Sejarah penubuhan pusat pentadbiran pendidikan daerah bermula pada sekitar tahun 60-an dan diletakkan dibawah seliaan Pejabat Pendidikan Bahagian/Gabungan Tawau.
Pada tahun 2009, Pejabat Pendidikan Daerah Semporna mula berdiri sendiri sebagai Pejabat Pendidikan Daerah Gred B.
Senarai Nama Pegawai Pendidikan Daerah Semporna (1960-2023)
1. Mrs. Lewin – England ( 1960-an)
2. En. Alif b. Arshad - Kota Belud (1960)
3. En. Abdul Rahim Abdullah (1969 - 1971)
4. En Hassan bin Tawil (1972 - 1973) dan (1975 - 1980)
5. En. Ali Hussin b. Haji Amir (1973 - 1974)
6. En. Amir Bek b. Amir Hussin (1980 - 1981)
7. En. Helmi b. Basuni (1981 - 1982)
8. En. Lipai b. Johor (1982 - 1983)
9. En. Omar Baki b. Abun (1986 - 1992)
10. Ybhg. Datuk Melali bin Hj Malik (1993)
11.En. Binit b. Taip (1999 - 2004)
12.En. Abd. Manang b. Hj. Osman (2005 - 2007)
13.En. Abdul Rashid b. Kahal (2007)
14.En. Johan b. Okasa (2007 - 2009)
15.En. Mokhtar b. Abdul Rashid (2010 - 2012)
16.Tn.Haji Raduan b. Haji Abd. Rahman (2012 - 2015)
17.Pn. Ummai Salmah bt. Abdul Karim (2015 - 2016)
18.Tn. Haji Dzulkifli b. Haji Ali Basha (2016 - 2019)
19.Pn. Linna bt Haji. Hassin (2019 - 2021)
20.En. Ibnu b. Haji Jaani (2021 - 2024)
21.Hjh Rozita binti Anjuh (2024 - Kini)