荷治時代

在原住民的統治方面，起先荷蘭人以發展貿易為重，無力擴張。等到1635年起，荷蘭殖民當局對外貿易開始穩定，才發起征服行動，與麻豆社原住民部落訂定麻豆協約，確立荷蘭人為領主、原住民為封臣的封建關係。荷蘭人透過定期召開的地方會議（荷蘭語：landdag），維繫雙方的封建關係，並任命原住民首長，確立原住民社會的正式領袖，以協助荷蘭人推行政令。透過地方會議，荷蘭人也將原本以個別村社為政治實體、彼此攻伐的原住民部落，統合成互相聯盟的聯合村（荷蘭語：Verenigde Dorpen），置於荷蘭主權之下。荷蘭人便藉由攻擊聯合村的敵對部落，讓原住民出草，使得雙方的關係更為緊密。

1640年代以後，臺灣殖民地的行政支出不斷地暴漲，收入也逐漸從轉口貿易轉移到本地稅收。為此，荷蘭人開始新增各種稅收，加上1650年後許多農民賴以維生的甘蔗業開始衰退，漢人對於荷蘭人的統治越來越不滿，引爆了郭懷一事件。事件平息之後，荷蘭人並沒有更改整個殖民地的結構，依然以剝削漢人勞力為經濟發展基礎。之後鄭成功崛起於福建沿海，為荷蘭人創建的荷漢殖民地帶來新的變數，鄭成功於1661年進攻臺灣，翌年荷蘭人為其所擊敗，退出臺灣。