Costruita nei primi anni del Cinquecento, la Chiesa di San Benedetto era dal 1502 in uso di un nucleo di monache benedettine dedite all'educazione delle giovani che venivano ospitate nel convento attiguo alla chiesa. Il Cinquecento fu caratterizzato da numerosi conflitti, tanto che le suore benedettine dovettero lasciare il loro monastero e la chiesa per rifugiarsi a Padova, presso il convento di San Bartolomeo. Cessate le guerre, le benedettine ritornarono a Montagnana (1540 circa) ed ebbero la possibilità di abbellire e di custodire la chiesa fino al 1807 quando il governo napoleonico soppresse il convento. La Chiesa tornò alla comunità di Montagnana nel 1811 quando venne istituito un Collegio Femminile di Stato. L'istituzione scolastica è attiva ancor oggi, negli anni divenuta Educandato Statale San Benedetto.
La chiesa subì numerosi restauri nel corso della sua storia, particolarmente importante fu quello del 1771 che le permise di caratterizzarsi in un elegante e raffinato stile tardo-barocco. L'atmosfera che vi si respira dentro, da un punto di vista architettonico, è quella che un tempo si percepiva nell'antica Chiesa della Misericordia a Padova, situata nei pressi del Prato della Valle e abbattuta nel corso dell'Ottocento. Di fatto, la comunità di Montagnana (che un tempo qui aveva dimora) dipendeva dal ben noto e magnifico monastero della Misericordia in Padova (monastero che in arte conobbe anche il genio del grande padovano Andrea Mantegna, in un "libro di chiesa" da lui miniato).
La chiesa si presenta con una facciata suddivisa in due ordini da un'ampia trabeazione: la parte inferiore è contraddistinta dal portale d'ingresso, sul cui timpano sono adagiati due angeli marmorei, interposto tra una serie di lesene che anticipano quello che sarà il motivo che caratterizzerà lo spazio interno. La parte superiore vede la presenza di un finestrone con arco a tutto sesto fiancheggiato da nicchie che ospitano statue di santi (una forse di San Benedetto) e un timpano conclude in sommità la facciata. In posizione distaccata dalla chiesa si trova il campanile settecentesco. L'ingresso, allo spazio interno a navata unica, è preceduto da un atrio sul quale poggia un magnifico coro con stalli lignei; attorno all'abside dell'altare maggiore corre una galleria semicircolare sulla quale poggia la tribuna che affaccia con una balaustra sulla navata e sul presbiterio. I tre altari absidali barocchi contenevano ciascuno una pala; pareti e controsoffitto dello spazio centrale presentano riquadri incorniciati a stucco per ospitare dipinti così come nel catino absidale e nella volta dell'altare maggiore.
La chiesa si presenta oggi spogliata di opere d'arte e di arredi liturgici e non è più adibita al culto; destinata invece ad uso di interesse pubblico, ospita mostre, convegni e spettacoli di vario genere.