Po Lietuvos – Lenkijos valstybės padalinimo (1795 m.) Lietuvos teritorija, esanti dešinėje Nemuno pusėje, atsidūrė rusų valdžioje, o Užnemunė teko Prūsijai. Alytaus miestas buvo padalintas dviem valstybėms. Nuo to laiko, taip perskėlus miestą, viena ir antra dalis pradėjo skirtingą gyvenimą.
Teritorija, atitekusi prūsams, buvo pavadinta Naująja Rytų Prūsija [1]. Šios šalies gyventojai turėjo prisiekti ištikimybę Prūsijos karaliui. Senoji santvarka panaikinta, įvesti nauji įstatymai. Valstiečių būklė pagerėjo, nes ten pamažu buvo naikinama baudžiava. Prasidėjo germanizacija, atsirado kolonistų [2]. Prūsiška tvarka Alytuje neįsigalėjo, nes jiems čia teko šeimininkauti tik iki 1807 metų.
Napoleonui užkariavus Prūsiją, tais pačiais 1807 metais Užnemunė priskirta Varšuvos kunigaikštystei, įvestas Napoleono kodeksas, pagal kurį valstiečiai atleisti nuo baudžiavos (tik be žemės), paskelbta asmens laisvė. Valstiečiai galėjo išsikelti, išsinuomoti arba nusipirkti žemės. Napoleono kodeksas, šiek tiek papildytas, Užnemunėje veikė iki Antrojo pasaulinio karo. Žlugus Napoleono galybei, 1812 m. besitraukianti išbadėjusi jo kariuomenė nusiaubė Alytų ir apylinkes. Po 1815 m. gegužės 25 d. Vienos kongreso Užnemunė, o kartu ir Alytus, esantis kairėje Nemuno pusėje, atiteko sudarytai Lenkijos karalystei, kuri unijos forma buvo prijungta prie Rusijos imperijos. Užnemunė ir kairiakrantis Alytus jai priklausė iki 1915 metų.
Rusijai atitekusi dešiniakrantė miesto dalis buvo prijungta prie Vilniaus gubernijos, Alytaus apskrities. Čia sustiprinta valstiečiu baudžiava, įvesta rekrutų prievolė, pagalvės mokestis. Gyvenimas gerokai pasunkėjo. Šioje dalyje dar galiojo Lietuvos teisinis statutas, kurį 1840 m. pakeitė Rusijos įstatymai [3].
Pagal Lenkijos karalystės administracinį suskirstymą Alytus nuo 1867 m. priklausė Suvalkų gubernijai. Nuo to laiko Alytaus miesto dalys ir imtos vadinti pagal gubernijų pavadinimus: Vilniaus pusės Alytus ir Suvalkų pusės Alytus.
Miesto dalyse veikė skirtingi kalendoriai: Vilniaus pusėje senasis Julijaus, o Suvalkų naujasis Grigaliaus. Tarp jų – 12 dienų skirtumas.
Vilniaus pusės Alytus 1796–1863 m. buvo Alytaus valsčiaus centru, o 1801–1863 m. – Alytaus apskrities centru [4]. Caro Nikolajaus l dekretu 1831 m. panaikintos magdeburginių miestų teisės, o vietoj jų įvestos rusiškosios, kurios buvo daug siauresnės [5]. Vilniaus pusės Alytus šias teises turėjo iki 1863 metų.
Kairiakrantis Alytus XIX a. pradžioje dar buvo nedidelis miestelis. 1808 m. Varšuvos kunigaikštystės statistiniam aprašyme nurodoma, kad jis yra rusiškojo Alytaus miesto (t.y. nepriklausančio Varšuvos kunigaikštystei) priemiestis, turintis 250 gyventojų [6].
Po Vienos kongreso Užnemunės kaimai buvo suskirstyti gminomis (valsčiais). Alytus priskirtas Simno gminai ir Kalvarijos apskričiai, kuriai priklausė iki 1915 metu. Nuo 1867 iki 1915 m. jis buvo Alytaus gminos centru.
Panaikinus baudžiavą, davus asmens laisvę, pagerėjus socialinėms sąlygoms, pradėjo sparčiau vystytis ir pats miestelis. Jei 1823 m. kairiojo kranto Alytaus dalyje buvo surašyti 43 namai su 289 gyventojais, tai 1860 m. – jau 79 namai ir 626 gyventojai.
Dešiniojo kranto miesto dalyje 1868 m. surašyti 621 gyventojas (tarp jų 163 žydai), buvo 74 namai, 2 krautuvės, 5 smuklės, rinkosi 2 prekymečiai. Taigi apie XIX a. vidurį abi miesto dalys pasidarė beveik vienodo dydžio.
1. Lietuvos TSR M. V. – 1980–P. 182.
2. Šapoka A. Lietuvos istorija. – P.448.
3. Ten pat. – P.442.
4. Navickas T. Alytus ir jo apylinkės.
5. Ten pat.
6. LIS–T. l –P.389