Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chi Minh trường Đại học Khoa học Tự Nhiên, ĐHQG-HCM được thành lập từ tháng 6 năm 1996, trên cơ sở tách ra Đoàn trường Đại học Tổng hợp TP. Hồ Chí Minh. Ngay sau khi được thành lập, Đoàn trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM đã nhanh chóng ổn định tổ chức và đi vào hoạt động.
Tháng 6 năm 1997, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM lần thứ I, nhiệm kỳ 1997 – 1999 đã được tiến hành. Đại hội đã bầu 17 đồng chí vào Ban Chấp hành Đoàn trường. Đến nay, Đoàn trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM đã trải qua 11 kỳ Đại hội.
Tháng 9 năm 2024, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM lần thứ XII, nhiệm kỳ 2024 – 2027 bầu 25 đồng chí tham gia Ban Chấp hành Đoàn trường.
Hội Sinh viên Việt Nam trường Đại học Khoa học Tự Nhiên, ĐHQG-HCM được thành lập từ tháng 7 năm 1996, là một trong 4 Hội Sinh viên trường được thành lập sớm nhất tại Thành phố. Đến ngày 10 tháng 01 năm 1997, Hội Sinh viên Việt Nam trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM được chính thức công nhận thành lập.
Tháng 11 năm 1997, Đại hội Đại biểu Hội Sinh viên Việt Nam trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM lần thứ I, nhiệm kỳ 1997 – 1999 đã được tiến hành. Đại hội đã hiệp thương 15 đồng chí vào Ban Chấp hành Hội Sinh viên trường. Đến nay, Hội Sinh viên trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM đã trải qua 11 kỳ Đại hội.
Tháng 5 năm 2023, Đại hội Đại biểu Hội Sinh viên Việt Nam trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM lần thứ XII, nhiệm kỳ 2023 – 2025 đã hiệp thương 23 đồng chí tham gia Ban Chấp hành Hội Sinh viên trường.