История Баянгольской школы началась в 1939 году. В 1939-1940 учебном году в 1-3 классах начальной малокомплектной школы было 15 учеников. В 1940-1941 г. в школе насчитывалось более 60 учеников, было семь классных комплектов, т. е. школа стала семилетней. В 1961 году было сдано в эксплуатацию новое трёхэтажное здание школы. Это здание функционировало до весны 2009 года. В 2009 году здание школы было признано аварийным, и школа была переведена в реконструированное здание Баянгольской участковой больницы. В 2015 году школа перешла в новое современное здание.
Школа переименована в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Баянгольская средняя общеобразовательная школа» с.Баянгол Постановлением Главы Закаменского района от 21 ноября от 2014 года.
В 2007 году МАОУ «Баянгольская СОШ» стала победителем всероссийского конкурса общеобразовательных школ, активно внедряющих инновационные образовательные программы, и обладателем президентского гранта в 1 млн. рублей.
Для организации образовательной деятельности занят 1 корпус общей площадью 2530,9 кв.метров. Существующие в отличном техническом состоянии площади позволяют вести обучение в одну смену. Имеются два въезда и два входа на территорию школы, наружное уличное освещение в хорошем состоянии.