Відповідно до Розпорядження представника Президента України по Миколаївській області від 16.08.1993р. №409 почала діяти Українська педагогічна гімназія (з 1.09.1993р.). З 1998р. перейменована в Першу українську гімназію згідно з рішенням Миколаївської міської ради від 12.01.1998р. № 16/30. Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 24 лютого 2003 року № 104-р гімназії присвоєно ім’я Миколи Аркаса, видатного українського історика, композитора, громадського діяча. Заклад знаходиться в приміщенні колишньої Маріїнської жіночої гімназії (1863-1918 роки).
Ця будівля (споруджена у 1892 р.) є пам’яткою архітектури місцевого значення, а сквер, який знаходиться перед ліцеєм, має назву Аркасівський.
Колектив ліцею успішно працює над реалізацією головної мети – надання обдарованим і здібним дітям оптимальних можливостей для отримання різнобічної освіти та високої культури, розвиток творчих здібностей і нахилів дітей.
Усі здобувачі освіти опановують дві іноземні мови: англійську, німецьку або французьку на вибір, з 8 класу поглиблено вивчають українську (англійську) мову. Уведено курс за вибором: латина, факультативи з англійської мови (пізнаємо Україну, літературний переклад, країнознавство), бізнес-курс англійської, французької або німецької мови. У 10 – 11 класах учні вивчають культуру мовлення і стилістику української мови.
З метою профорієнтації введені спецкурси з основ журналістики, педагогіки та психології. У сучасному комп’ютерному класі всі ліцеїсти опановують інформаційні технології. У позаурочний час учителі гімназії та науковці вузів для розвитку творчих здібностей учнів з основ наук проводять індивідуальні заняття та консультації.
Традиційні в ліцеї конкурси педагогічної майстерності, методичні фестивалі «Мої педагогічні знахідки», науково-методичні конференції, педагогічні читання, круглі столи тощо.
Однією з особливостей освітнього процесу в закладі є участь дітей у пошуково – дослідницькій роботі, завдяки якій формується особистість, розвиваються творчі здібності учнів, життєві компетенції. Активно працює наукове товариство “Інтелектуал”, до якого входять учні 8-11-х класів – 121 старшокласник.
Щорічно учні ліцею є переможцями Всеукраїнських учнівських предметних олімпіад (ІІ – ІV етапів)
Ліцеїсти активно залучаються до участі в міжнародних, всеукраїнських, обласних творчих конкурсах, проєктах, акціях: Міжнародний мовно-літературний конкурс учнівської та студентської молоді імені Т.Г. Шевченка, конкурс учнівської творчості «Об’єднаймося ж, брати мої», присвяченого Шевченківським дням, “Вірю в майбутнє твоє, Україно”, науково-дослідницьких робіт “Доля людини”, “Мій рідний край”, “Природа і ми”, “Громадянин”, “Краса і біль України” тощо.
Рішенням Миколаївської міської ради від 30 травня 2023 року №19/61 "Про перейменування закладів загальної середньої освіти м. Миколаєва" з метою приведення типів закладів загальної середньої освіти у відповідність до вимог чинного законодавства, створення належних умов функціонування галузі освіти та надання освітніх послуг з 03.07.2023 року перепрофілювати (змінити тип) та перейменувати Першу українську гімназію імені Миколи Аркаса Миколаївської міської ради Миколаївської області в Миколаївський ліцей імені Миколи Аркаса.
16 серпня 1993р. – Створення української педагогічної гімназії
Грудень 1993р. – У фойє встановлено скульптурну фігуру М.М.Аркаса
1 грудня 1993р. – перше проведення Дня народження гімназії (Свято гімназії)
1994р. – Запроваджено Аркасівські читання
9 березня 1994р. – Започатковано Свято рідної мови
1994р. – Запроваджена благодійна премія імені Миколи Аркаса
1994р. – Створення Гімну, Статуту, емблеми гімназії
Травень 1994р. – Запроваджено Свято Матері
12 січня 1998р. – Заклад перейменовано в Першу українську гімназію
1999р. – Гімназія є дійсним членом Асоціації «Відроджені гімназії України»
1 вересня 1998р. – Створення музею історії гімназії
1 грудня 1998р. – Перший випуск газети “Гімназійна родина”
Березень 1999р. – Відкриття в музеї історії гімназії експозиції, присвяченій життю і творчості М.М. Аркаса
24 лютого 2003р. - Гімназії присвоєно ім’я Миколи Аркаса, видатного українського історика, композитора, громадського діяча
З 7 жовтня 2005 р. – Гімназія має статус експериментального загальноосвітнього навчального закладу Всеукраїнського рівня з художньо-естетичної освіти і виховання учнів
2006р. – Заклад став лауреатом конкурсу “100 кращих шкіл України” у номінації «Школа педагогічного пошуку»
2009р. - Гімназія удостоєна Почесного звання «Лідер сучасної освіти» в Україні”
18-20 жовтня 2011р. – Заклад нагороджено золотою медаллю за підсумками участі у Третій Міжнародній виставці «Інноватика в сучасній освіті»
16-18 жовтня 2012р. – Гімназія нагороджена золотою медаллю за результатами участі у Четвертій Міжнародній виставці «Інноватика в сучасній освіті»
2012р. - Навчальний заклад визнано переможцем загальнонаціонального проекту «Флагмани освіти і науки України»
18-20 березня 2014 р. - Гімназія нагороджена золотою медаллю за підсумками участі в П’ятій Міжнародній виставці «Сучасні заклади освіти – 2014»
21-23 жовтня 2014 р. - Гімназія нагороджена золотою медаллю за підсумками участі в Шостому Міжнародному форумі «Інноватика в сучасній освіті»
2017р. – Колектив гімназії здобув перемогу і отримав золоту медаль на VIII Міжнародній виставці “Сучасні заклади освіти″, V International exhibition World Edu в номінації «Компетентнісний підхід – основа якості змісту навчально – виховного процесу в закладах освіти».
23-25.10.2018 р. – Гімназія нагороджена золотою медаллю за підсумками участі в Десятій Міжнародній виставці «Інноватика в сучасній освіті» (Eighth International exhibition World Edu) в номінації “Інноваційне освітнє середовище: нові виклики та сучасні рішення”, дипломом та грамотою НАПН України, ДНУ “Інститут модернізації змісту освіти” за активну участь і презентацію інноваційних технологій навчання.