สถานการณ์การดื้อยาของแบคทีเรียในปัจจุบันทวีความรุนแรงขึ้นเรื่อย ๆ และเป็นปัญหาสาธารณสุขที่สำคัญของนานาประเทศทั่วโลก เนื่องจากยาทางเลือกที่ใช้รักษาผู้ป่วยที่ติดเชื้อดื้อยามีจำกัดและจำเป็นต้องใช้ยาที่มีฤทธิ์ทำลายเชื้อได้กว้างขึ้น ซึ่งยาเหล่านี้มักมีราคาแพง การพัฒนาหรือคิดค้นยาชนิดใหม่มีน้อยมากเพราะไม่คุ้มทุน หากเชื้อดื้อต่อยาทุกชนิดที่มีอยู่ก็จะไม่มียาสำหรับรักษาการติดเชื้อนั้น ๆ นอกจากนี้ผู้ป่วยยังต้องพักรักษาตัวในโรงพยาบาลนานขึ้น ทำให้มีค่าใช้จ่ายเพิ่มตามไปด้วย ปัจจัยที่ส่งเสริมให้แบคทีเรียเกิดการดื้อยา ได้แก่ การใช้ยามากเกินความจำเป็น เช่น การใช้สารต้านแบคทีเรียในผู้ป่วยโรคหวัด โรคติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจส่วนต้น และปอดบวมจากไวรัส หรือโรคติดเชื้อไวรัสอื่น ๆ การให้สารต้านแบคทีเรียโดยไม่ได้เพาะเชื้อและพิสูจน์ชนิดของเชื้อก่อโรค หรือไม่ได้ทดสอบความไวของเชื้อต่อยา การให้ยาที่ออกฤทธิ์กว้างแทนยาที่ออกฤทธิ์แคบทำให้เกิดการคัดเลือกเชื้อดื้อยา ผู้ป่วยรับประทานยาไม่ครบตามจำนวนที่แพทย์สั่ง ผู้ป่วยซื้อยารับประทานเอง การใช้ยาชนิดใหม่ทั้งที่ยาชนิดเก่ายังให้ผลดี การใช้สารต้านจุลชีพในทางเกษตรกรรม ตลอดจนการใช้ยาปฏิชีวนะในการเลี้ยงสัตว์เพื่อเพิ่มอัตราการเจริญของสัตว์ แต่เป็นการคัดเลือกเชื้อดื้อยาในระบบทางเดินอาหารของสัตว์ องค์การอนามัยโลกระบุว่าการดื้อยาของแบคทีเรียเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง ในขณะที่ประสิทธิภาพของยาปฏิชีวนะที่มีอยู่ลดลง การรักษาโรคติดเชื้อยากขึ้นเนื่องจากไม่มียาที่มีประสิทธิภาพ จึงอาจนำไปสู่ยุคหลังยาปฏิชีวนะ (post antibiotic era) ในที่สุด ดังนั้นทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องควรตระหนักและหาแนวทางควบคุมและป้องกันเพื่อลดปัญหาการ   ดื้อยาที่นับวันจะเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ

สำหรับประเทศไทยในปีพ.ศ. 2558 กระทรวงสาธารณสุข กระทรวงเกษตรและสหกรณ์และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้จัดทำแผนยุทธศาสตร์การจัดการการดื้อยาต้านจุลชีพประเทศไทย พ.ศ. 2560-2564             ซึ่งเป็นยุทธศาสตร์ฉบับแรกของประเทศไทย เพื่อลดอัตราการป่วยจากเชื้อดื้อยา ลดการใช้ยาต้านจุลชีพในมนุษย์และสัตว์ ให้ประชาชนมีความรู้เรื่องเชื้อดื้อยาและตระหนักในการใช้ยาต้านจุลชีพอย่างเหมาะสมเพิ่มขึ้น รวมทั้งมีระบบจัดการการดื้อยาต้านจุลชีพที่มีสมรรถนะตามเกณฑ์สากล จากการประเมินผลยังไม่บรรลุเป้าประสงค์ทั้งหมด จึงมีการดำเนินการจัดทำแผนปฏิบัติการด้านการดื้อยต้านจุลชีพแห่งชาติ ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2566-2570 เพื่อแก้ไขปัญหาการดื้อยาต้านจุลชีพของประเทศอย่างต่อเนื่องและเป็นระบบ ตลอดจนร่วมแก้ไขปัญหาการดื้อยาต้านจุลชีพกับนานาประเทศทั่วโลก

ปัญหาการดื้อยาของแบคทีเรียก่อโรคที่สำคัญในปัจจุบัน ได้แก่ Staphylococcus aureus ที่ดื้อต่อยา methicillin (methicillin-resistant S. aureus หรือ MRSA) S. aureus ที่ดื้อต่อยา vancomycin (vancomycin-resistant S. aureus หรือ VRSA) หรือไวลดลงต่อยา vancomycin  (heterogenous vancomycin-intermediately susceptible S. aureus หรือ hVISA และ vancomycin-intermediately susceptible S. aureus หรือ VISA) Streptococcus pneumoniae ที่ดื้อต่อยา penicillin (penicillin-resistant S. pneumoniae หรือ PRSP) Enterococcus ที่ดื้อต่อยา vancomycin (vancomycin-resistant Enterococcus หรือ VRE) Enterobacterales ที่ดื้อต่อยากลุ่ม cephalosporins รุ่นที่ 3 โดยเอนไซม์ extended spectrum -lactamase (ESBL) หรือดื้อต่อยากลุ่ม carbapenems (carbapenem-resistant Enterobacterales หรือ CRE) โดยการผลิตเอนไซม์ carbapenemase (carbapenemase-producing Enterobacterales หรือ CPE) หรือดื้อต่อยา colistin โดยยีนดื้อยาที่อยู่บนพลาสมิดที่เรียกว่ายีน mobilized colistin resistance (mcr) ตลอดจนการดื้อยากลุ่ม carbapenems และ colistin ใน Pseudomonas aeruginosa และ Acinetobacter baumannii ดังนั้นจึงเป็นหน้าที่ของห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิกในการทดสอบการดื้อยาของแบคทีเรียเหล่านี้นอกเหนือจากการทดสอบความไวของเชื้อที่เป็นงานประจำ

การทดสอบการดื้อยาของแบคทีเรียทำได้ 2 วิธี คือวิธีทางฟีโนไทป์ (phenotypic methods) และวิธีทางจีโนไทป์ (genotypic methods) วิธีทางฟีโนไทป์เป็นการทดสอบคุณลักษณะการดื้อยาที่แบคทีเรียแสดงออกมา ซึ่งมีทั้งวิธีที่ยุ่งยากและต้องใช้เวลาหลายวัน หรือวิธีที่ง่ายและรวดเร็ว ห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่ทำการทดสอบการดื้อยาของแบคทีเรียโดยวิธีทางฟีโนไทป์ที่แนะนำโดย Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) ส่วนวิธีทางจีโนไทป์เป็นการทดสอบการดื้อยาโดยใช้เทคนิคทางโมเลกุล (molecular techniques) เช่น การตรวจหายีนดื้อยาโดยการเพิ่มชิ้นส่วนของยีนเป้าหมายด้วยเทคนิค polymerase chain reaction (PCR) ซึ่งใช้อุณหภูมิต่างๆ ในแต่ละขั้นตอนและอาศัยเครื่องมือพิเศษ หรือเทคนิค isothermal amplification ซึ่งใช้เพียงอุณหภูมิเดียวและระยะเวลาในการทดสอบสั้นลง หรือการตรวจยีนดื้อยาโดยการตรวจลำดับของนิวคลิโอไทด์ (nucleotide sequencing) หรือการตรวจ whole genome sequencing (WGS) ซึ่งสามารถตรวจยีนดื้อยาต่าง ๆ ได้ในครั้งเดียว วิธีทางจีโนไทป์มีประโยชน์สำหรับบางกรณีที่จำเป็นต้องระบุยีนดื้อยาเพื่อการรักษา ใช้เป็น gold standard สำหรับการพัฒนาวิธีใหม่ๆ นอกจากนี้ใช้ในการศึกษาทางระบาดวิทยา ดังนั้นห้องปฏิบัติการควรเลือกวิธีทดสอบเชื้อดื้อยาที่เหมาะสมสำหรับโรงพยาบาลแต่ละแห่ง เพื่อเป็นข้อมูลแก่แพทย์ในการรักษาผู้ป่วย รวมทั้งหน่วยงานควบคุมโรคติดเชื้อของโรงพยาบาลเพื่อควบคุมและป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อดื้อยาเหล่านี้ต่อไป