utilisé dans notre module | repository | préfixe | nom | date de mise à jour | nb de classes | nb d'object properties (relations) | nb de data properties (attributs) | Notes | url de la documentation | commentaire |
OUI import direct | W3C | SKOS | Simple Knowledge Organization System | 2009 | 5 | 17 | 1 | h | http://www.w3.org/2009/08/skos-reference/skos.html | DL expressivity: SHIF |
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LOV | botany | Biological Taxonomy Vocabulary 0.2 | 2009 | 5 | 2 | 110 | a variant of biol for botany. | |
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LOV | biol | Biological Taxonomy Vocabulary 0.2 (Core) | 2008 | 3 | 3 | 12 | |
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LOV | txn | TaxonConcept Ontology | 2012 | 109 | 152 | 91 | includes taxon. .Voir la page de description TaxonConcept Ontology | |
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LOV | geos | GeoSpecies Ontology | 2009 | 107 | 250 | 128 | |
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LOV | taxon | TaxonMap Ontology Initial | 2013 | 62 | 19 | 14 | |
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wlo | Wildlife Ontology | 2010 | 31 | 29 | 16 | |
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tdwg | TDWG ontology core (Darwin core) | 2007 | 14 | |
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non | |
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tmo | TaxMeOn | 2011 | 32 | 32 | 11 | non | |
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ODP | |
Biological Entity | |
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http://ontologydesignpatterns.org/wiki/Submissions:Biological_Entities | |
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Non | ODP | |
AOS AGROVOC Concept Server fundation ontology model | 8 | 199 | 37 | 0 | http://ontologydesignpatterns.org/wiki/Submissions:AOS_AGROVOC_Concept_Server_fundation_ontology_model | http://www.fao.org/aims/aos/aos.owl | trop d'éléments DL expressivity: ALUHIF+(D) |
OUI import direct avec modif | ODP | |
Linnean Taxonomy | 2008 | 8 | 4 | 0 | http://ontologydesignpatterns.org/wiki/Submissions:LinnaeanTaxonomy | http://www.ontologydesignpatterns.org/cp/owl/linnaeantaxonomy.owl | créé lors du projet NeOn. DL expressivity: SHI nous avons supprimé des contraintes pour rendre le patron plus generique à n'importe quelle taxonomie. |
OUI import direct | ODP | |
Classification | 2008 | 2 | 2 | 0 | http://ontologydesignpatterns.org/wiki/Submissions:Classification | http://www.ontologydesignpatterns.org/cp/owl/classification.owl | créé lors du projet NeOn DL expressivity: ALI |
non |
agroportal | txrf |
TAXREF-LD |
2017 |
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TAXREF-LD |
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AgronomicTaxonCore
Classification et taxonomie
Une taxonomie agronomique est un schema skos représenté par la classe ConceptScheme.Un concept skos est représenté par la classe Concept.
L'appartenance d'un concept à un schéma est indiquée par la relation skos inScheme.
Taxon, rang
Un taxon est un concept skos et est représenté par la classe atc:Taxon.La classe Taxon est spécialisée pour représenter les différents rangs de taxons dans les classifications cf wikipedia http://fr.wikipedia.org/wiki/Rang_taxinomique).
L'ensemble des rangs de la classification de Cronquist a été créé dans cette ontologie:
- règne (kingdom) représenté par la classe atc:KingdomRank. Cette classe peut aussi être nommée Kingdom, KingdomConcept, KingdomTaxon ou KingdomRank dans d'autres ontologies.
- division pour le règne végétal (phylum) représentée par la classe atc:PhylumRank. Dans le règne animal ce taxon est appelé embranchement.
- classe (class) représentée par la classe atc:ClassRank. Cette classe peut aussi être nommée Class, ClassConcept, ClassTaxon ou ClassRank dans d'autres ontologies.
- ordre (order) représenté par la classe atc:OrderRank. Cette classe peut aussi être nommée Order, OrderConcept, OrderTaxon ou OrderRank dans d'autres ontologies.
- famille (family) représentée par la classe atc:FamilyRank. Cette classe peut aussi être nommée Family, FamilyConcept, FamilyTaxon ou FamilyRank dans d'autres ontologies.
- genre (genus) représenté par la classe atc:GenusRank. Cette classe peut aussi être nommée Genus, GenusConcept, GenusTaxon ou GenusRank dans d'autres ontologies.
- espèce (species) représentée par la classe atc:SpecyRank. Cette classe peut aussi être nommée Specy, Species, SpeciesConcept, SpeciesTaxon ou SpeciesRank dans d'autres ontologies.
- variété (variety) représentée par la classe atc:VarietyRank. Cette classe peut aussi être nommée Variety, VarietyConcept, VarietyTaxon ou VarietyRank dans d'autres ontologies.
Par exemple le taxon représentant le règne animal, nommé regne_plantae, est une instance de la classe atc:KingdomRank.
La hiérarchie entre taxons est indiquée par les relations atc:hasHigherRank et atc:hasLowerRank entre individus. (regne_plantae hasLowerRank genre_tricticum)
Note par rapport à ODP d'origine linneanTaxonomy, les restrictions universelles (only) sur les taxons ont été supprimées, car chaque taxonomie peut avoir une profondeur différente avec apparition de nouveaux rangs comme sousClasse, sousEspèce etc...
Hiérarchie des taxons et raisonnement associé
(date de la modification octobre 2016)
L'ontologie de la FAO AOS spécialise ses relations en indiquant quel sont les rangs des taxons qui doivent être liés. Par exemple la relation hasKingdom lie un embranchement à un règne. Il s'agit d'une spécialisation de hasHigherRank. La relation includesPhyla lie un règne à un embranchement. Il s'agit d'une spécialisation de hasLowerRank.
Nous avons donc ajouté plusieurs relations spécialisant hasHigherRank et hasLowerRank.
- hasKingdom -includesPhyla- Link PhylumRank instances to KingdomRank instances
- hasPhylum -includesClasses- Link ClassRank instances to PhylumRank instances
- hasClass -includesOrders- Link OrderRank instances to ClassRank instances (existe dans AOS)
- hasFamily -includesGenus- link GenusRank instances to FamilyRank instances (existe dans AOS)
- hasGenus -includeSpecies- link SpecyRank instances to GenusRankInstances (existe dans AOS)
- hasOrder -includesFamilies- link FamilyRank instances to OrderRank instances (existe dans AOS)
- hasSpecy -includesVarieties link SpecyRank instances to VarietyRank instances (existe en partie dans AOS)
Contrairement à AOS, nous avons ajouté des contraintes de domaine et de range sur ces relations. Nous avons aussi indiqué que ces relations etaient irréflexives.
Nous avons aussi défini les regles SWRL qui permettent de déduire ces relations à partir de hasHigherRank
KingdomRank(?r) ^ PhylumRank(?e) ^ hasHigherRank(?e, ?r) -> hasKingdom (?e,?r).
Le résultat de ces déduction sont disponibles dans le fichier agronomicTaxon-Test-2016-10-14-v2.rdf
Label des Taxons
Un taxon au moins un nom scientifique en latin et un ou plusieurs noms usuels par langue. Pour se faire nous avons aussi ajoutées des data properties- hasScientificName
- hasVernacularName
Note les règles (SWRL) ne gèrent pas à notre connaissance les annotations properties, c'est pour cette raison que nous n'avons pas spécialiser les rdf:label.
Pour tenir compte que certaines sources proposent des synonymes de noms scientifiques nous avons spécifié de nouvelles data properties:
- hasScientificName
- prefScientificName: indique les noms scientifiqyes synonymes.
- altScientificName: indique le nom scientifique actuellement en usage
- hasVernacularName
- prefVernacularName: indique les noms vernaculaires synonymes.
- altVernacularName: indique le nom vernaculaire actuellement en usage
AgronomicTaxon
Label et raisonnement associé
Le nom d'un organisme vivant est donné par le nom de son espèce. SpecyRank(?s), LivingOrganism(?o), isClassifiedBy(?o, ?s), hasVernacularName(?s, ?label) -> hasVernacularName(?o, ?label)
SpecyRank(?s), LivingOrganism(?o), isClassifiedBy(?o, ?s), hasScientificName(?s, ?label) -> hasScientificName(?o, ?label)
Classification des organismes vivants
Un organisme vivant est représenté par la classe LivingOrganism.Les organismes vivants sont classés en fonction de ces taxons en utilisant la relation isClassifiedBy.
Cette relation est spécialisée en fonction des rangs possibles: règne, espèce, variété...
isClassifiedBy et le raisonnement associé
Le but de cette ontologie est de retrouver l'ensemble des taxons d'une classification donnée associé à un organisme vivant.
Un raisonneur doit pouvoir à partir d'une association d'un taxon compléter l'ensemble de la description taxonomique par les taxons parents.
Par exemple considérons un individu de type inconnu plant_de_ble. cet individu est associé uniquement au taxon espece_tricticum_durum par la relation isClassifiedBy.
Le but est de découvrir que cet individu est une plante. C'est à dire que cet individu doit être classé automatiquement comme instance de la classe Plant car associé au taxon regne_plantae par la relation isClassifiedBy.
Pour se faire nous avons déclaré une property chain sur la relation isClassifiedBy
isClassifiedBy o hasHigherRank --> isClassifiedBy.
C'est à dire que lorsque l'on connait le taxon de rang inférieur associé à un organisme vivant, on connait forcément les taxons de ses rangs supérieurs. Attention, l'inverse n'est pas vrai.
Le moteur d'inférence (Pellet) identifie automatiquement que le plant de blé est une plante même si l' est classé à l'aide du taxon "tricticum durum".
Évolution
- Septembre 2014, le design pattern de neon linnean taxonomy ne doit pas etre importer directement car nous supprimons certaines des ces contraintes. Nous devons donc créer nos propres classes et mettre en commentaire qu'elle ressemble à celles de l'ODP linnean taxonomy
- Septembre 2014 nous devons conserver les noms dans les labels rdf.
- Pour faire fonctionner l'exemple j'ai rempli la hiérarchie pour le taxon tricticum représentant le blé, mais il faudrait compléter l'ontologie automatiquement.
- Ajouter d'autres classifications agronomiques.
- les taxons issus d'autre classification (APGIII) par exemple.
- Il faut ajouter une classification zoologique.
- Comment remplir automatiquement cette ontologie en utilisant par exemple:
- agrovoc le thésaurus de la FAO
- le catalogue des semences pour remplir les variétés
- aligner cette ontologie avec les autres ontologies sur la classification agronomique et importer les données.
Remarque
il n'est pas facile d'importer des ontologies que l'on veut modifiées en supprimant des parties. J'ai du tout recréer et il faudra ajouter des alignement entre les classes équivalentes.
Règles de nommage
Le nom des individus est écrit en minuscule.Le nom des individus est écrit en français.
Le nom des individus ne contient pas d'accent.
Le nom des individus utilise _ comme séparateur.
Le nom des classes commence toujours par une majuscule.
Le séparateur de mot est le changement de casse, passage d'une minuscule à une majuscule.
Le nom des classes est écrit en anglais.
Les labels (annotation property rdfs:label et data property de type string) sont écrits en minuscule avec des espaces comme séparateur de mot et avec des accents.
Les labels doivent être associés à une langue.
Les labels "scientificName" sont principalement de langue latine: code lat.