La vegetación de Los Riscos de Cartajima está directamente ligada a su litología, las rocas calcáreas. Las zonas calizas son escasas en vegetación, compuesta principalmente por matorral bajo como la aulaga, el matagallo, retamas, el esparto, el torbisco, encinares degradados, cardos chasqueros y borriqueros, espliego, piornales, majuelos,...También son típicas plantas aromáticas como el tomillo, romero, laurel, la manzanilla serrana,...

Hay una gran variedad de aves, ya que es un hábitat idóneo para las grandes rapaces (águila real y perdicera, buitre leonado, búho real). También se pueden observar mirlos, perdices y una gran variedad de pequeños pájaros, como la curruca tomillera, collalbas negra y rubia, escribano montesino, el roquero solitario y rojo... Durante el periodo de las migraciones se pueden observar al alimoche, varias especies de aguiluchos, cernícalos, alcotán, golondrinas...

Existe también una gran variedad de mamíferos, como la cabra montés, jabalí, gato montés, meloncillo (la única mangosta europea), tejón, garduña, conejo y el zorro común.

Reptiles como las lagartijas, lagartos, salamanquesas, culebras y víboras; y una gran variedad de insectos.

Hay un régimen de lluvias muy por encima de la media andaluza, similar a comarcas de la Andalucía húmeda. Los inviernos son cortos pero fríos, produciéndose heladas entre los meses de Noviembre a Marzo; y veranos normalmente calurosos.
Cartajima, con 1275 l/m², ostenta el índice de mayor pluviosidad del Valle del Genal.