Didžiojo kunigaikščio Vytauto laikais Dauguose buvo įkurta viena seniausių bažnyčių Lietuvoje [1]. Milžiniška jos parapija dar iki XVI amžiaus apėmė Alytų, Perloją, Valkininkus, Dusmenis ir dar kelis valsčius, kuriuose bažnyčių nebuvo. 1504 metais didysis kunigaikštis Aleksandras patvirtino senas Daugų bažnyčios privilegijas. Klebonas galėjo rinkti kalėdą iš visų aukščiau išvardintų valsčių. Be to , iš Alytaus dvaro klebonas gaudavo dešimtinę [2].
Bažnyčią Alytuje pastatė ir aprūpino 1524 m. Trakų vaivada, Merkinės, Daugų ir Ašmenos seniūnas, Simno savininkas Jonas Zaberezinskis. Alytuje bažnyčia turėjo būti ir anksčiau, nes Alytaus klebonas 1520 m. buvo liudininku, kai Zaberezinskis darė užrašą Simno bažnyčiai [3].
1677 m. Alytuje buvo trys medinės bažnyčios, pavadintos Šv. Jono Krikštytojo, Šv. Jurgio ir Šv. Kazimiero vardu. Jos visos buvo gražiai išpuoštos kun. Petro Phelippes'o, Krokuvos kanauninko ir Šv. Jurgio bažnyčios klebono lėšomis, už ką jis buvo pagirtas vizitavimo metu. Tuo metu komandoriumi buvo kunigas Steponas Sikorskis, vikaru – Kazimieras Dumanovski. Tų bažnyčių koaliaciją (klebono skyrimas) priklausė karaliui [4].
Šios bažnyčios XVII a. antroje pusėje karų metu buvo sunaikintos. Viena jų stovėjusi prie dabartinės Tarybų aikštės, kur susikerta Merkinės ir S. Nėries gatvės. Jos prisiminimui pastatytas paminklinis kryžius, kuris XX a. sunykęs. Alytaus miestiečiai buvo pasistatę medinę bažnytėlę jau kitoje vietoje. Šiai sudegus toje pačioje vietoje 1818 m. buvo pastatyta dabartinė mūrinė Liudviko bažnyčia. Alytaus parapija apėmė kaimus, esančius abiejose Nemuno pusėse. Vėliau dalis kaimų buvo priskirti Miroslavo ir kitoms besikuriančiomis parapijoms. 1744 m. Alytaus parapijai priklausė 37 kaimai ir keletas dvarų.
Alytaus II parapija įsteigta jau po Lietuvos valstybės padalijimo, kada, Nemunui tapus Rusijos – Prūsijos siena, parapija buvo padalyta į dvi dalis, priklausančias atskiroms valstybėms. Iki to laiko, kur dabar yra aikštelė prieš bažnyčią, stovėjo medinė koplytėlė su šventoriumi ir kapais ir neturėjo parapijos teisių. Iš filijos buvo sudaryta nauja parapija. Kunigas Petaris 1797 m. tampa pirmuoju naujosios parapijos klebonu. Kiek vėliau buvo pastatyta medinė varpinė [4]. Dabartinė medinė Angelų sargų bažnyčia pastatyta apie 1830 metus ir koncebruota Seinų vyskupo Vierzbovskio 1881 metais. 1905 metais bažnyčia buvo perstatyta. šioje bažnyčioje daug metų klebonavo Sebastijonas Banevičius, atvykęs iš Lenkijos ir, užmiršęs lietuvių kalbą, pamokslų lietuviškai negalėjęs sakyti. Bažnyčia tapo lenkinimo šaltiniu.
Už senosios geležinkelio stoties, aikštėje prieš kareivines, apie 1890 metus buvo pastatyta rusų kariuomenės cerkvė. Vėliau ji buvo paskirta buržuazinės Lietuvos kariuomenės įgulai ir pavadinta Kazimiero vardu [5]. Ji, 1944 m. hitlerininkams bėgant iš Alytaus, buvo sugriauta. Jos vietoje pastatytas mašinų gamyklos klubas.
Žydų sinagogos buvo dvi. Pirmoji stovėjo I Alytuje Sinagogos gatvėje, kuri sudegė 1944 metais vaduojant Alytų iš vokiečių okupantų. Antroji sinagoga stovi Kauno gatvėje. Hitlerininkams sunaikinus žydų tautybės gyventojus, nustojo savo reikšmės ir naudojama kitai paskirčiai.
1. Jurginis J. Lietuvos krikštas. Psl. 247
2. R. Šolūga. Iš Daugų istorijos. – „Komunizmo aušra“ ,1958 ,Nr.21
3. J. Totoraitis. Sūduvos – Suvalkijos istorija.
4. Ten pat.
5. LE, I-as tomas, psl.109
6. Alytus. Kurorto direkcijos leidinys.