Clan Gregor war in den Ländereinen um Glenstrae, Glenlochy, GlenlyonGlengyle, und Glenorchy beheimatet. Sie stammen von einer alten keltischen Königsfamilie durch die Abbots of Glendochart ab, eine Abstammung welche sich in dem Motto 'S Rioghal Mo Dhream übersetzt in Königlich von Geblüt wiederspiegelt.

Die Überlieferung besagt, daß Gregor der Sohn von Kenneth MacAlpin war, aber er könnte auch Griogair, Sohn des Dungal, der angeblich ein Mitregent von Alba war, das Reich nördlich Zentral Schottlands gelegen, zwischen 879 und 889 n. Chr. gewesen sein.

Die meisten modernen Historiker sind sich darüber einig, dass der erste bestimmte Chief Gregor of the Golden Bridles war. 
Gregor's Sohn, Iain Camm (Ian of the One-Eye) wurde dann vor 1390 der zweite Chief. 

Robert the Bruce übertrug die Baronie Loch Awe, welche das meiste des MacGregor Landes beinhaltete, an die Clanoberhäupter der Campbells.
Gemeinsam mit anderen königlichen Gaben dieser Zeit war es dem Empfänger überlassen herauszufinden, wie er es in Besitz nehmen konnte. So bedrängten die Campbells die MacGregors die sich darauf hin gezwungen sahen, sich immer tiefer in ihr Land zurückziehen, bis sie vor allem auf  Glenstrae beschränkt waren.

Im Jahre 1589 wurde John Drummond, des Königs Förster, ermordert nachdem er einige MacGregors die gewildert hatten, hängen lies. Das Clanoberhaupt Alasdair MacGregor aus Glenstrae übernahm hierfür die Verantwortung und wurde durch den Geheimrat verurteilt.

König James VI, erließ ein Edikt welches verkündete, dass der Name MacGregor "altogidder abolished" wurde, was bedeutete, dass diejenigen, die den Namen trugen, auf diesen verzichten mussten oder den Tod zu erleiden hatten. 

Die Ächtung des Clan Gregor wurden am 3. April 1603 in Kraft gesetzt. Dieses drakonischen Urteil ermächtigte die Festnahme von Alasdair MacGregor von Glenstrae und seinen Verwandten. Im Frühjahr 1604, wurde Alasdair MacGregor Glenstrae, Chief und Laird von MacGregor mit dreißig seiner Krieger am West End von Saint Giles Kirk, wo die Mautstelle stand erhängt. Heute markiert in Edinburgh das "Heart of Midlothian" diese Stelle, wo der Chief MacGregor hingerichtet wurde.

Die Namen des Clan Gregor wurde aus dem Dasein gelöscht. Einen dieser Namen offen zu tragen war eine sofortige Aufforderung zur Hinrichtung. Das Clanvolk der Gregorachs mußten unterschiedliche Namen annehmen, die in der Regel zugeteilt wurden. Sie mussten stillschweigend dem neuen Clanoberhaupt gehorchen der Ihnen vorgesetzt wurde. Es sollte hier angemerkt werden, dass viele der Gregors ablehnten. Von denen, die ablehnten (oder erwischt) wurden; wurden die Männer hingerichtet, die Frauen wurden entkleidet, gebrandmarkt und durch die Straßen gepeitscht. Die Frauen und Kinder wurden in die Sklaverei für die neuen Kolonien Großbritanniens in Nordamerika verkauft.

Weitere Ergänzungen zu der Ächtung verweigerten den Gregors die grundlegenden Notwendigkeiten der Nahrung, Wasser, Unterkunft und Betreuung für Kleinkinder und ältere Menschen. Den Gregors wurden die Sakramente der Taufe, Kommunion, Hochzeit und die letzte Ölung verweigert. Unter dem Adel von Schottland wurde die Jagd mit Hunden auf die Gregors gefördert, als ob sie gemeiner Wildbestand seien. Aber ohne Zweifel war die erschreckenste Handlung das Verkaufen von Gregor Köpfen an die Regierung, um dadurch Begnadigung für Diebstahl und Mord zu erhalten.

Die überlebenden MacGregors machten in zwei Gruppen weiter. Die erste Gruppe waren diejenigen, die legal ihren Namen änderten um das Gesetz zu erfüllen, aber nie ihr Herz und Einstellung veränderten. Die andere Gruppe waren diejenigen, die sich ins Hochland zurückzogen und weiterhin ihre Gregor Namen zum Trotz trugen.

Am Loch Katrine wurde am 7. März 1671, der 3. Sohn von Donald Chieftain (Glas) Gregor von Glengyle und Margaret Campbell, Cousine von John Iain (Glas) dem 11. Campbell Laird of Glenorchy, 1681 der Earl of Breadalbane, geboren und getauft am Buchanan Parish als Robert MacGregor. Wegen des Verbots war er gezwungen, den Namen seiner Mutter Campbell anzunehmen. Seine Abenteuer wurden von Sir Walter Scott fiktionalisiert und im gleichnamigen Roman, Rob Roy verewigt.

Die Verfolgung des Clan Gregor endete schließlich im Jahr 1774 als die Ächtung gegen sie -171 Jahre später wieder aufgehoben wurde.