Atelier EGC'16 : Grands Graphes et bioinformatique

Reims, 19 janvier 2015, dans le cadre de la conférence EGC'16

Le groupe de travail d’EGC Grands Graphes  et Bioinformatique (https://sites.google.com/site/egcggb/) organise pour la seconde fois l’atelier  Grands  Graphes et Bioinformatique. Cet atelier a  pour  but  de  réunir  les chercheurs intéressés  par  le  traitement,  la  fouille  et  la  visualisation  de  grands  graphes  et  leurs application dans les problématiques en bioinformatique. Notre ambition est de permettre aux participants d'aborder  les problèmes rencontrés  liés aux données biologiques et  de présenter leurs approches de traitement. 


Objectifs et thématiques :

L’objectif de cet atelier est de réunir des chercheurs venant de plusieurs disciplines et s'intéressant au lien entre fouille de grands graphes et bioinformatique. De nombreux problèmes de biologie cellulaire reposent en effet sur des réseaux (similarité de séquences, interactions entre protéines, régulation entre gènes...) et les avancées technologiques actuelles rendent ces objets de plus en plus grands. L'étude de tels réseaux nécessite une étroite collaboration entre  informaticiens, bioinformaticiens, mathématiciens et biologistes.  


Programme :

14h00 Benno Schwikowski :  Using local subnetworks to analyze genome-scale data

 15h00 Urszula Czerwinska :  DeDaL Cytoscape 3 app for producing and morphing data-driven and structure-driven network layouts

 15h30 Ali Ayadi : Formalisation des réseaux biomoléculaires complexes

 16h00 Pause

 16h30 Marc Legeay : Comparaison de réseaux de gènes pour explorer le rôle des transcrits anti-sens

 17h00 Daniel Trejo : Integrated metabolic-regulatory modelling for diauxic shift analysis in S. cerevisiae

 17h30 Discussion et Clôture de l’atelier

Télécharger les actes de l'atelier ici

Thèmes de l'atelier (liste non exhaustive) :

Analyse et dynamique des grands graphes
  • Recherche de communautés
  • Clustering de graphes
  • Analyse des réseaux bipartis
  • Prévision des liens
  • Propagation de l'influence, flux d'informations
  • Inference de graphe
  • Enumeration  , 
  • Bi-clustering 
Applications Bioinformatique
  • Modélisation de réseaux biologiques
  • Prédiction de fonctions à partir de réseaux
  • Identification de voies métaboliques
  • Prédiction d’interaction
  • Analyse de données « Omique »
  • Réseaux de co-expression
Soumission :
Nous  proposons    une  soumission  classique  :  article  de  4  pages  maximum.  
Les  articles décrivent des  travaux  dejà publié, 
aboutis  ou  en cours,  mais  aussi  des  états  de  l'art  sur une  
question particulière. Une large place est laissée pour les discussions. Les  articles  soumis  ne  doivent  pas
dépasser  4  pages  en  suivant  
le  format  d'EGC  (http://www.editions-rnti.fr/files/RNTI-X-Y2.1.zip)

Dates importantes :

Date limite de soumission :   14 décembre 2015 
Notification aux auteurs :     21 décembre 2015
Version finale :        5 janvier 2015
Mise en ligne du programme :    6 janvier 2015

Les actes de l'atelier seront de plus mis à disposition sur le Web.
Les soumissions sont à faire 
via le site easychair :  https://easychair.org/conferences/?conf=ggbegc16
( Si vous arrivez pas a soumettre sous easychair, vous pouvez nous envoyer votre soumission a blaise.hanczar AT ibisc.univ-evry.fr )

Organisateurs :

Etienne Birmelé,  (MAP5 - Université Paris Descartes)
Mohamed Elati (iSSB - Université Evry Val d’Essonne)
Blaise Hanczar (IBISC -  Université Evry Val d'Essonne)
Lydia Boudjeloud-Assala (LITA - Université de Lorraine)