Présentations archivées

Ceci est une archive des ateliers qui ont été offerts dans le passé par l'Asso GRSNC. La plupart de ces ateliers étaient sous la responsabilité de Pascal Fortier-Poisson.




Analyse d'image numérique avec ImageJ.


Date :
Mercredi le 18 mars, 13h00

Lieux : M-605, Pavillon Roger-Gaudry

Durée : entre 1 et 3 heures au besoin.

Contact : Gabriel Lapointe (gabriel.lapointe@umontreal.ca)



Description :

Cet atelier couvrira les bases de l'analyse d'images provenant des divers appareils couramment utilisés en science et plus particulièrement la microscopie grâce au logiciel du NIH, ImageJ. L'objectif est de se familiariser avec ImageJ et ses nombreuses capacités en utilisant des exemples concrets fournis par les participants.


Les participants sont grandement encouragés à faire connaître leurs champs d'intérêt le plus tôt possible et de fournir des exemples d'images avant la séance.

Le logiciel est disponible gratuitement sur le site officiel du logiciel (voir le lien plus bas).


Présentation complète en pdf


Plan:

  • Introduction

  • Menus

  • Images

  • Histogramme

  • Opération sur les pixels

  • Images Binaires

  • Filtres

    • Kernels

    • Bruits

    • Background

    • Fourrier

  • Analyses

  • Plugins

  • Application

    • Quantification de bandes d'électrophorèse

    • Compte de PFU/CFU

    • Compte de levures en DIC


liens utiles :

Site officiel d'ImageJ

Manuel d'utilistation d'ImageJ axé sur la microscopie

Plugins permettant d'avoir accès au métadatas des fichiers de microscopes




Endnote

Titre : Gestion des références et recherche d'articles avec Endnote


Date : 10 mars, 13h

Lieu : Local informatique M-605 Pavillon Roger-Gaudry

Durée :  2-3h

Contact : Abdellatif Nemri (abdellatif.nemri@umontreal.ca )



Description 

But de l’atelier : pouvoir préparer des manuscrits d’articles aisément.   

Cet atelier est destiné aux nouveaux utilisateurs d'Endnote et introduit les connaissances nécessaires pour une utilisation des fonctions classiques. Un moment pourra être consacré à résoudre des problèmes spécifiques (me les communiquer avant l'atelier).


PLAN DE COURS

# Généralités (installation etc)

# Utilisation d’Endnote/Word avec une bibliothèque existante
   Insérer, éditer une/des référence(s), changer le style de la bibliographie
 
# Structure d’une bibliothèque (.enl & data file)
 
# Structure d’une référence
 
# Construire une bibliothèque ((online search), rentrer une référence soi-même) 
 
# Exercice pratique : aller chercher et insérer les références dans un court texte de physiologie. 


Note:

Pour l'accès aux ordinateurs du local M-605, vous aurez besoin de votre identification à l'Université (comme pour aller sur le portail).

Le logiciel est téléchargeable gratuitement à la logithèque de la DGTIC. Suivez le lien plus bas.

liens utiles :

SIte officiel d'Endnote 

Logithèque, liste des logiciels


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Introduction

On assume qu’Endnote est utilisé avec Word, les deux programmes correctement installés et CWYW activé. 

Pour tout problème d’installation, il est fort probable que quelqu’un d’autre a déjà eu le même problème et l’a posté sur un forum. Facile à trouver avec Google, et parfois plus rapide que de lire une FAQ.

« Cite While You Write » : Si la barre d’outils CWYW n’apparaît pas lorsque Word est lancé, aller voir http://endnote.com/support/faqs/CWYW/faq1.asp#macENX1WORD2008

car la solution dépend de la version.

Pour Word 2008/Endnote X2, une fois CWYW activé dans Endnote (Endnote X2 > Customizer…), il faut l’activer dans Word (Tools > Templates and Add-Ins…).

 

Usage d’Endnote et autres gestionnaires de références

 

Pas utile si vous ne savez pas vous en servir et que le document contient moins de 15-20 références.

Mais une fois qu’Endnote ou autre est maîtrisé, on peut l’utiliser quel que soit le nombre de références.

 

Conseil : Endnote dès le début de l’écriture. Cela permet une construction progressive de la bibliothèque et un gain de temps appréciable. 

 

Utilisation d’Endnote/Word avec une bibliothèque existante

 

- Insérer une référence, vérifier qu’elle apparaît bien dans la bibliographie

- Éditer une référence : ajouter du texte avant, après, ne pas afficher le nom des auteurs…

- Insérer plusieurs références

- appliquer un style


Étape finale : prendre le temps de relire la bibliographie et contrôler que chaque référence apparaît correctement à la virgule près (beaucoup de reviewers le font, alors pourquoi pas vous J). 


Créér une bibliothèque


C'est devenu extrêmement simple avec Endnote X2. La fonction 'search online' permet de se connecter à Pubmed et de chercher et importer des références. La récupération du pdf de l'article se fait aussi assez aisément pour certaines revues ('Find full text'). 


Une chose à ne pas oublier : mettre systématiquement à la corbeille toutes les références non-pertinentes récupérées lors d'une recherche. Sinon, elles s'intègrent à la bibliothèque et deviennent plus difficiles à éliminer.  


Exercice


Ouvrir text_to_endnote.doc et suivre les instructions.


'Solution'


Kuffler S (1953). Discharge patterns and functional organization of the mammalian retina. J. Neurophysiol. 16 : 37–68.

Mountcastle, V.B. (1957). Modality and topographic properties of single neurons of cat’s somatic sensory cortex. J.Neurophysiol. 20(4) : 408-434.

Hubel, D.H. & Wiesel, T.N. (1959). Receptive fields of single neurons in the cat’s striate cortex. J. Physiol(London). 160 : 106-154.

Hubel, D.H. & Wiesel, T.N. (1962). Receptive fields, binocular interaction, and functional architecture in the cat’s visual cortex. J. Neurophysiol. 28 : 229-289.

Martinez, L.M., Wang, Q., Reid, R.C., Pillai, C., Alonso, J.M., Sommer, F.T. & Hirsh, J. (2005). Receptive field structure varies with layer in the primary visual cortex. Nature Neurosci. 8(3) : 372-379.

Orban, G.A. (1984). Neuronal operations in the visual cortex. Berlin, Springer Verlag.

Pettigrew, J.D., Nikara, T. & Bishop, P.O. (1968) Responses to moving slits by single units in cat striate cortex. Exp. Brain. Res. 6 : 373-390.

Skottun, C.S., De Valois, R.R., Grosof, D.H., Movshon, J.A., Albrecht, D.G. & Bonds, A.B. (1991). Classifiying simple and complex cells on the basis of response modulation. Vis. Res., 31(7/8):1079-1086.



Titre : Création de posters et esthétique des graphiques avec Adobe Illustrator et Photoshop


Date : 3 mars (supplémentaire 4 mars) en après-midi

Lieux : Local informatique M-605 Pavillon Roger-Gaudry

Durée : entre 2 et 3 heures au besoin.

Contact : Frederic Lebrun-Julien (frederic.lebrun-julien@umontreal.ca)

             Claude Gauthier (claude.gauthier.2@umontreal.ca)



Description :

Cet atelier familiarisera les étudiants au logiciel de création graphique vectorielle Illustrator et son complément Photoshop. L'atelier est basé sur de vrais posters et explorera le processus complet de création, de l'importation des graphiques et des images, leur modification esthétique et la mise en page du poster, ses normes pour une impression de qualité et les astuces pour une bonne visibilité. Comme le titre l'indique, l'emphase sera mise sur l'édition des graphiques comme la modification des axes, des surfaces et des titres. Il sera aussi question du principe de couches (layers) permettant de travailler sur différents aspects d'une création sans toucher aux autres.


Attention:

En raison d'une confusion quant aux logiciels détenus par l'Université, il ne nous sera pas possible de disposer des licenses d'Illustrator sur les postes informatiques du laboratoire. Nous nous excusons de cet inconvénient. L'atelier aura quant même lieu et traitera de la combinaison des programmes Photoshop et Illustrator.

liens utiles :

Site officiel d'Illustrator

Wikipedia d'Illustrator (plus facile à comprendre que le site officiel en fait)

Site de l'Université de Montréal pour l'utilisation des logos (normes et modèles)


Date : Mardi 24 mars, 13h00

Lieux : M-605, Pavillon Roger-Gaudry

Durée : 3 heures.

Contact : Laurence Morissette (espritretors@hotmail.com)


Description :

SPSS est un logiciel de statistiques puissant et facile à utiliser permettant de procéder à des tests statistiques complexes au travers de fenêtres d'utilisation simples. Le logiciel permet aussi d'automatiser certaines opérations à l'aide de scripts afin d'éliminer les erreurs humaines lors de la répétition des tests.

Le matériel pour le cours est disponible dans un fichier de type ZIP en attachement à cette page (voir au bas de la page).

Plan:

Je vais aborder à la fois les commandes sous l'angle des menus et de la syntaxe parce qu’il devient rapidement plus efficace d'utiliser la syntaxe, d'autant plus si on veut répéter certaines analyses.

 

Plan de la formation:

    -3 types de fenêtres: données, résultats, syntaxe

    -Petites choses vitales à savoir pour travailler avec SPSS

    -Ouverture de fichiers textes et Excel

    -Concaténation de fichiers

    -Gestion des variables

    -Sauvegarde

 

Analyses préliminaires:

    -Étendue

    -Données extrêmes

    -Graphes des variables

    -Statistiques descriptives

 

Analyses:

    -test-t

    -Corrélation

    -Régression

    -ANOVA, les différents post-hoc et contrastes


Notes:

Le logiciel est téléchargeable gratuitement pour les employers de l'Université de Montréal à la logithèque de la DGTIC

Titre : Analyse de données avancées grâce à Matlab

Date : Les 5 lundi après-midi (13:00 à 17:00): 9, 16, 23, 30 mars et le 6 avril

Lieux : Local d'ordinateurs M-625 Pavillon Roger-Gaudry

Durée : 3 heures (partie théorique et pratique combinée).

Contact : Pascal Fortier-P (pascal.fortier-poisson@umontreal.ca)


English version


Description :

Cet atelier a pour but de familiariser les étudiants à l'utilisation de Matlab pour l'analyse de données numériques. Nous aborderons dans le premier cours les capacités du logiciel et des principes régissant son utilisation, des concepts du codage et des scripts à l'utilisation des toolbox. Les cours suivants seront axés sur les données réelles des étudiants. Soit l'importation des données, l'analyse par scripts, la génération de graphiques, le filtrage des données, l'utilisation de structures complexes, la construction des fonctions et l'importation de données complexes. Par la suite, les toolbox les plus utilisées en laboratoire seront brièvement montrées. Dépendamment du degré de compréhension, les interfaces utilisateur graphiques (GUI) pourraient aussi être abordés.

Les participants sont grandement encouragés à faire connaître leurs champs d'intérêt le plus tôt possible et de fournir des exemples de problématiques. Les cours seront ajustés en conséquence.

Nous tenons à mentionner le support de MathWorks (concepteur de Matlab) pour cet atelier. Ils participeront activement à la bonne démarche des ateliers en fournissant du matériel logiciel et académique supplémentaire. Nous sommes par ailleurs en discussion pour que des ingénieurs de la compagnie viennent au dernier atelier pour discuter en profondeur d'une fonction de Matlab ou d'un toolbox.

Un gros merci donc à nos partenaires de chez MathWorks pour leur soutien.


Nouveautés:

Le soutien the MathWorks nous permet de mettre à la disposition des étudiants 15 licenses temporaires dans le laboratoire. Nous avons donc la possibilité d'accueuillir de nouveaux étudiants. Veuillez donc communiquer avec nous dans les plus brefs délais pour vous réserver une place (voir Pour nous joindre).


Note:

Pour l'accès aux ordinateurs du local M-625, vous aurez besoin de votre identification à l'Université (comme pour aller sur le portail).


Renseignements et plan de cours pour chaque atelier

Atelier 1: Introduction à Matlab

Atelier 2: "Comment sortir le jus de vos données, représentation des résultats de façon graphique

Atelier 3.1: Matlab programming - a Third Millenium edition

Atelier 3.2: Scripting basics and style

Atelier 4.1: Signal processing

Atelier 4.2: Advanced statistics

Atelier 5: TBA by MathWorks



liens utiles :

Site officiel de Matlab

Communauté Matlab

Tutoriel (en anglais) de Matlab

Blog Computational Neuroscience (and programming)

Groupe MathNeuro de l'Université de Montréal

Livre d'introduction par le créateur de Matlab


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Jean-Francois Gariépy,
19 avr. 2010 11:32
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Jean-Francois Gariépy,
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19 avr. 2010 11:28
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Jean-Francois Gariépy,
19 avr. 2010 10:41
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