■開山は、南北朝時代の貞治３年（１３６４）で、その後江戸時代の安永９年（１７８０）に法印大空が本堂を再建、本寺の高尾山薬王院の秀興阿闍梨大導師が入仏、本堂を落成しました。

■高尾山の老僧、秀仙和上は、寺内に寺子屋を開設し、住民に「読み・書き・そろばん」を教え、周辺の文化発展に貢献したと伝えられています。

■江戸時代、三大関所の一つ小仏の関所がすぐ近くにあり、宿場等もあり大変賑わいました。この頃からこの周辺は、「金南寺（こんなんじ）」に由来して小名路（こなじ）と呼ばれています。

■往時、間口十八間の本堂・庫裏を有し、一部を村役場に貸していたため、明治２２年（１８８９）、憲政会に反対する政友会一派の焼討ちに遭い、堂宇を類焼してしまいました。以来、無住時代がつづき、一時金南寺は荒廃してしまいました。

■昭和２年（１９２７）　中興第一世・快如師が住職に就き、本堂を裏山中腹に再建。焼討ち前は行基作といわれた木造十一面観音を本尊としていましたが、阿弥陀如来を奉安し、本尊としました。

■昭和４２年に檀信徒の協力を得て、本堂を現在地に移転新築。本堂には本尊阿弥陀如来のほか薬師如来と走大黒天が安置されています。