Narutoshi KAMIYA, Ph.D. (神谷 成敏)

Specially Appointed Professor, University of Hyogo

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専門

物理化学、タンパク質の分子動力学シミュレーション


略歴

平成9年 東京工業大学大学院生命理工学研究科バイオテクノロジー専攻博士課程修了 博士(工学)

平成9年 東京工業大学大学院生命理工学研究科 講師(中核的研究機関研究員)

平成12年 株式会社生物分子工学研究所

平成17年 神戸大学大学院医学系研究科 特務助教授

平成19年 大阪大学臨床医工学融合研究教育センター 客員准教授

平成22年 大阪大学蛋白質研究所 客員准教授

平成27年 理化学研究所 AICS 研究員

平成28年~現在 兵庫県立大学大学院シミュレーション学研究科 特任教授

 

助成

201641日~2019331日 (予定) 科研費・基盤研究(C)タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発 (代表)

201341日~2016331日 科研費・基盤研究(C)結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発 (代表)

201041日~2013331日 科研費・基盤研究(C)タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発 (代表)


Recent publications

[GOTO abstract] M. Oda, S. Inaba, N. Kamiya, G.-J. Bekker, B. Mikami "Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-β-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanismBiochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 1866, 415-425 (2018).

[GOTO abstract] G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura "Accurate prediction of complex structure and affinity for a flexible protein receptor and its inhibitor" J. Chem. Theory Comput. 13, 2389-2399 (2017).

[GOTO abstract] M. Araki, N. Kamiya, M. Sato, M. Nakatsui, T. Hirokawa, Y. Okuno "The effect of conformational flexibility on binding free energy estimation between kinases and their inhibitors" J. Chem. Inf. Model56, 2445-2456 (2016).

[GOTO abstract] N. Shimba, N. Kamiya, H. Nakamura "Model building of antibody–antigen complex structures using GBSA scores" J. Chem. Inf. Model. 56, 2005-2012 (2016).

[GOTO abstract] H. Nishigami, N. Kamiya, H. Nakamura "Revisiting antibody modeling assessment for CDR-H3 loop" Protein Eng. Des. Sel.  29, 477-484 (2016).

[GOTO abstract] N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura "Elastic properties of dynein motor domain obtained from all-atom molecular dynamics simulations" Protein Eng. Des. Sel. 29, 317-326 (2016).