Pada tahun 1884, Uskup (Bishop) D. Antonio Joaquim Medeiro dari Misi Portugis (Portuguese Mission), Keuskupan Macau (Diocese of Macau) telah mengundang Canossian Sisters (Canossian Daughters of Charity) untuk mendirikan sebuah biara (convent) dan sebuah sekolah di Melaka untuk tujuan pendidikan dan keperluan kanak-kanak perempuan dan juga untuk membantu dalam aktiviti agama Gereja St Peter (St Peter’s Church)(Gereja Portugis)(Portuguese Church). Malangnya beliau telah meninggal dunia pada tahun 1897 sebelum hajatnya tercapai. Namun begitu, rancangan beliau telah diteruskan oleh seorang Uskup (Bishop) lain yang menunjukkan minat yang mendalam terhadap Misi ini, beliau adalah Dom João Paulino de Azevedo e Castro, Uskup Macau (Bishop of Macau)(1903-1918). Melalui usaha beliau, pada 24 Mei 1905, empat orang Canossian Sisters iaitu Mother Luigia Spazzini (seorang Misionaris Itali)(Italian Missionary), Mother Ermelinda Rozario (dari Singapura), Mother Catherine McBean dan Mother Felicia Victor (dari Macau) telah berlayar ke Melaka. Pada mulanya mereka menetap di sebuah rumah kecil bangsa Cina yang terletak di Banda Hilir. Pada 25 Mei 1905, para Sisters telah mengambil alih sebuah sekolah untuk budak lelaki dan perempuan di Tengkera (Tranquerah) (Sekolah Perempuan Tengkera) (Tranquerah Girls’ School) dari Sisters of Infant Jesus. Mereka mula terlibat dalam usaha pendidikan di kalangan orang miskin khususnya akan-anak kepada kaum nelayan Portugis. Mother Catherine McBean merupakan pengetua pertama Sekolah Perempuan Tengkera (Tranquerah Girls’ School) dan mengajar di sekolah tersebut sehinggalah beliau meninggal dunia pada tahun 1917.
Pada 7 Julai 1907, Canossian Sisters berpindah ke sebuah sebuah rumah Belanda (Dutch House) di Banda Hilir, yang kini dikenali sebagai Jalan Parameswara. Premis yang baru ini lebih luas dan membolehkan Sisters mengalu-alukan lebih ramai anak yatim dan penginap asrama di mana keluarga mereka mampu bayar yuran asrama yang minimum untuk menghadiri sekolah yang dikendalikan oleh Sisters di Tengkera (Tranquerah). Oleh kerana Sekolah Perempuan Tengkera (Tranquerah Girls’ School) merupakan cawangan daripada Convent Portugis (Portuguese Convent) di Singapura (St Anthony's Convent Singapore) dan terikat dengan Misi Portugis (Portuguese Mission), maka ia juga dikenali sebagai "Convent Portugis" (Portuguese Convent).

Pada tahun 1952, dengan bantuan geran kerajaan, sebuah blok utama yang baru telah didirikan di Sekolah Sacred Heart Convent (Sacred Heart Convent School), Banda Hilir.

Pada 5 Julai 1980, sekolah ini secara rasminya menyambut ulang tahun ke-75.Pada 30 April 1995, sekolah ini menyambut ulang tahun yang ke-90. Sambutan ini untuk meraikan penubuhan Sacred Heart Convent, Melaka pada tahun yang ke-90, juga dengan pameran barang-barang menarik dan menawan di Sacred Heart Convent, Ujong Pasir. Kami amat berbesar hati dengan kehadiran YAB Ketua Menteri Melaka, Datuk Haji Mohd. Zin Bin Haji Abd. Ghani.
Pada 7 Mei 2005, ulang tahun ke-100 penubuhan sekolah ini disambut dengan Misa (Mass) di Gereja St Peter (St Peter’s Church), dan pameran di Sekolah Rendah Sacred Heart serta majlis makan malam pengumpulan dana juga diadakan.