Europoje karas siautė toliau. 1941 m. Vokietija su sąjungininkėms ir satelitinėmis valstybėmis jau kontroliavo didžiąją Europos dalį. Rengėsi karui ir Tarybų Sąjunga. Alytuje – miške prie Saratovo kareivinių ir Ulonų gatvėje – baigiamos statyti naujos kareivinės, įrengiamas karinis aerodromas, pasienyje skubiai statomi įtvirtinimai. Iš Lietuvos buvo repatrijuojami vokiečiai. Iš Alytaus apskrities išvyko apie 200 asmenų. Į jų vietą atkeliami Seinų krašto lietuviai. Kalbama apie neišvengiamą pasaulinę proletarinę revoliuciją. Buvo jaučiama, kad socializmo ir nacionalizmo ginkluotas susidūrimas neišvengiamas.
1941 m. birželio 22 d. ankstų rytą hitlerinės Vokietijos motorizuotos armijos dalys peržengė sieną ir pradėjo veržtis į Tarybų Sąjungos kontroliuojamą teritoriją. Vokečių „Drang nach Osten“ – žygis į rytus prasidėjo. Du didžiausi pasaulio tironai – Hitleris ir Stalinas – susikibo į žūtbūtinę kovą.
Vienas iš pirmųjų vokiečių aviacijos smūgį pajuto Alytus. Pirmosios bombos nukrito dar ant miegančio miesto. Per kelis antskrydžius buvo sugriautas miesto centras: griuvėsiais pavirto Vilniaus, Bloznelio, Bakšio, Savanorių, Bažnyčios, Ugniagesių gatvės ir dalis pastatų prie Rinkos aikštės. Prie miesto buvo išmestas oro desantas, kuris užėmė Nemuno tiltą ties Kaniūkais, kad jo neišsprogdintų. Pirmoji bomba teko siuvėjo Rutkausko mūreliui, kuris okupacijos pradžioje pirmasis Alytuje iškėlė raudonąją vėliavą. Bombardavimo objektus nurodinėjo alytiškis lietuvis lakūnas, išbėgęs į Vokietiją ir tarnavęs jų aviacijoje. Daugiausiai buvo sugriauti žydų apgyvendinti kvartalai. Rūko subombarduoto miesto griuvėsiai, degė namai ir kitose miesto dalyse. Aitrūs dūmai, degančių lavonų kvapas, sužeistųjų dejavimas sklido po miestą. Netrukus prie Alytaus pasirodė pirmieji hitlerininkų motorizuoti daliniai. Koloborantinė miesto valdžia pabėgo. Alytų užėmė vokiečių kariuomenė.
Birželio 23 d. hitlerininkai suėmė 43 vyrų grupę, nusivarė į Lelijų gatvę ir paskelbė, kad jie bus sušaudyti, nes po bombardavimo mieste esą pasilikę tik komunistai rusai ir kitokie didžiosios Vokietijos priešai. Atvažiavo mašina kareivių ir suimtuosius sušaudė. Apie šią šiurpią tragediją, atsitiktinumą likęs gyvas Č. Bardzilauskas pasakojo:
–Tik aš vienas iš 43 pasmerktųjų išsigelbėjau. Kitos 42 šeimos liko be maitintojų, brolių, sūnų, sužadėtinių [1].
Mieste buvo iškabinti didelėmis raidėmis išspausdinti skelbimai: „Kas plėšikaus, bus sušaudytas“. Kitas dar grėsmingesnis: „100 lietuvių už vieną vokietį!“ Už kiekvieną nužudytą vokiečių armijos karį bus tuojau sušaudyta ne mažiau kaip šimtas vietinių gyventojų lietuvių [2].
Šis grėsmingas skelbimas Alytuje buvo lemtingas. Birželio 24 d. keli likę mieste ginkluoti komunistai ir komjaunuoliai susibūrė Kauno gatvėje Maršako malūno rūsyje. Juos pastebėjo vokiečiai ir pasuko link malūno. Susirinkusiuosius saugojęs sargybinis nušovė du vokiečius. Vyrai bandė pabėgti, tačiau netoliese buvę vokiečių kareiviai atidengė ugnį iš tankų į malūną, apsupo kvartalą ir juos suėmė. Kartu buvo suimti gatvėje pasitaikę žmonės. Suvarė visus suimtuosius – apie 40 žmonių – netoli malūno į Tumosyno kiemą ir sušaudė. Tuo metu buvo sugriautas mūrinis malūnas ir sudeginti aplinkiniai pastatai. Mieste prasidėjo žmonių gaudymas. Hitlerininkai suėmė daugiau kaip 200 vyrų (tarp jų 2 kunigus), nuvedė į rytinį Nemuno krantą ir netoli šv. Liudviko bažnyčios viešai sušaudė.
Šį įsakymą ir masines gyventojų žudynes pirmosiomis karo dienomis įvykdė vokiečių armijos generolai leitenantui Volfgangui fon Ditfortui pavaldūs kariuomenės būriai ir jam pavaldi komendantūra Alytuje.
Hitlerininkai, besiverždami į rytus, sudegino Seirijų miestelį, sudegintas Cigoniškių kaimas ir sušaudyta 8 asmenų Mikalauskų šeima, sudegintas Balkasodžių kaimas ir sušaudyti 7 žmonės. Degė kiti apskrities miesteliai ir kaimai, buvo šaudomi žmonės. Vien tik Miroslavo valsčiuje pražygiuojanti vokiečių kariuomenė nušovė 42 žmones.
Birželio 23 d. Raudonosios armijos 128–osios šaulių divizijos padaliniai ir Lazdijų pasienio užkardos pasieniečiai kaudamiesi traukėsi rytų kryptimi. Negalėdami persikelti per Nemuną, sustojo Obelijos miške ties Revų kaimu, įsitvirtino ir tyiai prasėdėjo visą savaitę. Birželio 29 dieną vokiečiai vykdė užimtos teritorijos valymo operaciją. Įvyko atkaklios kautynės, kurios tęsėsi nuo 10 iki 17 valandos. Vokiečiams panaudojus žvalgomąją aviaciją ir artileriją, apsuptieji buvo sumušti. Žuvo daug rusų ir keliolika vokiečių. Kiti pasidavė į nelaisvę. Tai buvo paskutinis Raudonosios armijos mūšis karo pradžioje Lietuvos teritorijoje. Priešingų kariuomenių susirėmimai vyko ir kitose apskrities vietose.
1. Hitlerinė okupacija Lietuvoje. Pusl.44–45
2. Ten pat. Pusl.63