Les ruïnes d'Empúries es troben al municipi de Sant Martí d'Empúries, a la comarca de l'Alt Empordà, a la província de Girona, molt a prop del mar Mediterrani. 

Els pobles que limiten amb Sant Martí d'Empúries són: Empúries, l’Escala , Viladamat , Armentera i Ventalló. 

La comarca de l’Alt Empordà limita amb el Baix Empordà, el Pla de l’Estany, el Gironès, la Garrotxa i el Ripollès.

Empúries estava en una molt bona posició. Hi havia rius, planes i un clima suau que facilitaven la vida de les persones. Aquestes condicions ajudaven a cultivar aliments i establir-hi poblacions.