Alytus yra vienas iš devynių Lietuvos miestų, kurie XVI a. antroje pusėje gavo savivaldos teises. Lietuvos Didysis kunigaikštis ir Lenkijos karalius Steponas Batoras (1576–1586) 1581 m. birželio 15 d. Vilniuje pasirašė privilegiją, kuria Alytui buvo suteiktos Magdeburgo miesto teisės, juridiškai jis tapo miestu. Privilegija prasideda šiais žodžiais:
„Mes, Steponas, Dievo malone Lenkijos karalius, Lietuvos, Rusijos, Prūsijos didysis kunigaikštis, skelbiame šiuo mūsų raštu visiems ir kiekvienam, dabar gyvenantiems ir gyvensiant tiems, kuriems pasitaikys jį žinoti, kad mūsų Alytaus miesto miestiečiai, stoję mūsų ir mūsų senatorių akivaizdoje, taip pat tarpininkaujant už juos mūsų kitiems patarėjams, nuolankiai prašė mūsų malonės, kad galėtų naudotis vokiečių teise, kaip kiti mūsų miestai. Kadangi mūsų valstybės gerovės kėlimą ir puošimą laikome didele pareiga, tad trokšdami, kad tas mūsų Alytaus miestas galėtų ir gerbūviu, ir pastatais išaugti ir prasiplėsti, tuo mieliau mūsų malone ir karališku dosnumu suteikėme ir davėme to miesto piliečiams vokiečių Magdeburgo teises“.
Pagrindinis miesto savivaldos organas buvo magistratas. Aukščiausią valdžią mieste turėjo valdovo skiriamas vaitas. Pirmuoju Alytaus vaitu buvo paskirtas Teodoras Skuminas–Tiškevičius, Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės rūmų iždininkas, Breslaujos ir Alytaus karališkųjų dvarų seniūnas. Privilegijoje pasakyta, kad T. Skuminas – Tiškevičius buvo paskirtas vaitu prašant miesto gyventojams, tačiau ateityje jie galės patys išsirinkti vaitą. Kartu miestui buvo suteiktas herbas – raudona rožė baltame fone, kuris skiriamas „...miestiečių teismo pagal Magdeburgo teisę išspręstų bylų ir visų kitų teisminių raštų bei visokių to miesto antspauduotinų dokumentų antspaudavimui“.
Suteikiant miestui savivaldos teises, buvo siekiama sudaryti miestiečiams palankesnes ekonominės veiklos sąlygas ir tuo padidinti valstybės iždo pajamas. Privilegijoje nurodomi miesto pajamų šaltiniai, tai pajamos „iš svarstyklių ir visų žemės vaisių seikėjimo; rinkliavos po 2 lietuviškus grašius, pagal seną paprotį imamus iš suvažiavimų į savaitinius turgus ir prekymečius, pagal papročius būnančius tris kartus per metus“. Drauge miesto iždui pereina ir kiti miestiečių mokesčiai: mokesčiai iš mėsininkų krautuvėlių, mokesčiai už sklypus, daržus ir kt. Privilegijoje paminėtas keltas per Nemuną prie Alytaus. Mokestis už persikėlimą perleidžiamas Alytaus miestui su sąlyga, kad iš surinktų mokesčių būtų pervedama valstybės iždui 15 lietuviškų kapų grašių per metus. Toliau nurodoma: "Medžiaga padirbinti laivui, reikalingam tai perkėlai, sunykusiam dėl senumo, turės būti imama iš mūsų Alytaus miškų ir žiemos metu mūsų Alytaus valstiečiai privalės suvežti ją prie Nemuno prie miesto".
Privilegijoje buvo patvirtinta, kad Alytuje paliekami ir anksčiau jam priklausę 83 valakai dirbamos žemės, taip pat leidžiama laisvai žvejoti Nemune. Miestui buvo dovanota 8 valakai ir l0 margų miško malkoms.
Privilegijoje nurodoma, kad miestiečiai „...privalės pastatyti ir kiekvienas pagal galimybes stengsis palaikyti šio mūsų Alytaus miesto puošmeną – rotušę“, kur bus laikoma miesto kasa, matai ir saikai, pravedami miesto magistrato posėdžiai. Istoriniame dokumente pažymima, kad Alytuje suteikiama teisė vystyti pramonę: „...statyti tinkamose vietose namus salyklos darymui, taip pat vaško lydymui su tam reikalingais malūnais ir visais kitais įrengimais“[1].
Šitaip buvo sukurta ypatinga teisinė, ūkinė ir prievolinė miesto savivalda. Susikūrė miestiečių bendruomenė, kuri buvo nepavaldi feodalui, turėjo teisę tvarkyti savo vidaus reikalus, buvo aprūpinta ūkinėmis lengvatomis ir naudmenomis, nustatytos prievolės valdovui. Gavus Magdeburgo teises, mieste pagausėjo amatininkų, pagyvėjo prekyba.
LDK buvo įsigalėjusi tradicija, kad, mirus valdovui, jo įpėdinį prašydavo patvirtinti senąsias žemių, miestų, institucijų privilegijas. Alytui pakartotinai miesto teises patvirtino ir išplėtė Zigmantas Vaza 1589 m., Vladislovas Vaza 1633 m. ir kiti valdovai.
1737 m. kilo gaisras, kurio metu sudegė Alytaus bažnyčia, o kartu su ja sudegę svarbiausieji jai atiduoti saugoti miestiečių dokumentai, tarp jų ir visos valdovų duotos Alytui magdeburginės privilegijos, aktai, mokesčių kvitai, pinigai ir kt. Miestiečiai prašė, kad kol gausią privilegijų išrašus iš Lietuvos Metrikos, kas nors, tuo pasinaudodamas, nesikėsintų į jų teises, prašo šį įvykį įrašyti į Trakų pilies teismo knygas [2]. Oficialų Lietuvos Metrikos išrašą jiems pavyko gauti tik 1740 metais. Po devynerių metų, 1749 to., Augustas III Alytui dar kartą patvirtino savivaldos teises, šį kartą – paskutines [3].
1776 m. Seimas panaikino beveik visų Lietuvos valstybinių miestų savivaldas. Jų administracija ir teismas perėjo seniūnų žinion. Tokio likimo susilaukė ir Alytus [4].
Antrasis Alytaus savivaldos gyvavimo laikotarpis susijęs su Ketverių metų (1788–1792 m.) reformomis. 1791–04–18 buvo priimtas naujas miestų teisės įstatymas, kurį patvirtino Gegužes 3–sios konstitucija. Savivaldos teises gavo visi pavietų seimelių centrai, kurių buvo netekę 1776 m. Alytus atitiko šį reikalavimą ir po 16 metų atgavo miesto teises, tačiau Targovicos konfederacijos nutarimais buvo panaikinti visi Ketverių metų seimo sprendimai. Taip 1792 m. iš esmės baigiasi antrasis Alytaus savivaldos gyvavimo laikotarpis.
Rotušėje sudarinėjo pirkimo ir pardavimo aktus, surašinėjo testamentus, grąžindavo skolas, duodavo priesaikas, spręsdavo miestiečių tarpusavio santykių bylas, priimdavo į miestiečius naujus gyventojus. Šiems ir kitiems miestiečių reikalams registruoti buvo rašomos aktų knygos. Per dažnus gaisrus, karus ir kitas nelaimes ankstyvosios miesto aktų knygos yra žuvusios. Dabar yra išlikusios 9 miesto aktų knygos. Jos saugomos Lietuvos centriniame valstybiniame istorijos archyve. Pirmajam savivaldos laikotarpiui (1702–1776) skirta medžiaga registruota šešiose, o antrajam (1791–1792) – trijose knygose.
1. Metraščio puslapiai pasakoja. Tiesa,–1981.– Nr. 138.
2. Alytaus miesto ir apylinkių istorijos bruožai. – 56.
3. Ten pat. – P. 56.
4. Ten pat. – P. 60.