IMARIS Workshop 2024
日程： 2024. 6. 26 ~ 28
申込〆切： 2024. 5 . 20
開催趣旨
ライフサイエンス用の多次元画像解析ソフトウェアの一つである「IMARIS」について、その使い方や解析方法の理解を目的として、講義と実習を行います。
概要
基礎編と応用編に分けて、それぞれ１日半ずつ行います。（会場1からオンライン配信で講義・実習を行い、各会場にもスタッフが付いてサポートする形式）
基礎編の内容：3D/4D画像の取扱い、基本操作（データの表現方法、SurfaceやSpotといった二値化処理）、動画やスナップショットの作成、数や体積・輝度などの計測方法、機械学習の基礎（セグメンテーション、分類）、共局在解析
応用編の内容：基礎編の内容をベースに、より複雑な機械学習、タイムラプスデータのトラッキング、神経など線維状構造の3D解析や計測、細胞単位での小胞の解析、また解析結果の表現方法についても学びます
- 日程
基礎編：2024 年 6 月 26日 (水) 9 : 30 ～ 16 : 30、 6 月 27 日 (木) 9 : 30 ～ 12 : 00 プログラムはこちら
応用編：2024 年 6 月 27 日 (木) 13 : 30 ～ 16 : 30、6 月 28 日 (金) 9 : 30 ～ 16 : 30 プログラムはこちら
基礎編・応用編の違い（目安）
・基礎編：これまでIMARISをほとんど使用したことが無い、あるいは、すでに利用しているが操作・機能を基本から学びたい方。
・応用編：IMARISユーザーであり、基礎編の内容はすでに理解しており、より高度な機能を知りたい。
プログラム内容をご覧頂き、どちらか一方、あるいは、両方をご選択下さい。
- 会場
会場１：基礎生物学研究所 明大寺キャンパス 会議室（〒444-8585 岡崎市明大寺町字西郷中38番地）
会場２：京都大学医学部（〒606-8501 京都市左京区吉田近衛町）
会場３＊：九州大学 医学部基礎研究A棟1階セミナー室（〒812-8582 福岡市東区馬出 3-1-1）
会場４：佐賀大学 医学部 RI棟 2階 R209 セミナー室（〒849-8501 佐賀市鍋島5丁目1-1）
＊九大会場は九大在籍者限定とさせていただきます
- 内容
基礎編：
講義：画像解析のための顕微鏡画像取得の基本（亀井）
講義： Imarisの概要説明（山口）
実習： Imarisの基本操作（Converter/ Volume/ Cutting/ Snapshot/ Movie）
実習： Spot / 粒状構造モデルの作成
実習：測定機能（Classification含む）
実習：Surface / 3D表面モデルの作成 （2つの閾値設定方法、Classification含む）
実習：Machine learning（Segmentation, Classification）
実習：Coloc / 2チャンネル間のシグナル共局在性の測定
応用編：
講義：画像解析に関する講義（加藤）
実習：Machine learningとSpot/Surfaceの編集
実習：Cell / 測定対象を細胞・核・小胞に分類し、それぞれの個数や位置関係などの関係性を解析
実習：Filament Tracer / 神経など線維状構造の自動検出とモデリング
実習：Tracking / タイムラプスデータにおける物体の動態追跡
実習：Vantage / 計測データの可視化とグラフ化
- 受講対象
大学または研究機関等に属し、生物画像を取り扱う方（学生・院生を含む研究者、研究支援に携わる方）
（各編で全ての講義・実習を受講すること。部分参加は認めません）
- 参加費
無料
- 定員
基礎編・応用編ともに20名程度
（各会場の定員：基生研５名、京大６名、九大６名、佐賀大３名）
- 受講上の注意事項
途中入退室は認めません。
録音・録画・スクリーンショット等は、禁止といたします。
Imaris用のPCはこちらで用意します。
コース資料（PDF）閲覧用として、また、質問用Slackが使用可能な端末（ラップトップ、タブレット、スマホ等）をご持参ください。
- 申し込み方法と期限
下記フォームから必要事項を入力し、送信してください（基礎編、応用編共通です）
申し込み多数の場合には受講の必要性を考慮して選考させて頂きます。
申込み締め切り：2024年 5月 20日（月）
- 講師
山口 雅子（オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社）
加藤 輝（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）
亀井 保博（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）
- 世話人
奥川 友紀（九州大学大学院 農学研究院 研究教育支援センター）
甲本 真也（沖縄科学技術大学院大学 イメージングセクション）
高倉 加奈子（京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センター 蛍光生体イメージング室）
高見 重美（九州大学 医学研究院附属 ヒト疾患モデル研究センター 教育・研究支援センター）
森 加奈恵（佐賀大学 総合分析実験センター）
餘家 博（基礎生物学研究所 時空間制御研究室）
斎田 美佐子（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）
高木 知世（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）
市川 千秋（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）
小関 重光（オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社）
- 主催
基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室
オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社
- 共催
学術変革領域研究（学術研究支援基盤形成）「先端バイオイメージング支援プラットフォーム」
- 協力
京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センター 蛍光生体イメージング室
九州大学 医学研究院附属 ヒト疾患モデル研究センター 教育・研究支援センター
基礎生物学研究所 超階層生物学センター データ統合解析室
- 問い合わせ先
基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室
Email: img [at] nibb.ac.jp
