにある発表番号).

# Polycomを使うため、スライドの細かい部分が見えづらいと思われます.できる限り資料の事前共有をお願いします.


- Twitterで行う
- 発表ごとにユニークなハッシュタグを用いて行う(e.g. #encodejp-01; 発表一覧を参照)
- アカウントがなくて議論に参加したい場合は,Twitterアカウントを取得してするか,近くの人に代わりにつぶやいてもらう

# もし頼みづらければ,オーガナイザーに頼んでください.




1. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

岩崎渉 (東京大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-01

2. Landscape of transcription in human cells

中武悠樹 (慶大・医・システム医学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-02

3. The accessible chromatin landscape of the human genome

澤藤りかい (東京大学大学院理学系研究科) : 東大柏キャンパス  #encodejp-03

4. An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints

小田真由美 (慶應義塾大学医学部) : 東大柏キャンパス  #encodejp-04

5. Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data

脇 和規 (阪大ゲノム情報、理研BRC) : 東大柏キャンパス  #encodejp-05

6. The long-range interaction landscape of gene promoters

朝野仁裕 (大阪大学医学部) : 理研CDB  #encodejp-06

7. Annotation of functional variation in personal genomes using RegulomeDB

沼倉健介 (東北大院情報) : 東北大  #encodejp-07

8. ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia

露崎弘毅 (東京理科大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-08

9. Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome

竹本 経緯子 (京都大学ウイルス研究所) : 理研CDB  #encodejp-09

10. Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs

藤井 信之 (国立遺伝学研究所) : 東大柏キャンパス  #encodejp-10

11. Discovery of hundreds of mirtrons in mouse and human small RNA data

広瀬 修 (金沢大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-11

12. GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project

大野健太 (株式会社Preferred Infrastructure) : 東大柏キャンパス  #encodejp-12

13. Linking disease associations with regulatory information in the human genome

的場奈々 () : 東大柏キャンパス  #encodejp-13

14. Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines

鈴木脩司 (東京工業大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-14

15. Personal and population genomics of human regulatory variation

梶谷 嶺 (東京工業大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-15

16. Predicting cell-type–specific gene expression from regions of open chromatin

中村正裕 (京都大学iPS細胞研究所) : 東大柏キャンパス  #encodejp-16

17. RNA editing in the human ENCODE RNA-seq data

神田 将和 (埼玉医科大学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-17

18. Sequence and chromatin determinants of cell-type–specific transcription factor binding

瀬々 潤 (東工大・計算工学) : 東大柏キャンパス  #encodejp-18

19. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression

谷上 賢瑞 (東大分生研) : 東大柏キャンパス  #encodejp-19

20. Ubiquitous heterogeneity and asymmetry of the chromatin environment at regulatory elements

笠原雅弘 (東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻) : 東大柏キャンパス  #encodejp-20

21. Understanding transcriptional regulation by integrative analysis of transcription factor binding data

美野輪 治 () : 東大柏キャンパス  #encodejp-21

22. Widespread plasticity in CTCF occupancy linked to DNA methylation

八谷剛史 (慶應義塾大学・理工学部) : 東大柏キャンパス  #encodejp-22

23. A highly integrated and complex PPARGC1A transcription factor binding network in HepG2 cells

尾崎遼 (東大・新領域・情報生命) :   #encodejp-23

24. Analysis of variation at transcription factor binding sites in Drosophila and humans

福永津嵩 (東大・情報生命) : 東大柏キャンパス  #encodejp-24

25. Cell type-specific binding patterns reveal that TCF7L2 can be tethered to the genome by association with GATA3

渡辺 (CiRA) : 東大柏キャンパス  #encodejp-25

26. Classification of human genomic regions based on experimentally determined binding sites of more than 100 transcription related factors

松本 拡高 (東大・情報生命) : 東大柏キャンパス  #encodejp-26

27. Functional analysis of transcription factor binding sites in human promoters

山下理宇 (東北大学) : 東北大  #encodejp-27

28. Modeling gene expression using chromatin features in various cellular contexts

二階堂愛 (RIKEN CDB) : 理研CDB  #encodejp-28

29. The GENCODE pseudogene resource

加藤和貴 (産総研CBRC) : 理研CDB  #encodejp-29

30. Simultaneous SNP identification and assessment of allele-specific bias from ChIP-seq data

清水佳奈 (産総研cbrc) : 東大柏キャンパス  #encodejp-30

31. Circuitry and dynamics of human transcription factor regulatory networks

藤田一広 () : 東大柏キャンパス  #encodejp-31

32. Evidence of abundant purifying selection in humans for recently acquired regulatory functions.

古田芳一 (東大・新領域・メディカルゲノム) : 東大柏キャンパス  #encodejp-32

33. Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA.

田中 教生 (公益財団法人がん研究会) : 東大柏キャンパス  #encodejp-33

34. Sequence features and chromatin structure around the genomic regions bound by 119 human transcription factors

伊藤聡史 (東北大学情報科学研究科) : 東北大  #encodejp-34


harukao {at} cb.k.u-tokyo.ac.jp