Después de establecerse en Green Hills, Sonic quiere demostrar que tiene madera de héroe. La prueba de fuego llega con el retorno del malvado Robotnik, y su nuevo compinche, Knuckles, en busca de una esmeralda que destruye civilizaciones. Sonic forma equipo con su propio compañero de fatigas, Tails, y juntos se lanzan a una aventura que les llevará por todo el mundo en busca de la preciada piedra para evitar que caiga en manos equivocadas.