Darwin Core

El estándar Darwin Core (DwC) brinda una estructura estable, directa y flexible para compilar y compartir datos de biodiversidad de distintas fuentes.

Colecciones biológicas, programas de monitoreo, asociaciones, proyectos de ciencia ciudadana, entre otros, producen datos valiosos para el estudio de la biodiversidad. Estas iniciativas recolectan y administran su información en diferentes sistemas y plataformas, en respuesta a esto el estándar DwC ofrece una estructura estable, directa y flexible para compilar y compartir datos de biodiversidad de distintas fuentes. Desarrollado por Biodiversity Information Standards (TDWG), juega un importante rol en compartir y usar datos abiertos de biodiversidad ya que es el formato usado en la mayoría de los millones de registros disponibles en GBIF.org.

Antes de comenzar

  • El estándar consta de 169 elementos para la documentación de información, los elementos recomendados para un buen registro se encuentran en las plantillas simples. Consulta está pagina solo si deseas agregar mas elementos de los que poseas información o puedas inferirla.
  • Incorpora tus datos de acuerdo a las definiciones y ejemplos de cada elemento. Ten en cuenta los elementos aceptados para cada tipo de core:

Perfiles Darwin Core

Los perfiles son una interpretación del estándar Darwin Core en un contexto específico con el fin de facilitar la adopción del estándar por los socios del SiB Colombia. Estos perfiles se han ido construyendo paulatinamente a partir de casos de uso facilitados por varios publicadores. Según el contexto, es necesaria la documentación de más o menos elementos DwC así como definiciones más especificas o con ejemplos concretos al grupo biológico o temática.

Actualmente el Equipo coordinador del SiB Colombia ha trabajado en alguna medida en el desarrollo de los siguientes perfiles:

  • Datos Microbiológicos
  • Datos Marinos
  • Datos de Eventos de Monitoreo


Datos Microbiológicos

Este perfil posee definiciones y ejemplos específicos para la documentación de información sobre microorganismos vivos y conservados, así como datos metagenómicos de obtenidos a partir de muestras clínicas, ambientales e industriales, entre otras.

Para el presente se consideran como microorganismo a los taxones que pertenecen a los reinos Bacteria, Archaea, Fungi, Chromista y Protozoa, así como las algas microscópicas (Pelczar & Pelczar, 2019).


Extensiones

Para la adecuada documentación de los datos microbiológicos se requiere la documentación de una o más extensiones del Darwin Core, aquí se listan y describen brevemente en el contexto del perfil:

Measurement or Facts : Elementos que permiten documentar características del microorganismo. Algunas se pueden repetir para documentar más información.

Resource relationship : Elementos que permiten documentar la relación que tiene el microorganismo con otros recursos organismos.

GGBN -

Las extensiones GGBN sirven para documentar información adicional sobre el microorganismo Los elementos en esta categoría se pueden repetir cuantas veces sean necesarios, basados en toda la información que se quiera registrar. en campos adicionales a los del cor

GGBN Material Sample : Aplicada solo para colecciones biológicas, sus elementos permiten documentar información relacionada con el volumen, la concentración, la calidad y el estado en que se encuentra la muestra del microorganismo.

GGBN Preservation : Elementos que permiten documentar las condiciones de preservación del microorganismo o muestra.

GGBN Loan : Elementos que permiten documentar las condiciones y otras características para entregar en préstamo el microorganismo.

GGBN Amplification: Elementos que permiten documentar información relacionada con procesos de amplificación de ADN del microorganismo.

GGBN Permit : Elementos que permiten documentar las información relacionada con permisos legales que avalen el muestreo, colecta y obtención del microorganismo.

GGBN Cloning : Elementos que permiten documentar información relacionada con la construcción de librerías de clones utilizadas para los procesos de secuenciación de genomas y metagenomas.

Perfil DwC Datos Microbiológicos

El perfil de datos microbiológicos fue construido con apoyo de las colecciones de microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana, Agrosavia y la Universidad Industrial de Santander.

Datos Marinos

Este perfil se enfoca en las particularidades de los datos provenientes de ecosistemas marino-costeros independientemente del grupo biológico, y se alinea con los requerimientos de OBIS para al publicación de datos.

La versión actual de este perfil se enfoca en los elementos DwC que requieren una documentación particular, para todos los demás elementos se recomienda consultar la última versión de la plantilla DwC.


Perfil DwC Datos Marinos

El perfil de datos marinos fue construido con apoyo del Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras José Benito Vives de Andréis - INVEMAR

Datos Eventos de Monitoreo

Este perfil posee definiciones y ejemplos específicos para la documentación de información sobre microorganismos vivos y conservados, así como datos metagenómicos de obtenidos a partir de muestras clínicas, ambientales e industriales, entre otras.

Para el presente se consideran como microorganismo a los taxones que pertenecen a los reinos Bacteria, Archaea, Fungi, Chromista y Protozoa, así como las algas microscópicas (Pelczar & Pelczar, 2019).

Pelczar, M. J., & Pelczar, R. M. (2019). Microbiology. Recuperado el 12 de diciembre de 2019, de https://www.britannica.com/science/microbiology

Imagen del encabezado: Camila Plata