Uma maneira rápida de copiar os arquivos de um local para outro é utilizando o Rsync.
Segue abaixo alguns parâmetros:
-a método de arquivamento (recursivo, data e hora, ....)
-v representa verbose
-h exibe saída em formato legível para humanos
-P combina --progress e --partial
O parametro --ignore-existing ira manter os arquivos existentes no destino.
O parametro --delete ira mantém os arquivos existentes na origem.
O comando que tenho utilizado em minhas avaliações é o comando abaixo, porque desejo ter uma copia fiel dos arquivos/diretórios da origem.
# rsync -avhP --delete /Source/ /Destination/
Nota: As barras no final representam o diretório absoluto.