Alytus ir jo apylinkės nukentėjo per stichines nelaimes ir karus. 1601–1602 metų žiemą buvo didelis brangymetis, badas, vasarą nederlius, prasidėjo maras, kuris siautė ne tik Lietuvoje, bet ir kituose Europos kraštuose. Tų metų rudenį Alytaus ekonomijos nuomotojas T.Shuminas Tiškevičius viename laiške rašė: „Visuose mano valdų kampeliuose didelis maras ir Jurbarke, Naujojoje Valioje (Virbalyje), Alytuje ir visame Alytaus valsčiuje ir girininkijoje, ir visur aplink po tas mano valdas maras, darydamas didelius nuostolius, siautėjo. Vietomis jau taip siautėjo, kad ir mirti nėra kam...“ [1]. XVII a. trečiojo dešimtmečio pabaigoje vėl užklupo nederlius ir maras.
Alytaus miestas ir jo ekonomija ypač nukentėjo per vadinamąjį Septynerių metų karą. 1654 m. prasidėjo Lenkijos karas su Rusija dėl Ukrainos. Šis karas greit palietė ir Lietuvą. Po pirmųjų Lenkijos kariuomenės pralaimėjimų karo veiksmai apėmė Lietuvos valdomą Baltarusiją. Lietuvos kariuomenė buvo nedidelė ir nepajėgė sulaikyti rusų. Kitų metų vasarą rusai užėmė Vilnių, ir kelios jų armijos per pietinę Lietuvą žygiavo į Prūsiją. Į vakarinę Alytaus ekonomijos dalį buvo įsiveržusi Prūsijos kariuomenė, Į šį karą įsijungė ir Švedija. Pražygiuojančios įvairios kariuomenės plėšė gyventojų turtą, degino sodybas. Daugelis kaimų karo metu visai ištuštėjo. Karo ir gaisrų nusiaubtas Alytaus miestas sunyko, sumažėjo gyventojų, nuskurdo amatininkai ir pirkliai.
Alytaus ekonomijos surašyme apie Varanausko palivarką rašoma:„... didžioji valstiečių dalis karo ir kariuomenės maišto metu išvyko, o kiti tiek nuskurdę, jog negali dvaro žemės dirbti, ir dėl to palivarko žemė likusi dirvonuoti“ [2].
Netgi praėjus keliolikai metų, dėl valstiečių skurdo Alytaus dvaras negalėjo atsigauti. 1686 m. inventoriuje rašoma: „... sėkla negrįžta ir valstiečių lažas eikvojamas veltui, todėl pavedama administratoriui ariamą žemę išdalyti valstiečiams už činšą, kaip jau jie yra to prašę, tikintis, kad dvaro ariamoji žemė, iš kurios dabar naudos jokios, duos pelno“ [3].
Septynerių metų karas baigėsi 1763 melais. Rusija su Prūsija pasirašė taikos sutartį. Po 5 su pusę metų trukusios rusų okupacijos jų kariuomenė pasitraukė. Per 40 metų kraštas pamažu šiek tiek atsigavo. Alytaus miestas pradėjo atsistatyti. Padaugėjo gyventojų. Dar nepasiekus prieškarinio lygio, prasidėjo naujos nelaimės. Šiaurės karas prasidėjo 1701 m. Bet jau daug anksčiau prieš jį, dar 1696 m., Lietuvoje ėjo vidaus konfederacijos karas. Tad nuo, sąmyšių pradžios, iki 1717 m. taikos karai tęsėsi 21 metus. Visą tą laiką krašte buvo plėšiami ir naikinami dvarai, kaimai ir miestai. Prasidėjus karui su švedais, kraštą naikino saksų kariuomenė, švedai, rusai, įvairios konfederacijos ir ponų samdytos kariuomenės būriai. Greta jų dar atsirado tikrų plėšikų būrių. Siaubiami žmonės išbėgiojo, kaimai ir dvarai sudeginti [4].
Be paties visa naikinančio karo, prie krašto nelaimių dar prisidėjo ir 1708–1711 m. siautęs baisus maras, kurio metu žmonės mirė šimtais ir tūkstančiais [5].
Šių nelaimių metu labai nukentėjo ir Alytaus miestas, ir jo apylinkės. Miestą nusiaubė gaisrai. Mieste ir kaimuose nuo bado ir maro išmirė dauguma gyventojų. Vietomis numirėlių nebuvo kam laidoti. Visame Daugų valsčiuje neliko nė vieno valstiečio [6].
1712 m. pranešime apie Alytaus ekonomijos dvarus revizoriai rašė: „Ekonomija, nukentėjusi nuo maro, svetimos kariuomenės ir saviškių, o ypač nuo kunigaikščio M. Višniaveckio kariuomenės, palikusi visiškai be gyventojų. Ekonomijos dirvos, kur anksčiau būdavo sėjami kviečiai, apaugo ne tik piktžolėmis, bet ir krūmais. Kur anksčiau buvo platūs kaimai – dabar tik „vieta, kur Trojos būta“. Valstiečių lūšnos nugriautos ir nakčia slapta kažkur nuvežtos, o kur – vienas Dievas težino, nes, nesant žmonių, niekas jų nesaugojo...“ [7].
Po šitų nelaimių Lietuvoje karų nebebuvo iki 1769 metų. Prasidėjo taikos laikotarpis. Alytaus miestą pamažu imta atstatyti, padaugėjo gyventojų.
1. Alytaus ir jo apylinkių istorijos bruožai.–P. 18.
2. Jurginis J.Lietuvos valstiečių istorija.– P. 120.
3. Lietuvos TSR istorija.–P.96.
4. Šapoka A.Lietuvos istorija. –P.384 -385.
5. Ten pat.– P. 385.
6. Jurginis J.Lietuvos valstiečių istorija. –P. 127–128.
7. Šapoka A.Lietuvos istorija.– P. 387