Website ini dapat diakses via https://s.id/kimiakomputasi atau https://s.id/komputasi

PENGANTAR

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan simulasi komputer untuk membantu menyelesaikan masalah kimia. Ini menggunakan metode kimia teoretis , dimasukkan ke dalam program komputer yang efisien , untuk menghitung struktur dan sifat molekul dan padatan. Hal ini diperlukan karena, terlepas dari hasil yang relatif baru mengenai ion molekul hidrogen ( kation dihidrogen , lihat referensi di dalamnya untuk lebih jelasnya), masalah banyak-tubuh kuantum tidak dapat diselesaikan secara analitis, apalagi dalam bentuk tertutup. Sedangkan hasil komputasi biasanya melengkapi informasi yang diperoleh dengan percobaan kimia, dalam beberapa kasus dapat memprediksi fenomena kimia yang sampai sekarang belum teramati . Ini banyak digunakan dalam desain obat dan bahan baru.

Contoh dari sifat-sifat tersebut adalah struktur (yaitu, posisi yang diharapkan dari atom penyusun), energi absolut dan relatif (interaksi) , distribusi kerapatan muatan elektronik , dipoldan momen multipole lebih tinggi , frekuensi getaran , reaktivitas , atau jumlah spektroskopi lainnya , dan penampang lintang untuk tabrakan dengan partikel lain.

Metode yang digunakan mencakup situasi statis dan dinamis. Dalam semua kasus, waktu komputer dan sumber daya lainnya (seperti memori dan ruang disk) meningkat dengan cepat dengan ukuran sistem yang dipelajari. Sistem itu dapat berupa satu molekul, sekelompok molekul, atau padatan. Metode kimia komputasi berkisar dari sangat perkiraan hingga sangat akurat; yang terakhir biasanya layak untuk sistem kecil saja. Metode ab initio sepenuhnya didasarkan pada mekanika kuantum dan konstanta fisik dasar . Metode lain disebut empiris atau semi-empiris karena mereka menggunakan parameter empiris tambahan.

Kedua pendekatan ab initio dan semi-empiris melibatkan perkiraan. Ini berkisar dari bentuk persamaan prinsip-prinsip pertama yang disederhanakan yang lebih mudah atau lebih cepat untuk dipecahkan, hingga perkiraan yang membatasi ukuran sistem (misalnya, kondisi batas periodik ), hingga perkiraan fundamental hingga persamaan mendasar yang diperlukan untuk mencapai solusi apa pun kepada mereka sama sekali. Sebagai contoh, sebagian besar perhitungan ab initio membuat perkiraan Born-Oppenheimer , yang sangat menyederhanakan persamaan Schrödinger yang mendasarinya dengan mengasumsikan bahwa inti tetap di tempatnya selama perhitungan. Pada prinsipnya, metode ab initioakhirnya konvergen ke solusi tepat dari persamaan yang mendasari karena jumlah perkiraan berkurang. Namun dalam praktiknya, tidak mungkin untuk menghilangkan semua perkiraan, dan kesalahan residual tetap ada. Tujuan dari kimia komputasi adalah untuk meminimalkan kesalahan residual ini sambil menjaga agar perhitungannya dapat dilakukan.

Dalam beberapa kasus, detail struktur elektronik kurang penting daripada perilaku ruang fase waktu yang lama dari molekul. Ini adalah kasus dalam studi konformasi protein dan termodinamika pengikatan protein-ligan. Perkiraan klasik untuk permukaan energi potensial digunakan, karena mereka secara komputasi kurang intensif daripada perhitungan elektronik, untuk memungkinkan simulasi dinamika molekul yang lebih lama . Selain itu, cheminformatics menggunakan metode yang lebih empiris (dan lebih murah secara komputasi) seperti pembelajaran mesin berdasarkan pada sifat fisikokimia. Salah satu masalah khas dalam cheminformatics adalah untuk memprediksi afinitas pengikatan molekul obat ke target yang diberikan.

Sumber: https://en.wikipedia.org/wiki/Computational_chemistry

Sejarah

Berdasarkan penemuan-penemuan dan teori-teori pendiri dalam sejarah mekanika kuantum , perhitungan teoretis pertama dalam kimia adalah dari Walter Heitler dan Fritz Londonpada 1927. Buku-buku yang berpengaruh dalam pengembangan awal kimia kuantum komputasional termasuk Linus Pauling dan E. Bright Wilson 's 1935 Pengantar Mekanika Kuantum - dengan Aplikasi untuk Kimia , Eyring , Walter dan Kimball 1944 , Kimia Quantum , Heitler's 1945 Elementary Wave Mechanics - dengan Aplikasi untuk Kimia Quantum , dan kemudian buku teks Coulson tahun 1952Valence , masing-masing berfungsi sebagai referensi utama bagi ahli kimia dalam beberapa dekade berikutnya.

Dengan perkembangan teknologi komputer yang efisien pada tahun 1940-an, solusi persamaan gelombang yang rumit untuk sistem atom yang kompleks mulai menjadi tujuan yang dapat direalisasikan. Pada awal 1950-an, perhitungan orbital atom semi-empiris pertama dilakukan. Ahli kimia teori menjadi pengguna ekstensif komputer digital awal. Salah satu kemajuan besar datang dengan makalah 1951 dalam Ulasan Fisika Modern oleh Clemens CJ Roothaan pada tahun 1951, sebagian besar pada pendekatan "LCAO MO" (Kombinasi Linier Orbit Atom. Orbit Molekul), selama bertahun-tahun makalah yang paling banyak dikutip kedua dalam jurnal itu . Akun yang sangat rinci tentang penggunaan tersebut di Inggris diberikan oleh Smith dan Sutcliffe. [1] Ab initio pertama Hartree-Fock perhitungan pada molekul diatomik dilakukan pada tahun 1956 di MIT, menggunakan basis set dari orbital Slater. Untuk molekul diatomik, studi sistematis menggunakan set basis minimum dan perhitungan pertama dengan set basis lebih besar masing-masing diterbitkan oleh Ransil dan Nesbet pada tahun 1960. [2] Perhitungan poliatomik pertama menggunakan orbital Gaussian dilakukan pada akhir 1950-an. Perhitungan interaksi konfigurasi pertama dilakukan di Cambridge pada komputer EDSAC pada 1950-an menggunakan orbital Gaussian oleh Boys dan rekan kerja. [3] Pada tahun 1971, ketika sebuah bibliografi ab initioperhitungan dipublikasikan, [4] molekul terbesar termasuk adalah naftalena dan azulena . [5] [6] Abstrak dari banyak perkembangan sebelumnya dalam teori ab initio telah diterbitkan oleh Schaefer. [7]

Pada tahun 1964, perhitungan metode Huckel (menggunakan kombinasi linear sederhana orbital atomik (LCAO) metode untuk menentukan energi elektron orbital molekul elektron in dalam sistem hidrokarbon terkonjugasi) dari molekul, mulai dalam kompleksitas dari butadiena dan benzena ke ovalena , dihasilkan pada komputer di Berkeley dan Oxford. [8]Metode empiris ini diganti pada tahun 1960 dengan metode semi-empiris seperti CNDO . [9]

Pada awal 1970-an, program komputer ab initio yang efisien seperti ATMOL, Gaussian , IBMOL, dan POLYAYTOM, mulai digunakan untuk mempercepat perhitungan initio ab orbital molekul. Dari empat program ini, hanya Gaussian, yang sekarang berkembang pesat, yang masih digunakan, tetapi banyak program lain yang sekarang digunakan. Pada saat yang sama, metode mekanika molekuler , seperti medan gaya MM2 , dikembangkan, terutama oleh Norman Allinger . [10]

Salah satu yang pertama menyebutkan istilah kimia komputasi dapat ditemukan dalam buku 1970 Komputer dan Peran Mereka dalam Ilmu Fisika oleh Sidney Fernbach dan Abraham Haskell Taub, di mana mereka menyatakan "Oleh karena itu, tampaknya 'kimia komputasi' akhirnya dapat menjadi semakin banyak kenyataan. " [11] Selama tahun 1970-an, metode yang sangat berbeda mulai dilihat sebagai bagian dari disiplin ilmu kimia komputasi yang baru muncul . [12] The Journal of Kimia Komputasi pertama kali diterbitkan pada tahun 1980.

Kimia komputasi telah tampil dalam beberapa penghargaan Hadiah Nobel, terutama pada tahun 1998 dan 2013. Walter Kohn , "untuk pengembangan teori fungsional-kerapatan", dan John Pople , "untuk pengembangan metode komputasi dalam kimia kuantum", menerima Hadiah Nobel 1998 dalam Kimia. [13] Martin Karplus , Michael Levitt dan Arieh Warshelmenerima Hadiah Nobel Kimia 2013 untuk "pengembangan model multiskala untuk sistem kimia yang kompleks". [14]

Bidang aplikasi

Istilah kimia teoretis dapat didefinisikan sebagai deskripsi matematis kimia, sedangkan kimia komputasi biasanya digunakan ketika metode matematika dikembangkan dengan cukup baik sehingga dapat diotomatisasi untuk diterapkan pada komputer. Dalam kimia teoretis, ahli kimia, ahli fisika, dan ahli matematika mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memprediksi sifat atomik dan molekul serta jalur reaksi untuk reaksi kimia . Kimiawan komputer, sebaliknya, mungkin hanya menerapkan program dan metodologi komputer yang ada untuk pertanyaan kimia tertentu.

Kimia komputasi memiliki dua aspek berbeda:

  • Studi komputasi, digunakan untuk menemukan titik awal untuk sintesis laboratorium, atau untuk membantu dalam memahami data eksperimental, seperti posisi dan sumber puncak spektroskopi.

  • Studi komputasi, digunakan untuk memprediksi kemungkinan molekul yang sejauh ini tidak diketahui sama sekali atau untuk mengeksplorasi mekanisme reaksi yang tidak mudah dipelajari melalui eksperimen.

Dengan demikian, kimia komputasi dapat membantu ahli kimia eksperimental atau dapat menantang ahli kimia eksperimental untuk menemukan benda kimia yang sama sekali baru.

Beberapa area utama dapat dibedakan dalam kimia komputasi:

  • Prediksi struktur molekul molekul dengan menggunakan simulasi gaya, atau metode kimia kuantum yang lebih akurat, untuk menemukan titik stasioner pada permukaan energi karena posisi inti bervariasi.

  • Menyimpan dan mencari data tentang entitas kimia (lihat database kimia ).

  • Identifikasi korelasi antara struktur kimia dan properti (lihat hubungan struktur-properti kuantitatif (QSPR) dan hubungan struktur-aktivitas kuantitatif (QSAR )).

  • Pendekatan komputasi untuk membantu dalam sintesis senyawa yang efisien.

  • Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi secara spesifik dengan molekul lain (misalnya desain dan katalisis obat ).

Akurasi

Kata-kata yang tepat dan sempurna tidak berlaku di sini, karena sangat sedikit aspek kimia yang dapat dihitung dengan tepat. Namun, hampir setiap aspek kimia dapat dijelaskan dalam skema komputasi kuantitatif kualitatif atau perkiraan.

Molekul terdiri dari nuklei dan elektron, sehingga metode mekanika kuantum berlaku. Ahli kimia komputasi sering berusaha untuk memecahkan persamaan Schrödinger non-relativistik , dengan koreksi relativistik ditambahkan, meskipun beberapa kemajuan telah dibuat dalam menyelesaikan persamaan Dirac yang sepenuhnya relativistik . Pada prinsipnya, adalah mungkin untuk menyelesaikan persamaan Schrödinger dalam bentuknya yang tergantung waktu atau tidak tergantung waktu, yang sesuai untuk masalah yang dihadapi; dalam praktiknya, ini tidak mungkin kecuali untuk sistem yang sangat kecil. Oleh karena itu, sejumlah besar metode perkiraan berusaha untuk mencapai trade-off terbaik antara akurasi dan biaya komputasi.

Akurasi selalu dapat ditingkatkan dengan biaya komputasi yang lebih besar. Kesalahan signifikan dapat muncul dengan sendirinya dalam model ab initio yang terdiri dari banyak elektron, karena biaya komputasi metode inklusif relativistik penuh. Ini menyulitkan studi tentang molekul yang berinteraksi dengan atom satuan massa atom tinggi, seperti logam transisi dan sifat katalitiknya. Algoritme yang ada dalam kimia komputasi secara rutin dapat menghitung sifat-sifat molekul kecil yang mengandung hingga sekitar 40 elektron dengan kesalahan untuk energi kurang dari beberapa kJ / mol. Untuk geometri, panjang ikatan dapat diprediksi dalam beberapa picometres dan sudut ikatan dalam 0,5 derajat. Perawatan molekul yang lebih besar yang mengandung beberapa lusin atom dapat dikomputasi secara komputasional dengan metode yang lebih mendekati sepertiteori fungsional kerapatan(DFT).

Ada beberapa perselisihan di lapangan apakah metode yang terakhir cukup atau tidak untuk menggambarkan reaksi kimia yang kompleks, seperti yang ada dalam biokimia. Molekul besar dapat dipelajari dengan metode perkiraan semi-empiris. Bahkan molekul yang lebih besar diperlakukan dengan metode mekanika klasik yang menggunakan apa yang disebut mekanika molekuler (MM). Dalam metode QM-MM, sebagian kecil kompleks besar diperlakukan secara mekanis kuantum (QM), dan sisanya diperlakukan kira-kira (MM).

Metode

Satu rumus molekul dapat mewakili lebih dari satu isomer molekul: seperangkat isomer. Setiap isomer adalah minimum lokal pada permukaan energi (disebut permukaan energi potensial ) yang dibuat dari total energi (yaitu, energi elektronik, ditambah energi tolakan antara inti) sebagai fungsi dari koordinat semua inti. Titik diam adalah geometri sehingga turunan energi sehubungan dengan semua perpindahan inti adalah nol. Minimum (energi) lokal adalah titik stasioner di mana semua perpindahan seperti itu menyebabkan peningkatan energi. Minimum lokal yang paling rendah disebut global minimum dan sesuai dengan isomer yang paling stabil. Jika ada satu perubahan koordinat tertentu yang mengarah pada penurunan energi total di kedua arah, titik stasioner adalah astruktur transisi dan koordinat adalah koordinat reaksi . Proses penentuan titik stasioner ini disebut optimasi geometri .

Penentuan struktur molekul dengan optimasi geometri menjadi rutin hanya setelah metode yang efisien untuk menghitung turunan pertama dari energi sehubungan dengan semua koordinat atom menjadi tersedia. Evaluasi turunan kedua yang terkait memungkinkan prediksi frekuensi getaran jika gerakan harmonik diperkirakan. Lebih penting lagi, ini memungkinkan untuk karakterisasi titik stasioner. Frekuensi terkait dengan nilai eigen dari matriks Hessian, yang mengandung turunan kedua. Jika nilai eigen semuanya positif, maka frekuensinya semua nyata dan titik stasioner adalah minimum lokal. Jika satu nilai eigen negatif (yaitu, frekuensi imajiner), maka titik stasioner adalah struktur transisi. Jika lebih dari satu nilai eigen negatif, maka titik stasioner lebih kompleks, dan biasanya kurang menarik. Ketika salah satu dari ini ditemukan, perlu untuk menjauhkan pencarian dari itu jika eksperimen hanya mencari minimum lokal dan struktur transisi.

Total energi ditentukan oleh solusi perkiraan persamaan Schrödinger yang tergantung waktu, biasanya tanpa memasukkan istilah relativistik, dan dengan menggunakan pendekatan Born-Oppenheimer , yang memungkinkan pemisahan gerakan elektronik dan nuklir, sehingga menyederhanakan persamaan Schrödinger . Ini mengarah pada evaluasi energi total sebagai jumlah energi elektronik pada posisi inti tetap dan energi tolakan inti. Pengecualian penting adalah pendekatan tertentu yang disebut kimia kuantum langsung, yang memperlakukan elektron dan inti dengan pijakan yang sama. Metode fungsional kepadatan dan metode semi-empiris adalah varian pada tema utama. Untuk sistem yang sangat besar, energi total relatif dapat dibandingkan menggunakan mekanika molekuler. Cara menentukan energi total untuk memprediksi struktur molekul adalah:

Ab initio methods

Artikel utama: Ab initio metode kimia kuantum

Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada banyak metode kuantum-kimia yang berbeda yang memecahkan persamaan Schrödinger molekuler yang terkait dengan molekul Hamiltonian . Metode yang tidak memasukkan parameter empiris atau semi-empiris dalam persamaannya - yang diturunkan langsung dari prinsip-prinsip teoretis, tanpa dimasukkannya data eksperimental - disebut metode ab initio. Ini tidak menyiratkan bahwa solusinya adalah solusi yang tepat; mereka semua perkiraan perhitungan mekanika kuantum. Ini berarti bahwa pendekatan tertentu didefinisikan secara ketat pada prinsip pertama (teori kuantum) dan kemudian diselesaikan dalam margin kesalahan yang secara kualitatif diketahui sebelumnya. Jika metode iteratif numerik harus digunakan, tujuannya adalah untuk iterate sampai akurasi mesin penuh diperoleh (yang terbaik yang mungkin dengan panjang kata yang terbatas pada komputer, dan dalam perkiraan matematika dan / atau fisik dibuat).

Diagram menggambarkan berbagai metode struktur elektronik ab initio dalam hal energi. Jarak tidak untuk skala.

Jenis paling sederhana dari perhitungan struktur elektronik ab initio adalah metode Hartree-Fock (HF), suatu perluasan teori orbital molekul , di mana tolakan elektron-elektron yang berkorelasi tidak secara khusus diperhitungkan; hanya efek rata-rata yang termasuk dalam perhitungan. Ketika ukuran dasar set meningkat, fungsi energi dan gelombang cenderung menuju batas yang disebut batas Hartree-Fock. Banyak jenis perhitungan (disebut metode post-Hartree-Fock ) dimulai dengan perhitungan Hartree-Fock dan kemudian memperbaiki repulsi elektron-elektron, yang disebut juga sebagai korelasi elektronik. Ketika metode ini didorong ke batas, mereka mendekati solusi tepat dari persamaan Schrödinger non-relativistik. Untuk mendapatkan persetujuan yang tepat dengan eksperimen, perlu memasukkan istilah relativistik dan spin orbit , yang keduanya jauh lebih penting bagi atom-atom berat. Dalam semua pendekatan ini, bersama dengan pilihan metode, perlu untuk memilih set dasar . Ini adalah seperangkat fungsi, biasanya berpusat pada atom yang berbeda dalam molekul, yang digunakan untuk memperluas orbital molekul dengan kombinasi linear dari orbital atom orbital (LCAO) metode orbital molekul metode ansatz . Ab initio methods perlu mendefinisikan level teori (method) dan basis set.

Fungsi gelombang Hartree – Fock adalah konfigurasi tunggal atau penentu. Dalam beberapa kasus, terutama untuk proses pemutusan ikatan, ini tidak memadai, dan beberapa konfigurasi harus digunakan. Di sini, koefisien konfigurasi, dan fungsi dasar, dioptimalkan bersama.

Total energi molekuler dapat dievaluasi sebagai fungsi dari geometri molekul ; dengan kata lain, permukaan energi potensial . Permukaan seperti itu dapat digunakan untuk dinamika reaksi. Titik stasioner permukaan mengarah pada prediksi isomer yang berbeda dan struktur transisi untuk konversi antara isomer, tetapi ini dapat ditentukan tanpa pengetahuan penuh tentang permukaan lengkap.

Tujuan yang sangat penting, yang disebut termokimia komputasi , adalah untuk menghitung jumlah termokimia seperti entalpi pembentukan untuk akurasi kimia. Akurasi kimia adalah akurasi yang diperlukan untuk membuat prediksi kimia yang realistis dan umumnya dianggap 1 kkal / mol atau 4 kJ / mol. Untuk mencapai keakuratan itu secara ekonomis, perlu menggunakan serangkaian metode pasca-Hartree-Fock dan menggabungkan hasilnya. Metode-metode ini disebut metode komposit kimia kuantum .

Metode fungsional kepadatan

Artikel utama: Teori fungsional kepadatan

Teori fungsional (DFT) metode kepadatan sering dianggap ab initio metode untuk menentukan struktur elektronik molekul, meskipun banyak dari yang paling umum functionalsmenggunakan parameter yang berasal dari data empiris, atau dari perhitungan yang lebih kompleks. Dalam DFT, energi total dinyatakan dalam bentuk total kepadatan satu elektrondaripada fungsi gelombang. Dalam jenis perhitungan ini, ada perkiraan Hamiltonian dan ekspresi perkiraan untuk kerapatan elektron total. Metode DFT bisa sangat akurat untuk sedikit biaya komputasi. Beberapa metode menggabungkan fungsi pertukaran fungsional kerapatan dengan istilah pertukaran Hartree-Fock dan disebut metode fungsional hibrid .

Metode semi-empiris

Artikel utama: Metode kimia kuantum semi-empiris

Metode kimia kuantum semi-empiris didasarkan pada formalisme metode Hartree-Fock , tetapi membuat banyak perkiraan dan mendapatkan beberapa parameter dari data empiris. Mereka sangat penting dalam kimia komputasi dari 60-an hingga 90-an, terutama untuk mengobati molekul besar di mana metode Hartree-Fock penuh tanpa perkiraan terlalu mahal. Penggunaan parameter empiris muncul untuk memungkinkan beberapa dimasukkannya efek korelasi ke dalam metode.

Metode semi-empiris primitif dirancang bahkan sebelumnya, di mana bagian dua-elektron dari Hamiltonian tidak termasuk secara eksplisit. Untuk sistem electron-elektron, ini adalah metode Huckel yang diusulkan oleh Erich Huckel , dan untuk semua sistem elektron valensi, metode Huckel diperpanjang yang diusulkan oleh Roald Hoffmann . Kadang-kadang, metode Huckel disebut sebagai "sepenuhnya empiris" karena mereka tidak berasal dari seorang Hamilton. [15] Namun, istilah "metode empiris", atau "medan gaya empiris" biasanya digunakan untuk menggambarkan Mekanika Molekul. [16]

Mekanika molekuler

Artikel utama: mekanika molekuler

Dalam banyak kasus, sistem molekuler besar dapat dimodelkan dengan sukses sambil menghindari perhitungan mekanika kuantum sepenuhnya. Simulasi mekanika molekuler , misalnya, menggunakan satu ekspresi klasik untuk energi suatu senyawa, misalnya osilator harmonik . Semua konstanta yang muncul dalam persamaan harus diperoleh sebelumnya dari data eksperimental atau perhitungan ab initio .

Basis data senyawa yang digunakan untuk parameterisasi, yaitu sekumpulan parameter dan fungsi yang dihasilkan disebut medan gaya , sangat penting untuk keberhasilan perhitungan mekanika molekuler. Medan gaya yang diparameterisasi terhadap kelas molekul tertentu, misalnya protein, diharapkan hanya memiliki relevansi saat menggambarkan molekul lain dari kelas yang sama.

Metode-metode ini dapat diterapkan pada protein dan molekul biologis besar lainnya, dan memungkinkan studi tentang pendekatan dan interaksi (docking) molekul obat potensial. [17] [18]

Metode untuk padatan

Artikel utama: Metode kimia komputasi dalam fisika keadaan padat

Metode kimia komputasi dapat diterapkan untuk masalah fisika keadaan padat . Struktur elektronik kristal secara umum dijelaskan oleh struktur pita , yang mendefinisikan energi orbital elektron untuk setiap titik di zona Brillouin . Perhitungan initio dan semi-empiris menghasilkan energi orbital; oleh karena itu, mereka dapat diterapkan pada perhitungan struktur pita. Karena menghitung energi untuk sebuah molekul memakan waktu, bahkan lebih banyak waktu untuk menghitungnya untuk seluruh daftar titik di zona Brillouin.

Dinamika kimia

Setelah variabel elektronik dan nuklir dipisahkan (dalam representasi Born-Oppenheimer), dalam pendekatan yang tergantung waktu, paket gelombang yang sesuai dengan derajat kebebasan nuklir disebarkan melalui operator evolusi waktu (fisika) yang terkait dengan ketergantungan waktu. Persamaan Schrödinger (untuk Hamiltonian molekul penuh ). Dalam pendekatan dependen energi pelengkap , persamaan Schrödinger yang tidak tergantung waktu diselesaikan dengan menggunakan formalisme teori hamburan . Potensi yang mewakili interaksi interatomik diberikan oleh permukaan energi potensial. Secara umum, permukaan energi potensial digabungkan melalui istilah kopling vibronik .

Metode yang paling populer untuk menyebarkan paket gelombang yang terkait dengan geometri molekul adalah:

Dinamika molekuler

Artikel utama: dinamika molekul

Dinamika molekuler (MD) menggunakan mekanika kuantum , mekanika molekuler atau campuran keduanya untuk menghitung gaya yang kemudian digunakan untuk menyelesaikan hukum gerak Newton untuk memeriksa perilaku sistem yang bergantung waktu. Hasil dari simulasi dinamika molekuler adalah lintasan yang menggambarkan bagaimana posisi dan kecepatan partikel bervariasi dengan waktu.

Mekanika kuantum / Mekanika molekuler (QM / MM)

Artikel utama: QM / MM

QM / MM adalah metode hybrid yang mencoba untuk menggabungkan akurasi mekanika kuantum dengan kecepatan mekanika molekuler. Ini berguna untuk mensimulasikan molekul yang sangat besar seperti enzim .

Menafsirkan fungsi gelombang molekuler

Model atom dalam molekul (QTAIM) dari Richard Bader dikembangkan untuk secara efektif menghubungkan model mekanika kuantum molekul, sebagai fungsi gelombang elektronik, dengan konsep yang berguna secara kimia seperti atom dalam molekul, kelompok fungsional, ikatan, teori pasangan Lewis , dan model ikatan valensi . Bader telah menunjukkan bahwa konsep-konsep kimia yang bermanfaat secara empiris ini dapat dikaitkan dengan topologi distribusi kepadatan muatan yang dapat diamati, baik diukur atau dihitung dari fungsi gelombang mekanika kuantum. Analisis QTAIM fungsi gelombang molekuler diimplementasikan, misalnya, dalam paket perangkat lunak AIMAll .

Paket perangkat lunak

Banyak paket perangkat lunak kimia komputasi mandiri yang ada. Beberapa termasuk banyak metode yang mencakup berbagai, sementara yang lain berkonsentrasi pada rentang yang sangat spesifik atau bahkan pada satu metode. Rincian sebagian besar dari mereka dapat ditemukan di:

Lihat juga

Catatan dan referensi

  1. ^ Smith, SJ; Sutcliffe, BT (1997). "Perkembangan Kimia Komputasi di Inggris". Ulasan dalam Kimia Komputasi . 10 : 271–316.

  2. ^ Schaefer, Henry F. III (1972). Struktur elektronik dari atom dan molekul . Reading, Massachusetts: Addison-Wesley Publishing Co. p. 146 .

  3. ^ Anak laki-laki, SF; Masak, GB; Reeves, CM; Shavitt, I. (1956). "Perhitungan fundamental otomatis struktur molekul". Alam . 178 (2): 1207. Bibcode : 1956Natur.178.1207B . doi : 10.1038 / 1781207a0 .

  4. ^ Richards, WG; Walker, TEH; Hinkley RK (1971). Bibliografi fungsi gelombang molekulerab initio . Oxford: Clarendon Press.

  5. ^ Preuss, H. (1968). "DasSCF-MO-P (LCGO) -Verfahren und seine Varianten". Jurnal Internasional Kimia Quantum . 2 (5): 651. Bibcode : 1968IJQC .... 2..651P . doi : 10.1002 / qua.560020506 .

  6. ^ Buenker, RJ; Peyerimhoff, SD (1969). "Ab initio, perhitungan SCF untuk azulene dan naphthalene". Surat Fisika Kimia . 3 (1): 37. Bibcode : 1969CPL ..... 3 ... 37B . doi : 10.1016 / 0009-2614 (69) 80014-X .

  7. ^ Schaefer, Henry F. III (1984). Kimia Kuantum . Oxford: Clarendon Press.

  8. ^ Streitwieser, A .; Brauman, JI; Coulson, CA (1965). Tabel Tambahan Perhitungan Orbital Molekul . Oxford: Pergamon Press.

  9. ^ Pople, John A .; Beveridge, David L. (1970). Teori Orbital Molekuler Perkiraan . New York: Bukit McGraw.

  10. ^ Allinger, Norman (1977). "Analisis konformasional. 130. MM2. Medan gaya hidrokarbon menggunakan istilah torsi V1 dan V2". Jurnal American Chemical Society . 99 (25): 8127–8134. doi : 10.1021 / ja00467a001 .

  11. ^ Fernbach, Sidney; Taub, Abraham Haskell (1970). Komputer dan Perannya dalam Ilmu Fisika . Rutekan. ISBN 978-0-677-14030-8.

  12. ^ "vol 1, kata pengantar" . Ulasan dalam Kimia Komputasi . 1990. doi : 10.1002 / 9780470125786 . ISBN 9780470125786.

  13. ^ "Hadiah Nobel dalam Kimia 1998" .

  14. ^ "Hadiah Nobel dalam Kimia 2013" (Siaran pers). Akademi Ilmu Pengetahuan Kerajaan Swedia. 9 Oktober 2013 . Diakses pada 9 Oktober 2013 .

  15. ^ Counts, Richard W. (1987-07-01). "Strategi I". Jurnal Desain Molekul Berbantu Komputer . 1 (2): 177–178. Bibcode : 1987JCAMD ... 1..177C . doi : 10.1007 / bf01676961 . ISSN 0920-654X .

  16. ^ Dinur, Uri; Hagler, Arnold T. (1991). Lipkowitz, Kenny B .; Boyd, Donald B. (eds.). Ulasan dalam Kimia Komputasi . John Wiley & Sons, Inc. hlm. 99–164. doi : 10.1002 / 9780470125793.ch4 . ISBN 9780470125793.

  17. ^ Rubenstein, Lester A .; Zauhar, Randy J .; Lanzara, Richard G. (2006). "Dinamika molekuler dari model biofisik untuk aktivasi reseptor β2-adrenergik dan protein G" (PDF) . Jurnal Grafik dan Pemodelan Molekuler . 25 (4): 396-409. doi : 10.1016 / j.jmgm.2006.02.008 . PMID 16574446 .

  18. ^ Rubenstein, Lester A .; Lanzara, Richard G. (1998). "Aktivasi reseptor yang ditambah protein G mensyaratkan modulasi sistein dari pengikatan agonis" (PDF) . Jurnal Struktur Molekul: THEOCHEM . 430 : 57–71. doi : 10.1016 / S0166-1280 (98) 90217-2 .

Daftar Pustaka

Jurnal khusus tentang kimia komputasi

Tautan eksternal

Wikimedia Commons memiliki media yang terkait dengan kimia komputasi .


Sumber: https://en.wikipedia.org/wiki/Computational_chemistry