ศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตร ได้ก่อตั้งมาตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2550 เพื่อมุ่งเน้นให้สอดคล้องกับการดำเนินงานของคณะและมหาวิทยาลัย ที่มุ่งเน้นสู่การเป็นมหาวิทยาลัยวิจัย ภายใต้การกำกับดูแลของฝ่ายวิชาการและวิจัยของคณะอุตสาหกรรมเกษตร ซึ่งยังไม่มีคณะทำงานที่แบ่งแยกชัดเจน

เมื่อปี พ.ศ. 2562 มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ได้มีคำสั่งแต่งตั้งผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. พนิดา เรณูมาลย์ ให้ดำรงตำแหน่งรองคณบดีฝ่ายวิจัยและบริการวิชาการ เพื่อกำกับดูแลศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตร จนถึงปัจจุบัน

ศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตร เป็นหน่วยงานทำหน้าที่ประสานงานและสนับสนุนการดำเนินงานวิจัยของบุคลากรภายในคณะที่ประกอบด้วยบุคลากรหลายสาขาทางอุตสาหกรรมเกษตร ทำให้สามารถดำเนินงานวิจัยในลักษณะที่เป็นกลุ่มวิจัย เพื่อก่อให้เกิดการบูรณาการ โดยเน้นงานวิจัยที่สามารถเพิ่มมูลค่าวัตถุดิบภายในท้องถิ่นและใช้เครื่องมือวิทยาศาสตร์ที่มีอยู่ให้เกิดประโยชน์สูงสุด

นอกจากนี้ศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตร ยังเป็นหน่วยงานทำหน้าที่สนับสนุนการดำเนินงานบริการวิชาการแก่สังคมและชุมชน ทั้งนี้ศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตรมีเครื่องมือและบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถในการให้บริการวิชาการ สามารถให้บริการวิชาการในด้านต่างๆ ไม่ว่าจะเป็น การผลิต การตรวจสอบ การทดสอบ การวิเคราะห์ผลิตผลทางการเกษตร ให้แก่หน่วยงานทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย