Liens bioinformatiques

Voici une série de liens pertinents en relation avec la bioinformatique
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BioGPS http://biogps.gnf.org/#goto=welcome Pour connaître le niveau d'expression de votre gène d'intérêt dans les tissus humains ou une des lignées cellulaires du NCI60? 
Bioinformatics Harvester http://harvester.fzk.de/harvester/ Méta-recherche de plusieurs sites pour obtenir toute l'information sur un gène d'intérêt 
BioNumbers http://bionumbers.hms.harvard.edu/ La base des données des nombres associés à la biologie.  
BioVenn http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/ Generate venn digram to up to 3 groups 
Cancer genomics portal http://www.cbioportal.org/cgx/index.do TCGA data query 
CCancer http://www.bioprofiling.de/CCancer.html CCancer is an automatically collected database of gene lists 
CD-search http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi Prédiction de domaines protéiques 
CellMiner http://discover.nci.nih.gov/cellminer/ Accès aux données du NCI60 (60 lignées cellulaires) 
COXPRESdb http://coxpresdb.jp/ Pour connaître les gènes co-exprimés avec votre gène d'intérêt 
Cytoscape http://www.cytoscape.org/ Outil permettant de visualiser des réseaux et +++ 
DAVID http://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp Outil permettant de déterminer les catégories enrichies dans une liste de gènes. 
Domain Draw http://domaindraw.imb.uq.edu.au/ Create your own protein domains graph 
Domain mapping disease mutations http://bioinf.umbc.edu/dmdm/  
Enrichr http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/# New tool for gene list enrichment analysis.  
Functional RNA browser http://www.ncrna.org/glocal/cgi-bin/hgGateway A genome browser of functional RNA 
Galaxy http://main.g2.bx.psu.edu/ Extraction, manipulation de données sur tout le génome 
GeneSigDB http://compbio.dfci.harvard.edu/genesigdb/ Curated gene signatures coming from the litterature 
GREAT http://great.stanford.edu/ ChIP-seq or ChIP-chip peaks enrichment analysis 
GSEA http://www.broadinstitute.org/gsea/ Gene set enrichment analysis 
http://ophid.utoronto.ca/navigator/index.html http://ophid.utoronto.ca/navigator/index.html navigator for protein-protein network visualization 
Human protein-protein interaction http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-pips/ Ce site permet d'obtenir une liste des protéines ayant un potentiel d'interaction significatif avec votre protéine d'intérêt 
IMP: Integrative Multi-species Prediction http://imp.princeton.edu/ "MP is a web server that enables biologists to analyze their experimental results in the functional context of gene-gene networks from multiple organisms" 
iRefWeb http://wodaklab.org/iRefWeb/ It is a web interface to a broad landscape of data on protein-protein interactions (PPI) consolidated from major public databases. 
Jalview http://www.jalview.org/download.html Éditeur d'alignement de séquences 
Knock-out mouse project https://www.komp.org/ Knock-out mouse project 
MAFFT http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/ Alignement multiple de séquences 
Magia http://gencomp.bio.unipd.it/magia/analysis/ Combine analysis of miRNA and mRNA 
Manuel R & BioConductor http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/R_BioCondManual Site pertinent avec beaucoup d'exemples sur l'utilisation de R et BioConductor pour l'analyse de microarray 
Melina II http://melina2.hgc.jp/public/index.html Potential DNA binding sites in your sequence of interest 
miRecords http://mirecords.biolead.org/ Database of validated miRNA targets 
MLData http://mldata.org/ Machine learning data set repository 
MMIA http://147.46.15.115/MMIA/ Combine analysis of miRNA and mRNA 
MnM (Mini-motif miner) http://mnm.engr.uconn.edu/MNM/SMSSearchServlet  
mutation accessor http://mutationassessor.org/ Got a mutation in your exome-sequencing project and want interesting information about it...then click this link 
NAR bioinfo BD 2010 http://www3.oup.co.uk/nar/database/c/ Recensement des bases de données bioinformatiques 
Oncomine https://www.oncomine.org Pour connaître le niveau d'expression de votre gène d'intérêt dans plus de 40 000 données de microarray associées au cancer 
Oncotator http://www.broadinstitute.org/oncotator/ Oncotator 
Pfam http://harvester.fzk.de/harvester/ Prédiction de domaines protéiques 
Primer-blast http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ Design de primers 
Prognoscan http://gibk21.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html Un outil permetant de cribler les données de microarray associées au cancer et leurs données cliniques pour votre gène d'intérêt 
SM2mir http://210.46.85.180:8080/sm2mir/index.jsp It will tell you if your miRNA of interest is modulated in different experiements 
SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ Prédiction de domaines protéiques 
TAM http://cmbi.bjmu.edu.cn/tam TAM est un outil pour analyser des résultats provenant de technologies criblant à haut débit pour les modulation dans l'expression des miRNAs. TAM est le premier outil dans le genre permettant de détecter des enrichissements de catégories (cluster miRNA, fonction) pour une liste de miRNA 
TargetScan http://www.targetscan.org/ miRNA tragets prediction 
UCSC Genome Browser http://genome.ucsc.edu Site permettant de naviguer les génomes et d'obtenir une tonne d'information (ENCODE project) 
V3D V3D V3D: A Swiss army knife for bioimage visualization & analysis 
Venny http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html Generate publication ready venn digrams 
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