En un mundo marcado por rápidos avances científicos y tecnológicos, surge la imperiosa necesidad de contar con herramientas para la Gestión del Conocimiento, para que el conocimiento generado llegue a las instancias pertinentes de la manera más expedita como apoyo en la adopción de decisiones con verdadero impacto en la salud de la población. Es así que el Observatorio tiene la responsabilidad de articular una red de conocimiento y traducirlo en recomendaciones que puedan ser entendidas y aplicadas por todos los interesados, gracias a un modelo de divulgación de la evidencia actualizada existen, constituya una de las más importantes fuentes de nuevo conocimiento en el campo de la salud.
El Observatorio no opera solo como un sistema de información, su papel fundamental es ser un espacio coordinador de la gestión del conocimiento en salud a través de redes orientadas a la generación de información que sirva de evidencia para la toma de decisiones y la implementación de políticas que tengan un efecto positivo en los factores que determinan la salud pública del país y en la situación de salud como tal; lo que implica llevar a cabo un proceso de revisión, análisis crítico y descripción de fuentes de información y recursos que soportan y hacen parte de la evidencia producida en el sector salud y otros sectores, y que representan un insumo para la toma de decisiones en salud.
El observatorio, para cumplir con su misión de gestión del conocimiento, hace referencia a la información y los conocimientos originados y expresados en documentos o publicaciones técnicas y científicas actualizadas en el campo de la salud.