IMARIS Workshop 2023

【開催概要】

• ライフサイエンス用の多次元画像解析ソフトウェアの一つである「IMARIS」について、その使い方や解析方法の理解を目的として、講義と実習を行います。

• 基礎編と応用編を、それぞれ２日間ずつ行います。

基礎編では、3D/4D画像の取扱い、基本操作（データの表現方法、SurfaceやSpotといった二値化処理、各種編集処理）、動画やスナップショットの作成、数や体積、輝度などの計測方法を学んでいきます。

応用編では、基礎編の内容をベースに、タイムラプスデータのトラッキングや神経など線維状構造の3D解析や計測、また解析結果の表現方法についても学びます。そのほか、受講生からお預かりしたデータを実際にImarisを用いて解析しながら説明を行います。

1. 日程

基礎編：2023 年 6 月 5 日 (月) 13 時～17 時、 6 月 6 日 (火) 9 時～17 時　プログラムはこちら

応用編：2023 年 6 月 19 日 (月) 13 時～17 時、6 月 20 日 (火) 9 時～17時　プログラムはこちら

基礎編・応用編の違い（目安）

・基礎編：これまでIMARISをほとんど使用したことが無い、あるいは、すでに利用しているが操作・機能を基本から学びたい方。

・応用編：IMARISユーザーであり、より高度な機能を知りたい。また、具体的な課題をお持ちの方。

プログラム内容もご覧頂き、どちらか一方、あるいは、両方を選択下さい。

2. 場所

 (1) メイン会場

基礎生物学研究所　明大寺キャンパス　第１セミナー室（〒444-8585 岡崎市明大寺町字西郷中38番地）

(2) サテライト会場

• 京都大学 医学研究科 F棟 111室 セミナー室 (〒606-8315 京都府京都市左京区吉田近衛町)

• 大阪大学 吹田キャンパス 医学系研究科 附属共同研究実習センター 共同研究棟7階 セミナー・会議室 (D71-09)　(〒565-0871 大阪府吹田市山田丘２－２)

• 九州大学 伊都キャンパス ウエスト5号館 3階 311実験室（〒819-0395 福岡県福岡市西区元岡744）

• 佐賀大学 鍋島キャンパス RI棟 2階 R209・セミナー室 基礎研究棟 2階 2232室 ※変更になりました（〒849-8501 佐賀県佐賀市鍋島5-1-1）

3. 内容

＜基礎編：6/5-6＞

• 講義：画像解析のための顕微鏡画像取得の基本

• 講義：Imarisの概要説明

• 実習①：Imarisの基本操作 ( Converter / Pre-processing / Volume / Cutting / Snapshot / Movie )

• 実習②：Spot / 粒状構造モデルの作成

• 実習③：Surface / 3D表面モデルの作成 (閾値の設定方法、分類の方法を含む) 

• 実習④：計測機能

• 実習⑤： Colocalization  / 2チャンネル間のシグナル共局在性の測定

• 実習⑥：Stitcher / タイル画像の貼り合わせ

• 実習⑦：Machine learning ( Segmentation, Classification )

＜応用編：6/19-20＞

• 講義：仮タイトル：画像解析に関する基礎知識

• 実習①：Tracking / タイムラプスデータにおける物体の動態追跡

• 実習②：画像の前処理

• 実習③：Cell / 測定対象を細胞・核・小胞に分類し、それぞれの個数や位置関係などの関係性を解析

• 実習④：Filament Tracer / 神経など線維状構造の自動検出とモデリング

• 実習⑤：Vantage / 計測データの可視化とグラフ化

• 実践：受講生のデータを用いた解析実例 (コンサルテーション) 3-4 名程度

4. 受講対象

大学または研究機関等に属し、生物画像を取り扱う方（学生・院生を含む研究者、研究支援に携わる方）

5. 参加費

無料

6. 定員

基礎編・応用編ともに23名程度

（各受講場所の定員目安：基生研 10 名、京大 ５名、阪大 ２名、九大 ３名、佐賀大 ３名）

7. 受講上の注意事項

1. • 初級編・応用編両方あるいはどちらかの受講が可能ですが、両コースとも途中入退室は原則として認めません。

   • 録音・録画・スクリーンショット等は、禁止といたします。

   • Imaris用のPCはこちらで用意します。

8. 申し込み方法

下記フォームから必要事項を入力し、送信してください（基礎編、応用編共通です）

申し込み多数の場合には受講の必要性を考慮して選考させて頂きます。申し込みフォームの「受講動機について」の項目で、受講の必要性について判断させて頂きますので予めご了承ください。

Imaris実習申込みフォーム 終了しました

締め切り：2023 年 5 月 8 日（月）12 時必着（採択結果は 5 月 15 日（月）までにメールにて通知します）

＜コンサルテーション：個別データ解析を希望される方へ＞

• 講師と他の受講生がデータを閲覧することについて、ご自身の研究責任者 ( 研究室主宰者等 ) の許可を得ておいてください。

• 希望者が多い場合は一部の方のデータについてのみ解説させていただきます。（今回の実習内容に関連し、かつ、共通性・有用性の高い課題を優先します）

その他の方については、後日の個別対応となりますのでご了承ください。

• お預かりするデータについて：以下の条件が必要ですので、予めご確認ください。

１）データサイズ：< 5 GB

２）次元：3D or 4D

３）画像データの保存形式：顕微鏡メーカー独自フォーマット (生データ) が望ましいです。注：TIFF/BMPの場合は、スケール情報 (XYZT) が必要になります。JPEGおよびmovieファイルは解析できません。

４）フォルダ名は所属と名前にしてください。

５）どういう目的で、何をどう測定・検出したいか、もしくは、何に困っているのかを、明確かつ詳細にご記載ください。

• ファイル送付方法につきましては、受講可否が確定してからご連絡させていただきます。

9. 講師

山口 雅子（オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社）

小関 重光（オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社）

渡邉 俊之（オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社）

亀井 保博（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

加藤 輝（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

10. 世話人および協力者（サテライト会場等）

寺井 健太（京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センター 蛍光生体イメージング室）

高倉 加奈子（京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センター 蛍光生体イメージング室）

寺尾 由里 （大阪大学大学院 医学系研究科 附属共同研究実習センター）

白崎 舞（大阪大学・ニコンイメージングセンター）

奥川 友紀（九州大学大学院 農学研究院 研究教育支援センター）

森 加奈恵（佐賀大学 総合分析実験センター）

甲本 真也（沖縄科学技術大学院大学 イメージングセクション）＊九大会場を担当

林 愛（生理学研究所 学術研究支援室）

斎田 美佐子（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

高木 知世（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

浅尾 桃子（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

市川 千秋（基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室）

11. 主催

基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室

オックスフォード・インストゥルメンツ株式会社

12. 共催

学術変革領域研究（学術研究支援基盤形成）「先端バイオイメージング支援プラットフォーム」

カールツァイス株式会社

13. 協力

京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センター 蛍光生体イメージング室

大阪大学大学院 医学系研究科 附属共同研究実習センター

大阪大学 ニコンイメージングセンター

九州大学大学院 農学研究院研究教育支援センター

佐賀大学 総合分析実験センター

沖縄科学技術大学院大学 イメージングセクション

基礎生物学研究所 超階層生物学センター データ統合解析室

基礎生物学研究所 超階層生物学センター 共同利用推進室

14. 問い合わせ先

基礎生物学研究所 超階層生物学センター バイオイメージング解析室

Email: img [at] nibb.ac.jp