Gautas magdeburgines teises reikėjo įgyvendinti. Tuo pasirūpinti galėjo tik organizuota miestiečių bendruomenė, išsirinkusi burmistrą ir tarėjus, kurie sudarytų mieste tarybą – magistratą. Magistratas tvarkė miesto reikalus, atstovavo jam santykiuose su valdovu, valstybės pareigūnais, pasauliečiais ir bažnyčios feodalais, kitais miestais. Turėjo būti sukurta ir kita renkama institucija–suolininkų kolegija. Jai pirmininkaudavo vaitas ar šio vietininkas – lentvaitis. Tai buvo miesto teismas, pirmiausiai sprendęs baudžiamąsias bylas [1].
Magistrato rinkimuose privalėjo dalyvauti visi miesto piliečiai. Apie rinkimus jiems turėdavo būti pranešta iš anksto, kad galėtų geriau aptarti ir pasirinkti kandidatus.
Miestas, gavęs savivaldos teises, turėjo pasistatyti ir savo rotušę, kas buvo pažymėta Stepono Batoro išduotoje privilegijoje. Kada ji buvo pastatyta ir kaip atrodė, tikslių žinių nėra. Rotušė buvo pastatyta dešiniojo kranto miesto dalies centre-prie aikštės, nes čia ji („Rath haus“) pažymėta Alytaus plane, kuris užfiksuotas Naujosios Prūsijos žemėlapyje [2]. Rotušė – miestiečių oficialaus gyvenimo centras. Joje sudarinėjo pirkimo ir pardavimo aktus, surašinėjo testamentus, grąžindavo skolas, duodavo priesaikas, spręsdavo miestiečių tarpusavio santykių bylas, priimdavo į miestiečius naujus gyventojus. Rotušės kalėjime nubaustieji sėdėdavo numatytą bausmės laiką, prieš rotušę vykdydavo bausmes. Bausmes vykdydavo miesto budelis. Šiems ir kitiems miestiečių reikalams registruoti buvo rąžomos aktų knygos. Tačiau per dažnus gaisrus, karus ir kitas nelaimes ankstyvosios miesto aktų knygos pražuvo. Knygoms tvarkyti buvo samdomas raštininkas [3].
Vaitas su suolininkais ir miesto burmistras su tarėjais posėdžiaudavo kartu, dažniausiai vadovaujami vaito, kuris spręsdavo ypač svarbias apeliacines bylas. Vaitas Alytuje negyveno, nes eidavo pareigas ir kitur. Jis atvykdavo tik keletą kartų per metus.
XVIII a. miesto knygose yra žinių apie 4 vaitus. 1712 m. pradedamas minėti vaitas Andrius Turlajus, Trakų žemės teismo teisėjas. Po jo 1731 m. vaitu paskiriamas ir miestiečių priimamas Juozas Tarusa, Trakų žemės teismo raštininkas, 1737 m. valdovas vaitu skiria Leonardą Švyhovskį, Onuškio seniūną, jį taip pat iškilmingai sutinka ir pripažįsta magistratas ir miesto piliečiai. Nuo 1761 m. iki savivaldos panaikinimo vaitu buvo Steponas, Višvenskis, Kauno pilies teismo regentas [4].
Miesto aktų knygose galima rasti žinių apie teismo skiriamas baudas. Minimas didelis gaisras 1733 metais, kai Velykų antrąją dieną išgėrę jaunuoliai, kurstomi Juozo Gecevičiaus, šaudydami uždegė karčemą. Kartu sudegė ir 23 miestiečių sodybos. Už tokį poelgį J.Gecevičius nuteisiamas išplakti priešais rotušę, išbraukti iš miestiečių luomo ir tą pačią dieną amžinai išvaryti iš miesto. Be to atimta jo valdoma žemė ir išdalinta miestiečiams [5]. Griežtai bausdavo už vagystes. Už pavogtus du klebono kalakutus buvusi klebono tarnaitė gavo 50 rykščių ir buvo išvaryta iš miesto. Įspėta, jeigu kas iš miestiečių drįstų ją laikyti, būtų baudžiamas taip pat kaip ir vagilė [6]. Ypač griežtai bausdavo už rankos pakėlimą prieš bajorą. Kai 1722 m. miestiečio tarnas sumušė bajorą Juozą Žukevičiu, kaltajam turėjo būti nukirsta ranka, tačiau magistratas nutarė būti gailestingas ir nubaudė 60 rykščių. Bausmė vyko priešais rotušę. Į miesto kalėjimą sodindavo ir už burmistro įžeidimą. Tomas Fijalkovskis buvo nuteistas sėdėti kalėjime 6 savaites, o kai atsėdės, turėjo gauti 50 rykščių už tai, kad burmistrą Martyną Dargevičiu pavadino budeliu ir grasino užmušti. Bausdavo ne tik rykštėmis ir kalėjimu, bet ir prileisdavo per mišias gulėti kryžium bažnyčioje.
Laikui einant daug permainų patyrė ir miesto rotušė. 1631 m. miestui buvo nulietas 80 svarų varpas ir ant jo pažymėta tų metų data. Jis buvo pakabintas rotušės bokšte ir laikomas miesto teisių ženklu. Juo skambindavo pavojaus metu ir iškilmių proga, šaukdavo miestiečius į susirinkimą.
XVII a. antrojoje pusėje, karo su Rusija metu, miestas sunyko. Per gaisrą sudegė ir miesto rotušė [7]. Yra žinoma, kad "XVIII a. pradžioje Alytaus miestiečiai, ruošdamiesi atstatyti rotušę, tam reikalui iš norinčių gyventi mieste imdavo mokestį – 6–8 auksinus" [8].
Šiaurės karo metu (1701–1709 m.), per kurį Alytus daugiausiai nukentėjo, galėjo sudegti ir rotušė [9], tačiau iki 1715 m. pastatas jau turėjo būti atstatytas, nes jo bokšte tais metais kalindavo nuteistuosius [10].
Pagal 1776 m. Seimo Konstituciją iš Alytaus buvo atimta Magdeburgo miesto savivaldos teisė. Viso to rezultatai miestui buvo gana liūdni: LDK karališkųjų ekonomijų valdytojo Antano Tyzenhauzo įsakymu tarp 1786–1780 metų buvo nugriauta dviaukštė rotušė, 20 krautuvėlių ir 50 namų. Tai buvo daroma pagal miesto naująjį rekonstravimo planą. Buvo pradėta ekonomijų reforma, buvo atkuriami karų ir suiručių metu sunaikinti dvaru pastatai. Tuo metu Alytuje pastatyti mūriniai dvaro rūmai. Paskui jie liko tušti ir 1791 m. Alytaus miestiečiai prašė atiduoti juos rotušei ir mokyklai įrengti [11].
1810m. įvyko didelis gaisras, kuris sunaikino beveik visą miestą. Sudegė medinė Alytaus parapijos bažnyčia ir neaišku kuriuo laiku atstatyta rotušė, nes ji pažymėta 1800 m. Tekstoro ir Šteino, žemėlapyje. Alytiškiai miesto varpą su 1631 m. data pardavė varžytynėse.
1. Alytaus miesto ir apylinkių istorijos bruožai. – P.51.
2. Krieges Karte der Provinz Neu – Ost Preusen.
3. Alytaus miesto ir apylinkių istorijos bruožai. – P.66.
4. Ten pat. P.66–67.
5. 1797.IV.4 Alytaus miesto byla su J.Gecevičiumi.
6.1767.II 1.16 įrašas apie vagilės nubaudimą ir išmetimą iš miesto.
7. LTE.–T1.–P.155.
8. Kiaupa Z. Lietuvos miestų rotušės. Mokslas ir gyvenimas. 1982. Nr.4.
9. Ten pat. P. 16.
10. Ten pat. P.17.
11. Alytaus miesto ir apylinkių istorijos bruožai. – P.21.