Karui prasidėjus Kaune ir kitose Lietuvos vietose įsiplieskė sukilimas. Tarybinės valdžios įstaigos pakriko, jų tarnautojai išbėgiojo. Birželio 23 d. buvo pranešta, kad atkuriama Lietuvos nepriklausomybė ir sudaryta laikinoji vyriausybė, kuri įsakė okupacijos metu pašalintiems tarnautojams grįžti į savo darbo vietas. Per keletą dienų apskrityje ir valsčiuose buvo atkurtos ir pradėjo veikti lietuviškos administracinės įstaigos ir policija. Vokiečiai nė negalvojo atkurti Lietuvos valstybės. Laikinoji vyriausybė buvo paleista. Lietuva įjungta į administracinį vienetą – Ostlandą. Jai valdyti paskirtas Hitlerio generalinis komisaras. Taip bolševikinę okupaciją pakeitė nacistinė.
Dar karo pradžioje įvesta karinė padėtis, suvaržytas žmonių judėjimas, uždrausta skambinti varpais bažnyčiose. Neveikė telefono ryšiai ir geležinkelis. Visas autotransportas buvo paimtas karo reikalams. Pražygiuojanti kariuomenė plėšė vaistines, parduotuves, ėmė iš žmonių maisto produktus, grobstė arklius ir visa, kas tiko karo reikalams.
Visame krašte kūrėsi naujos okupacinės įstaigos ir gestapas. Prasidėjo naujas teroras. Hitlerininkai, padedant policijos ir susiorganizavusių vietinių aktyvistų, pradėjo komunistų ir bolševikų okupacijos metu „pasižymėjusių“ tarnautojų ir asmenų areštus, besislapstančiųjų gaudynes. Pasinaudojant karine padėtimi, suimtieji buvo tardomi, teisiami, šaudomi net ir be teismo. Žmonės šaudyti Alytuje, Seirijuose, Merkinėje, Bobriškėse ir kitose apskrities vietose. Liepos viduryje buvo gautas dar veikiančios Lietuvos Laikinosios vyriausybės įsakymas draudžiantis civilinių asmenų šaudymą be teismo.
Okupantai organizavo masines žydų tautybės piliečių žudynes. Pirmosiomis okupacijos dienomis paskelbė rasistinį įstatymą, kuriuo visi žydų tautybės gyventojai buvo paskelbti už įstatymo ribų. Uždrausta gyventojams bendradarbiauti su žydais, pardavinėti jiems maisto produktus. Žydams neleista vaikščioti šaligatviais, nuo 19 valandos iki 7 valandos ryto išeiti iš namų, juos varė į priverstinius darbus. Žydai privalėjo prie drabužių priekyje ir ant pečių prisisiūti geltonas Dovydo žvaigždes.
Liepos mėnesį iš Kauno į Alytų atvyko vokiečių SD tarnybos kariškiai, kurie vadovavo žydų žudynėms. Liepos pabaigoje ir rugpjūčio pradžioje visi Alytaus žydai buvo suimti ir suvaryti į kalėjimą. Iš belaisvių stovyklos atvaryti karo belaisviai Vidzgirio miške kasė duobes. Čia buvo sušaudyta apie 2000 Alytaus žydų – vyrų, moterų ir vaikų ,tai pat iš Alovės, Daugų, Miroslavo, Nemunaičio ir kitų miestelių. Žydų žudynės tęsėsi dvi savaites. Jos vyko ir kitose apskrities vietose. 953 Seirijų žydai sušaudyti Barauciškės miškelyje, 854 Merkinės – Kukumbalio pušynėlyje prie Bingelių kaimo, 414 Simno – Kalesnykų giraitėje, 740 Butrimonių – Klydžionių kaime, 144 Jiezno – Strazdiškių kaime, 831 Varėnos – prie vieškelio į Druckūnų kaimą [1]. Žydų buvęs turtas išgrobstytas, išsidalytas ir išparduotas. Lietuvių visuomenė labai pasipiktino ir sielojosi, kad atsirado lietuvių, kurie padėjo hitlerininkams vykdyti žydų tautos genocidą.
Alytuje vokiečiai karo pradžioje organizavo tarybiniams karo belaisviams stovyklą Nr. 133. Miesto gyventojai pasakojo, kad vokiečiai, varydami belaisvius iš vagonų, čia pat vietoje sušaudydavo kiekvieną negalintį paeiti. Masiškai šaudė belaisvius ir pačioje stovkloje. Ligi 1943 metų pavasario šaudymais, badu, šalčiu ir užkrečiamomis ligomis išžudyti ir išmirė visi šios stovyklos gyventojai – apie 35000 žmonių. 1943 m. balandžio mėnesį stovykla uždaryta. Ypatingu žiaurumu pasižymėjo jos viršininkas majoras Rozenkrancas, SS gydytojas Hankė ir kiti jo pavaldiniai [2].
Alytuje hitlerininkai sunaikino daugybę suvarytų čia Oriolo, Smolensko, Vitebsko ir Leningrado sričių evakuotų civilių gyventojų. Per šią evakuotojų stovyklą (buvusi belaisvių stovykla Nr. 133) nuo 1943 m. vasaros ligi birželio mėn. perėjo apie 200000 žmonių. Visi barakai buvo apipinti dviem spygliuotos vielos eilėmis. Dėl sunkių antisanitarinių sąlygų, nepaprasto susikimšimo, vandens stokos, bado ir ligų, o taip pat dėl masinių sušaudymų per 14 mėnesių šioje stovykloje žuvo apie 60000 žmonių [3].
Sunki našta slėgė ir vietinius gyventojus. Jiems buvo įvestos maisto kortelės, kuriomis savaitei buvo nustatyta menkutė 1750 gramų duonos, kelių dešimčių gramų cukraus, mėsos, sviesto norma. Turguje pardavinėti maisto produktus draudė. Pramoninės prekės – avalynė, tekstilė ir kita, buvo pardavinėjama tik pagal specialius leidimus, kuriuos paprastai tegaudavo okupantų talkininkai. Okupantai sau turėjo specialias parduotuves su užrašais „Tik vokiečiams“. Šios parduotuvės buvo viskuo aprūpintos [4].
Ne geresnė padėtis slėgė ir valstiečius. Okupantai įvedė griežtą pasėlių ploto, gyvulių, naminių paukščių, bičių avilių, sėklos atsargų ir žemės ūkio inventoriaus apskaitą. Ūkio kortelėse sužymėdavo visas valstiečių atsargas ir ūkio pajėgumą. Pieno prievolės norma sudarė 400–900 kg pieno nuo karvės per metus, nuo kiekvienos vištos reikėjo atiduoti 50 kiaušinių , nuo avies – 1,5 kg , nuo ėriuko – 0,75 kg vilnos. Kiaulienos reikėjo pristatyti po 10 kg nuo hektaro. Duoninius javus (rugius, kviečius) ūkininkai privalėjo atiduoti visus, palikdami tiktai sėklą ir badmirišką normą šeimai. Už pristatytas prievoles buvo mokama labai mažomis kainomis [5].
Žemės ūkio produktų privalomi pristatymai okupantams vyko toli gražu ne taip sklandžiai, kaip jie tikėjosi. Daugumas valstiečių sąmoningai sabotavo prievolių vykdymą: slėpė turimų gyvulių ir paukščių skaičių, užrašydavo mažesnį pasėlių plotą. Apskritai okupacijos metais pasėlių plotai, jų derlingumas, paukščių ir gyvulių skaičius kasmet gerokai sumažėdavo. Už žemės ūkio produktų prievolės nevykdymą okupantai griežtai bausdavo.
1941 m. lapkričio 21 d. buvo išleistas potvarkis „Apie pieno separatorių ir sviestui gaminti prietaisų konfiskavimą“. Iš valstiečių atimtos naminės girnos ir įrengimai aliejui spausti.
Uždraustas bent koks laisvas savo pagamintų žemės ūkio produktų pardavimas. Bolševikinės valdžios atimta iš ūkininkų žemė ir išdalinta naujakuriams, buvo grąžinta buvusiems šeimininkams vėl ją valdyti, tačiau nuosavybės teisė į turėtą ūkį mažai kam buvo suteikta. Iš Vokietijos grįžtantiems repatriantams sugrąžinti anksčiau turėti namai ir ūkiai, nors jiems už tai buvo atlyginta. Juose gyvenę iš Suvalkų „trikampio“ atvykę lietuviai buvo išvyti ir neteko jokio turto. Atvyko ir naujų vokiečių kolonistų.
Okupantai jaunimui nedavė ramybės nuo pat karo pradžios. Vos įsibrovę, jie pradėjo šaukti ir gaudyti jaunus vyrus į reicho darbo tarnybą. O ši kaip frontas, nes siųsta į pavojingas, nuolat bombarduojamas vietas. Daugumas ten patekusių žūdavo.
1943 m. kovo mėnesį buvo paskelbta apie formuojamą legioną kovai prieš Tarybų Sąjungą: registruojami vyrai nuo 17 iki 19 ir nuo 24 iki 45 metų amžiaus, 19–24 metų vyrai turi stoti į darbo prievolės komisiją. Mobilizacija į legioną Lietuvoje pasibaigė visiška okupantų nesekme. Iš Alytaus apskrities norinčių tarnauti legione atsirado tik 4 šaukiamieji [6].
Balandžio 5 dieną Kaune hitlerininkai sušaukė vadinamąją „Lietuvių konferenciją“, kuri turėjo reikšti visos lietuvių tautos balsą. Konferencija ragino lietuvius savarankiškai ir nedelsiant stoti į hitlerinę kariuomenę [7]. Tačiau tokių savanorių mažai atsirado.
1943 m. balandžio 7 d. generalinis komisaras Lietuvai Rentelnas išleido skelbimą registruotis vyrams, gimusiems 1919–1924 metais, į karinės reikšmės darbus.
Tų pačių metų birželio 10 dieną buvo paskelbtas įsakymas dėl 1912–1918 ir 1925 metais gimusių vyrų registracijos. Hitlerininkai įvairiausiomis apgaulėmis ėmė mobilizuoti Lietuvos jaunimą į vokiečių kariuomenę. Mobilizacija vyko visame krašte. Seniūnai buvo įpareigoti surinkti šaukiamųjų metų vyrus ir pristatyti į šaukimo punktus. Visa tauta pasyviai priešinosi. Į šaukimo punktus atvykdavo tik invalidai, žinantys, kad dėl sveikatos būklės jų į kariuomenę neims. Jaunimas slapstėsi, namie nenakvojo, bet į kariuomenę nėjo [8]. Skelbtos mobilizacijos sužlugo. Už šių įsakymų nevykdymą buvo grasinama karo metų griežtomis bausmėmis. Apskrities miesteliuose ir kaimuose prasidėjo jaunimo gaudynės. Hitlerininkai griebdavosi įvairių priemonių: apsupdavo turgus, kinus, net bažnyčias pamaldų metu ir rinkdavo jaunimą.
1944 metų pradžioje kovai su raudonaisiais partizanais ir krašto nuo artėjančio priešo iš rytų gynybai vokiečiai leido organizuoti Vietinę rinktinę, kurios veikimo plotas – Lietuvos teritorija. Manyta, kad tokiu būdu pavyks atsikratyti ir vokiečių mobilizacijos, ir įkurti savo kariuomenę. Vasario 16 dieną per Kauno radiją Vietinės rinktinės vadas generolas Povilas Plechavičius pakvietė vyrus burtis į organizuojamą lietuviškąją vietinę rinktinę, kuriai vadovaus tik lietuviai karininkai. Alytuje, o taip pat ir kitose apskrityse buvo įsteigtos lietuviškos karo komendantūros. Per trumpą laiką savanorių atsirado daugiau, negu numatyta surinkti. Vokiečiai labai nustebo, nes į jų priėmimo komisijas neateidavo niekas. Okupantai rinktinę apginklavo senais prancūziškais šautuvais su nedaug šovinių, nes bijojo, kad rinktinė nesukiltų prieš juos pačius.
Gegužės mėnesį vokiečiai panoro mobilizuotą Lietuvos jaunimą pasiųsti į Rytų frontą. Rinktinė tam pasipriešino. Prasidėjo jos nuginklavimas. Daugumas karių su ginklais išbėgiojo. Tuos, kurios pagavo, išvežė į Vokietiją. Vilniaus Paneriuose iš vieno bataliono kas dešimtą karį sušaudė [9].
Hitlerinei okupacijai priešinosi krašte likusieji ir bolševikinės valdžios aktyvistai, kurie organizavo pasipriešinimo grupes ir raudonųjų partizanų būrius. 1942 m. liepos mėn. buvo susekta Kalesninkų apylinkėje veikusi grupė. Vienuolika jos narių suimti ir hitlerininkų sušaudyti Vidzgirio miške. Alytaus apskrityje raudonųjų partizanų veikla suaktyvėjo 1944 metais, artėjant fronto linijai prie Lietuvos. Merkinės valsčiaus miškuose veikė „Dainavos partizano“ ir „Šarūno“ būriai, kurie kovojo ne tik prieš vokiečius, bet ir prieš lietuviškąją administraciją ir jos darbuotojus. Raudonieji partizanai naikino ryšių linijas, degino tiltus, iš pieninių ir malūnų konfiskuodavo surinktus ir pagamintus maisto produktus, prievarta juos rinkdavo iš gyventojų. Gintis nuo raudonųjų partizanų kaimuose buvo organizuojami savisaugos būriai, kurie didesnės reikšmės neturėjo, nes partizanai nesunkiai juos nuginkluodavo. Gegužės 28 d. Nemunaityje buvo užpulta savisaugos būstinė. Gindamiesi nuo užpuolikų žuvo du savisaugininkai, sudeginta sodyba.
Per tris hitlerinės okupacijos metus lietuvių tautai teko iškęsti daug sunkių įvykių. Fronto linija, slinkdama į rytus, degino ir naikino miestus ir kaimus, nusinešė daug nekaltų žmonių gyvybių. Visą okupacijos laikotarpį buvo plėšiamas Lietuvos turtas, jos žmonės mobilizuojami, gaudomi ir siunčiami katorgos darbams į Vokietiją, jos koncentracijos stovyklas, tačiau lietuvių tauta nepalūžo ir okupantams nenusilenkė.
1. Masinės žudynės Lietuvoje 1941–1944. Psl.389–390
2. Hitlerinė okupacija Lietuvoje. Psl.104
3. Ten pat. Psl.435
4. Lietuvos istorija. Pusl.418
5. LIŠ Pusl.102
6. Lietuvos liaudies didžiajame Tėvynės kare. Psl.19
7. Karys. 1943. Nr.15
8. Hitlerinė okupacija Lietuvoje. Psl.172–173
9. Lietuvos aidas.1994. Nr.31