Praėjusio šimtmečio ketvirtame dešimtmetyje Europoje vėl pradėjo kauptis juodi karo debesys. Vokietija. įsigalėjus nacionalsocializmui, atvirai pradėjo ginkluotis ir rengtis karui. Vakarų didžiosioms valstybėms nuolaidžiaujant, Vokietija užėmė demilitarizuotą Reino zoną, užgrobė Austriją, Sudetų kraštą, o netrukus ir likusią Čekoslovakijos dalį.
1939–03–22. buvo užgrobtas ir Klaipėdos kraštas. Dviejų diktatorių – Hitlerio ir Stalino – sutartimi, rugsėjo 1 d. Vokietija užpuolė Lenkiją, o rugsėjo 3 d. Didžioji Britanija ir Prancūzija paskelbė karą Vokietijai. Prasidėjo Antrasis Pasaulinis karas. Rugsėjo 17 d. Tarybų Sąjungos raudonoji armija įsiveržė į Lenkijos teritoriją. Lietuvos vyriausybė paskelbė neutralumą. Lenkijos tragedija vyko Lietuvos pašonėje. Sumuštos Lenkijos armijos likučiai, besitraukdami nuo priešų, veržėsi į Lietuvos teritoriją. Reikėjo juos internuoti. Lietuva paskelbė dalinę atsargos karių , arklių, vežimų, pakinktų bei autotransporto priemonių mobilizaciją. Mobilizuojami vyrai rinkosi greit ir gana tvarkingai. Per 30 valandų pulkai jau buvo atlikę beveik visus mobilizaciijos darbus [1].
Tūkstančiai internuotų ir nuginkluotų lenkų karių buvo atvaryti į Alytų. Juos apgyvendino Saratovo kareivinėse ir kai kuriose mokyklose. Lietuvos kariuomenei atiteko internuotojų ginklai, arkliai ir kariniai reikmenys. Į Alytų buvo atbėgę ir daug civilių pabėgėlių. Netrukus internuotuosius iš Alytaus buvo perkėlė į kitas stovyklas.
Vilnių ir jo kraštą užėmė Tarybų Sąjungos kariuomenės. Spalio 10 d. per radiją buvo paskelbta džiugi žinia: Vilnius ir dalis jo krašto, pagal Lietuvos ir Tarybų Sąjungos sutartį, grąžinama Lietuvai. Per keletą minučių miestas pasipuošė vėliavomis. Žmonės džiaugėsi, vieni kitus sveikino su sostinės taikiu atgavimu.
Nerimą kėlė antrasis sutarties punktas: Lietuvos teritorijoje bus įsteigtos raudonosios armijos bazės. Netrukus paaiškėjo, kad viena jų bus Alytuje. Reikėjo išlaisvinti kareivines. Iš Alytaus buvo iškeltas ulonų pulkas, aukštesnioji miškų mokykla perkelta į Vilnių, iš kareivinių reikėjo iškelti karo komendantūrą, miškų urėdijas, žemės ūkio ir amatų mokyklas, meteorologijos stotį.
Lapkričio 15 d. į Alytų įžengė Tarybų Sąjungos Raudonosios armijos daliniai. Tai buvo pavojingas ir klastngas Trojos arklys. Tuo metu dar nežinota, kad pagal Tarybų Sąjungos ir hitlerinės Vokietijos sutarties slaptuosius protokolus buvo pasidalinta įtakos sferomis ir nulemtas Lietuvos ir kitų Baltijos valstybių likimas, kuris netrukus išsipildė. Apkaltinusi sutarties nesilaikymu, Tarybų Sąjunga pateikė Lietuvai ultimatumą ir 1940 m. birželio 15 d. 8-osios ir 11-osios armijų daliniai peržengė Lietuvos sieną. Alytuje dislokuota kariuomenė pajudėjo Kauno ir Marijampolės kryptimi. Lietuva buvo okupuota.
Kaip visoje Lietuvoje, taip Alytuje ir apskrityje prasidėjo valstybės griovimo ir pertvarkymo procesas. Buvo sudaryta vadinamoji Liaudies vyriausybė, paleistas Seimas ir Valstybės taryba, legalizuota komunistų partija, komunistinė jaunimo sąjunga ir profsajungos, iš kalinimo vietų išlaisvinti politiniai kaliniai, paleistos veikiančios partijos, šaulių sąjunga ir organizacijos, įvykdyta daug kitų politinių ir ekonominių pakeitimų [2].
Liepos 14–15 dienomis į Liaudies seimą iš Alytaus apskrities buvo „išrinkti“ mažai visuomenei žinomi komunistų paruošti ir jai ištikimi keturi atstovai. Liaudies seimo priimtą deklaracija kartu su kitais delegatais į Maskvą vežė ir alytiškių atstovas Viktoras Ditkevičius prašyti, kad Lietuva būtų priimta į Tarybų Sąjungos sudėtį. TSRS Aukščiausioji taryba rugpjūčio 3 d. Lietuvos Liaudies seimo „prašymą“ patenkino – Lietuvos valstybės laidotuvės įvyko.
Vietoje pertvarkymo darbams vadovavo iš pogrindžio išėjusi komunistų partija su pirmuoju apskrities komiteto sekretoriumi Tomu Tamulevičiumi ir Tarybų Sąjungos atsiųstais valdininkais. Pirmiausiai buvo paleista policija ir vietoj jos organizuota darbininkų – valstiečių milicija. Administracinėse ir kitose įstaigose, pradedant apskritie viršininku ir baigiant seniūnais, pakeisti vadovaujantieji darbuotojai, pašalinta daug tarnautojų. Į jų vietą pakirti LKP/b nariai, komjaunuoliai, nors ir menko išsilavinimo, bet partijai patikimi žmonės. Iki 1940 m. mieste, apskrityje, valsčiuose ir apylinkėse vietoj savivaldybių buvo sudaryti vietinės valdžios organai – vykdomieji komitetai.
Pagal liaudies seimo priimtą nacionalizacijos įstatymą, Alytuje nacionalizuotos šios pramonės įmonės: Cvilingų žemės ūkio mašinų fabrikas „Ūkmaš“, Beiralo malūnas su lentpjūve, Manisausko lentpjūvė ir elektros stotis.
Nacionalizacija palietė ir privatų prekybos sektorių. Alytaus mieste ir apskrityje buvo nacionalizuotos 26 stambios prekybos įmonės, iš jų 19 priklausiusios žydams [3]. Jos paverstos valstybinės prekybos įmonėmis. Taip pat nacionalizuotos visos vaistinės. Amatininkai vertė jungtis į arteles. Gruodžio mėnesį buvo įkurta artelė „Apranga“, jungusi 73 siuvėjus ir batsiuvių artelė „Apavas“, kurioje dirbo 56 žmonės.
Lapkričio mėn. iš apyvartos buvo išimtas litas ir įvestas rublis. Prekių kainos sulygintos su Tarybų sąjungoje esančiomis. Jos kelis kartus pabrango: pavyzdžiui, vyriškų batelių kaina nuo 16 litų pakilo iki 100 rublių. Liaudyje pasklido jumoristinė dainelė: „Kompartija, komjaunimas – šimtas rublių apsiavimas “. Bankuose didesnieji gyventojų indėliai buvo nusavinti.
Tarybinės žemės reformų metu buvo nustatyta , kad valstiečių ūkiai negali turėti daugiau kaip 30 ha žemės. Virš šios normos esanti žemė buvo nacionalizuota. Į valstybinį žemės fondą pateko bažnyčių ir dvarininkų žemė, kuri buvo išdalinta bežemiams ir mažažemiams.
1941 m. pavasarį valstiečiai buvo raginami organizuotis į kolektyvinius ūkius. Obelytės dvare buvo įsteigta Mašinų ir traktorių stotis (MTS), o Bendrių ir Alovės dvaruose – Mašinų ir arklių nuomojimo punktai (MANP). Vadinamuosius buožių ūkius apkrovė nepakeliamais mokesčiais ir duoklėmis. Taip renktasi žemės ūkio kolektyvizacijai.
Nesnaudė ir tarybiniai saugumo organai. Pirmieji areštai prasidėjo dar prieš Liaudies seimo rinkimus, liepos 9–12 dienomis. Antroji areštų banga pasikartojo lapkričio mėnesį [4]. Buvo areštuojami kariškiai, įvairių partijų veikėjai ir tarybinei santvarkai nepatikimi asmenys. Tarp kitų alytiškių areštuotas buvęs apskrities gydytojas Simas Janavičius, atsargos pulkininkas Jonas Petraitis (knygos „Kaip jie mus sušaudė“ autorius).
Skaudžiausia lietuvių tautai diena – 1941 m. liepos 14 diena. Iš Lietuvos į tolimą Sibiro kraštą buvo ištremta apie 34 tūkstančiai žmonių. Vien tik iš Alytaus geležinkelio stoties išvežti 28 vagonai tremtinių [5]. Tais metais daugiausiai nukentėjo lietuvių inteligentija. Iš apskrities ištremti 46 mokytojai [6].
1. Raštikis S. „Kovose dėl Lietuvos“ T.1 – pusl.597
2. MTLE T2 – pusl.420
3. Lietuvių archyvas T2 – pusl.162
4. Navickas T. Alytus ir jo apylinkės
5. Lietuvių archyvas T2 – pusl.37
6. Gimtinė. 1991 m. Nr.1 Nr.5