Narutoshi KAMIYA, Ph.D. (神谷 成敏)

Specially Appointed Professor, University of Hyogo

Contact Info: n.kamiya [at] sim.u-hyogo.ac.jp

専門

物理化学、タンパク質の分子動力学シミュレーション

略歴

平成９年 東京工業大学大学院生命理工学研究科バイオテクノロジー専攻博士課程修了 博士（工学）

平成９年 東京工業大学大学院生命理工学研究科 講師（中核的研究機関研究員）

平成１２年 株式会社生物分子工学研究所

平成１７年 神戸大学大学院医学系研究科 特務助教授

平成１９年 大阪大学臨床医工学融合研究教育センター 客員准教授

平成２２年 大阪大学蛋白質研究所 客員准教授

平成２７年 理化学研究所 AICS 研究員

平成２８年～現在 兵庫県立大学大学院シミュレーション学研究科 特任教授

助成 Grant

2020年4月1日～2023年3月31日 (予定) 科研費・基盤研究（B）癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発 （代表）

2016年4月1日～2019年3月31日 科研費・基盤研究（C）タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発 （代表）

2013年4月1日～2016年3月31日 科研費・基盤研究（C）結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発 （代表）

2010年4月1日～2013年3月31日 科研費・基盤研究（C）タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発 （代表）

著書 Books

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, N. Kamiya. (2021) Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level. In: Ballante F. (eds) Protein-Ligand Interactions and Drug Design. Methods in Molecular Biology, vol 2266. Humana, New York, NY.

[GOTO abstract] N. Kamiya, J. Higo, Y. Fukunishi, H. Nakamura “タンパク質計算科学―基礎と創薬への応用―” 共立出版 (2008).

Publication list [GOTO google scholar]

Recent publications

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, I. Fukuda, J. Higo, Y. Fukunishi, N. Kamiya “Cryptic-site binding mechanism of medium-sized Bcl-xL inhibiting compounds elucidated by McMD-based dynamic docking simulations” Sci. Rep. 11, 5046 (2021).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, M. Araki, K. Oshima, Y. Okuno, N. Kamiya "Exhaustive search of the configurational space of heat‐shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking" J. Comput. Chem. 41, 1606-1615 (2020).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, I. Fukuda, J. Higo, N. Kamiya "Mutual population-shift driven antibody-peptide binding elucidated by molecular dynamics simulations" Sci. Rep. 10, 1406 (2020).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, M. Araki, K. Oshima, Y. Okuno, N. Kamiya "Dynamic docking of a medium-sized molecule to its receptor by multicanonical MD simulations" J. Phys. Chem. B 123, 2479-2490 (2019).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, B. Ma, N. Kamiya "Thermal stability of single-domain antibodies estimated by molecular dynamics simulations" Protein Sci. 28, 429-438 (2019).

[GOTO abstract] M. Araki, H. Iwata, B. Ma, A. Fujita, K. Terayama, Y. Sagae, F. Ono, K. Tsuda, N. Kamiya, Y. Okuno "Improving the accuracy of protein‐ligand binding mode prediction using a molecular dynamics‐based pocket generation approach" J. Comput. Chem. 39, 2679-2689 (2018).

[GOTO abstract] N. Numoto, N. Kamiya, G.-J. Bekker, Y. Yamagami, S. Inaba, K. Ishii, S. Uchiyama, F. Kawai, N. Ito, M. Oda "Structural dynamics of the PET-degrading cutinase-like enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in substrate-bound states elucidates the Ca2+-driven catalytic cycle" Biochemistry 57, 5289-5300 (2018).

[GOTO abstract] R. Kawai, M. Araki, M. Yoshimura, N. Kamiya, M. Ono, H. Saji, Y. Okuno "Core binding site of a thioflavin-T-derived imaging probe on amyloid β fibrils predicted by computational methods" ACS Chem. Neurosci. 9, 957-966 (2018).

[GOTO abstract] M. Oda, S. Inaba, N. Kamiya, G.-J. Bekker, B. Mikami "Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-β-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanism" Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 1866, 415-425 (2018).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura "Accurate prediction of complex structure and affinity for a flexible protein receptor and its inhibitor" J. Chem. Theory Comput. 13, 2389-2399 (2017).

[GOTO abstract] M. Araki, N. Kamiya, M. Sato, M. Nakatsui, T. Hirokawa, Y. Okuno "The effect of conformational flexibility on binding free energy estimation between kinases and their inhibitors" J. Chem. Inf. Model. 56, 2445-2456 (2016).

[GOTO abstract] N. Shimba, N. Kamiya, H. Nakamura "Model building of antibody–antigen complex structures using GBSA scores" J. Chem. Inf. Model. 56, 2005-2012 (2016).

[GOTO abstract] H. Nishigami, N. Kamiya, H. Nakamura "Revisiting antibody modeling assessment for CDR-H3 loop" Protein Eng. Des. Sel. 29, 477-484 (2016).

[GOTO abstract] N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura "Elastic properties of dynein motor domain obtained from all-atom molecular dynamics simulations" Protein Eng. Des. Sel. 29, 317-326 (2016).