L’Université Kofi Annan coopère avec plusieurs établissements d’enseignement supérieur guinéens :

- l’université Général Lansana Conté (UGLC, Sonfonia, Conakry), dans les domaines du Droit, des Sciences politiques, des Sciences économiques et de gestion ;

- l’université Gamal Abdel Nasser de Conakry (UGANC), dans les domaines Sciences médicales et des,  Sciences de l’Ingénieur. 

La coopération porte principalement sur des partages de ressources humaines (enseignants) et matérielles (laboratoires).

Par ailleurs, l’Université collabore étroitement avec les établissements du système national de santé (Hôpital Donka, hôpital Ignace Deen…), qui accueillent dans leurs services les futurs médecins, pharmaciens, infirmiers, sages-femmes, pour des période de stage de durées variables, voire pour une année entière (synthèse clinique et thérapeutique, en septième année de Médecine).

Le Jeudi 29 Novembre 2018, l'Université Kofi Annan de Guinée et la Société MTN GUINEE ont signé une convention de partenariat, la signature a eu lieu dans le bureau du Fondateur, en présence du Rectorat, le Directeurs des composantes et des Services et les Représentants de MTN.